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- EMDB-12736: Ribosomal methyltransferase KsgA bound to small ribosomal subunit -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-12736
タイトルRibosomal methyltransferase KsgA bound to small ribosomal subunit
マップデータKsgA bound to bacterial ribosomal small subunit 30S
試料
  • 複合体: KsgA bound to bacterial ribosomal small subunit 30S
    • タンパク質・ペプチド: x 14種
    • RNA: x 1種
  • リガンド: x 1種
キーワードMethyltransferase KsgA / 30S / RIBOSOME
機能・相同性
機能・相同性情報


16S rRNA (adenine1518-N6/adenine1519-N6)-dimethyltransferase / 16S rRNA (adenine(1518)-N(6)/adenine(1519)-N(6))-dimethyltransferase activity / mRNA 5'-UTR binding / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / tRNA binding / cytoplasmic translation / rRNA binding ...16S rRNA (adenine1518-N6/adenine1519-N6)-dimethyltransferase / 16S rRNA (adenine(1518)-N(6)/adenine(1519)-N(6))-dimethyltransferase activity / mRNA 5'-UTR binding / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / tRNA binding / cytoplasmic translation / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / RNA binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
rRNA adenine dimethylase-like, C-terminal / Ribosomal RNA adenine dimethylase / Ribosomal RNA adenine methylase transferase, conserved site / Ribosomal RNA adenine methylase transferase, N-terminal / Ribosomal RNA adenine dimethylases signature. / Ribosomal RNA adenine dimethylases / Ribosomal RNA adenine methyltransferase KsgA/Erm / Ribosomal RNA adenine dimethylase / rRNA adenine N(6)-methyltransferase family profile. / Ribosomal protein S21, conserved site ...rRNA adenine dimethylase-like, C-terminal / Ribosomal RNA adenine dimethylase / Ribosomal RNA adenine methylase transferase, conserved site / Ribosomal RNA adenine methylase transferase, N-terminal / Ribosomal RNA adenine dimethylases signature. / Ribosomal RNA adenine dimethylases / Ribosomal RNA adenine methyltransferase KsgA/Erm / Ribosomal RNA adenine dimethylase / rRNA adenine N(6)-methyltransferase family profile. / Ribosomal protein S21, conserved site / Ribosomal protein S21 signature. / Ribosomal protein S21 superfamily / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein S16, conserved site / Ribosomal protein S16 signature. / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein S6, conserved site / Ribosomal protein S6 signature. / Ribosomal protein S11, bacterial-type / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S20 superfamily / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S4, bacterial-type / 30S ribosomal protein S17 / Ribosomal protein S5, bacterial-type / Ribosomal protein S6, plastid/chloroplast / Ribosomal protein S2, bacteria/mitochondria/plastid / Ribosomal protein S18, conserved site / Ribosomal protein S18 signature. / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 domain superfamily / Ribosomal protein S15, bacterial-type / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S6 superfamily / Ribosomal protein S2 signature 2. / Ribosomal protein S12, bacterial-type / Translation elongation factor EF1B/ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S18 / Ribosomal protein S18 / Ribosomal protein S18 superfamily / Ribosomal protein S2 signature 1. / Ribosomal protein S2, conserved site / Ribosomal protein S5, N-terminal, conserved site / Ribosomal protein S5 signature. / Ribosomal protein S2 / Ribosomal protein S2, flavodoxin-like domain superfamily / Ribosomal protein S2 / Ribosomal protein S17, conserved site / Ribosomal protein S17 signature. / S5 double stranded RNA-binding domain profile. / Ribosomal protein S5 / Ribosomal protein S5, N-terminal / Ribosomal protein S5, N-terminal domain / Ribosomal protein S5, C-terminal / Ribosomal protein S4/S9 N-terminal domain / Ribosomal protein S5, C-terminal domain / Ribosomal protein S8 signature. / Ribosomal protein S4/S9 N-terminal domain / Ribosomal protein S4/S9, N-terminal / Ribosomal protein S4, conserved site / Ribosomal protein S4 signature. / Ribosomal protein S15 signature. / Ribosomal protein S4/S9 / Ribosomal protein S8 / Ribosomal protein S8 superfamily / Ribosomal protein S8 / S4 RNA-binding domain profile. / Ribosomal S11, conserved site / Ribosomal protein S11 signature. / Ribosomal protein S11 / S4 RNA-binding domain / Ribosomal protein S11 / S4 domain / RNA-binding S4 domain / RNA-binding S4 domain superfamily / Ribosomal protein S12 signature. / Ribosomal protein S12/S23 / Ribosomal protein S12/S23 / Ribosomal protein S17/S11 / Ribosomal protein S17 / Ribosomal protein S15 / Ribosomal_S15 / Ribosomal protein S15 / Ribosomal protein S11 superfamily / S15/NS1, RNA-binding / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Nucleic acid-binding, OB-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
30S ribosomal protein S2 / Ribosomal RNA small subunit methyltransferase A / 30S ribosomal protein S21 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein uS5 / 30S ribosomal protein S18 / Small ribosomal subunit protein bS16 / 30S ribosomal protein S15 / 30S ribosomal protein S8 / Small ribosomal subunit protein uS12 ...30S ribosomal protein S2 / Ribosomal RNA small subunit methyltransferase A / 30S ribosomal protein S21 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein uS5 / 30S ribosomal protein S18 / Small ribosomal subunit protein bS16 / 30S ribosomal protein S15 / 30S ribosomal protein S8 / Small ribosomal subunit protein uS12 / 30S ribosomal protein S20 / Small ribosomal subunit protein bS6 / 30S ribosomal protein S17 / Small ribosomal subunit protein uS4
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌) / Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Stephan NC / Ries AB
資金援助 スイス, 1件
OrganizationGrant number国
Swiss National Science Foundation31003A_182341 スイス
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2021
タイトル: Structural basis of successive adenosine modifications by the conserved ribosomal methyltransferase KsgA.
著者: Niklas C Stephan / Anne B Ries / Daniel Boehringer / Nenad Ban /
要旨: Biogenesis of ribosomal subunits involves enzymatic modifications of rRNA that fine-tune functionally important regions. The universally conserved prokaryotic dimethyltransferase KsgA sequentially ...Biogenesis of ribosomal subunits involves enzymatic modifications of rRNA that fine-tune functionally important regions. The universally conserved prokaryotic dimethyltransferase KsgA sequentially modifies two universally conserved adenosine residues in helix 45 of the small ribosomal subunit rRNA, which is in proximity of the decoding site. Here we present the cryo-EM structure of Escherichia coli KsgA bound to an E. coli 30S at a resolution of 3.1 Å. The high-resolution structure reveals how KsgA recognizes immature rRNA and binds helix 45 in a conformation where one of the substrate nucleotides is flipped-out into the active site. We suggest that successive processing of two adjacent nucleotides involves base-flipping of the rRNA, which allows modification of the second substrate nucleotide without dissociation of the enzyme. Since KsgA is homologous to the essential eukaryotic methyltransferase Dim1 involved in 40S maturation, these results have also implications for understanding eukaryotic ribosome maturation.
履歴
登録2021年4月8日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年6月16日-
マップ公開2021年6月16日-
更新2024年7月10日-
現状2024年7月10日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.081
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_12736.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_12736.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈KsgA bound to bacterial ribosomal small subunit 30S
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.39 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.081 / ムービー #1: 0.081
最小 - 最大-0.079294406 - 0.24466532
平均 (標準偏差)0.00036297398 (±0.005544969)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 444.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.391.391.39
M x/y/z320320320
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z444.800444.800444.800
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ280280280
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS320320320
D min/max/mean-0.0790.2450.000

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_12736_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_12736_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_12736_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : KsgA bound to bacterial ribosomal small subunit 30S

全体名称: KsgA bound to bacterial ribosomal small subunit 30S
要素
  • 複合体: KsgA bound to bacterial ribosomal small subunit 30S
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal RNA small subunit methyltransferase A
    • RNA: 16S rRNA
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S2
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S4
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S5
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S6, fully modified isoform
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S8
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S11
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S12
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S15
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S16
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S17
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S18
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S20
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S21
  • リガンド: MAGNESIUM ION

+
超分子 #1: KsgA bound to bacterial ribosomal small subunit 30S

超分子名称: KsgA bound to bacterial ribosomal small subunit 30S / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#15
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)

+
分子 #1: Ribosomal RNA small subunit methyltransferase A

分子名称: Ribosomal RNA small subunit methyltransferase A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 16S rRNA (adenine1518-N6/adenine1519-N6)-dimethyltransferase
由来(天然)生物種: Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / 株: K12
分子量理論値: 27.988273 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: QNFLNDQFVI DSIVSAINPQ KGQAMVEIGP GLAALTEPVG ERLDQLTVIE LDRDLAARLQ THPFLGPKLT IYQQDAMTFN FGELAEKMG QPLRVFGNLP YNISTPLMFH LFSYTDAIAD MHFMLQKEVV NRLVAGPNSK AYGRLSVMAQ YYCNVIPVLE V PPSAFTPP ...文字列:
QNFLNDQFVI DSIVSAINPQ KGQAMVEIGP GLAALTEPVG ERLDQLTVIE LDRDLAARLQ THPFLGPKLT IYQQDAMTFN FGELAEKMG QPLRVFGNLP YNISTPLMFH LFSYTDAIAD MHFMLQKEVV NRLVAGPNSK AYGRLSVMAQ YYCNVIPVLE V PPSAFTPP PKVDSAVVRL VPHATMPHPV KDVRVLSRIT TEAFNQRRKT IRNSLGNLFS VEVLTGMGID PAMRAENISV AQ YCQMANY LAENA

UniProtKB: Ribosomal RNA small subunit methyltransferase A

+
分子 #3: 30S ribosomal protein S2

分子名称: 30S ribosomal protein S2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: JW0050.3
分子量理論値: 25.072867 KDa
配列文字列: TVSMRDMLKA GVHFGHQTRY WNPKMKPFIF GARNKVHIIN LEKTVPMFNE ALAELNKIAS RKGKILFVGT KRAASEAVKD AALSCDQFF VNHRWLGGML TNWKTVRQSI KRLKDLETQS QDGTFDKLTK KEALMRTREL EKLENSLGGI KDMGGLPDAL F VIDADHEH ...文字列:
TVSMRDMLKA GVHFGHQTRY WNPKMKPFIF GARNKVHIIN LEKTVPMFNE ALAELNKIAS RKGKILFVGT KRAASEAVKD AALSCDQFF VNHRWLGGML TNWKTVRQSI KRLKDLETQS QDGTFDKLTK KEALMRTREL EKLENSLGGI KDMGGLPDAL F VIDADHEH IAIKEANNLG IPVFAIVDTN SDPDGVDFVI PGNDDAIRAV TLYLGAVAAT VREGRSQ

UniProtKB: 30S ribosomal protein S2

+
分子 #4: 30S ribosomal protein S4

分子名称: 30S ribosomal protein S4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: JW0050.3
分子量理論値: 23.383002 KDa
配列文字列: ARYLGPKLKL SRREGTDLFL KSGVRAIDTK CKIEQAPGQH GARKPRLSDY GVQLREKQKV RRIYGVLERQ FRNYYKEAAR LKGNTGENL LALLEGRLDN VVYRMGFGAT RAEARQLVSH KAIMVNGRVV NIASYQVSPN DVVSIREKAK KQSRVKAALE L AEQREKPT ...文字列:
ARYLGPKLKL SRREGTDLFL KSGVRAIDTK CKIEQAPGQH GARKPRLSDY GVQLREKQKV RRIYGVLERQ FRNYYKEAAR LKGNTGENL LALLEGRLDN VVYRMGFGAT RAEARQLVSH KAIMVNGRVV NIASYQVSPN DVVSIREKAK KQSRVKAALE L AEQREKPT WLEVDAGKME GTFKRKPERS DLSADINEHL IVELYSK

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS4

+
分子 #5: 30S ribosomal protein S5

分子名称: 30S ribosomal protein S5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: JW0050.3
分子量理論値: 16.661268 KDa
配列文字列:
ELQEKLIAVN RVSKTVKGGR IFSFTALTVV GDGNGRVGFG YGKAREVPAA IQKAMEKARR NMINVALNNG TLQHPVKGVH TGSRVFMQP ASEGTGIIAG GAMRAVLEVA GVHNVLAKAY GSTNPINVVR ATIDGLENMN SPEMVAAKRG KSVEEILGK

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS5

+
分子 #6: 30S ribosomal protein S6, fully modified isoform

分子名称: 30S ribosomal protein S6, fully modified isoform / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: JW0050.3
分子量理論値: 12.326251 KDa
配列文字列:
MRHYEIVFMV HPDQSEQVPG MIERYTAAIT GAEGKIHRLE DWGRRQLAYP INKLHKAHYV LMNVEAPQEV IDELETTFRF NDAVIRSMV MRTKHAVTEA SPMVKAK

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein bS6

+
分子 #7: 30S ribosomal protein S8

分子名称: 30S ribosomal protein S8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: JW0050.3
分子量理論値: 14.015361 KDa
配列文字列:
SMQDPIADML TRIRNGQAAN KAAVTMPSSK LKVAIANVLK EEGFIEDFKV EGDTKPELEL TLKYFQGKAV VESIQRVSRP GLRIYKRKD ELPKVMAGLG IAVVSTSKGV MTDRAARQAG LGGEIICYVA

UniProtKB: 30S ribosomal protein S8

+
分子 #8: 30S ribosomal protein S11

分子名称: 30S ribosomal protein S11 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: JW0050.3
分子量理論値: 12.4872 KDa
配列文字列:
RKQVSDGVAH IHASFNNTIV TITDRQGNAL GWATAGGSGF RGSRKSTPFA AQVAAERCAD AVKEYGIKNL EVMVKGPGPG RESTIRALN AAGFRITNIT DVTPIPHNGC RPPKKRRV

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS11

+
分子 #9: 30S ribosomal protein S12

分子名称: 30S ribosomal protein S12 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: JW0050.3
分子量理論値: 13.636961 KDa
配列文字列:
ATVNQLVRKP RARKVAKSNV PALEACPQKR GVCTRVYTTT PKKPNSALRK VCRVRLTNGF EVTSYIGGEG HNLQEHSVIL IRGGRVKDL PGVRYHTVRG ALDCSGVKDR KQARSKYGVK RPKA

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS12

+
分子 #10: 30S ribosomal protein S15

分子名称: 30S ribosomal protein S15 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: JW0050.3
分子量理論値: 10.159621 KDa
配列文字列:
SLSTEATAKI VSEFGRDAND TGSTEVQVAL LTAQINHLQG HFAEHKKDHH SRRGLLRMVS QRRKLLDYLK RKDVARYTQL IERLGLRR

UniProtKB: 30S ribosomal protein S15

+
分子 #11: 30S ribosomal protein S16

分子名称: 30S ribosomal protein S16 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: JW0050.3
分子量理論値: 9.207572 KDa
配列文字列:
MVTIRLARHG AKKRPFYQVV VADSRNARNG RFIERVGFFN PIASEKEEGT RLDLDRIAHW VGQGATISDR VAALIKEVNK AA

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein bS16

+
分子 #12: 30S ribosomal protein S17

分子名称: 30S ribosomal protein S17 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: JW0050.3
分子量理論値: 9.263946 KDa
配列文字列:
KIRTLQGRVV SDKMEKSIVV AIERFVKHPI YGKFIKRTTK LHVHDENNEC GIGDVVEIRE CRPLSKTKSW TLVRVVEKAV

UniProtKB: 30S ribosomal protein S17

+
分子 #13: 30S ribosomal protein S18

分子名称: 30S ribosomal protein S18 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: JW0050.3
分子量理論値: 6.466477 KDa
配列文字列:
EIDYKDIATL KNYITESGKI VPSRITGTRA KYQRQLARAI KRARYLSLLP YTDRH

UniProtKB: 30S ribosomal protein S18

+
分子 #14: 30S ribosomal protein S20

分子名称: 30S ribosomal protein S20 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: JW0050.3
分子量理論値: 9.577268 KDa
配列文字列:
ANIKSAKKRA IQSEKARKHN ASRRSMMRTF IKKVYAAIEA GDKAAAQKAF NEMQPIVDRQ AAKGLIHKNK AARHKANLTA QINKLA

UniProtKB: 30S ribosomal protein S20

+
分子 #15: 30S ribosomal protein S21

分子名称: 30S ribosomal protein S21 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: JW0050.3
分子量理論値: 6.629744 KDa
配列文字列:
PVIKVRENEP FDVALRRFKR SCEKAGVLAE VRRREFYEKP TTERKRAKAS AVKRHA

UniProtKB: 30S ribosomal protein S21

+
分子 #2: 16S rRNA

分子名称: 16S rRNA / タイプ: rna / ID: 2 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: JW0050.3
分子量理論値: 312.980562 KDa
配列文字列: AAAUUGAAGA GUUUGAUCAU GGCUCAGAUU GAACGCUGGC GGCAGGCCUA ACACAUGCAA GUCGAACGGU AACAGGAUUG CUGACGAGU GGCGGACGGG UGAGUAAUGU CUGGGAAACU GCCUGAUGGA GGGGGAUAAC UACUGGAAAC GGUAGCUAAU A CCGCAUAA ...文字列:
AAAUUGAAGA GUUUGAUCAU GGCUCAGAUU GAACGCUGGC GGCAGGCCUA ACACAUGCAA GUCGAACGGU AACAGGAUUG CUGACGAGU GGCGGACGGG UGAGUAAUGU CUGGGAAACU GCCUGAUGGA GGGGGAUAAC UACUGGAAAC GGUAGCUAAU A CCGCAUAA CGUCGCAAGA CCAAAGAGGG GGACCUUCGG GCCUCUUGCC AUCGGAUGUG CCCAGAUGGG AUUAGCUAGU AG GUGGGGU AACGGCUCAC CUAGGCGACG AUCCCUAGCU GGUCUGAGAG GAUGACCAGC CACACUGGAA CUGAGACACG GUC CAGACU CCUACGGGAG GCAGCAGUGG GGAAUAUUGC ACAAUGGGCG CAAGCCUGAU GCAGCCAUGC CGCGUGUAUG AAGA AGGCC UUCGGGUUGU AAAGUACUUU CAGCGGGGAG GAAGGGAGUA AAGUUAAUAC CUUUGCUCAU UGACGUUACC CGCAG AAGA AGCACCGGCU AACUCCGUGC CAGCAGCCGC GGUAAUACGG AGGGUGCAAG CGUUAAUCGG AAUUACUGGG CGUAAA GCG CACGCAGGCG GUUUGUUAAG UCAGAUGUGA AAUCCCCGGG CUCAACCUGG GAACUGCAUC UGAUACUGGC AAGCUUG AG UCUCGUAGAG GGGGGUAGAA UUCCAGGUGU AGCGGUGAAA UGCGUAGAGA UCUGGAGGAA UACCGGUGGC GAAGGCGG C CCCCUGGACG AAGACUGACG CUCAGGUGCG AAAGCGUGGG GAGCAAACAG GAUCCUGGUA GUCCACGCCG UAAACGAUG UCGACUUGGA GGUUGUGCCG GCGUGGCUUC CGGAGCUAAC GCGUUAAGUC GACCGCCUGG GGAGUACGGC CGCAAGGUUA AAACUCAAA UGAAUUGACG CUCGUGUUGU GAAAUGUUGG GUUCCCGCAA CGAGCGGUAC AAACCGUAGG GGAACCUGCG G UUGG

+
分子 #16: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 16 / コピー数: 167 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.6
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
平均電子線量: 35.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 165073
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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