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- EMDB-13546: Sulfolobus acidocaldarius 0406 filament. -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-13546
タイトルSulfolobus acidocaldarius 0406 filament.
マップデータ
試料
  • 細胞器官・細胞要素: Filament
    • タンパク質・ペプチド: Sulfolobus acidocaldarius 0406 filament.
キーワードcell surface appendage / beta-strand addition / isopeptide bond / N-glycosylation / beta-sandwich / PROTEIN FIBRIL
機能・相同性Uncharacterized protein
機能・相同性情報
生物種Sulfolobus acidocaldarius (好気性・好酸性)
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.46 Å
データ登録者Isupov MN / Gaines M
資金援助European Union, 1件
OrganizationGrant number国
European Research Council (ERC)109784European Union
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Electron cryo-microscopy reveals the structure of the archaeal thread filament.
著者: Matthew C Gaines / Michail N Isupov / Shamphavi Sivabalasarma / Risat Ul Haque / Mathew McLaren / Clara L Mollat / Patrick Tripp / Alexander Neuhaus / Vicki A M Gold / Sonja-Verena Albers / Bertram Daum /
要旨: Pili are filamentous surface extensions that play roles in bacterial and archaeal cellular processes such as adhesion, biofilm formation, motility, cell-cell communication, DNA uptake and horizontal ...Pili are filamentous surface extensions that play roles in bacterial and archaeal cellular processes such as adhesion, biofilm formation, motility, cell-cell communication, DNA uptake and horizontal gene transfer. The model archaeaon Sulfolobus acidocaldarius assembles three filaments of the type-IV pilus superfamily (archaella, archaeal adhesion pili and UV-inducible pili), as well as a so-far uncharacterised fourth filament, named "thread". Here, we report on the cryo-EM structure of the archaeal thread. The filament is highly glycosylated and consists of subunits of the protein Saci_0406, arranged in a head-to-tail manner. Saci_0406 displays structural similarity, but low sequence homology, to bacterial type-I pilins. Thread subunits are interconnected via donor strand complementation, a feature reminiscent of bacterial chaperone-usher pili. However, despite these similarities in overall architecture, archaeal threads appear to have evolved independently and are likely assembled by a distinct mechanism.
履歴
登録2021年9月6日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年9月14日-
マップ公開2022年9月14日-
更新2024年11月6日-
現状2024年11月6日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_13546.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_13546.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.05 Å/pix.
x 384 pix.
= 402.048 Å		1.05 Å/pix.
x 384 pix.
= 402.048 Å		1.05 Å/pix.
x 384 pix.
= 402.048 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.047 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.1638
最小 - 最大-0.015122809 - 1.5670989
平均 (標準偏差)0.00060520147 (±0.015186864)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 402.04803 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Filament

全体名称: Filament
要素
  • 細胞器官・細胞要素: Filament
    • タンパク質・ペプチド: Sulfolobus acidocaldarius 0406 filament.

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超分子 #1: Filament

超分子名称: Filament / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Sulfolobus acidocaldarius (好気性・好酸性)

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分子 #1: Sulfolobus acidocaldarius 0406 filament.

分子名称: Sulfolobus acidocaldarius 0406 filament. / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 9 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sulfolobus acidocaldarius (好気性・好酸性)
分子量理論値: 22.291539 KDa
組換発現生物種: Sulfolobus acidocaldarius (好気性・好酸性)
配列文字列: MNKKRLLLLS VFLVSVFVPV LVADVIYYYQ GQITVGNVAP PMYFAIQPNG NAKIGNNSNV PSYINAQPSS GGSGFTAQVN ITNATYNYY FNFMGLAVSK TGYIYLAKVA YSYTATNNPI QNATLYIMNQ QGQIVYKYKL IVNGVVNSTL PSTPLQINSG S YIVSLLIV ...文字列:
MNKKRLLLLS VFLVSVFVPV LVADVIYYYQ GQITVGNVAP PMYFAIQPNG NAKIGNNSNV PSYINAQPSS GGSGFTAQVN ITNATYNYY FNFMGLAVSK TGYIYLAKVA YSYTATNNPI QNATLYIMNQ QGQIVYKYKL IVNGVVNSTL PSTPLQINSG S YIVSLLIV PYQGTLPKTP SNDLATITVN FGFSPMTASP PPIPLPSP

UniProtKB: Uncharacterized protein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態filament

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試料調製

緩衝液pH: 3
凍結凍結剤: ETHANE
詳細Mixed population of filaments isolated from Sulfolobus acidocaldarius

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 6272 / 平均電子線量: 42.33 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成使用したクラス数: 1
想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 31.649 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: -103.234 °
想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.46 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.2.0) / 使用した粒子像数: 188620
Segment selection選択した数: 410270 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.2.0)
ソフトウェア - 詳細: cryoSPARC filament tracer was used to automatically pick particles
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.2.0)

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原子モデル構築 1

詳細Jligand was used for preparing dictionaries for an unusual sugars and an isopeptide link beween main chain nitrogen of the N-terminal D25 and C gamma of N57 from N-2 monomer in the filament.
精密化空間: RECIPROCAL / プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-7pnb:
Sulfolobus acidocaldarius 0406 filament.

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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