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- EMDB-13690: Structure of U5 snRNP assembly and recycling factor TSSC4 in comp... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-13690
タイトルStructure of U5 snRNP assembly and recycling factor TSSC4 in complex with BRR2 and Jab1 domain of PRPF8
マップデータ
試料
  • 複合体: SNRNP200-TSSC4-PRP8F complex
    • 複合体: SNRNP200
      • タンパク質・ペプチド: U5 small nuclear ribonucleoprotein 200 kDa helicase
    • 複合体: PRPF8-Jab1/MPN
      • タンパク質・ペプチド: Pre-mRNA-processing-splicing factor 8
    • 複合体: TSSC4
      • タンパク質・ペプチド: Protein TSSC4
機能・相同性
機能・相同性情報


cis assembly of pre-catalytic spliceosome / molecular sequestering activity / spliceosome conformational change to release U4 (or U4atac) and U1 (or U11) / U2-type catalytic step 1 spliceosome / RNA splicing, via transesterification reactions / U2-type precatalytic spliceosome / U2-type catalytic step 2 spliceosome / K63-linked polyubiquitin modification-dependent protein binding / mRNA Splicing - Minor Pathway / spliceosomal tri-snRNP complex assembly ...cis assembly of pre-catalytic spliceosome / molecular sequestering activity / spliceosome conformational change to release U4 (or U4atac) and U1 (or U11) / U2-type catalytic step 1 spliceosome / RNA splicing, via transesterification reactions / U2-type precatalytic spliceosome / U2-type catalytic step 2 spliceosome / K63-linked polyubiquitin modification-dependent protein binding / mRNA Splicing - Minor Pathway / spliceosomal tri-snRNP complex assembly / U5 snRNA binding / U5 snRNP / U2 snRNA binding / U6 snRNA binding / spliceosomal snRNP assembly / pre-mRNA intronic binding / U1 snRNA binding / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / catalytic step 2 spliceosome / mRNA Splicing - Major Pathway / RNA splicing / helicase activity / spliceosomal complex / 転写後修飾 / mRNA splicing, via spliceosome / osteoblast differentiation / cellular response to tumor necrosis factor / cellular response to lipopolysaccharide / RNA helicase activity / ヘリカーゼ / nuclear speck / protein-containing complex binding / ATP hydrolysis activity / RNA binding / 核質 / ATP binding / 生体膜 / identical protein binding / 細胞核 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Tumour suppressing sub-chromosomal transferable candidate 4 / Tumour suppressing sub-chromosomal transferable candidate 4 / Brr2, N-terminal helicase PWI domain / : / N-terminal helicase PWI domain / Pre-mRNA-splicing helicase BRR2 plug domain / Sec63 Brl domain / Sec63 domain / Sec63 Brl domain / JAB1/Mov34/MPN/PAD-1 ubiquitin protease ...Tumour suppressing sub-chromosomal transferable candidate 4 / Tumour suppressing sub-chromosomal transferable candidate 4 / Brr2, N-terminal helicase PWI domain / : / N-terminal helicase PWI domain / Pre-mRNA-splicing helicase BRR2 plug domain / Sec63 Brl domain / Sec63 domain / Sec63 Brl domain / JAB1/Mov34/MPN/PAD-1 ubiquitin protease / PROCT domain / Prp8 RNase domain IV, fingers region / PROCT (NUC072) domain / PRO8NT domain / PROCN domain / Pre-mRNA-processing-splicing factor 8, U6-snRNA-binding / Pre-mRNA-processing-splicing factor 8, U5-snRNA-binding / RNA recognition motif, spliceosomal PrP8 / PRP8 domain IV core / Pre-mRNA-processing-splicing factor 8, U5-snRNA-binding domain superfamily / Prp8 RNase domain IV, palm region / PRO8NT (NUC069), PrP8 N-terminal domain / PROCN (NUC071) domain / U6-snRNA interacting domain of PrP8 / U5-snRNA binding site 2 of PrP8 / RNA recognition motif of the spliceosomal PrP8 / PRP8 domain IV core / Pre-mRNA-processing-splicing factor 8 / JAB/MPN domain / JAB1/MPN/MOV34 metalloenzyme domain / MPN domain / MPN domain profile. / DEAD/DEAH box helicase / DEAD/DEAH box helicase domain / C2 domain superfamily / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Immunoglobulin E-set / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
U5 small nuclear ribonucleoprotein 200 kDa helicase / Pre-mRNA-processing-splicing factor 8 / U5 small nuclear ribonucleoprotein TSSC4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.05 Å
データ登録者Bergfort A / Kuropka B / Ilik IA / Freund C / Aktas T / Hilal T / Weber G / Wahl MC
資金援助 ドイツ, 1件
OrganizationGrant number
German Research Foundation (DFG)TRR186/2 ドイツ
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / : 2022
タイトル: The intrinsically disordered TSSC4 protein acts as a helicase inhibitor, placeholder and multi-interaction coordinator during snRNP assembly and recycling.
著者: Alexandra Bergfort / Tarek Hilal / Benno Kuropka / İbrahim Avşar Ilik / Gert Weber / Tuğçe Aktaş / Christian Freund / Markus C Wahl /
要旨: Biogenesis of spliceosomal small nuclear ribonucleoproteins (snRNPs) and their recycling after splicing require numerous assembly/recycling factors whose modes of action are often poorly understood. ...Biogenesis of spliceosomal small nuclear ribonucleoproteins (snRNPs) and their recycling after splicing require numerous assembly/recycling factors whose modes of action are often poorly understood. The intrinsically disordered TSSC4 protein has been identified as a nuclear-localized U5 snRNP and U4/U6-U5 tri-snRNP assembly/recycling factor, but how TSSC4's intrinsic disorder supports TSSC4 functions remains unknown. Using diverse interaction assays and cryogenic electron microscopy-based structural analysis, we show that TSSC4 employs four conserved, non-contiguous regions to bind the PRPF8 Jab1/MPN domain and the SNRNP200 helicase at functionally important sites. It thereby inhibits SNRNP200 helicase activity, spatially aligns the proteins, coordinates formation of a U5 sub-module and transiently blocks premature interaction of SNRNP200 with at least three other spliceosomal factors. Guided by the structure, we designed a TSSC4 variant that lacks stable binding to the PRPF8 Jab1/MPN domain or SNRNP200 in vitro. Comparative immunoprecipitation/mass spectrometry from HEK293 nuclear extract revealed distinct interaction profiles of wild type TSSC4 and the variant deficient in PRPF8/SNRNP200 binding with snRNP proteins, other spliceosomal proteins as well as snRNP assembly/recycling factors and chaperones. Our findings elucidate molecular strategies employed by an intrinsically disordered protein to promote snRNP assembly, and suggest multiple TSSC4-dependent stages during snRNP assembly/recycling.
履歴
登録2021年10月7日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年1月26日-
マップ公開2022年1月26日-
更新2022年8月10日-
現状2022年8月10日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図(断面を密度値に従い着色)
  • 表面レベル: 0.5
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 表面図(半径に従い着色)
  • 表面レベル: 0.5
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7px3
  • 表面レベル: 0.5
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_13690.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 129.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.88 Å/pix.
x 324 pix.
= 283.824 Å
0.88 Å/pix.
x 324 pix.
= 283.824 Å
0.88 Å/pix.
x 324 pix.
= 283.824 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.876 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.3 / ムービー #1: 0.5
最小 - 最大0.0 - 2.9160206
平均 (標準偏差)0.00810555 (±0.06897149)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ324324324
Spacing324324324
セルA=B=C: 283.824 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.8760.8760.876
M x/y/z324324324
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z283.824283.824283.824
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS324324324
D min/max/mean0.0002.9160.008

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添付データ

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追加マップ: #1

ファイルemd_13690_additional_1.map
投影像・断面図
ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

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試料の構成要素

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全体 : SNRNP200-TSSC4-PRP8F complex

全体名称: SNRNP200-TSSC4-PRP8F complex
要素
  • 複合体: SNRNP200-TSSC4-PRP8F complex
    • 複合体: SNRNP200
      • タンパク質・ペプチド: U5 small nuclear ribonucleoprotein 200 kDa helicase
    • 複合体: PRPF8-Jab1/MPN
      • タンパク質・ペプチド: Pre-mRNA-processing-splicing factor 8
    • 複合体: TSSC4
      • タンパク質・ペプチド: Protein TSSC4

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超分子 #1: SNRNP200-TSSC4-PRP8F complex

超分子名称: SNRNP200-TSSC4-PRP8F complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all

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超分子 #2: SNRNP200

超分子名称: SNRNP200 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)

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超分子 #3: PRPF8-Jab1/MPN

超分子名称: PRPF8-Jab1/MPN / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)

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超分子 #4: TSSC4

超分子名称: TSSC4 / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)

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分子 #1: U5 small nuclear ribonucleoprotein 200 kDa helicase

分子名称: U5 small nuclear ribonucleoprotein 200 kDa helicase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ヘリカーゼ
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 199.666656 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: GAEFMDLDQG GEALAPRQVL DLEDLVFTQG SHFMANKRCQ LPDGSFRRQR KGYEEVHVPA LKPKPFGSEE QLLPVEKLPK YAQAGFEGF KTLNRIQSKL YRAALETDEN LLLCAPTGAG KTNVALMCML REIGKHINMD GTINVDDFKI IYIAPMRSLV Q EMVGSFGK ...文字列:
GAEFMDLDQG GEALAPRQVL DLEDLVFTQG SHFMANKRCQ LPDGSFRRQR KGYEEVHVPA LKPKPFGSEE QLLPVEKLPK YAQAGFEGF KTLNRIQSKL YRAALETDEN LLLCAPTGAG KTNVALMCML REIGKHINMD GTINVDDFKI IYIAPMRSLV Q EMVGSFGK RLATYGITVA ELTGDHQLCK EEISATQIIV CTPEKWDIIT RKGGERTYTQ LVRLIILDEI HLLHDDRGPV LE ALVARAI RNIEMTQEDV RLIGLSATLP NYEDVATFLR VDPAKGLFYF DNSFRPVPLE QTYVGITEKK AIKRFQIMNE IVY EKIMEH AGKNQVLVFV HSRKETGKTA RAIRDMCLEK DTLGLFLREG SASTEVLRTE AEQCKNLELK DLLPYGFAIH HAGM TRVDR TLVEDLFADK HIQVLVSTAT LAWGVNLPAH TVIIKGTQVY SPEKGRWTEL GALDILQMLG RAGRPQYDTK GEGIL ITSH GELQYYLSLL NQQLPIESQM VSKLPDMLNA EIVLGNVQNA KDAVNWLGYA YLYIRMLRSP TLYGISHDDL KGDPLL DQR RLDLVHTAAL MLDKNNLVKY DKKTGNFQVT ELGRIASHYY ITNDTVQTYN QLLKPTLSEI ELFRVFSLSS EFKNITV RE EEKLELQKLL ERVPIPVKES IEEPSAKINV LLQAFISQLK LEGFALMADM VYVTQSAGRL MRAIFEIVLN RGWAQLTD K TLNLCKMIDK RMWQSMCPLR QFRKLPEEVV KKIEKKNFPF ERLYDLNHNE IGELIRMPKM GKTIHKYVHL FPKLELSVH LQPITRSTLK VELTITPDFQ WDEKVHGSSE AFWILVEDVD SEVILHHEYF LLKAKYAQDE HLITFFVPVF EPLPPQYFIR VVSDRWLSC ETQLPVSFRH LILPEKYPPP TELLDLQPLP VSALRNSAFE SLYQDKFPFF NPIQTQVFNT VYNSDDNVFV G APTGSGKT ICAEFAILRM LLQSSEGRCV YITPMEALAE QVYMDWYEKF QDRLNKKVVL LTGETSTDLK LLGKGNIIIS TP EKWDILS RRWKQRKNVQ NINLFVVDEV HLIGGENGPV LEVICSRMRY ISSQIERPIR IVALSSSLSN AKDVAHWLGC SAT STFNFH PNVRPVPLEL HIQGFNISHT QTRLLSMAKP VYHAITKHSP KKPVIVFVPS RKQTRLTAID ILTTCAADIQ RQRF LHCTE KDLIPYLEKL SDSTLKETLL NGVGYLHEGL SPMERRLVEQ LFSSGAIQVV VASRSLCWGM NVAAHLVIIM DTQYY NGKI HAYVDYPIYD VLQMVGHANR PLQDDEGRCV IMCQGSKKDF FKKFLYEPLP VESHLDHCMH DHFNAEIVTK TIENKQ DAV DYLTWTFLYR RMTQNPNYYN LQGISHRHLS DHLSELVEQT LSDLEQSKCI SIEDEMDVAP LNLGMIAAYY YINYTTI EL FSMSLNAKTK VRGLIEIISN AAEYENIPIR HHEDNLLRQL AQKVPHKLNN PKFNDPHVKT NLLLQAHLSR MQLSAELQ S DTEEILSKAI RLIQACVDVL SSNGWLSPAL AAMELAQMVT QAMWSKDSYL KQLPHFTSEH IKRCTDKGVE SVFDIMEME DEERNALLQL TDSQIADVAR FCNRYPNIEL SYEVVDKDSI RSGGPVVVLV QLEREEEVTG PVIAPLFPQK REEGWWVVIG DAKSNSLIS IKRLTLQQKA KVKLDFVAPA TGAHNYTLYF MSDAYMGCDQ EYKFSVDVKE AETDSDSD

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分子 #2: Pre-mRNA-processing-splicing factor 8

分子名称: Pre-mRNA-processing-splicing factor 8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 30.133229 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: GPLGSMTQTF SSKTEWRVRA ISAANLHLRT NHIYVSSDDI KETGYTYILP KNVLKKFICI SDLRAQIAGY LYGVSPPDNP QVKEIRCIV MVPQWGTHQT VHLPGQLPQH EYLKEMEPLG WIHTQPNESP QLSPQDVTTH AKIMADNPSW DGEKTIIITC S FTPGSCTL ...文字列:
GPLGSMTQTF SSKTEWRVRA ISAANLHLRT NHIYVSSDDI KETGYTYILP KNVLKKFICI SDLRAQIAGY LYGVSPPDNP QVKEIRCIV MVPQWGTHQT VHLPGQLPQH EYLKEMEPLG WIHTQPNESP QLSPQDVTTH AKIMADNPSW DGEKTIIITC S FTPGSCTL TAYKLTPSGY EWGRQNTDKG NNPKGYLPSH YERVQMLLSD RFLGFFMVPA QSSWNYNFMG VRHDPNMKYE LQ LANPKEF YHEVHRPSHF LNFALL

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分子 #3: Protein TSSC4

分子名称: Protein TSSC4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 34.366465 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MAEAGTGEPS PSVEGEHGTE YDTLPSDTVS LSDSDSDLSL PGGAEVEALS PMGLPGEEDS GPDEPPSPPS GLLPATVQPF HLRGMSSTF SQRSRDIFDC LEGAARRAPS SVAHTSMSDN GGFKRPLAPS GRSPVEGLGR AHRSPASPRV PPVPDYVAHP E RWTKYSLE ...文字列:
MAEAGTGEPS PSVEGEHGTE YDTLPSDTVS LSDSDSDLSL PGGAEVEALS PMGLPGEEDS GPDEPPSPPS GLLPATVQPF HLRGMSSTF SQRSRDIFDC LEGAARRAPS SVAHTSMSDN GGFKRPLAPS GRSPVEGLGR AHRSPASPRV PPVPDYVAHP E RWTKYSLE DVTEVSEQSN QATALAFLGS QSLAAPTDCV SSFNQDPSSC GEGRVIFTKP VRGVEARHER KRVLGKVGEP GR GGLGNPA TDRGEGPVEL AHLAGPGSPE AEEWGSHHGG LQEVEALSGS VHSGSVPGLP PVETVGFHGS RKRSRDHFRN KSS SPEDPG AEV

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度5 mg/mL
緩衝液pH: 7.6
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 308 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm / 倍率(公称値): 120000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3349 / 平均露光時間: 30.59 sec. / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 1025529
CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.9)
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.9)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.9)
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.05 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3) / 使用した粒子像数: 387973
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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