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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-11782 | ||||||||||||
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タイトル | OpuA apo inward-facing | ||||||||||||
![]() | OpuA APO inward-facing at 3.3A resolution | ||||||||||||
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機能・相同性 | ![]() amine transmembrane transporter activity / ABC-type quaternary amine transporter / ABC-type quaternary ammonium compound transporting activity / carnitine transmembrane transporter activity / glycine betaine transport / choline transport / peptide transport / amino acid transport / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||||||||
![]() | Sikkema HR / Rheinberger J | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Gating by ionic strength and safety check by cyclic-di-AMP in the ABC transporter OpuA. 著者: Hendrik R Sikkema / Marco van den Noort / Jan Rheinberger / Marijn de Boer / Sabrina T Krepel / Gea K Schuurman-Wolters / Cristina Paulino / Bert Poolman / ![]() 要旨: (Micro)organisms are exposed to fluctuating environmental conditions, and adaptation to stress is essential for survival. Increased osmolality (hypertonicity) causes outflow of water and loss of ...(Micro)organisms are exposed to fluctuating environmental conditions, and adaptation to stress is essential for survival. Increased osmolality (hypertonicity) causes outflow of water and loss of turgor and is dangerous if the cell is not capable of rapidly restoring its volume. The osmoregulatory adenosine triphosphate-binding cassette transporter OpuA restores the cell volume by accumulating large amounts of compatible solute. OpuA is gated by ionic strength and inhibited by the second messenger cyclic-di-AMP, a molecule recently shown to affect many cellular processes. Despite the master regulatory role of cyclic-di-AMP, structural and functional insights into how the second messenger regulates (transport) proteins on the molecular level are lacking. Here, we present high-resolution cryo-electron microscopy structures of OpuA and in vitro activity assays that show how the osmoregulator OpuA is activated by high ionic strength and how cyclic-di-AMP acts as a backstop to prevent unbridled uptake of compatible solutes. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 59.8 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 21.2 KB 21.2 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 9.1 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 130.2 KB | ||
マスクデータ | ![]() | 64 MB | ![]() | |
Filedesc metadata | ![]() | 6.6 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 48.3 MB 48.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | OpuA APO inward-facing at 3.3A resolution | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.012 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map 1 used during refinement and for...
ファイル | emd_11782_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map 1 used during refinement and for FSC gold standard resolution calculation OpuA APO inward-facing | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map 2 used during refinement and for...
ファイル | emd_11782_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map 2 used during refinement and for FSC gold standard resolution calculation OpuA APO inward-facing | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : OpuA apo inward facing
全体 | 名称: OpuA apo inward facing |
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要素 |
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-超分子 #1: OpuA apo inward facing
超分子 | 名称: OpuA apo inward facing / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
-分子 #1: ABC transporter permease subunit
分子 | 名称: ABC transporter permease subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 63.437812 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MIDLAIGQVP IANWVSSATD WITSTFSSGF DVIQKSGTVL MNGITGALTA VPFWLMIAVV TILAILVSGK KIAFPLFTFI GLSLIANQG LWSDLMSTIT LVLLSSLLSI IIGVPLGIWM AKSDLVAKIV QPILDFMQTM PGFVYLIPAV AFFGIGVVPG V FASVIFAL ...文字列: MIDLAIGQVP IANWVSSATD WITSTFSSGF DVIQKSGTVL MNGITGALTA VPFWLMIAVV TILAILVSGK KIAFPLFTFI GLSLIANQG LWSDLMSTIT LVLLSSLLSI IIGVPLGIWM AKSDLVAKIV QPILDFMQTM PGFVYLIPAV AFFGIGVVPG V FASVIFAL PPTVRMTNLG IRQVSTELVE AADSFGSTAR QKLFKLEFPL AKGTIMAGVN QTIMLALSMV VIASMIGAPG LG RGVLAAV QSADIGKGFV SGISLVILAI IIDRFTQKLN VSPLEKQGNP TVKKWKRGIA LVSLLALIIG AFSGMSFGKT ASD KKVDLV YMNWDSEVAS INVLTQAMKE HGFDVKTTAL DNAVAWQTVA NGQADGMVSA WLPNTHKTQW QKYGKSVDLL GPNL KGAKV GFVVPSYMNV NSIEDLTNQA NKTITGIEPG AGVMAASEKT LNSYDNLKDW KLVPSSSGAM TVALGEAIKQ HKDIV ITGW SPHWMFNKYD LKYLADPKGT MGTSENINTI VRKGLKKENP EAYKVLDKFN WTTKDMEAVM LDIQNGKTPE EAAKNW IKD HQKEVDKWFK GSIEGRHHHH HH UniProtKB: ABC transporter permease/substrate binding protein |
-分子 #2: ABC-type proline/glycine betaine transport system ATPase component
分子 | 名称: ABC-type proline/glycine betaine transport system ATPase component タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 45.783684 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MAVKIKIEHL TKIFGKRIKT ALTMVEKGEP KNEILKKTGA TVGVYDTNFE INEGEIFVIM GLSGSGKSTL LRLLNRLIEP TSGKIFIDN QDVATLNKED LLQVRRKTMS MVFQNFGLFP HRTILENTEY GLEVQNVPKE ERRKRAEKAL DNANLLDFKD Q YPKQLSGG ...文字列: MAVKIKIEHL TKIFGKRIKT ALTMVEKGEP KNEILKKTGA TVGVYDTNFE INEGEIFVIM GLSGSGKSTL LRLLNRLIEP TSGKIFIDN QDVATLNKED LLQVRRKTMS MVFQNFGLFP HRTILENTEY GLEVQNVPKE ERRKRAEKAL DNANLLDFKD Q YPKQLSGG MQQRVGLARA LANDPEILLM DEAFSALDPL IRREMQDELL ELQAKFQKTI IFVSHDLNEA LRIGDRIAIM KD GKIMQIG TGEEILTNPA NDYVKTFVED VDRAKVITAE NIMIPALTTN IDVDGPSVAL KKMKTEEVSS LMAVDKKRQF RGV VTSEQA IAARKNNQPL KDVMTTDVGT VSKEMLVRDI LPIIYDAPTP LAVVDDNGFL KGVLIRGSVL EALADIPDED EVEE IEKEE ENK UniProtKB: Quaternary amine transport ATP-binding protein |
-実験情報
-構造解析
手法 | ![]() |
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![]() | ![]() |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 20 sec. / 詳細: at 5 mA | |||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 295 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TALOS ARCTICA |
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電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 最大 デフォーカス(補正後): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(補正後): 0.5 µm / 倍率(補正後): 49407 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD![]() |
特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
温度 | 最低: 90.0 K / 最高: 105.0 K |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3838 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3710 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-60 / 撮影したグリッド数: 6 / 実像数: 2861 / 平均露光時間: 9.0 sec. / 平均電子線量: 53.0 e/Å2 |
実験機器 | ![]() モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL |
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得られたモデル | ![]() PDB-7ahc: |