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- EMDB-12544: Hantaan virus-like particle glycoprotein spike in complex with Fa... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-12544
タイトルHantaan virus-like particle glycoprotein spike in complex with Fab fragment HTN-Gn1.
マップデータA reconstruction of a Hantaan virus-like particle glycoprotein spike bound to the Fab fragment of HTN-Gn1.
試料
  • ウイルス: Hantaan orthohantavirus (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Fab fragment HTN-Gn1 Heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: Fab fragment HTN-Gn1 Light chain
    • タンパク質・ペプチド: Envelope polyprotein
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host TRAF-mediated signal transduction / host cell Golgi membrane / host cell mitochondrion / host cell surface / host cell endoplasmic reticulum membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / virion membrane / signal transduction / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Hantavirus glycoprotein Gn, base / Hantavirus glycoprotein Gn / ITAM motif, hantavirus type / Envelope glycoprotein precursor, Hantavirus / Hantavirus glycoprotein Gn, head / Hantavirus ITAM motif / ITAM motif hantavirus type profile. / : / Hantavirus glycoprotein Gc, C-terminal ...: / Hantavirus glycoprotein Gn, base / Hantavirus glycoprotein Gn / ITAM motif, hantavirus type / Envelope glycoprotein precursor, Hantavirus / Hantavirus glycoprotein Gn, head / Hantavirus ITAM motif / ITAM motif hantavirus type profile. / : / Hantavirus glycoprotein Gc, C-terminal / Hantavirus glycoprotein Gc / Hantavirus glycoprotein Gc, N-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelopment polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / Hantaan orthohantavirus (ウイルス)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 19.0 Å
データ登録者Stass R / Rissanen I / Bowden TA / Huiskonen JT
資金援助 英国, 1件
OrganizationGrant number国
European Research Council (ERC)649053 英国
引用ジャーナル: mBio / 年: 2021
タイトル: Structural Basis for a Neutralizing Antibody Response Elicited by a Recombinant Hantaan Virus Gn Immunogen.
著者: Ilona Rissanen / Stefanie A Krumm / Robert Stass / Annalis Whitaker / James E Voss / Emily A Bruce / Sylvia Rothenberger / Stefan Kunz / Dennis R Burton / Juha T Huiskonen / Jason W Botten / ...著者: Ilona Rissanen / Stefanie A Krumm / Robert Stass / Annalis Whitaker / James E Voss / Emily A Bruce / Sylvia Rothenberger / Stefan Kunz / Dennis R Burton / Juha T Huiskonen / Jason W Botten / Thomas A Bowden / Katie J Doores /
要旨: Hantaviruses are a group of emerging pathogens capable of causing severe disease upon zoonotic transmission to humans. The mature hantavirus surface presents higher-order tetrameric assemblies of two ...Hantaviruses are a group of emerging pathogens capable of causing severe disease upon zoonotic transmission to humans. The mature hantavirus surface presents higher-order tetrameric assemblies of two glycoproteins, Gn and Gc, which are responsible for negotiating host cell entry and constitute key therapeutic targets. Here, we demonstrate that recombinantly derived Gn from Hantaan virus (HTNV) elicits a neutralizing antibody response (serum dilution that inhibits 50% infection [ID], 1:200 to 1:850) in an animal model. Using antigen-specific B cell sorting, we isolated monoclonal antibodies (mAbs) exhibiting neutralizing and non-neutralizing activity, termed mAb HTN-Gn1 and mAb nnHTN-Gn2, respectively. Crystallographic analysis reveals that these mAbs target spatially distinct epitopes at disparate sites of the N-terminal region of the HTNV Gn ectodomain. Epitope mapping onto a model of the higher order (Gn-Gc) spike supports the immune accessibility of the mAb HTN-Gn1 epitope, a hypothesis confirmed by electron cryo-tomography of the antibody with virus-like particles. These data define natively exposed regions of the hantaviral Gn that can be targeted in immunogen design. The spillover of pathogenic hantaviruses from rodent reservoirs into the human population poses a continued threat to human health. Here, we show that a recombinant form of the Hantaan virus (HTNV) surface-displayed glycoprotein, Gn, elicits a neutralizing antibody response in rabbits. We isolated a neutralizing (HTN-Gn1) and a non-neutralizing (nnHTN-Gn2) monoclonal antibody and provide the first molecular-level insights into how the Gn glycoprotein may be targeted by the antibody-mediated immune response. These findings may guide rational vaccine design approaches focused on targeting the hantavirus glycoprotein envelope.
履歴
登録2021年3月3日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年6月23日-
マップ公開2021年6月23日-
更新2021年9月15日-
現状2021年9月15日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1.35
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 1.35
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7nrh
  • 表面レベル: 1.35
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-7nrh
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_12544.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_12544.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 931.6 KB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈A reconstruction of a Hantaan virus-like particle glycoprotein spike bound to the Fab fragment of HTN-Gn1.
ボクセルのサイズX=Y=Z: 7.04 Å
密度
表面レベル登録者による: 1.35 / ムービー #1: 1.35
最小 - 最大-5.8255186 - 8.464707
平均 (標準偏差)-0.1933619 (±0.8838172)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ626262
Spacing626262
セルA=B=C: 436.48 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z7.047.047.04
M x/y/z626262
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z436.480436.480436.480
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS626262
D min/max/mean-5.8268.465-0.193

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_12544_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map (odd) used to estimate resolution by FSC.

ファイルemd_12544_half_map_1.map
注釈Half map (odd) used to estimate resolution by FSC.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Half map (even) used to estimate resolution by FSC.

ファイルemd_12544_half_map_2.map
注釈Half map (even) used to estimate resolution by FSC.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Hantaan orthohantavirus

全体名称: Hantaan orthohantavirus (ウイルス)
要素
  • ウイルス: Hantaan orthohantavirus (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Fab fragment HTN-Gn1 Heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: Fab fragment HTN-Gn1 Light chain
    • タンパク質・ペプチド: Envelope polyprotein

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超分子 #1: Hantaan orthohantavirus

超分子名称: Hantaan orthohantavirus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 1980471 / 生物種: Hantaan orthohantavirus / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: Yes
Host system生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Fab fragment HTN-Gn1 Heavy chain

分子名称: Fab fragment HTN-Gn1 Heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 24.284264 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: TGQSLVESGG DLVKPEGSLT LTCTASGFSF SSTHWICWVR QAPGKGLEWI ACIYVGNTYD SYYANWAKGR FTISKTSSTT VTLQMTTLT AADTATYFCA RSGSVFGVVS LWGPGTLVTV SSGQPKAPSV FPLAPCCGDT PSSTVTLGCL VKGYLPEPVT V TWNSGTLT ...文字列:
TGQSLVESGG DLVKPEGSLT LTCTASGFSF SSTHWICWVR QAPGKGLEWI ACIYVGNTYD SYYANWAKGR FTISKTSSTT VTLQMTTLT AADTATYFCA RSGSVFGVVS LWGPGTLVTV SSGQPKAPSV FPLAPCCGDT PSSTVTLGCL VKGYLPEPVT V TWNSGTLT NGVRTFPSVR QSSGLYSLSS VVSVTSSSQP VTCNVAHPAT NTKVDKTVAP STCSGTKHHH HHH

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分子 #2: Fab fragment HTN-Gn1 Light chain

分子名称: Fab fragment HTN-Gn1 Light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 22.943162 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: TGQVLTQTPA SVSEPVEGTV TIKCQASQSI NNWLSWYQQR PGQPPKLLIY DASTVASGVS SRFKGSGSGT EFTLTISDLE CADAATYAC QSYGYGISIT DNSAFGGGTE VVVRGDPVAP SVLIFPPAAD QVATGTVTIV CVANKYFPDV TVTWEVDGTT Q TTGIENSK ...文字列:
TGQVLTQTPA SVSEPVEGTV TIKCQASQSI NNWLSWYQQR PGQPPKLLIY DASTVASGVS SRFKGSGSGT EFTLTISDLE CADAATYAC QSYGYGISIT DNSAFGGGTE VVVRGDPVAP SVLIFPPAAD QVATGTVTIV CVANKYFPDV TVTWEVDGTT Q TTGIENSK TPQNSADCTY NLSSTLTLTS TQYNSHKEYT CKVTQGTTSV VQSFNRGDC

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分子 #3: Envelope polyprotein

分子名称: Envelope polyprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Hantaan orthohantavirus (ウイルス)
分子量理論値: 40.350871 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: TGSLRNVYDM KIECPHTVSF GENSVIGYVE LPPMPLADTA QMVPESSCSM DNHQSINTIT KYTQVIWRGK ADPGQSSQNS FETVSTEVD LKGTCVLKHK MVEESYRSRK SITCYDLSCN STFCKPTLYM IVPIHACNMM KSCLIALGPY RVQVVYERTY C MTGVLIEG ...文字列:
TGSLRNVYDM KIECPHTVSF GENSVIGYVE LPPMPLADTA QMVPESSCSM DNHQSINTIT KYTQVIWRGK ADPGQSSQNS FETVSTEVD LKGTCVLKHK MVEESYRSRK SITCYDLSCN STFCKPTLYM IVPIHACNMM KSCLIALGPY RVQVVYERTY C MTGVLIEG KCFVPDQSVV SIIKHGIFDI ASVHVVCFFV AVKGNTYKLF EQVKKSFEST CNDTENKVQG YYICIVGGNS AP IYVPTLD DFRSMEAFTG IFKSPHGEDH DLAGEEIASY SIVGPANAKV PHSASSDTLS LIAYSGIPSY SSLSILTSST DAK HVFSPG LFPKLNHTNC DKSAIPLTWT GMIDLPGYYE GTKHHHHHH

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5 / 詳細: PBS
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 4.77 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 19.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: Dynamo / 使用したサブトモグラム数: 2380
抽出トモグラム数: 42 / 使用した粒子像数: 34460
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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