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- EMDB-13607: Structure of CtAtm1 in the occluded conformation with ATP bound -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-13607
タイトルStructure of CtAtm1 in the occluded conformation with ATP bound
マップデータ
試料
  • 複合体: atm1
    • タンパク質・ペプチド: Putative iron-sulfur protein
  • リガンド: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
  • リガンド: MAGNESIUM ION
キーワードABC exporter / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


iron-sulfur cluster export from the mitochondrion / ABC-type transporter activity / intracellular iron ion homeostasis / mitochondrial inner membrane / ATP hydrolysis activity / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Type 1 protein exporter / ABC transporter transmembrane region / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. ...Type 1 protein exporter / ABC transporter transmembrane region / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Iron-sulfur clusters transporter ATM1, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類) / Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.81 Å
データ登録者Li P / Wang KT
資金援助 デンマーク, 3件
OrganizationGrant number国
LundbeckfondenR313-2019-774 デンマーク
Swedish Research Council2016-04474 デンマーク
Danish Council for Independent Research9039-00273 デンマーク
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Structures of Atm1 provide insight into [2Fe-2S] cluster export from mitochondria.
著者: Ping Li / Amber L Hendricks / Yong Wang / Rhiza Lyne E Villones / Karin Lindkvist-Petersson / Gabriele Meloni / J A Cowan / Kaituo Wang / Pontus Gourdon /
要旨: In eukaryotes, iron-sulfur clusters are essential cofactors for numerous physiological processes, but these clusters are primarily biosynthesized in mitochondria. Previous studies suggest ...In eukaryotes, iron-sulfur clusters are essential cofactors for numerous physiological processes, but these clusters are primarily biosynthesized in mitochondria. Previous studies suggest mitochondrial ABCB7-type exporters are involved in maturation of cytosolic iron-sulfur proteins. However, the molecular mechanism for how the ABCB7-type exporters participate in this process remains elusive. Here, we report a series of cryo-electron microscopy structures of a eukaryotic homolog of human ABCB7, CtAtm1, determined at average resolutions ranging from 2.8 to 3.2 Å, complemented by functional characterization and molecular docking in silico. We propose that CtAtm1 accepts delivery from glutathione-complexed iron-sulfur clusters. A partially occluded state links cargo-binding to residues at the mitochondrial matrix interface that line a positively charged cavity, while the binding region becomes internalized and is partially divided in an early occluded state. Collectively, our findings substantially increase the understanding of the transport mechanism of eukaryotic ABCB7-type proteins.
履歴
登録2021年9月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年8月10日-
マップ公開2022年8月10日-
更新2024年7月17日-
現状2024年7月17日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_13607.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_13607.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 320 pix.
= 266.24 Å		0.83 Å/pix.
x 320 pix.
= 266.24 Å		0.83 Å/pix.
x 320 pix.
= 266.24 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.832 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.7
最小 - 最大-3.1827703 - 5.8892283
平均 (標準偏差)0.00011889104 (±0.123700984)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 266.24 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_13607_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_13607_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : atm1

全体名称: atm1
要素
  • 複合体: atm1
    • タンパク質・ペプチド: Putative iron-sulfur protein
  • リガンド: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
  • リガンド: MAGNESIUM ION

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超分子 #1: atm1

超分子名称: atm1 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)

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分子 #1: Putative iron-sulfur protein

分子名称: Putative iron-sulfur protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719
分子量理論値: 77.199812 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MSPRSRLLAS SLRGGLLLRP CSARRSTLLN PSPSPLRKAI FHTTSLRAFK NLAEIATSSK EDASSLKPKG KPSPPGDPLA TIEKTAAEQ RRADWAIIKQ MSRYLWPKDS WSDKARVLLA LSLLVGGKVL NVHVPFYFRE IIDRLNIDVA AVGGTVSAVA G AVIFAYGA ...文字列:
MSPRSRLLAS SLRGGLLLRP CSARRSTLLN PSPSPLRKAI FHTTSLRAFK NLAEIATSSK EDASSLKPKG KPSPPGDPLA TIEKTAAEQ RRADWAIIKQ MSRYLWPKDS WSDKARVLLA LSLLVGGKVL NVHVPFYFRE IIDRLNIDVA AVGGTVSAVA G AVIFAYGA SRIGAVVSQE LRNAVFSSVA QKAIRRVATQ TFGHLLNLDL SFHLSKQTGG LTRAIDRGTK GISYLLTSMV FH IVPTALE IGMVCGILTY QFGWEFAAIT AATMAAYTAF TITTTAWRTK FRRQANAADN AASTVAVDSL INYEAVKYFN NEA YEIARY DKALQAYERS SIKVATSLAF LNSGQNIIFS SALTLMMWLG ARGVLAGDLS VGDLVLINQL VFQLSVPLNF LGSV YRELR QSLLDMETLF DLQKVNVTIR EAPNAKPLAL PKGGEIRFEN VTFGYYPDRP ILRNLSLTIP AGKKVAVVGP SGCGK STLL RLLFRSYDPQ QGKIFIDDQD IKSVTLESLR KSIGVVPQDT PLFNDTVELN IRYGNVNATQ EQVIAAAQKA HIHEKI ISW PHGYQTRVGE RGLMISGGEK QRLAVSRLIL KDPPLLFFDQ ATSALDTHTE QALMANINEV VKEKKRTALF VAHRLRT IY DADLIIVLKE GVVVEQGSHR ELMERDGVYA ELWMAQEMLH QGEAAEEPAE GEKAEEKK

UniProtKB: Iron-sulfur clusters transporter ATM1, mitochondrial

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分子 #2: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 2 / 式: ATP
分子量理論値: 507.181 Da
Chemical component information

ChemComp-ATP:
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP, エネルギー貯蔵分子*YM

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分子 #3: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 2 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.81 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 117631
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
最終 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

7pqx


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-7pr1:
Structure of CtAtm1 in the occluded conformation with ATP bound

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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