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- EMDB-13552: Assembly intermediate of mouse mitochondrial ribosome small subun... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-13552
タイトルAssembly intermediate of mouse mitochondrial ribosome small subunit without mS37 in complex with RbfA inward conformation
マップデータOversampled combined map of local-masked refined maps with sharpening and local-resolution filtering
試料
  • 複合体: Assembly intermediate of small subunit of human mitochondrial ribosome
    • RNA: x 1種
    • タンパク質・ペプチド: x 30種
  • リガンド: x 6種
キーワードAssembly intermediate / maturation / biogenesis / small subunit / mitochondrion / RIBOSOME
機能・相同性
機能・相同性情報


Mitochondrial translation elongation / Mitochondrial translation termination / mitochondrial ribosome binding / anaphase-promoting complex / mitochondrial ribosome assembly / positive regulation of mitochondrial translation / Mitochondrial protein degradation / mitochondrial ribosome / mitochondrial small ribosomal subunit / mitochondrial translation ...Mitochondrial translation elongation / Mitochondrial translation termination / mitochondrial ribosome binding / anaphase-promoting complex / mitochondrial ribosome assembly / positive regulation of mitochondrial translation / Mitochondrial protein degradation / mitochondrial ribosome / mitochondrial small ribosomal subunit / mitochondrial translation / positive regulation of proteolysis / apoptotic mitochondrial changes / ribosomal small subunit binding / rRNA processing / small ribosomal subunit rRNA binding / cell junction / regulation of translation / ribosomal small subunit assembly / nuclear membrane / cell population proliferation / tRNA binding / mitochondrial inner membrane / rRNA binding / ribosome / protein ubiquitination / structural constituent of ribosome / mitochondrial matrix / translation / protein domain specific binding / mRNA binding / nucleolus / mitochondrion / RNA binding / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Putative ribosome-binding factor A, mitochondrial / Ribosome-binding factor A, conserved site / Ribosome-binding factor A signature. / Ribosome-binding factor A / Ribosome-binding factor A domain superfamily / Ribosome-binding factor A / 28S ribosomal protein S26 / Mitochondrial ribosome subunit S26 / 28S ribosomal protein S27, mitochondrial / MRPS27/PTCD2 ...Putative ribosome-binding factor A, mitochondrial / Ribosome-binding factor A, conserved site / Ribosome-binding factor A signature. / Ribosome-binding factor A / Ribosome-binding factor A domain superfamily / Ribosome-binding factor A / 28S ribosomal protein S26 / Mitochondrial ribosome subunit S26 / 28S ribosomal protein S27, mitochondrial / MRPS27/PTCD2 / Mitochondrial 28S ribosomal protein S27 / Ribosomal protein S22, mitochondrial / Ribosomal protein S23, mitochondrial / Ribosomal protein S23/S25, mitochondrial / Mitochondrial 28S ribosomal protein S31 / : / Mitochondrial 28S ribosomal protein S22 / Mitochondrial ribosomal protein S23 / Mitochondrial 28S ribosomal protein S31 / Ribosomal protein S29, mitochondrial / Ribosomal protein S28, mitochondrial / Mitochondrial 28S ribosomal protein S34 / 28S ribosomal protein S10, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal protein MRP-S35 / Mitochondrial 28S ribosomal protein S34 / 28S ribosomal protein S24, mitochondrial / Pentatricopeptide repeat domain-containing protein 3 / 28S ribosomal protein S17, mitochondrial / 28S ribosomal protein S18b, mitochondrial / : / Mitochondrial ribosome subunit S24 / Small ribosomal subunit protein uS5m, N-terminal / Small ribosomal subunit protein mS39, PPR / 28S ribosomal protein S25, mitochondrial / Pentatricopeptide repeat domain / Ribosomal protein S27/S33, mitochondrial / Ribosomal protein S24/S35, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal subunit S27 / Ribosomal protein S24/S35, mitochondrial, conserved domain / Mitochondrial ribosomal subunit protein / Pentatricopeptide (PPR) repeat profile. / Ribosomal protein S23/S29, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal death-associated protein 3 / Pentatricopeptide repeat / Mitochondrial mRNA-processing protein COX24, C-terminal / Mitochondrial mRNA-processing protein COX24, C-terminal / Mitochondrial domain of unknown function (DUF1713) / Ribosomal protein/NADH dehydrogenase domain / Mitochondrial ribosomal protein L51 / S25 / CI-B8 domain / Mitochondrial ribosomal protein L51 / S25 / CI-B8 domain / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein S2, bacteria/mitochondria/plastid / Ribosomal protein S18, conserved site / Ribosomal protein S18 signature. / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 domain superfamily / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S15, bacterial-type / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S6 superfamily / Ribosomal protein S12, bacterial-type / Translation elongation factor EF1B/ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S18 / Ribosomal protein S18 / Ribosomal protein S18 superfamily / Ribosomal protein S2 signature 1. / Ribosomal protein S10 / Ribosomal protein S5, N-terminal, conserved site / Ribosomal protein S5 signature. / Ribosomal protein S2, conserved site / Ribosomal protein S2 / Ribosomal protein S2, flavodoxin-like domain superfamily / Ribosomal protein S2 / Ribosomal protein S5 / S5 double stranded RNA-binding domain profile. / Ribosomal protein S5, N-terminal / Ribosomal protein S5, N-terminal domain / Ribosomal protein S5, C-terminal / Ribosomal protein S5, C-terminal domain / Ribosomal protein S14 / Ribosomal protein S14p/S29e / K homology domain-like, alpha/beta / Ribosomal S11, conserved site / Ribosomal protein S11 signature. / Ribosomal protein S10p/S20e / Ribosomal protein S11 / Ribosomal protein S10 domain / Ribosomal protein S10 domain superfamily / Ribosomal protein S10p/S20e / Ribosomal protein S9, conserved site / Ribosomal protein S9 signature. / Ribosomal protein S11 / Ribosomal protein S12 signature. / Ribosomal protein S5/S7 / Ribosomal protein S7 domain / Ribosomal protein S7 domain superfamily / Ribosomal protein S7p/S5e / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Small ribosomal subunit protein uS12m / Small ribosomal subunit protein bS21m / Small ribosomal subunit protein bS6m / Small ribosomal subunit protein mS39 / Small ribosomal subunit protein mS31 / Putative ribosome-binding factor A, mitochondrial / Small ribosomal subunit protein uS7m / Small ribosomal subunit protein uS10m / Small ribosomal subunit protein mS26 / Small ribosomal subunit protein mS35 ...Small ribosomal subunit protein uS12m / Small ribosomal subunit protein bS21m / Small ribosomal subunit protein bS6m / Small ribosomal subunit protein mS39 / Small ribosomal subunit protein mS31 / Putative ribosome-binding factor A, mitochondrial / Small ribosomal subunit protein uS7m / Small ribosomal subunit protein uS10m / Small ribosomal subunit protein mS26 / Small ribosomal subunit protein mS35 / Small ribosomal subunit protein mS27 / Small ribosomal subunit protein bS18m / Small ribosomal subunit protein mS23 / Small ribosomal subunit protein uS2m / Small ribosomal subunit protein mS40 / Small ribosomal subunit protein uS5m / Small ribosomal subunit protein bS16m / Small ribosomal subunit protein uS17m / Small ribosomal subunit protein uS3m / Small ribosomal subunit protein uS14m / Small ribosomal subunit protein mS22 / Small ribosomal subunit protein bS1m / Small ribosomal subunit protein mS25 / Small ribosomal subunit protein mS33 / Small ribosomal subunit protein uS9m / Small ribosomal subunit protein uS15m / Small ribosomal subunit protein uS11m / Small ribosomal subunit protein mS38 / Small ribosomal subunit protein mS29 / Small ribosomal subunit protein mS34
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.06 Å
データ登録者Itoh Y / Khawaja A
資金援助European Union, 3件
OrganizationGrant number国
European Research Council (ERC)ERC-2018-StG-805230European Union
The Swedish Foundation for Strategic ResearchFFL15:0325European Union
European Commission799399-ItohriboEuropean Union
引用ジャーナル: Nature / 年: 2022
タイトル: Mechanism of mitoribosomal small subunit biogenesis and preinitiation.
著者: Yuzuru Itoh / Anas Khawaja / Ivan Laptev / Miriam Cipullo / Ilian Atanassov / Petr Sergiev / Joanna Rorbach / Alexey Amunts /
要旨: Mitoribosomes are essential for the synthesis and maintenance of bioenergetic proteins. Here we use cryo-electron microscopy to determine a series of the small mitoribosomal subunit (SSU) ...Mitoribosomes are essential for the synthesis and maintenance of bioenergetic proteins. Here we use cryo-electron microscopy to determine a series of the small mitoribosomal subunit (SSU) intermediates in complex with auxiliary factors, revealing a sequential assembly mechanism. The methyltransferase TFB1M binds to partially unfolded rRNA h45 that is promoted by RBFA, while the mRNA channel is blocked. This enables binding of METTL15 that promotes further rRNA maturation and a large conformational change of RBFA. The new conformation allows initiation factor mtIF3 to already occupy the subunit interface during the assembly. Finally, the mitochondria-specific ribosomal protein mS37 (ref. ) outcompetes RBFA to complete the assembly with the SSU-mS37-mtIF3 complex that proceeds towards mtIF2 binding and translation initiation. Our results explain how the action of step-specific factors modulate the dynamic assembly of the SSU, and adaptation of a unique protein, mS37, links the assembly to initiation to establish the catalytic human mitoribosome.
履歴
登録2021年9月8日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年6月15日-
マップ公開2022年6月15日-
更新2024年1月17日-
現状2024年1月17日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_13552.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_13552.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 729 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Oversampled combined map of local-masked refined maps with sharpening and local-resolution filtering
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)X (Row.)Y (Col.)
0.69 Å/pix.
x 576 pix.
= 398.402 Å		0.69 Å/pix.
x 576 pix.
= 398.402 Å		0.69 Å/pix.
x 576 pix.
= 398.402 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.69167 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.14
最小 - 最大-1.000616 - 1.7548081
平均 (標準偏差)0.000000000003873 (±0.032463536)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderYXZ
Origin000
サイズ576576576
Spacing576576576
セルA=B=C: 398.40192 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_13552_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Combined map of local-masked refined maps without sharpening

ファイルemd_13552_additional_1.map
注釈Combined map of local-masked refined maps without sharpening
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map of the overall refinement

ファイルemd_13552_half_map_1.map
注釈Half map of the overall refinement
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map of the overall refinement

ファイルemd_13552_half_map_2.map
注釈Half map of the overall refinement
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Assembly intermediate of small subunit of human mitochondrial ribosome

全体名称: Assembly intermediate of small subunit of human mitochondrial ribosome
要素
  • 複合体: Assembly intermediate of small subunit of human mitochondrial ribosome
    • RNA: 12S mitochondrial rRNA
    • タンパク質・ペプチド: 28S ribosomal protein S2, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: 28S ribosomal protein S24, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: 28S ribosomal protein S5, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: 28S ribosomal protein S6, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: 28S ribosomal protein S7, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: 28S ribosomal protein S9, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: 28S ribosomal protein S10, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: 28S ribosomal protein S11, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: 28S ribosomal protein S12, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: 28S ribosomal protein S14, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: 28S ribosomal protein S15, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: 28S ribosomal protein S16, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: 28S ribosomal protein S17, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: 28S ribosomal protein S18b, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: 28S ribosomal protein S18c, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: 28S ribosomal protein S21, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: 28S ribosomal protein S22, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: 28S ribosomal protein S23, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: 28S ribosomal protein S25, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: 28S ribosomal protein S26, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: 28S ribosomal protein S27, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: 28S ribosomal protein S28, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: 28S ribosomal protein S29, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: 28S ribosomal protein S31, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: 28S ribosomal protein S33, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: 28S ribosomal protein S34, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: 28S ribosomal protein S35, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: Aurora kinase A-interacting protein
    • タンパク質・ペプチド: Pentatricopeptide repeat domain-containing protein 3, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: Putative ribosome-binding factor A, mitochondrial
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: POTASSIUM ION
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER
  • リガンド: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
  • リガンド: water

+
超分子 #1: Assembly intermediate of small subunit of human mitochondrial ribosome

超分子名称: Assembly intermediate of small subunit of human mitochondrial ribosome
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#31
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)

+
分子 #1: 12S mitochondrial rRNA

分子名称: 12S mitochondrial rRNA / タイプ: rna / ID: 1 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 306.793344 KDa
配列文字列: AAAGGUUUGG UCCUGGCCUU AUAAUUAAUU AGAGGUAAAA UUACACAUGC AAACCUCCAU AGACCGGUGU AAAAUCCCUU AAACAUUUA CUUAAAAUUU AAGGAGAGGG UAUCAAGCAC AUUAAAAUAG CUUAAGACAC CUUGCCUAGC CACACCCCCA C GGGACUCA ...文字列:
AAAGGUUUGG UCCUGGCCUU AUAAUUAAUU AGAGGUAAAA UUACACAUGC AAACCUCCAU AGACCGGUGU AAAAUCCCUU AAACAUUUA CUUAAAAUUU AAGGAGAGGG UAUCAAGCAC AUUAAAAUAG CUUAAGACAC CUUGCCUAGC CACACCCCCA C GGGACUCA GCAGUGAUAA AUAUUAAGCA AUAAACGAAA GUUUGACUAA GUUAUACCUC UUAGGGUUGG UAAAUUUCGU GC CAGCCAC CGCGGUCAUA CGAUUAACCC AAACUAAUUA UCUUCGGCGU AAAACGUGUC AACUAUAAAU AAAUAAAUAG AAU UAAAAU CCAACUUAUA UGUGAAAAUU CAUUGUUAGG ACCUAAACUC AAUAACGAAA GUAAUUCUAG UCAUUUAUAA UACA CGACA GCUAAGACCC AAACUGGGAU UAGAUACCCC ACUAUGCUUA GCCAUAAACC UAAAUAAUUA AAUUUAACAA AACUA UUUG CCAGAGAACU ACUAGCCAUA GCUUAAAACU CAAAGGACUU GGCGGUACUU UAUAUCCAUC UAGAGGAGCC UGUUCU AUA AUCGAUAAAC CCCGCUCUAC CUCACCAUCU CUUGCUAAUU CAGCCUAUAU ACCGCCAUCU UCAGCAAACC CUAAAAA GG UAUUAAAGUA AGCAAAAGAA UCAAACAUAA AAACGUUAGG UCAAGGUGUA GCCAAUGAAA UGGGAAGAAA UGGGCUAC A UUUUCUUAUA AAAGAACAUU ACUAUACCCU UUAUGAAACU AAAGGACUAA GGAGGAUUUA GUAGUAAAUU AAGAAUAGA GAGCUUAAUU GAAUUGAGCA AUGAAGUACG CACACACCGC CCGUCACCCU CCUCAAAUUA AAUUAAACUU AACAUAAUUA AUUUCUAGA CAUCCGUUUA UGAGAGGAGA UAAGUCGUAA CAAGGUAAGC AUACUGGAAA GUGUGCUUGG AAUAAUC

+
分子 #2: 28S ribosomal protein S2, mitochondrial

分子名称: 28S ribosomal protein S2, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 32.35715 KDa
配列文字列: MAPAPAVLTR LLCAGVRRWP GFLQKAIPGP AEQNGRKVTG APVPAVSEPQ DGDDFQSRIL DTPLQHSDFF NVKELFSVKS LFEARVHLG HKAGCRHRFM EPYIFGNRLG QDIIDLDQTA LNLQLALNFT AHVAYRKGII LFVSRNRQFS HLIETTAQAC G EYAHTRYF ...文字列:
MAPAPAVLTR LLCAGVRRWP GFLQKAIPGP AEQNGRKVTG APVPAVSEPQ DGDDFQSRIL DTPLQHSDFF NVKELFSVKS LFEARVHLG HKAGCRHRFM EPYIFGNRLG QDIIDLDQTA LNLQLALNFT AHVAYRKGII LFVSRNRQFS HLIETTAQAC G EYAHTRYF KGGLLTNAQL LFGPSVRLPD LIIFLHTLNN VFEPHVAVRD AAKMNIPTVG IVDTNCNPCL ITYPIPGNDD SP QAIQLFC KLFRTTINRA KEKRRQMEAL HRLQSPKGSE GSGTSPVPDK SHSP

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS2m

+
分子 #3: 28S ribosomal protein S24, mitochondrial

分子名称: 28S ribosomal protein S24, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 18.934086 KDa
配列文字列:
MAWSASVRGL GQRVLACSRE LPGAWRTLHT SAVCAKNRAA RVRVAKGNKP VSYEEAHAPH YIAHRKGWLS LHTGNLDGED HAAERTLED VFLRKFMMGT FPGCLADQIV LKRRANQVDI CALVLRQLPA HKFYFLVGYS ETLLSHFYKC PVRLHLQTVP S KVVYKYI

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS3m

+
分子 #4: 28S ribosomal protein S5, mitochondrial

分子名称: 28S ribosomal protein S5, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 48.293598 KDa
配列文字列: MAAAVRAAGC LPALCSLQAG HFLSRQLSLN AFPVAATSFL AVKTALSHGS LSSRETRRNH CLTSLSHVLQ TQCCVSSPGN WTGQQCRPY SFFTKLTAEE LWKGALAETG AGARKGRGKR TKKKKRKDLN RGQIIGEGRS GFLWPGLNVP LIKSGVVQNI G QRSKEEQQ ...文字列:
MAAAVRAAGC LPALCSLQAG HFLSRQLSLN AFPVAATSFL AVKTALSHGS LSSRETRRNH CLTSLSHVLQ TQCCVSSPGN WTGQQCRPY SFFTKLTAEE LWKGALAETG AGARKGRGKR TKKKKRKDLN RGQIIGEGRS GFLWPGLNVP LIKSGVVQNI G QRSKEEQQ KVEATMVEQR EEWDRKRKIK VKRERGWSGN TWGGVSIGPP DPGPNGETYE DFDTRILEVR NVFNMTAKEG RK KSVRVLV AVGNGNGAAG FAIGKAADRG DAFRKAKNRA IHYLHYIERY EGHTIFHDIS LRFKRTQIRM KKQPRGYGLR CHR AIITIC RLIGIKDMYA RVTGSMNMLN LTRGLFHGLA RQETHQHLAD KKGLHVVEFR EECGPLPIVV ASPHGALSKE PEPE PEVPD TKLDWQDVKA MQGLKRSVWF NLKRPAT

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS5m

+
分子 #5: 28S ribosomal protein S6, mitochondrial

分子名称: 28S ribosomal protein S6, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 14.333639 KDa
配列文字列:
MPRYELALIL KAMRRPETAA ALKRTIESLM DRGAIVRNLE SLGERALPYR ISSHSQQHSR GGYFLVDFYA PTSAVENILE HLARDIDVV RPNIVKHPLT QEVKECDGIV PVPLEEKLYS TKRRKK

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein bS6m

+
分子 #6: 28S ribosomal protein S7, mitochondrial

分子名称: 28S ribosomal protein S7, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 28.112869 KDa
配列文字列: MAAPALRAPL RWSGLALGVR CAVWNLPGLT QVRGSRYAPE FREPLIDKEY YRKPVAELTE EEKYDQELKK TQFIKAAAAT ETSSVFADP VISKFTNMMM KGGNKVLARS LMAQTLEAVK RKQFEKYRAA SAEEQATIER NPYRIFHEAL KNCEPVIGLV P ILKGGHFY ...文字列:
MAAPALRAPL RWSGLALGVR CAVWNLPGLT QVRGSRYAPE FREPLIDKEY YRKPVAELTE EEKYDQELKK TQFIKAAAAT ETSSVFADP VISKFTNMMM KGGNKVLARS LMAQTLEAVK RKQFEKYRAA SAEEQATIER NPYRIFHEAL KNCEPVIGLV P ILKGGHFY QVPVPLADRR RRFLAMKWMI TECRENKPRR TLMPEKLSHE LLEAFHNRGP VIKRKHNMHK MAEANRALAH YR WW

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS7m

+
分子 #7: 28S ribosomal protein S9, mitochondrial

分子名称: 28S ribosomal protein S9, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 44.997406 KDa
配列文字列: MAAPCVSCGR VLSLWFTPAV RASLCQRPGY WTASAVGWQT GTRFQLSKLI HTTVVTTKKN VQASRQESYT EDFIKKQIEE FNIGKRHLA NMMGEDPETF AEEDIDRAIA YLFPSGLFEK RARPMMKHPE HIFPKQRATQ WGEDGRPFHF LFYTGKQSYY S LMHDVYGK ...文字列:
MAAPCVSCGR VLSLWFTPAV RASLCQRPGY WTASAVGWQT GTRFQLSKLI HTTVVTTKKN VQASRQESYT EDFIKKQIEE FNIGKRHLA NMMGEDPETF AEEDIDRAIA YLFPSGLFEK RARPMMKHPE HIFPKQRATQ WGEDGRPFHF LFYTGKQSYY S LMHDVYGK VMQLEKHRGP LSASAESRDL IGSRWLIKEE LEEMLVEKLS DEDYAQFIRL LEKLLTLPCG PAEEEFVQRF RR SVTIQSK KQLIEPVQYD EQGMAFSTSE GRRKSATAQA VVYEHGSGKI HVNGVDYLIY FPITQDREQL MFPFHFLDRL ERH DVTCTV SGGGRSAQAG AIRLAMARAL CSFVTEDEVE WMRQAGLLTP DPRIRERKKP GQEGARRKFT WKKR

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS9m

+
分子 #8: 28S ribosomal protein S10, mitochondrial

分子名称: 28S ribosomal protein S10, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 18.729764 KDa
配列文字列:
MKWVPLSNLH VDVPKDVTRP TITTSDEPDT LYKRLSILVK AHDRAVLDSY EYFAVLAAKE LGISIKVHEP PRKIERFTLL KSVHIFKKH RVQYEMRTLY RCLELKHLTG STASVYLEYI QRNLPEGVAM EVTKTQIQQL PEHIKEPMWE TVPEEKKESK S

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS10m

+
分子 #9: 28S ribosomal protein S11, mitochondrial

分子名称: 28S ribosomal protein S11, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 20.252193 KDa
配列文字列: MQVLRNSGSW LLLSWAGHGM TRFVGIAPAK NIHTGAPRLE DSAARQNTER EAAPSRFSLY PPVPGQESSL QWAGMKFEDV PIAHIKATY NNTQIQVVSA TNASLARASC GTEGFRNAKK GTGIAAQTAG IAAAAKATGK GVTHIRVVVK GMGPGRWSAI K GLTMGGLE ...文字列:
MQVLRNSGSW LLLSWAGHGM TRFVGIAPAK NIHTGAPRLE DSAARQNTER EAAPSRFSLY PPVPGQESSL QWAGMKFEDV PIAHIKATY NNTQIQVVSA TNASLARASC GTEGFRNAKK GTGIAAQTAG IAAAAKATGK GVTHIRVVVK GMGPGRWSAI K GLTMGGLE VISITDNTPV PH(5F0)GCRPRKA RRL

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS11m

+
分子 #10: 28S ribosomal protein S12, mitochondrial

分子名称: 28S ribosomal protein S12, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 15.469326 KDa
配列文字列:
MSWPGLLYGL TTSLSRGLAL APQLWAARSM ATLNQMHRLG PRKEPPKRLG PTEGRPQLKG VVLRTFIRKP KKPNSANRKC CRVRLSTGK EAVCFIPGEG HTLQEHHVVL VEGGRTQDLP GVKLKVVRGK YDCGHVQKKK

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS12m

+
分子 #11: 28S ribosomal protein S14, mitochondrial

分子名称: 28S ribosomal protein S14, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 14.949552 KDa
配列文字列:
MAASVLGSLL RTFRQAVPPS ASGQVRGYYV DWRMLRDLKR RKMAYEYADE RLRINSLRKN TILPKDLQEM AGDEIAALPR DSCPVRIRN RCVMTSRPRG VKRRWRLSRI VFRHLADHGL LSGVQRAIW

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS14m

+
分子 #12: 28S ribosomal protein S15, mitochondrial

分子名称: 28S ribosomal protein S15, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 29.523672 KDa
配列文字列: MLRAAWRALS SVRAQAVTRA PVPALRGGSS ASLLSARCGL QPPSLLRAAR AYAAVQKPVQ PKQDDEPPSS AFIKEYKDII PNIEKVDDV VKRILSLEMA SRKEKLKIKQ EQLMNKIVEN PEDSRTLEAQ IIALTVRIRN YEEHMQKHRK DKAHKRHLLM S IDRRKKLL ...文字列:
MLRAAWRALS SVRAQAVTRA PVPALRGGSS ASLLSARCGL QPPSLLRAAR AYAAVQKPVQ PKQDDEPPSS AFIKEYKDII PNIEKVDDV VKRILSLEMA SRKEKLKIKQ EQLMNKIVEN PEDSRTLEAQ IIALTVRIRN YEEHMQKHRK DKAHKRHLLM S IDRRKKLL KILRQTNYDV FEKTCKELGV EYTLPPLHFQ KVHRRFLAKK ALCIRVYQEV QKLKKQKRAL KAAAAAAKKE KN EGVPENP SNAVPEKTQV N

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS15m

+
分子 #13: 28S ribosomal protein S16, mitochondrial

分子名称: 28S ribosomal protein S16, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 15.218721 KDa
配列文字列:
MVQLTTIFCK AYHGGHLTIR LALGGCTNRP FYRIVAAHNK CPRDGRFVEQ LGSYDPLPNS HGEKLVALNL DRIRHWIGCG AHLSKPMEK LLGLSGFFPL HPMMITNAER LRRRRAREVL LASQKAESEA KETEAS

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein bS16m

+
分子 #14: 28S ribosomal protein S17, mitochondrial

分子名称: 28S ribosomal protein S17, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 13.405907 KDa
配列文字列:
MSIVRSSVHA KWVVGKVIGT AMIKTAKVRA TRLVLDPYLL KYFNKRKTYF AHDALQQCSV GDIVLLRALP VPRSKHVKHE LAEIIFKVG RVIDPVTGKP CAGTAYLESP LSEPREELKV S

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS17m

+
分子 #15: 28S ribosomal protein S18b, mitochondrial

分子名称: 28S ribosomal protein S18b, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 28.740689 KDa
配列文字列: MAAPLRHTLL KLVPTLLRSS YVAQVPLQTL CTRGPPEEDA PSSLPVSPYE SEPWKYLDSE EYHNRYGSRP VWADYRRNHK GGVPPQRTR KTCIRNNKVA GNPCPICRDH KLHVDFRNVK LLEQFVCAHT GIIFHAPYTG VCMKQHKKLT QAIQKARECG L LSYYVPQV ...文字列:
MAAPLRHTLL KLVPTLLRSS YVAQVPLQTL CTRGPPEEDA PSSLPVSPYE SEPWKYLDSE EYHNRYGSRP VWADYRRNHK GGVPPQRTR KTCIRNNKVA GNPCPICRDH KLHVDFRNVK LLEQFVCAHT GIIFHAPYTG VCMKQHKKLT QAIQKARECG L LSYYVPQV EPRDADFGTV HGAVSVTPPA PTLLSGEPWY PWYSWQQPPE RELSRLRRLY QGNLLEESGP PPESMPEMPT TP PAESSIE QPGSQSA

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein mS40

+
分子 #16: 28S ribosomal protein S18c, mitochondrial

分子名称: 28S ribosomal protein S18c, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 16.300146 KDa
配列文字列:
MAALVALCSG IGRKNLTTAA GCFTDRGTQA VSVIWRRCFS QFEQVTSNED LPVPMENPYK EPLKKCVLCE KRVDYKNVQL LSQFISPFT GCIYGRHITG LCGKKQREIT KAIKRAQKMG FMPVTYKDPA YLKDPRVCNI RYRE

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein bS18m

+
分子 #17: 28S ribosomal protein S21, mitochondrial

分子名称: 28S ribosomal protein S21, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 10.493249 KDa
配列文字列:
(AYA)KHLKFIART VMVQEGNVEG AYRTLNRILT TDGLTEVISR RRYYEKPCRR RQRESYETCR RIYNMEMARK INFLMR KNR ADPWLGC

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein bS21m

+
分子 #18: 28S ribosomal protein S22, mitochondrial

分子名称: 28S ribosomal protein S22, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 41.25509 KDa
配列文字列: MAAVRTPLSL WRFQLGSRRA RRVCTRATAQ RHPDALLATR PQPFEVGQPR RLLSSEAESG SSEVKKPAFM DEEVQRILTK ITGLDLQKT FRPAIQPLKP PTYKLMTQAQ LEEATRLAVE AAKVRLKMPP VLEERKPIND VLAEDKILEG TETNKYVFTD I SYNIPHRE ...文字列:
MAAVRTPLSL WRFQLGSRRA RRVCTRATAQ RHPDALLATR PQPFEVGQPR RLLSSEAESG SSEVKKPAFM DEEVQRILTK ITGLDLQKT FRPAIQPLKP PTYKLMTQAQ LEEATRLAVE AAKVRLKMPP VLEERKPIND VLAEDKILEG TETNKYVFTD I SYNIPHRE RFIVVREPSG TLRKASWEER DRVIQIYFPK EGRRVLPPVI FKDENLKTMY SQDRHADVLN LCVAQFEPDS AE YIKVHHQ TYEDIDRHGK YELLRSTRHF GGMAWYFVNK KKIDGLLIDQ IQRDLVDDAT SLVQLYHMLH PDGQSAQEAK EQA AEGVDL IKVFAKTEAQ RGAYIELALQ TYQEIVTSHS AAS

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein mS22

+
分子 #19: 28S ribosomal protein S23, mitochondrial

分子名称: 28S ribosomal protein S23, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 20.378051 KDa
配列文字列:
MAGSRLETVG SVFSRTRDLM RAGVLKEKPL WYDIYKAFPP LREPVFRRPR LRYGKAKADI QDIFYQEDQI RAKFFATYGS GQKAFDLFN PNFKSTCQRF VEKYTELQNL GETDEEKLFV ETGKALLAEG IILRRVREAR TVSVRLQASS EGHEPQEDDD L AQRGQVKQ EPETAPSPP

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein mS23

+
分子 #20: 28S ribosomal protein S25, mitochondrial

分子名称: 28S ribosomal protein S25, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 19.95041 KDa
配列文字列:
MPMKGRFPIR RTLQYLGRGD VVFKESVKIM TVNYNTYGEL GEGARKFVFF NIPQIQYKNP WVQIMMFKNM TPSPFLRFYL DSGEQVLVD VETKSNKEIM EHIKKILGKK EETLREEELE KQQRFHPGNF GPRKYCLREC MCEVEGQVPC PGLVPLPKEM T GKYKAALK AST

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein mS25

+
分子 #21: 28S ribosomal protein S26, mitochondrial

分子名称: 28S ribosomal protein S26, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 23.484803 KDa
配列文字列: MLRALNRLAA RPETRPPTPL LLPVRGRKTR HDPPAKSKVG RVQTPPAVDP AEFFVLTERY RQYRETVRAL RLEFTLEVRR KLHEARAGV LAERKAQQAI TEHRELMAWN RDENRRMQEL RIARLQLEAQ AQEVQKAEAQ AQRAQEEQAW VQLKEQEVLK L QEEAKNFI ...文字列:
MLRALNRLAA RPETRPPTPL LLPVRGRKTR HDPPAKSKVG RVQTPPAVDP AEFFVLTERY RQYRETVRAL RLEFTLEVRR KLHEARAGV LAERKAQQAI TEHRELMAWN RDENRRMQEL RIARLQLEAQ AQEVQKAEAQ AQRAQEEQAW VQLKEQEVLK L QEEAKNFI TRENLEARIE EALDSPKSYN WAVTKEGQVV RN

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein mS26

+
分子 #22: 28S ribosomal protein S27, mitochondrial

分子名称: 28S ribosomal protein S27, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 47.836418 KDa
配列文字列: MAAPMVRCGM LLARRLDASR LCLAGKRCLL SAAYVDSHQW EAREKEEYHL ADLASLMDKA YERKLPVSSL SISRFVDNIA SREDLDSAE YYLYKFRHSP NCWYLRDWTI HSWIRQCLKY GAQDKALYTL VNKVQYGIFP DNFTFNLLMD YFIKKGNYKD A LSVVFEIM ...文字列:
MAAPMVRCGM LLARRLDASR LCLAGKRCLL SAAYVDSHQW EAREKEEYHL ADLASLMDKA YERKLPVSSL SISRFVDNIA SREDLDSAE YYLYKFRHSP NCWYLRDWTI HSWIRQCLKY GAQDKALYTL VNKVQYGIFP DNFTFNLLMD YFIKKGNYKD A LSVVFEIM MQEAFDVPST QFLSLYVLYR CLAEKTELTW EEERDFGASL LLSGLKQRNT VGLSSQLYGY ALLGKVELQR GV RAVYHGM PLMWTPGYLD RALQVMERVA SSPEDLKLGR EVLDVLDGVL KVVTSPDVQT SEAQPQEGED GLGSANLVEQ LDT EEPEQS KLPRYLERFQ ASRSKLQELN RVESESLLTL TTQLVKEKLP ACEAEDLATY EQKLREWHLE RVQLIQREQE QREK AKQEY QALSAAEKAA

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein mS27

+
分子 #23: 28S ribosomal protein S28, mitochondrial

分子名称: 28S ribosomal protein S28, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 23 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 20.555336 KDa
配列文字列:
MAALCRSHAG TAGSRFLRAL VFSKPLRNAS TESGSESATH DSSAPRARSG GFASALERHS DLQRKAELRL ESPKPVESFA SMLRHSPLT QLGPAKDKLV IGRIFHIVED DLYIDFGGKF HCVCKRPDVD GEKYQRGTRV RLRLLDLELT SRFLGGTTDT T ILEADAVL LGLQEIRDSK SREEQPSK

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein bS1m

+
分子 #24: 28S ribosomal protein S29, mitochondrial

分子名称: 28S ribosomal protein S29, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 24 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 44.766293 KDa
配列文字列: MLTGITRLFS RVQKLDPRCF LHMSVQATQN SQVPAERPRT VSRTSDSDPA KHGEQHEGQH YSIPLQDLKT VFPHGLPPRY MMQVKTFGE ACLMVRKPAL ELLGYLKNTN FAHPAVRYLL YGEKGTGKTL SLCHAVHFCA RHDWLILHIP DAHLWVKNCR E LLQSTHNK ...文字列:
MLTGITRLFS RVQKLDPRCF LHMSVQATQN SQVPAERPRT VSRTSDSDPA KHGEQHEGQH YSIPLQDLKT VFPHGLPPRY MMQVKTFGE ACLMVRKPAL ELLGYLKNTN FAHPAVRYLL YGEKGTGKTL SLCHAVHFCA RHDWLILHIP DAHLWVKNCR E LLQSTHNK QRFDQPLEAS TWLKNFKTTN ERFLSQIKVQ EKYVWNKRES TEKGSPLGEV VEQGLTRVRN ATDAVGVVLK EL KAQSALG LFHLLVAVDG VNALWGRTTL KKEDRTLIAP EELSLVHNLR KMVKNDWHGG AIVLSLSQTG SLFKSRTAYL PHE LLGKEG FNALEPFLPI LIPNYNPKEF ESSFQYYLEN NWLQHEKAST EEGRKELRFL SNCNPEQLER LCASL

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein mS29

+
分子 #25: 28S ribosomal protein S31, mitochondrial

分子名称: 28S ribosomal protein S31, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 25 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 43.950836 KDa
配列文字列: MLHRIPAFLR PRPFSGLPLS CGNRDVSVAV LPAAQSGAVR TENNIQRHFC TSRSICSKKV DQSVPANEIS QKAAESQGRG KETLKKDLL DIIKDMKVDL STANVKTPKP RGRKPSASLE ATVDRLQKAP EDPPKKRNEF LSPELVAAAS AVADSLPFDK Q TTKSELLR ...文字列:
MLHRIPAFLR PRPFSGLPLS CGNRDVSVAV LPAAQSGAVR TENNIQRHFC TSRSICSKKV DQSVPANEIS QKAAESQGRG KETLKKDLL DIIKDMKVDL STANVKTPKP RGRKPSASLE ATVDRLQKAP EDPPKKRNEF LSPELVAAAS AVADSLPFDK Q TTKSELLR QLQQHEEELR AQKDREKRRI SFTHIISNMK IAKSPSGRAS TRPQHQIQFD EDMDSSLKQE KPTDFRKRKY LF KGKRLSI FADKAFADEP PEPEASPSLW EIEFAKQLAS VADQPFENGF EEMIQWTKEG KLWEFPVNNE AGLDDDGSEF HEH IFLDKY LEDFPKQGPI RLFMELVTCG LSKNPYLSVK QKVEHIEWFR NYFNEKRDIL KENNIAFT

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein mS31

+
分子 #26: 28S ribosomal protein S33, mitochondrial

分子名称: 28S ribosomal protein S33, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 26 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 12.487491 KDa
配列文字列:
MSPLSEYALR MSRLSARIFG EVARSTDSKS MKVVSLFSEQ PLAKKKETYD WYPNHNTYFA LMGNLRFLGL YRDEHQDFKD EQRRLKKLR GKGKPRKGEG KRATKKK

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein mS33

+
分子 #27: 28S ribosomal protein S34, mitochondrial

分子名称: 28S ribosomal protein S34, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 27 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 25.874777 KDa
配列文字列: MARKKVRPRL IAELARRVRA LREQRNQPRD SQLYALDYET LTRPHSGRRL PVRAWADVRR ESRLLQLLAR LPLFGLGRLV TRKSWLWQH DEPCYWRLTR VRPDYTAQNL DHGRAWGILT FKGKSEDTAR EIEQVMYHDW RLVPKHEEEA FTAFTAKPED R LNSVPYPP ...文字列:
MARKKVRPRL IAELARRVRA LREQRNQPRD SQLYALDYET LTRPHSGRRL PVRAWADVRR ESRLLQLLAR LPLFGLGRLV TRKSWLWQH DEPCYWRLTR VRPDYTAQNL DHGRAWGILT FKGKSEDTAR EIEQVMYHDW RLVPKHEEEA FTAFTAKPED R LNSVPYPP LLRAMILAER QKNGDTSVQE PLLNLERTRM RPWDYPAKQE TKGRAKGTPV

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein mS34

+
分子 #28: 28S ribosomal protein S35, mitochondrial

分子名称: 28S ribosomal protein S35, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 28 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 36.028289 KDa
配列文字列: MAAAALQLRQ SLCPGPRVLR TFSSVASPAA PRAGPRTASR SERPMRRKAL PPRTEKMDTD QDWPSVYPTA APFKPSAVPL PVRMGYPVK KGVPMAKEGN LELLKIPNFL HLTPVAIKRH CAALKDFCTE WPAALDSDEK CEEHFPVEID TADYVSSGPS I RNPKARAV ...文字列:
MAAAALQLRQ SLCPGPRVLR TFSSVASPAA PRAGPRTASR SERPMRRKAL PPRTEKMDTD QDWPSVYPTA APFKPSAVPL PVRMGYPVK KGVPMAKEGN LELLKIPNFL HLTPVAIKRH CAALKDFCTE WPAALDSDEK CEEHFPVEID TADYVSSGPS I RNPKARAV TLRVKLSSLN LDNHAKKKLI KLVGERYCKA TDVLTITTDR CPLKRQNYDY AVYLLTVLYH ESWKTEDWEN SK TEEDMDE YVWAKSSSEN SVLQTLLQMR AAESSVAPSR EELLGTKEVE DYQKCVVRLK NEGENEASLA QYKESVKRLL NLA

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein mS35

+
分子 #29: Aurora kinase A-interacting protein

分子名称: Aurora kinase A-interacting protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 29 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 23.345412 KDa
配列文字列: MFLARLTSRL ARTVVPWAGF SRSCPGSGVI GSYAFRPLYS LQPASPSRAA SLPGKRTQSE LEEFLVPRKM AISPLESWLT AQYLLPRRN VEVPVTLAPS QFYECPPRQG EEEAQQGVRE AWDATPVQCK NVLKIRRRKM NHHKYRKLVK RTRFLRRKVR E GRLKKKQI ...文字列:
MFLARLTSRL ARTVVPWAGF SRSCPGSGVI GSYAFRPLYS LQPASPSRAA SLPGKRTQSE LEEFLVPRKM AISPLESWLT AQYLLPRRN VEVPVTLAPS QFYECPPRQG EEEAQQGVRE AWDATPVQCK NVLKIRRRKM NHHKYRKLVK RTRFLRRKVR E GRLKKKQI KFEKDLKRIW LKAGLKEAPE NWQTPKIYLK NK

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein mS38

+
分子 #30: Pentatricopeptide repeat domain-containing protein 3, mitochondrial

分子名称: Pentatricopeptide repeat domain-containing protein 3, mitochondrial
タイプ: protein_or_peptide / ID: 30 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 77.89 KDa
配列文字列: MAAAAVAARR LSFRSGLVLL QTTRGTGVCE PKVCCRFYAG TESLPKVEGS DITGIEEIVI PKKKTWDKVA VLQALASTVN RDPTAAPYV FHDDPYLIPT SALESRSFLL AKKSGETAAK FIINSYPKYF QKDIAEPHIP CLMPEYFEPQ IEDVSEAALE E RIRLRKVR ...文字列:
MAAAAVAARR LSFRSGLVLL QTTRGTGVCE PKVCCRFYAG TESLPKVEGS DITGIEEIVI PKKKTWDKVA VLQALASTVN RDPTAAPYV FHDDPYLIPT SALESRSFLL AKKSGETAAK FIINSYPKYF QKDIAEPHIP CLMPEYFEPQ IEDVSEAALE E RIRLRKVR ASVDMFDQLL QAGTTVSLET TNSLLDLLCY YGDQEPPADY PFQQTEHLEN LEEAAEENNQ TSKMESGPWK AQ NNAERIF ALMPEKNARS YCTMIRGMVK HRAYAQALNV YTELLNNRLS ADVYTFNALI EAKTFILNEK FEEKWNDILD LLK HMVAQK VKPNLQTFNT ILKGLRKCYS LGRIPALQIL REMKHIGIEP SLATYHHIIH LFYPRDLSAI KMPSLIIYDI MNEL EGRTF SPQDLDDGRF FQLAMSVCSS LRDLELAYQV HRLLNTGDNR KLVGHDPLRK VYYSKFFSLI CSLEQIDVTL KWYKD LIPS VFLPHYQIFI GLLQALDVAN RLELVPQIWK DSKEYSHTFR DALREEVLML MARDKHPPEL QVAFADCAAD IKSTYE DQS ARQPAFDWPA NPLQYIAVLF LRGGRSQEAW KMLELFKKHK KIPRNELLEE FMDTAKASGS TALAIEVVKL ASAFSLP IG ESLAQRVVMD FTVDPEQKEA LGNLTELNSS DGESSSDSDS DDK

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein mS39

+
分子 #31: Putative ribosome-binding factor A, mitochondrial

分子名称: Putative ribosome-binding factor A, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 31 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 39.38227 KDa
配列文字列: MWAGVAGLRG SCAGLQALWG GHRAALLLGR SPALHTSVAS CGSKNLLKKF ASKTRKKFWY EGPSLGSHLT PRPSKHEFLT KTTSKKTRK EDSIRLRVLN GLLYKSLTEL LCTPQVSQEV YDLNVELSKV SVTSDFSACR VYWKTGVSAE QNKHTESVLQ R SAAYMRHL ...文字列:
MWAGVAGLRG SCAGLQALWG GHRAALLLGR SPALHTSVAS CGSKNLLKKF ASKTRKKFWY EGPSLGSHLT PRPSKHEFLT KTTSKKTRK EDSIRLRVLN GLLYKSLTEL LCTPQVSQEV YDLNVELSKV SVTSDFSACR VYWKTGVSAE QNKHTESVLQ R SAAYMRHL LISQQTLRNV PPIVFVQDKR DLVLAEVDRL LAEADFGPPD ERDDLDGLRN ADAQVPHDSP EPAAHPNLCG ID HEALNKQ IMEYKRKKER GLQCQSLAPP SGREQAPEPT RLLRKREKVR SRWQHRDASP RSFLLGEEDE DEDSSTEWEC HAH EAEDDD DHQEEELGAD RGAQRGLCGK REQG

UniProtKB: Putative ribosome-binding factor A, mitochondrial

+
分子 #32: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 32 / コピー数: 42 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

+
分子 #33: POTASSIUM ION

分子名称: POTASSIUM ION / タイプ: ligand / ID: 33 / コピー数: 7 / 式: K
分子量理論値: 39.098 Da

+
分子 #34: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 34 / コピー数: 1 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

+
分子 #35: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER

分子名称: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 35 / コピー数: 2 / 式: FES
分子量理論値: 175.82 Da
Chemical component information

ChemComp-FES:
FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER

+
分子 #36: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 36 / コピー数: 1 / 式: ATP
分子量理論値: 507.181 Da
Chemical component information

ChemComp-ATP:
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP / ATP, エネルギー貯蔵分子*YM

+
分子 #37: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 37 / コピー数: 1017 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
0.2 MKClpotassium chloride
5.0 mMMg(CH3COO)2magnesium acetate
25.0 mMHEPES-KOH buffer pH 7.5
0.05 % (w/v)C24H46O11n-dodecyl-beta-D-maltopyranoside
0.25 mMC10H17N6O13P35'-guanylyl imidodiphosphate
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 3 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 297 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-20 / 実像数: 26468 / 平均露光時間: 4.0 sec. / 平均電子線量: 31.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.6 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 165000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 3076615
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

10021

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.06 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 26468
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

6rw4


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL
得られたモデル

PDB-7pnu:
Assembly intermediate of mouse mitochondrial ribosome small subunit without mS37 in complex with RbfA inward conformation

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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