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万見
- EMDB-13134: Structure of the hexameric 5S RNP from C. thermophilum -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-13134
タイトルStructure of the hexameric 5S RNP from C. thermophilum
マップデータHexameric 5S RNP from C. thermophilum
試料
  • 複合体: hexameric 5S RNP from C. thermophilum
    • タンパク質・ペプチド: Putative ribosomal protein
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein l5-like protein
    • タンパク質・ペプチド: Ribosome biogenesis regulatory protein
    • タンパク質・ペプチド: Ribosome production factor 2 homolog
    • RNA: 5S rRNA
    • タンパク質・ペプチド: unknown
    • タンパク質・ペプチド: Syo1
キーワード5S RNP / Ribosome biogenesis / Symportin 1 / Rpf2-Rrs1 / RNA BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


preribosome, large subunit precursor / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / ribosomal large subunit biogenesis / protein import into nucleus / unfolded protein binding / 5S rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / rRNA binding / structural constituent of ribosome ...preribosome, large subunit precursor / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / ribosomal large subunit biogenesis / protein import into nucleus / unfolded protein binding / 5S rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / rRNA binding / structural constituent of ribosome / translation / nucleolus / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Ribosome biogenesis protein Rpf2 / Ribosomal biogenesis regulatory protein / Ribosome biogenesis regulatory protein (RRS1) / Brix domain / Brix domain / Brix domain profile. / Brix / Ribosomal protein L5 eukaryotic, C-terminal / Ribosomal L18 C-terminal region / Ribosomal protein L5 eukaryotic/L18 archaeal ...Ribosome biogenesis protein Rpf2 / Ribosomal biogenesis regulatory protein / Ribosome biogenesis regulatory protein (RRS1) / Brix domain / Brix domain / Brix domain profile. / Brix / Ribosomal protein L5 eukaryotic, C-terminal / Ribosomal L18 C-terminal region / Ribosomal protein L5 eukaryotic/L18 archaeal / Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18 / Armadillo-like helical / Ribosomal protein L5, conserved site / Ribosomal protein L5 signature. / Ribosomal protein L5, N-terminal / Ribosomal protein L5 / Ribosomal protein L5, C-terminal / ribosomal L5P family C-terminus / Ribosomal protein L5 / Ribosomal protein L5 domain superfamily / Armadillo-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
ARM-like repeat-containing protein / Ribosome biogenesis regulatory protein / 60S ribosomal protein l5-like protein / Ribosome production factor 2 homolog / Putative ribosomal protein
類似検索 - 構成要素
生物種Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類) / Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Castillo N / Thoms M
資金援助 ドイツ, 3件
OrganizationGrant number国
German Research Foundation (DFG)RK1721 ドイツ
German Research Foundation (DFG)HU363/15-2 ドイツ
European Research Council (ERC)885711 ドイツ
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2023
タイトル: Structure of nascent 5S RNPs at the crossroad between ribosome assembly and MDM2-p53 pathways.
著者: Nestor Miguel Castillo Duque de Estrada / Matthias Thoms / Dirk Flemming / Henrik M Hammaren / Robert Buschauer / Michael Ameismeier / Jochen Baßler / Martin Beck / Roland Beckmann / Ed Hurt /
要旨: The 5S ribonucleoprotein (RNP) is assembled from its three components (5S rRNA, Rpl5/uL18 and Rpl11/uL5) before being incorporated into the pre-60S subunit. However, when ribosome synthesis is ...The 5S ribonucleoprotein (RNP) is assembled from its three components (5S rRNA, Rpl5/uL18 and Rpl11/uL5) before being incorporated into the pre-60S subunit. However, when ribosome synthesis is disturbed, a free 5S RNP can enter the MDM2-p53 pathway to regulate cell cycle and apoptotic signaling. Here we reconstitute and determine the cryo-electron microscopy structure of the conserved hexameric 5S RNP with fungal or human factors. This reveals how the nascent 5S rRNA associates with the initial nuclear import complex Syo1-uL18-uL5 and, upon further recruitment of the nucleolar factors Rpf2 and Rrs1, develops into the 5S RNP precursor that can assemble into the pre-ribosome. In addition, we elucidate the structure of another 5S RNP intermediate, carrying the human ubiquitin ligase Mdm2, which unravels how this enzyme can be sequestered from its target substrate p53. Our data provide molecular insight into how the 5S RNP can mediate between ribosome biogenesis and cell proliferation.
履歴
登録2021年6月28日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年10月12日-
マップ公開2022年10月12日-
更新2024年7月17日-
現状2024年7月17日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_13134.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_13134.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 52.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Hexameric 5S RNP from C. thermophilum
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.059 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.45
最小 - 最大-1.0151511 - 2.7336893
平均 (標準偏差)0.0133727975 (±0.08340236)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ240240240
Spacing240240240
セルA=B=C: 254.16 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: hexameric ct-sc 5S RNP monomer

ファイルemd_13134_additional_1.map
注釈hexameric ct-sc 5S RNP monomer
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: hexameric ct-sc 5S RNP dimer

ファイルemd_13134_additional_2.map
注釈hexameric ct-sc 5S RNP dimer
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: pre-60S with human 5S RNP

ファイルemd_13134_additional_3.map
注釈pre-60S with human 5S RNP
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: human MDM2-5S RNP

ファイルemd_13134_additional_4.map
注釈human MDM2-5S RNP
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : hexameric 5S RNP from C. thermophilum

全体名称: hexameric 5S RNP from C. thermophilum
要素
  • 複合体: hexameric 5S RNP from C. thermophilum
    • タンパク質・ペプチド: Putative ribosomal protein
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein l5-like protein
    • タンパク質・ペプチド: Ribosome biogenesis regulatory protein
    • タンパク質・ペプチド: Ribosome production factor 2 homolog
    • RNA: 5S rRNA
    • タンパク質・ペプチド: unknown
    • タンパク質・ペプチド: Syo1

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超分子 #1: hexameric 5S RNP from C. thermophilum

超分子名称: hexameric 5S RNP from C. thermophilum / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#7
由来(天然)生物種: Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)

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分子 #1: Putative ribosomal protein

分子名称: Putative ribosomal protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類) / 株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719
分子量理論値: 20.119275 KDa
配列文字列:
MSSEKAQNPM RELRIQKLVL NISVGESGDR LTRAAKVLEQ LSGQTPVYSK ARYTVRQFGI RRNEKIAVHV TVRGPKAEEI LERGLKVKE YELRRRNFSE TGNFGFGISE HIDLGIKYDP SIGIYGMDFY CCMTRPGERV AKRRRCKSRI GASHRITREE T IRWFKQRF DGIVR

UniProtKB: Putative ribosomal protein

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分子 #2: 60S ribosomal protein l5-like protein

分子名称: 60S ribosomal protein l5-like protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類) / 株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719
分子量理論値: 35.034605 KDa
配列文字列: MAFHKLVKNS AYYSRFQTKF KRRRQGKTDY YARKRLITQA KNKYNAPKYR LVVRFTNRDI ITQMVTSEIN GDKIFAAAYS HELRAYGIN HGLTNWAAAY ATGLLLARRV LAKLGLDKTF TGVEEPNGEY TLTEAAETED GERRPFKAIL DVGLARTSTG A RVFGVMKG ...文字列:
MAFHKLVKNS AYYSRFQTKF KRRRQGKTDY YARKRLITQA KNKYNAPKYR LVVRFTNRDI ITQMVTSEIN GDKIFAAAYS HELRAYGIN HGLTNWAAAY ATGLLLARRV LAKLGLDKTF TGVEEPNGEY TLTEAAETED GERRPFKAIL DVGLARTSTG A RVFGVMKG ASDGGIFIPH SENRFPGYDI ETEELDTEVL KKYIYGGHVA EYMETLADDD EERYKSQFVK YIEDDVEADS LE ELYAEAH KQIRADPFRK YVSDAPKKSK EEWKAESLKY KKAKLSREER KARVEAKIKQ LLAEQDE

UniProtKB: 60S ribosomal protein l5-like protein

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分子 #3: Ribosome biogenesis regulatory protein

分子名称: Ribosome biogenesis regulatory protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類) / 株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719
分子量理論値: 22.817281 KDa
配列文字列: MSTDTSKPAR LPVTVEKPTP YTFDLGLLLA NDPNPVNVPK TTDTQVLEQH LASVARDGAQ VLINQLLTTT TITATKDGVL LTLPPPTTP LPREKPVPQP KPETKWQAFA RRRGIKPKTR EQRRNLQYNP TTGQWERKWG YKGANKRGET DPIIEVSAAK E AMRPEGTS ...文字列:
MSTDTSKPAR LPVTVEKPTP YTFDLGLLLA NDPNPVNVPK TTDTQVLEQH LASVARDGAQ VLINQLLTTT TITATKDGVL LTLPPPTTP LPREKPVPQP KPETKWQAFA RRRGIKPKTR EQRRNLQYNP TTGQWERKWG YKGANKRGET DPIIEVSAAK E AMRPEGTS VRGDKRREIR ARVKKNQKQM LRNQRIAAEK MGKK

UniProtKB: Ribosome biogenesis regulatory protein

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分子 #4: Ribosome production factor 2 homolog

分子名称: Ribosome production factor 2 homolog / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類) / 株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719
分子量理論値: 39.92734 KDa
配列文字列: MLRQIKPRNA RSKRALEKRA PKIVENPKTC LFLRGTTCSQ ITQDAMNDLY AMRQVHAKRF HKKNAIHPFE DATSLCFFSE KNDCSLMVF GSSNKKRPHT LTFVRMFDYK VLDMLEFYLD PDTYRSISQF KTSKIPIGMR PMMVFAGTAF ESPVPNAFTM A KSMLIDFF ...文字列:
MLRQIKPRNA RSKRALEKRA PKIVENPKTC LFLRGTTCSQ ITQDAMNDLY AMRQVHAKRF HKKNAIHPFE DATSLCFFSE KNDCSLMVF GSSNKKRPHT LTFVRMFDYK VLDMLEFYLD PDTYRSISQF KTSKIPIGMR PMMVFAGTAF ESPVPNAFTM A KSMLIDFF RGEPSDKIDV EGLRFVVVVT ADEPTSSTST NNDGENPAPL PGMTDPRSID PSQKPILRLR VYGIRTKRSG TR LPRVEVE EHGPRMDFRL GRMREPDPAM LKEAMKKAKT PQEERTKKNI SMDLLGDKIG RIHMGKTDLS KLQTRKMKGL KRG RDEDEG GEDDRTDVVE AGSGEKKKKK KVKG

UniProtKB: Ribosome production factor 2 homolog

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分子 #6: unknown

分子名称: unknown / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
分子量理論値: 1.975426 KDa
配列文字列:
(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)

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分子 #7: Syo1

分子名称: Syo1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類) / 株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719
分子量理論値: 74.709156 KDa
配列文字列: MGKTRRNRVR NRTDPIAKPV KPPTDPELAK LREDKILPVL KDLKSPDAKS RTTAAGAIAN IVQDAKCRKL LLREQVVHIV LTETLTDNN IDSRAAGWEI LKVLAQEEEA DFCVHLYRLD VLTAIEHAAK AVLETLTTSE PPFSKLLKAQ QRLVWDITGS L LVLIGLLA ...文字列:
MGKTRRNRVR NRTDPIAKPV KPPTDPELAK LREDKILPVL KDLKSPDAKS RTTAAGAIAN IVQDAKCRKL LLREQVVHIV LTETLTDNN IDSRAAGWEI LKVLAQEEEA DFCVHLYRLD VLTAIEHAAK AVLETLTTSE PPFSKLLKAQ QRLVWDITGS L LVLIGLLA LARDEIHEAV ATKQTILRLL FRLISADIAP QDIYEEAISC LTTLSEDNLK VGQAITDDQE THVYDVLLKL AT GTDPRAV MACGVLHNVF TSLQWMDHSP GKDGACDAIL IPTLTRALEH VVPGGAKFNG DARYANITLL ALVTLASIGT DFQ ETLVKG NQGSRESPIS AADEEWNGFD DADGDAMDVD QKSSSGEDQE EDYEEIDVKE DDEDDDDDSI TSEMQADMER VVGA DGTDD GDLEDLPTLR ELIQTAVPQL IRLSNLPIDS DESLTIQSHA LSALNNISWT ISCLEFANGE NANIHNAWYP TAKKI WRKT ILPILEADSA DLKLATQVTS LAWAVARVLH GETPTDGNPH RKFISLYHSS KQQAGGNSNS IEEPEDPFQG LGVKCI GVV GSLAHDPAPI EVNREVGVFL VTLLRQSNNV PPAEIVEALN QLFDIYGDEE LACDKEVFWK DGFLKHLEEF LPKMRTL TK GIDKRTQPEL RTRADEALLN LGRFVQYKKK HAPK

UniProtKB: ARM-like repeat-containing protein

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分子 #5: 5S rRNA

分子名称: 5S rRNA / タイプ: rna / ID: 5 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719
分子量理論値: 38.312738 KDa
配列文字列:
ACGUACGACC AUACCCAGUG GAAAGCACGG CAUCCCGUCC GCUCUGCCCU AGUUAAGCCA CUGAGGGCCC GGUUAGUAGU UGGGUCGGU GACGACCAGC GAAUCCCGGG UGUUGUACGU

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 43.6 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 126547
初期 角度割当タイプ: OTHER
最終 角度割当タイプ: OTHER
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る