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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-11894 | |||||||||
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タイトル | HIV-1 Gag immature lattice. GagdeltaMASP1T8I | |||||||||
マップデータ | Subtomogram average of GagdeltaMAT8I in absence of IP6 | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) | |||||||||
手法 | サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.2 Å | |||||||||
データ登録者 | Mendonca L / Zhang P | |||||||||
資金援助 | 英国, 1件
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引用 | ジャーナル: Commun Biol / 年: 2021 タイトル: CryoET structures of immature HIV Gag reveal six-helix bundle. 著者: Luiza Mendonça / Dapeng Sun / Jiying Ning / Jiwei Liu / Abhay Kotecha / Mateusz Olek / Thomas Frosio / Xiaofeng Fu / Benjamin A Himes / Alex B Kleinpeter / Eric O Freed / Jing Zhou / ...著者: Luiza Mendonça / Dapeng Sun / Jiying Ning / Jiwei Liu / Abhay Kotecha / Mateusz Olek / Thomas Frosio / Xiaofeng Fu / Benjamin A Himes / Alex B Kleinpeter / Eric O Freed / Jing Zhou / Christopher Aiken / Peijun Zhang / 要旨: Gag is the HIV structural precursor protein which is cleaved by viral protease to produce mature infectious viruses. Gag is a polyprotein composed of MA (matrix), CA (capsid), SP1, NC (nucleocapsid), ...Gag is the HIV structural precursor protein which is cleaved by viral protease to produce mature infectious viruses. Gag is a polyprotein composed of MA (matrix), CA (capsid), SP1, NC (nucleocapsid), SP2 and p6 domains. SP1, together with the last eight residues of CA, have been hypothesized to form a six-helix bundle responsible for the higher-order multimerization of Gag necessary for HIV particle assembly. However, the structure of the complete six-helix bundle has been elusive. Here, we determined the structures of both Gag in vitro assemblies and Gag viral-like particles (VLPs) to 4.2 Å and 4.5 Å resolutions using cryo-electron tomography and subtomogram averaging by emClarity. A single amino acid mutation (T8I) in SP1 stabilizes the six-helix bundle, allowing to discern the entire CA-SP1 helix connecting to the NC domain. These structures provide a blueprint for future development of small molecule inhibitors that can lock SP1 in a stable helical conformation, interfere with virus maturation, and thus block HIV-1 infection. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_11894.map.gz | 10.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-11894-v30.xml emd-11894.xml | 10.5 KB 10.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_11894.png | 110.2 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-11894 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-11894 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_11894_validation.pdf.gz | 357.8 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_11894_full_validation.pdf.gz | 357.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_11894_validation.xml.gz | 6.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_11894_validation.cif.gz | 7.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-11894 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-11894 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_11894.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 45.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Subtomogram average of GagdeltaMAT8I in absence of IP6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.35 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Human immunodeficiency virus 1
全体 | 名称: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) |
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要素 |
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-超分子 #1: Human immunodeficiency virus 1
超分子 | 名称: Human immunodeficiency virus 1 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 11676 / 生物種: Human immunodeficiency virus 1 / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: Yes |
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Host system | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: Gag protein
分子 | 名称: Gag protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 18 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) |
分子量 | 理論値: 25.710555 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: AISPRTLNAW VKVVEEKAFS PEVIPMFSAL SEGATPQDLN TMLNTVGGHQ AAMQMLKETI NEEAAEWDRV HPVHAGPIAP GQMREPRGS DIAGTTSTLQ EQIGWMTNNP PIPVGEIYKR WIILGLNKIV RMYSPTSILD IRQGPKEPFR DYVDRFYKTL R AEQASQEV ...文字列: AISPRTLNAW VKVVEEKAFS PEVIPMFSAL SEGATPQDLN TMLNTVGGHQ AAMQMLKETI NEEAAEWDRV HPVHAGPIAP GQMREPRGS DIAGTTSTLQ EQIGWMTNNP PIPVGEIYKR WIILGLNKIV RMYSPTSILD IRQGPKEPFR DYVDRFYKTL R AEQASQEV KNWMTETLLV QNANPDCKTI LKALGPAATL EEMMTACQGV GGPGHKARVL AEAMSQVINS ATIMM |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | サブトモグラム平均法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.2 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) 平均電子線量: 120.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C6 (6回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用したサブトモグラム数: 131942 |
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抽出 | トモグラム数: 90 / 使用した粒子像数: 131942 |
最終 角度割当 | タイプ: OTHER |