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- EMDB-13427: Structure of a fully assembled T-cell receptor engaging a tumor-a... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-13427
タイトルStructure of a fully assembled T-cell receptor engaging a tumor-associated peptide-MHC I
マップデータ
試料
  • 複合体: Fully assembled T-cell receptor engaging a tumor-associated peptide-MHC I
    • タンパク質・ペプチド: T-cell receptor alpha chain
    • タンパク質・ペプチド: T-cell receptor beta chain
    • タンパク質・ペプチド: T-cell surface glycoprotein CD3 gamma chain
    • タンパク質・ペプチド: T-cell surface glycoprotein CD3 delta chain, green fluorescent protein
    • タンパク質・ペプチド: T-cell surface glycoprotein CD3 epsilon chain
    • タンパク質・ペプチド: HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain
    • タンパク質・ペプチド: Beta-2-microglobulin
    • タンパク質・ペプチド: Tumor-associated antigentic peptide gp100
    • タンパク質・ペプチド: T-cell surface glycoprotein CD3 zeta chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of lymphocyte apoptotic process / gamma-delta T cell receptor complex / Fc-gamma receptor III complex / T cell anergy / positive regulation of T cell anergy / positive regulation of cell-cell adhesion mediated by integrin / cis-Golgi network membrane / positive regulation of melanin biosynthetic process / CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / Fc-gamma receptor signaling pathway ...regulation of lymphocyte apoptotic process / gamma-delta T cell receptor complex / Fc-gamma receptor III complex / T cell anergy / positive regulation of T cell anergy / positive regulation of cell-cell adhesion mediated by integrin / cis-Golgi network membrane / positive regulation of melanin biosynthetic process / CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / Fc-gamma receptor signaling pathway / gamma-delta T cell activation / negative thymic T cell selection / melanin biosynthetic process / melanosome membrane / multivesicular body, internal vesicle / melanosome organization / positive regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / multivesicular body membrane / alpha-beta T cell receptor complex / positive thymic T cell selection / positive regulation of protein localization to cell surface / signal complex assembly / Nef and signal transduction / positive regulation of cell-matrix adhesion / T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / T cell receptor complex / positive regulation of memory T cell activation / TAP complex binding / smoothened signaling pathway / establishment or maintenance of cell polarity / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / CD8-positive, alpha-beta T cell activation / Golgi medial cisterna / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell proliferation / CD8 receptor binding / positive regulation of interleukin-4 production / dendrite development / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I / endoplasmic reticulum exit site / alpha-beta T cell activation / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / Generation of second messenger molecules / immunological synapse / TAP binding / FCGR activation / protection from natural killer cell mediated cytotoxicity / PD-1 signaling / Role of phospholipids in phagocytosis / beta-2-microglobulin binding / T cell receptor binding / positive regulation of calcium-mediated signaling / negative regulation of smoothened signaling pathway / detection of bacterium / positive regulation of T cell proliferation / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / T cell costimulation / T cell activation / positive regulation of interleukin-2 production / bioluminescence / cerebellum development / FCGR3A-mediated IL10 synthesis / protein tyrosine kinase binding / positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / negative regulation of receptor binding / generation of precursor metabolites and energy / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / calcium-mediated signaling / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / apoptotic signaling pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / FCGR3A-mediated phagocytosis / cellular response to iron(III) ion / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / negative regulation of forebrain neuron differentiation / regulation of erythrocyte differentiation / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / MHC class I protein complex / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / negative regulation of neurogenesis / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex
類似検索 - 分子機能
PKD- and KLD-Associated Transmembrane / PKAT, KLD domain / PKAT, KLD domain / PKD domain / CD3 gamma/delta subunit, Ig-like domain / T-cell surface glycoprotein CD3 delta chain / T-cell surface glycoprotein CD3 zeta subunit / Ig-like domain on T-cell surface glycoprotein CD3 epsilon chain / CD3 protein, epsilon/gamma/delta subunit / T-cell surface glycoprotein CD3 zeta subunit/High affinity IgE receptor gamma subunit ...PKD- and KLD-Associated Transmembrane / PKAT, KLD domain / PKAT, KLD domain / PKD domain / CD3 gamma/delta subunit, Ig-like domain / T-cell surface glycoprotein CD3 delta chain / T-cell surface glycoprotein CD3 zeta subunit / Ig-like domain on T-cell surface glycoprotein CD3 epsilon chain / CD3 protein, epsilon/gamma/delta subunit / T-cell surface glycoprotein CD3 zeta subunit/High affinity IgE receptor gamma subunit / T-cell surface glycoprotein CD3 zeta chain / Immunoreceptor tyrosine-based activation motif / Phosphorylated immunoreceptor signalling ITAM / ITAM motif mammalian type profile. / Immunoreceptor tyrosine-based activation motif / Polycystic kidney disease (PKD) domain profile. / PKD domain / PKD domain superfamily / PKD/Chitinase domain / Repeats in polycystic kidney disease 1 (PKD1) and other proteins / Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Beta-2-Microglobulin / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
T-cell surface glycoprotein CD3 delta chain / HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain / T-cell surface glycoprotein CD3 epsilon chain / T-cell surface glycoprotein CD3 gamma chain / T-cell surface glycoprotein CD3 zeta chain / Melanocyte protein PMEL / Green fluorescent protein / Beta-2-microglobulin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Aequorea victoria (オワンクラゲ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.08 Å
データ登録者Susac L / Thomas C / Tampe R
資金援助 ドイツ, 4件
OrganizationGrant number国
German Research Foundation (DFG)CRC 807/P16 No. 57566863 ドイツ
German Research Foundation (DFG)TA157/12-1 ドイツ
European Research Council (ERC)Advanced Grant No. 789121 ドイツ
Wellcome Trust207547/Z/17/Z ドイツ
引用ジャーナル: Cell / 年: 2022
タイトル: Structure of a fully assembled tumor-specific T cell receptor ligated by pMHC.
著者: Lukas Sušac / Mai T Vuong / Christoph Thomas / Sören von Bülow / Caitlin O'Brien-Ball / Ana Mafalda Santos / Ricardo A Fernandes / Gerhard Hummer / Robert Tampé / Simon J Davis /
要旨: The T cell receptor (TCR) expressed by T lymphocytes initiates protective immune responses to pathogens and tumors. To explore the structural basis of how TCR signaling is initiated when the ...The T cell receptor (TCR) expressed by T lymphocytes initiates protective immune responses to pathogens and tumors. To explore the structural basis of how TCR signaling is initiated when the receptor binds to peptide-loaded major histocompatibility complex (pMHC) molecules, we used cryogenic electron microscopy to determine the structure of a tumor-reactive TCRαβ/CD3δγεζ complex bound to a melanoma-specific human class I pMHC at 3.08 Å resolution. The antigen-bound complex comprises 11 subunits stabilized by multivalent interactions across three structural layers, with clustered membrane-proximal cystines stabilizing the CD3-εδ and CD3-εγ heterodimers. Extra density sandwiched between transmembrane helices reveals the involvement of sterol lipids in TCR assembly. The geometry of the pMHC/TCR complex suggests that efficient TCR scanning of pMHC requires accurate pre-positioning of T cell and antigen-presenting cell membranes. Comparisons of the ligand-bound and unliganded receptors, along with molecular dynamics simulations, indicate that TCRs can be triggered in the absence of spontaneous structural rearrangements.
履歴
登録2021年8月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年8月31日-
マップ公開2022年8月31日-
更新2022年8月31日-
現状2022年8月31日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_13427.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_13427.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.05 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.25
最小 - 最大-1.8961347 - 2.7815263
平均 (標準偏差)2.5879719e-05 (±0.034666993)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 403.19998 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Fully assembled T-cell receptor engaging a tumor-associated pepti...

全体名称: Fully assembled T-cell receptor engaging a tumor-associated peptide-MHC I
要素
  • 複合体: Fully assembled T-cell receptor engaging a tumor-associated peptide-MHC I
    • タンパク質・ペプチド: T-cell receptor alpha chain
    • タンパク質・ペプチド: T-cell receptor beta chain
    • タンパク質・ペプチド: T-cell surface glycoprotein CD3 gamma chain
    • タンパク質・ペプチド: T-cell surface glycoprotein CD3 delta chain, green fluorescent protein
    • タンパク質・ペプチド: T-cell surface glycoprotein CD3 epsilon chain
    • タンパク質・ペプチド: HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain
    • タンパク質・ペプチド: Beta-2-microglobulin
    • タンパク質・ペプチド: Tumor-associated antigentic peptide gp100
    • タンパク質・ペプチド: T-cell surface glycoprotein CD3 zeta chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: Fully assembled T-cell receptor engaging a tumor-associated pepti...

超分子名称: Fully assembled T-cell receptor engaging a tumor-associated peptide-MHC I
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#9
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: T-cell receptor alpha chain

分子名称: T-cell receptor alpha chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 27.979268 KDa
組換発現生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
配列文字列: MSQQGEEDPQ ALSIQEGENA TMNCSYKTSI NNLQWYRQNS GRGLVHLILI RSNEREKHSG RLRVTLDTSK KSSSLLITAS RAADTASYF CATDGSTPMQ FGKGTRLSVI PNIQNPDPAV YQLRDSKSSD KSVCLFTDFD SQTNVSQSKD SDVYITDKTV L DMRSMDFK ...文字列:
MSQQGEEDPQ ALSIQEGENA TMNCSYKTSI NNLQWYRQNS GRGLVHLILI RSNEREKHSG RLRVTLDTSK KSSSLLITAS RAADTASYF CATDGSTPMQ FGKGTRLSVI PNIQNPDPAV YQLRDSKSSD KSVCLFTDFD SQTNVSQSKD SDVYITDKTV L DMRSMDFK SNSAVAWSNK SDFACANAFN NSIIPEDTFF PSPESSCDVK LVEKSFETDT NLNFQNLSVI GFRILLLKVA GF NLLMTLR LWSS

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分子 #2: T-cell receptor beta chain

分子名称: T-cell receptor beta chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 32.750736 KDa
組換発現生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
配列文字列: MDGGITQSPK YLFRKEGQNV TLSCEQNLNH DAMYWYRQDP GQGLRLIYYS WAQGDFQKGD IAEGYSVSRE KKESFPLTVT SAQKNPTAF YLCASSWGAP YEQYFGPGTR LTVTEDLNKV FPPEVAVFEP SEAEISHTQK ATLVCLATGF FPDHVELSWW V NGKEVHSG ...文字列:
MDGGITQSPK YLFRKEGQNV TLSCEQNLNH DAMYWYRQDP GQGLRLIYYS WAQGDFQKGD IAEGYSVSRE KKESFPLTVT SAQKNPTAF YLCASSWGAP YEQYFGPGTR LTVTEDLNKV FPPEVAVFEP SEAEISHTQK ATLVCLATGF FPDHVELSWW V NGKEVHSG VSTDPQPLKE QPALNDSRYC LSSRLRVSAT FWQNPRNHFR CQVQFYGLSE NDEWTQDRAK PVTQIVSAEA WG RADCGFT SVSYQQGVLS ATILYEILLG KATLYAVLVS ALVLMAMVKR KDF

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分子 #3: T-cell surface glycoprotein CD3 gamma chain

分子名称: T-cell surface glycoprotein CD3 gamma chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 13.713741 KDa
組換発現生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
配列文字列:
QSIKGNHLVK VYDYQEDGSV LLTCDAEAKN ITWFKDGKMI GFLTEDKKKW NLGSNAKDPR GMYQCKGSQN KSKPLQVYYR MCQNCIELN AATISGFLFA EIVSIFVLAV GVYFIAGQDG VRQ

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分子 #4: T-cell surface glycoprotein CD3 delta chain, green fluorescent protein

分子名称: T-cell surface glycoprotein CD3 delta chain, green fluorescent protein
タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Aequorea victoria (オワンクラゲ)
分子量理論値: 39.858188 KDa
組換発現生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
配列文字列: FKIPIEELED RVFVNCNTSI TWVEGTVGTL LSDITRLDLG KRILDPRGIY RCNGTDIYKD KESTVQVHYR MCQSCVELDP ATVAGIIVT DVIATLLLAL GVFCFAGHET GRDPPVATMV SKGEELFTGV VPILVELDGD VNGHKFSVSG EGEGDATYGK L TLKFICTT ...文字列:
FKIPIEELED RVFVNCNTSI TWVEGTVGTL LSDITRLDLG KRILDPRGIY RCNGTDIYKD KESTVQVHYR MCQSCVELDP ATVAGIIVT DVIATLLLAL GVFCFAGHET GRDPPVATMV SKGEELFTGV VPILVELDGD VNGHKFSVSG EGEGDATYGK L TLKFICTT GKLPVPWPTL VTTLSYGVQC FSRYPDHMKQ HDFFKSAMPE GYVQERTIFF KDDGNYKTRA EVKFEGDTLV NR IELKGID FKEDGNILGH KLEYNYNSHN VYIMADKQKN GIKVNFKIRH NIEDGSVQLA DHYQQNTPIG DGPVLLPDNH YLS TQSALS KDPNEKRDHM VLLEFVTAAG ITLGMDELYK

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分子 #5: T-cell surface glycoprotein CD3 epsilon chain

分子名称: T-cell surface glycoprotein CD3 epsilon chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 15.316222 KDa
組換発現生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
配列文字列:
DGNEEMGGIT QTPYKVSISG TTVILTCPQY PGSEILWQHN DKNIGGDEDD KNIGSDEDHL SLKEFSELEQ SGYYVCYPRG SKPEDANFY LYLRARVCEN CMEMDVMSVA TIVIVDICIT GGLLLLVYYW SKNRKAK

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分子 #6: HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain

分子名称: HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain
タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 35.054613 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MGSSHHHHHH GSGSHSMRYF FTSVSRPGRG EPRFIAVGYV DDTQFVRFDS DAASQRMEPR APWIEQEGPE YWDGETRKVK AHSQTHRVD LGTLRGYYNQ SEAGSHTVQR MYGCDVGSDW RFLRGYHQYA YDGKDYIALK EDLRSWTAAD MAAQTTKHKW E AAHVAEQL ...文字列:
MGSSHHHHHH GSGSHSMRYF FTSVSRPGRG EPRFIAVGYV DDTQFVRFDS DAASQRMEPR APWIEQEGPE YWDGETRKVK AHSQTHRVD LGTLRGYYNQ SEAGSHTVQR MYGCDVGSDW RFLRGYHQYA YDGKDYIALK EDLRSWTAAD MAAQTTKHKW E AAHVAEQL RAYLEGTCVE WLRRYLENGK ETLQRTDAPK THMTHHAVSD HEATLRCWAL SFYPAEITLT WQRDGEDQTQ DT ELVETRP AGDGTFQKWA AVVVPSGQEQ RYTCHVQHEG LPKPLTLRWE PSSQPEDQVD PRLIDGK

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分子 #7: Beta-2-microglobulin

分子名称: Beta-2-microglobulin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 11.936408 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MGIQRTPKIQ VYSRHPAENG KSNFLNCYVS GFHPSDIEVD LLKNGERIEK VEHSDLSFSK DWSFYLLYYT EFTPTEKDEY ACRVNHVTL SQPKIVKWDR DM

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分子 #8: Tumor-associated antigentic peptide gp100

分子名称: Tumor-associated antigentic peptide gp100 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 974.107 Da
配列文字列:
YLEPGPVTV

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分子 #9: T-cell surface glycoprotein CD3 zeta chain

分子名称: T-cell surface glycoprotein CD3 zeta chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 4.138015 KDa
組換発現生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
配列文字列:
QSFGLLDPKL CYLLDGILFI YGVILTALFL RVKFSR

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分子 #10: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 10 / コピー数: 6 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 61.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.08 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 154408
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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