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- EMDB-13034: Cryo-EM structure of the cellular negative regulator TFS4 bound t... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-13034
タイトルCryo-EM structure of the cellular negative regulator TFS4 bound to the archaeal RNA polymerase
マップデータSharpened map from Autosharpen, Phenix v1.15.2
試料
  • 複合体: TFS4 bound to the RNA polymerase
    • タンパク質・ペプチド: x 14種
  • リガンド: x 3種
キーワードnegative regulator / inhibitor / Archaea / Sso TFS4 / trancript cleavage factor / TRANSCRIPTION
機能・相同性
機能・相同性情報


3 iron, 4 sulfur cluster binding / transcription initiation at RNA polymerase III promoter / RNA polymerase III activity / tRNA transcription by RNA polymerase III / RNA polymerase I activity / DNA-directed RNA polymerase complex / RNA polymerase II activity / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity ...3 iron, 4 sulfur cluster binding / transcription initiation at RNA polymerase III promoter / RNA polymerase III activity / tRNA transcription by RNA polymerase III / RNA polymerase I activity / DNA-directed RNA polymerase complex / RNA polymerase II activity / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / defense response to virus / protein dimerization activity / nucleotide binding / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
RNA polymerase Rpo13 subunit HTH domain / RNA polymerase Rpo13 subunit HTH domain / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo8 / DNA-directed RNA polymerase, subunit G / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo12 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo1C / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo7 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo1N / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo2 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo4 ...RNA polymerase Rpo13 subunit HTH domain / RNA polymerase Rpo13 subunit HTH domain / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo8 / DNA-directed RNA polymerase, subunit G / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo12 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo1C / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo7 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo1N / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo2 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo4 / HRDC domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase, subunit E/RPC8 / RNA polymerase subunit Rpb4/RPC9 / RNA polymerase Rpb4 / S1 domain profile. / RNA polymerase subunit Rpb7-like / RNA polymerase Rpb7-like , N-terminal / RNA polymerase Rpb7-like, N-terminal domain superfamily / SHS2 domain found in N terminus of Rpb7p/Rpc25p/MJ0397 / HRDC-like superfamily / RNA polymerase Rpb2, domain 4 / RNA polymerase Rpb2, domain 4 / RNA polymerase Rpb2, domain 5 / RNA polymerase Rpb2, domain 5 / DNA-directed RNA polymerase, M/15kDa subunit / RNA polymerases M/15 Kd subunit / RNA polymerase subunit 9 / DNA-directed RNA polymerase subunit RPABC5/Rpb10 / RNA polymerases, subunit N, zinc binding site / RNA polymerase subunit RPB10 / RNA polymerases N / 8 kDa subunit / RNA polymerases N / 8 Kd subunits signature. / DNA directed RNA polymerase, 7 kDa subunit / RNA polymerase archaeal subunit P/eukaryotic subunit RPABC4 / RNA polymerase, subunit H/Rpb5, conserved site / RNA polymerases H / 23 Kd subunits signature. / RNA polymerase subunit CX / DNA-directed RNA polymerase Rpb11, 13-16kDa subunit, conserved site / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo5/Rpb5 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo11 / RNA polymerases L / 13 to 16 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase, 30-40kDa subunit, conserved site / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo3/Rpb3/RPAC1 / RNA polymerases D / 30 to 40 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase, RBP11-like dimerisation domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerase, subunit H/Rpb5 C-terminal / RNA polymerase subunit RPABC4/transcription elongation factor Spt4 / RPB5-like RNA polymerase subunit superfamily / RNA polymerase Rpb5, C-terminal domain / Archaeal Rpo6/eukaryotic RPB6 RNA polymerase subunit / DNA-directed RNA polymerase, 14-18kDa subunit, conserved site / RNA polymerases K / 14 to 18 Kd subunits signature. / Ribosomal protein S1-like RNA-binding domain / S1 RNA binding domain / S1 domain / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase, subunit omega/Rpo6/RPB6 / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase Rpb1, clamp domain superfamily / RPB6/omega subunit-like superfamily / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime / RNA polymerase Rpb2, domain 2 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase, alpha subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase Rpb1, domain 2 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase, beta subunit, protrusion / RNA polymerase beta subunit / RNA polymerase, N-terminal / RNA polymerase Rpb1, funnel domain superfamily / RNA polymerase I subunit A N-terminus / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / DNA-directed RNA polymerase, insert domain / DNA-directed RNA polymerase, RpoA/D/Rpb3-type / RNA polymerase Rpb3/RpoA insert domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerases D / DNA-directed RNA polymerase, insert domain superfamily / RNA polymerase, RBP11-like subunit / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase, beta subunit, conserved site / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerase Rpb2, OB-fold / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerases beta chain signature. / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2 / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain superfamily / RNA polymerase Rpb2, domain 6 / Nucleic acid-binding, OB-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo1N / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo2 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo1C / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo5 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo6 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo7 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo3 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo10 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo11 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo12 ...DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo1N / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo2 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo1C / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo5 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo6 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo7 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo3 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo10 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo11 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo12 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo13 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo8 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo4 / Transcription factor S4
類似検索 - 構成要素
生物種Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性) / Saccharolobus solfataricus (strain ATCC 35092 / DSM 1617 / JCM 11322 / P2) (古細菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.61 Å
データ登録者Pilotto S / Fouqueau T
資金援助 英国, 1件
OrganizationGrant number国
Wellcome Trust207446/Z/17/Z 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Structural basis of RNA polymerase inhibition by viral and host factors.
著者: Simona Pilotto / Thomas Fouqueau / Natalya Lukoyanova / Carol Sheppard / Soizick Lucas-Staat / Luis Miguel Díaz-Santín / Dorota Matelska / David Prangishvili / Alan C M Cheung / Finn Werner /
要旨: RNA polymerase inhibition plays an important role in the regulation of transcription in response to environmental changes and in the virus-host relationship. Here we present the high-resolution ...RNA polymerase inhibition plays an important role in the regulation of transcription in response to environmental changes and in the virus-host relationship. Here we present the high-resolution structures of two such RNAP-inhibitor complexes that provide the structural bases underlying RNAP inhibition in archaea. The Acidianus two-tailed virus encodes the RIP factor that binds inside the DNA-binding channel of RNAP, inhibiting transcription by occlusion of binding sites for nucleic acid and the transcription initiation factor TFB. Infection with the Sulfolobus Turreted Icosahedral Virus induces the expression of the host factor TFS4, which binds in the RNAP funnel similarly to eukaryotic transcript cleavage factors. However, TFS4 allosterically induces a widening of the DNA-binding channel which disrupts trigger loop and bridge helix motifs. Importantly, the conformational changes induced by TFS4 are closely related to inactivated states of RNAP in other domains of life indicating a deep evolutionary conservation of allosteric RNAP inhibition.
履歴
登録2021年6月4日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年8月25日-
マップ公開2021年8月25日-
更新2024年7月17日-
現状2024年7月17日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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ムービー
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_13034.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_13034.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 139.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Sharpened map from Autosharpen, Phenix v1.15.2
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.085 Å
密度
表面レベル登録者による: 3.2 / ムービー #1: 3.2
最小 - 最大-35.127827000000003 - 51.285446
平均 (標準偏差)0.000000000003778 (±1.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin000
サイズ332332332
Spacing332332332
セルA=B=C: 360.22 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0851.0851.085
M x/y/z332332332
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z360.220360.220360.220
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ332332332
MAP C/R/S321
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS332332332
D min/max/mean-35.12851.2850.000

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添付データ

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追加マップ: Sharpened map from postprocess, relion v3.0. The map...

ファイルemd_13034_additional_1.map
注釈Sharpened map from postprocess, relion v3.0. The map was obtained from Multibody refinement and it corresponds to the smaller body with higher flexibility
投影像・断面図
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ヒストグラム

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ハーフマップ: Half1 map from 3D refinement, relion v3.0

ファイルemd_13034_half_map_1.map
注釈Half1 map from 3D refinement, relion v3.0
投影像・断面図
軸ZYX

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ハーフマップ: Half2 map from 3D refinement, relion v3.0

ファイルemd_13034_half_map_2.map
注釈Half2 map from 3D refinement, relion v3.0
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試料の構成要素

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全体 : TFS4 bound to the RNA polymerase

全体名称: TFS4 bound to the RNA polymerase
要素
  • 複合体: TFS4 bound to the RNA polymerase
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit A'
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit B
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit A''
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit D
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit E
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase, subunit F
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase, subunit G
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit H
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit K
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit L
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit N
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit P
    • タンパク質・ペプチド: Conserved protein
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase, subunit M (RpoM-2)
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: FE3-S4 CLUSTER

+
超分子 #1: TFS4 bound to the RNA polymerase

超分子名称: TFS4 bound to the RNA polymerase / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#14
由来(天然)生物種: Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
分子量理論値: 414 KDa

+
分子 #1: DNA-directed RNA polymerase subunit A'

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit A' / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: DNA-dependent RNA polymerase subunit RPOA' (RPO1N) / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
分子量理論値: 99.929055 KDa
配列文字列: MSEKIIRGVK FGVLSPNEIR QMSVTAIITS EVYDEDGTPI EGGVMDPKLG VIEPGQKCPV CGNTLAGCPG HFGHIELIKP VIHIGYVKH IYDFLRSTCW RCGRIKIKEQ DLERYKRIYN AIKLRWPSAA RRLVEYIKKI SIKNLECPHC GEKQFKIKLE K PYNFNEER ...文字列:
MSEKIIRGVK FGVLSPNEIR QMSVTAIITS EVYDEDGTPI EGGVMDPKLG VIEPGQKCPV CGNTLAGCPG HFGHIELIKP VIHIGYVKH IYDFLRSTCW RCGRIKIKEQ DLERYKRIYN AIKLRWPSAA RRLVEYIKKI SIKNLECPHC GEKQFKIKLE K PYNFNEER NGSIVKLSPS EIRDRLERIP DSDVELLGYD PKSSRPEWMI LTVLPVPPIT IRPSITIESG IRAEDDLTHK LV DIIRLNE RLKESIEAGA PQLIIEDLWD LLQYHVATYF DNEIPGLPPA KHRSGRPLRT LAQRLKGKEG RFRGNLSGKR VDF SARTVI SPDPNLSIDE VGIPYTIARM LTVPERVTNI NIERIRQYII NGPDKWPGAN YVIKPDGRRI DLRYVKDRKE LASS ITAGY VVERHLVDGD VVLFNRQPSL HRISMMAHKV RVLPGRTFRL NLLDCPPYNA DFDGDEMNLH VPQSEEAIAE ARELM LVHK NIITPRYGGP IIGGGQDYIS GAYLLSVKTT LLTVEEVATI LGVTDFVGEL GEPAILAPKP YYTGKQVISL FLPKDF NFH GPANISKGPR ACKDEICPHD SFIVIKNGLL LEGVFDKKAI GNQQPESMLH WSIREYGTEY GKWLMDNVFK MFIRFLE MR GFTMTLEDIT IPDEAQNEIT TKIKEGYSQV DEYIRKFNEG QLEPIPGRTI EESLESYILD TLDKLRKVAG EIATKYLD P FNNVYIMAIT GARGSELNIT QMTALLGQQS VRGERIRRGY RERTLSLFKY GDIAPEARGF VKNSFMRGLS PYEMFFHAA GGREGLVDTA VKTSQSGYMQ RRLINALSDL RIEYDGTVRS LYGDIVQVVY GDDAVHPMYS AHSKSVNVNR VIERVIGWKR

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo1N

+
分子 #2: DNA-directed RNA polymerase subunit B

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 詳細: DNA-dependent RNA polymerase subunit RPOB (RPO2) / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
株: ATCC 33909 / DSM 639 / JCM 8929 / NBRC 15157 / NCIMB 11770
分子量理論値: 126.647102 KDa
配列文字列: MLDTESRWAI AESFFKTRGL VRQHLDSFND FLRNKLQQVI YEQGEIVTEV PGLKIKLGKI RYEKPSIRET DKGPMREITP MEARLRNLT YSSPIFLSMI PVENNIEGEP IEIYIGDLPI MLKSVADPTS NLPIDKLIEI GEDPKDPGGY FIVNGSEKVI I AQEDLATN ...文字列:
MLDTESRWAI AESFFKTRGL VRQHLDSFND FLRNKLQQVI YEQGEIVTEV PGLKIKLGKI RYEKPSIRET DKGPMREITP MEARLRNLT YSSPIFLSMI PVENNIEGEP IEIYIGDLPI MLKSVADPTS NLPIDKLIEI GEDPKDPGGY FIVNGSEKVI I AQEDLATN RVLVDYGKSG SNITHVAKVT SSAAGYRVQV MIERLKDSTI QISFATVPGR IPFAIIMRAL GFVTDRDIVY AV SLDPQIQ NELLPSLEQA SSITSAEEAL DFIGNRVAIG QKRENRIQKA EQVIDKYFLP HLGTSPEDRK KKGYYLASAV NKI LELYLG RREPDDKDHY ANKRVRLAGD LFTSLFRVAF KAFVKDLVYQ LEKSKVRGRR LSLTALVRAD IITERIRHAL ATGN WVGGR TGVSQLLDRT NWLSMLSHLR RVVSSLARGQ PNFEARDLHG TQWGRMCPFE TPEGPNSGLV KNLALLAQVS VGINE SVVE RVAYELGVVS VEDVIRRISE QNEDVEKYMS WSKVYLNGRL LGYYEDGKEL AKKIRESRRQ GKLSDEVNVA YIATDY LNE VHINCDAGRV RRPLIIVNNG TPLVDTEDIK KLKNGEITFD DLVKQGKIEF IDAEEEENAY VALNPQDLTP DHTHLEI WP SAILGIIASI IPYPEHNQSP RNTYQSAMAK QSLGLYASNY QIRTDTRAHL LHYPQMPLVQ TRMLGVIGYN DRPAGANA I LAIMSYTGYN MEDSIIMNKS SIERGMYRST FFRLYSTEEV KYPGGQEDKI ITPEAGVKGY KGKDYYRLLE DNGVVSPEV EVKGGDVLIG KVSPPRFLQE FKELSPEQAK RDTSIVTRHG ENGIVDLVLI TETLEGNKLV KVRVRDLRIP EIGDKFATRH GQKGVVGIL IDQVDMPYTA KGIVPDIILN PHALPSRMTI GQIMEAIGGK YAALSGKPVD ATPFLETPKL QEMQKEILKL G HLPDSTEV VYDGRTGQKL KSRILFGIVY YQKLHHMVAD KMHARARGPV QILTRQPTEG RAREGGLRFG EMERDCLIGF GT AMLIKDR LLDNSDKAVV YICDQCGYVG WYDRSKNRYV CPVHGDKSVL HPVTVSYAFK LLIQELMSMV ISPRLILGEK VNL GGASNE

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo2

+
分子 #3: DNA-directed RNA polymerase subunit A''

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit A'' / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 詳細: DNA-dependent RNA polymerase subunit RPOA'' (RPO1C) / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
分子量理論値: 44.50743 KDa
配列文字列: MIDEKLKGYI DKRLNEIKDK IPDKLHEDLR AAIMDINGVE LTEEDIDRII DLTIREYQQS LIEPGEAIGV VTAQSVGEPG TQMTLRTFH FAGIRELNVT LGLPRLIEIV DARKVPSTPM MTIYLTDEYK TDKDKALDIA RRIEYTRVEN VVSSVSVDIS N MSITLQFD ...文字列:
MIDEKLKGYI DKRLNEIKDK IPDKLHEDLR AAIMDINGVE LTEEDIDRII DLTIREYQQS LIEPGEAIGV VTAQSVGEPG TQMTLRTFH FAGIRELNVT LGLPRLIEIV DARKVPSTPM MTIYLTDEYK TDKDKALDIA RRIEYTRVEN VVSSVSVDIS N MSITLQFD QEMLKDKGVS IEEIKKIITK LKLGEIRIED NDEYSFTIYF EKIDSIMALF KMREKILNTK IKGVKGIKRA IV QKKGDEY VIITDGSNLE GIMNVTGVDI NKIQTNNIHE VEEVLGIEAA RELISREIKK VLEEQGLDVD MRHIVLVSDI MTR TGDIRQ IGRHGVTGEK SSVLARAAFE VTVKHLLDAA ARGEREEFKG VIENIIIGQP IRLGTGIVEL TMKPNMR

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo1C

+
分子 #4: DNA-directed RNA polymerase subunit D

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit D / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / 詳細: DNA-dependent RNA polymerase subunit RPOD (RPO3) / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
分子量理論値: 29.858752 KDa
配列文字列: MPISLIERNG LRLRLVLENY PLEFVNSIRR ASILYVPVMA VDEVYFIENN SPLYDEILAH RLALVPFVSD EALEHYRPPE ECAECKENC DGCYNRVYLD VEAKDQPLMI YSRDLKSEDQ MITPVSGAIP IVLLGSKQKI SLEARLRLGY GKEHIKYSPV S VSIVRYYP ...文字列:
MPISLIERNG LRLRLVLENY PLEFVNSIRR ASILYVPVMA VDEVYFIENN SPLYDEILAH RLALVPFVSD EALEHYRPPE ECAECKENC DGCYNRVYLD VEAKDQPLMI YSRDLKSEDQ MITPVSGAIP IVLLGSKQKI SLEARLRLGY GKEHIKYSPV S VSIVRYYP KVTVLGNCEK AVEVCPEGVF AMENNKLVVK NELSCILCEE CLKYCAGSVS IESVENKFIL EIESVGSLKP ER ILIEASK SLLRKLSELK SKLEAGK

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo3

+
分子 #5: DNA-directed RNA polymerase subunit E

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit E / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / 詳細: DNA-dependent RNA polymerase subunit RPOE (RPO7) / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
分子量理論値: 20.49675 KDa
配列文字列:
MFKLVRAKGI VRIPPEYFGQ SVDEIAIKIL RQEYQEKLIK DIGVVLGIVN AKASEEGFII FGDGATYHEV EFDMLVYTPI IHEVIEGEV SQVDNYGVYV NMGPVDGLVH ISQITDDNLK FDSNRGILIG EKSKKSIQKG DRVRAMIISA SMSSGRLPRI A LTMKQPYL GKIEWINQEI AKASK

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo7

+
分子 #6: DNA-directed RNA polymerase, subunit F

分子名称: DNA-directed RNA polymerase, subunit F / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / 詳細: DNA-dependent RNA polymerase subunit RPOF (RPO4) / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
分子量理論値: 13.070987 KDa
配列文字列:
MSYSLKTIEE HFVPYSIAKK YIKELIDTGS SSNLIQKTFD YLNSISRCDE DSASKIMKEL EEIVKREDVR AVLASICPTT VEEVRSVLV IDPSTIYSTE QIQKIIEIIK KYVES

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo4

+
分子 #7: DNA-directed RNA polymerase, subunit G

分子名称: DNA-directed RNA polymerase, subunit G / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / 詳細: DNA-dependent RNA polymerase subunit RPOG (RPO8) / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
分子量理論値: 15.292758 KDa
組換発現生物種: Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
配列文字列:
MKEMMQGTCK ISSIEKGALK NLYVVKMDCD NDLKIEFDIT KELSIFSKDE EVTFIISREK PEYSEKDFCA HGYLFLERQQ EDGSFIDEI SLYGLIVKIL SKNGLINSKL FKMMDHVYYC VKKKAHHHHH H

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo8

+
分子 #8: DNA-directed RNA polymerase subunit H

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit H / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / 詳細: DNA-dependent RNA polymerase subunit RPOH (RPO5) / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
分子量理論値: 9.477059 KDa
配列文字列:
MRSSSKKKID ISNHELVPKH EILQLEEAYK LVKELGIKPE QLPWIRASDP VAKSIGAKPG DIIKITRKSP FTGESVTYRY VITG

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo5

+
分子 #9: DNA-directed RNA polymerase subunit K

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit K / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / 詳細: DNA-dependent RNA polymerase subunit RPOK (RPO6) / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
分子量理論値: 10.25199 KDa
配列文字列:
MTIDKINEIF KENWKNKLTK YEIARIISAR ALQLSMGALP LIDTSNLKSD DVISIAEEEL KRGVLPITIR RIYPNGQVEL ISVRKIENR

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo6

+
分子 #10: DNA-directed RNA polymerase subunit L

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit L / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / 詳細: DNA-dependent RNA polymerase subunit RPOL (RPO11) / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
分子量理論値: 10.061791 KDa
配列文字列:
MEIKVIKEEQ NYLELQIDGE EHTIGNLLKG MLLKVPGVKF AAYSLPHPLI TSITIKILTD GSISAREALI KAIELAENYA NLFIDEVKK I

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo11

+
分子 #11: DNA-directed RNA polymerase subunit N

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit N / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / 詳細: DNA-dependent RNA polymerase subunit RPON (RPO10) / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
分子量理論値: 7.673108 KDa
配列文字列:
MIIPIRCFTC GAVVADKWEP FSNRVMGGED PEKVLTELGV NRYCCRRMLL SHVNIIREII HYTRPI

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo10

+
分子 #12: DNA-directed RNA polymerase subunit P

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit P / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / 詳細: DNA-dependent RNA polymerase subunit RPOP (RPO12) / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
株: ATCC 33909 / DSM 639 / JCM 8929 / NBRC 15157 / NCIMB 11770
分子量理論値: 5.662912 KDa
配列文字列:
MAKYRCGKCW KELDDDQLKT LPGVRCPYCG YRIIYMVRKP TVKIVKAI

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo12

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分子 #13: Conserved protein

分子名称: Conserved protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / 詳細: DNA-dependent RNA polymerase subunit RPO13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
分子量理論値: 12.331662 KDa
配列文字列:
MSEDDSKKEP EPEETEAEIK HEEISREEDD EGGEFSTVTI SDIEMLLKDT EIWDKLLRNE LSIEEAKKMF DDVARSYSKA DKKKRRVEK KPKKGKVTKK SDEEEE

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo13

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分子 #14: DNA-directed RNA polymerase, subunit M (RpoM-2)

分子名称: DNA-directed RNA polymerase, subunit M (RpoM-2) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / 詳細: DNA-directed RNA polymerase subunit RpoM-2 (TFS4) / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Saccharolobus solfataricus (strain ATCC 35092 / DSM 1617 / JCM 11322 / P2) (古細菌)
株: ATCC 35092 / DSM 1617 / JCM 11322 / P2
分子量理論値: 10.422411 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MRFCPKCGSF LKVKGNKMVC SKCGYSDHDV EKVILKENVA HENDKTIIAD GETIEGRVAI SLCPRCGSVR AILLNKKKRL YRCMTCNFV YNI

UniProtKB: Transcription factor S4

+
分子 #15: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 15 / コピー数: 1 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

+
分子 #16: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 16 / コピー数: 8 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

+
分子 #17: FE3-S4 CLUSTER

分子名称: FE3-S4 CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 17 / コピー数: 1 / 式: F3S
分子量理論値: 295.795 Da
Chemical component information

ChemComp-F3S:
FE3-S4 CLUSTER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度0.4 mg/mL
緩衝液pH: 7
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMC8H18N2O4SHepes
200.0 mMNaClsodium chloride
5.0 mMMgCl2magnesium chloride
100.0 microMZnSO4zinc sulfate
5.0 mMC4H10O2S2DTT
グリッドモデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
詳細: the grid was coated with graphene oxide after to be glow discharged and before applying the sample
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 94 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細the sample was applied twice on the grid before vetrification

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1760 / 平均露光時間: 2.0 sec. / 平均電子線量: 45.2 e/Å2
詳細: images were collected as movie-stacks of 40 frames in super resolution mode
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 81000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細All images were binned 2x, aligned and summed by using MotionCor2
粒子像選択選択した数: 1161535
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成使用したクラス数: 2 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.61 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / ソフトウェア - 詳細: 3D refinement / 使用した粒子像数: 350682
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / ソフトウェア - 詳細: 2D classification
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / ソフトウェア - 詳細: 3D classification
最終 3次元分類クラス数: 2 / 平均メンバー数/クラス: 170000 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / ソフトウェア - 詳細: 3D classification
詳細: All particles clustered in only one class which showed some preferred orientations later removed with a home-made script
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

7ok0


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: CC
得られたモデル

PDB-7oqy:
Cryo-EM structure of the cellular negative regulator TFS4 bound to the archaeal RNA polymerase

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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