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- EMDB-11172: Disulfide-locked early prepore intermedilysin-CD59 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-11172
タイトルDisulfide-locked early prepore intermedilysin-CD59
マップデータHalf map 1 of ILY-CD59 early prepore oligomer formed on a lipid nanodsic, 5 subunits
試料
  • 複合体: Early prepore of intermedilysin-CD59
    • 複合体: Thiol-activated cytolysin
      • タンパク質・ペプチド: Thiol-activated cytolysin
    • 複合体: CD59 glycoprotein
      • タンパク質・ペプチド: CD59 glycoprotein
キーワードearly prepore / membrane-bound / oligomer / TOXIN
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of activation of membrane attack complex / complement binding / regulation of complement-dependent cytotoxicity / regulation of complement activation / Cargo concentration in the ER / COPII-mediated vesicle transport / cholesterol binding / tertiary granule membrane / COPI-mediated anterograde transport / specific granule membrane ...negative regulation of activation of membrane attack complex / complement binding / regulation of complement-dependent cytotoxicity / regulation of complement activation / Cargo concentration in the ER / COPII-mediated vesicle transport / cholesterol binding / tertiary granule membrane / COPI-mediated anterograde transport / specific granule membrane / transport vesicle / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / Regulation of Complement cascade / ER to Golgi transport vesicle membrane / blood coagulation / toxin activity / vesicle / killing of cells of another organism / cell surface receptor signaling pathway / external side of plasma membrane / Golgi membrane / focal adhesion / Neutrophil degranulation / endoplasmic reticulum membrane / host cell plasma membrane / cell surface / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / membrane / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
CD59 antigen, conserved site / Ly-6 / u-PAR domain signature. / Ly-6 antigen / uPA receptor -like domain / Thiol-activated cytolysin C-terminal / Thiol-activated cytolysin, C-terminal domain superfamily / Thiol-activated cytolysin beta sandwich domain / Thiol-activated cytolysin / Thiol-activated cytolysin superfamily / Thiol-activated cytolysin, alpha-beta domain superfamily / Thiol-activated cytolysin ...CD59 antigen, conserved site / Ly-6 / u-PAR domain signature. / Ly-6 antigen / uPA receptor -like domain / Thiol-activated cytolysin C-terminal / Thiol-activated cytolysin, C-terminal domain superfamily / Thiol-activated cytolysin beta sandwich domain / Thiol-activated cytolysin / Thiol-activated cytolysin superfamily / Thiol-activated cytolysin, alpha-beta domain superfamily / Thiol-activated cytolysin / u-PAR/Ly-6 domain / Ly-6 antigen/uPA receptor-like / Snake toxin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
CD59 glycoprotein / Thiol-activated cytolysin
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus intermedius (バクテリア) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.6 Å
データ登録者Shah NR / Bubeck D
資金援助 英国, 1件
OrganizationGrant number国
Cancer Research UKC26409/A16099 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Structural basis for tuning activity and membrane specificity of bacterial cytolysins.
著者: Nita R Shah / Tomas B Voisin / Edward S Parsons / Courtney M Boyd / Bart W Hoogenboom / Doryen Bubeck /
要旨: Cholesterol-dependent cytolysins (CDCs) are pore-forming proteins that serve as major virulence factors for pathogenic bacteria. They target eukaryotic cells using different mechanisms, but all ...Cholesterol-dependent cytolysins (CDCs) are pore-forming proteins that serve as major virulence factors for pathogenic bacteria. They target eukaryotic cells using different mechanisms, but all require the presence of cholesterol to pierce lipid bilayers. How CDCs use cholesterol to selectively lyse cells is essential for understanding virulence strategies of several pathogenic bacteria, and for repurposing CDCs to kill new cellular targets. Here we address that question by trapping an early state of pore formation for the CDC intermedilysin, bound to the human immune receptor CD59 in a nanodisc model membrane. Our cryo electron microscopy map reveals structural transitions required for oligomerization, which include the lateral movement of a key amphipathic helix. We demonstrate that the charge of this helix is crucial for tuning lytic activity of CDCs. Furthermore, we discover modifications that overcome the requirement of cholesterol for membrane rupture, which may facilitate engineering the target-cell specificity of pore-forming proteins.
履歴
登録2020年6月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年11月18日-
マップ公開2020年11月18日-
更新2024年5月1日-
現状2024年5月1日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.04
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.04
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6zd0
  • 表面レベル: 0.04
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-6zd0
  • Jmolによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_11172.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_11172.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 12.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Half map 1 of ILY-CD59 early prepore oligomer formed on a lipid nanodsic, 5 subunits
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.4 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.022 / ムービー #1: 0.04
最小 - 最大-0.072169185 - 0.19049014
平均 (標準偏差)0.0015517144 (±0.013816901)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ150150150
Spacing150150150
セルA=B=C: 210.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.41.41.4
M x/y/z150150150
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z210.000210.000210.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS150150150
D min/max/mean-0.0720.1900.002

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添付データ

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ハーフマップ: Half map 2 of ILY-CD59 early prepore oligomer...

ファイルemd_11172_half_map_1.map
注釈Half map 2 of ILY-CD59 early prepore oligomer formed on a lipid nanodsic, 5 subunits
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map 2 of ILY-CD59 early prepore oligomer...

ファイルemd_11172_half_map_2.map
注釈Half map 2 of ILY-CD59 early prepore oligomer formed on a lipid nanodsic, 5 subunits
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Early prepore of intermedilysin-CD59

全体名称: Early prepore of intermedilysin-CD59
要素
  • 複合体: Early prepore of intermedilysin-CD59
    • 複合体: Thiol-activated cytolysin
      • タンパク質・ペプチド: Thiol-activated cytolysin
    • 複合体: CD59 glycoprotein
      • タンパク質・ペプチド: CD59 glycoprotein

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超分子 #1: Early prepore of intermedilysin-CD59

超分子名称: Early prepore of intermedilysin-CD59 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / 詳細: Prepore is formed on a lipid bilayer on a nanodisc

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超分子 #2: Thiol-activated cytolysin

超分子名称: Thiol-activated cytolysin / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Streptococcus intermedius (バクテリア)

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超分子 #3: CD59 glycoprotein

超分子名称: CD59 glycoprotein / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Thiol-activated cytolysin

分子名称: Thiol-activated cytolysin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Streptococcus intermedius (バクテリア)
分子量理論値: 59.100953 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MGGSHHHHHH GMASMTGGQQ MGRDLYDDDD KDRWGSETPT KPKAAQTEKK TEKKPENSNS EAAKKALNDY IWGLQYDKLN ILTHQGEKL KNHSSREAFH RPGEYVVCEK KKQSISNATS KLSVSSANDD RIFPGALLKA DQSLLENLPT LIPVNRGKTT I SVNLPGLK ...文字列:
MGGSHHHHHH GMASMTGGQQ MGRDLYDDDD KDRWGSETPT KPKAAQTEKK TEKKPENSNS EAAKKALNDY IWGLQYDKLN ILTHQGEKL KNHSSREAFH RPGEYVVCEK KKQSISNATS KLSVSSANDD RIFPGALLKA DQSLLENLPT LIPVNRGKTT I SVNLPGLK NGESNLTVEN PSNSTVRTAV NNLVEKWIQN YSKTHAVPAR MQYESISAQS MSQLQAKFGA DFSKVGAPLN VD FSSVHKC EKQVFIANFR QVYYTASVDS PNSPSALFGS GITPTDLINR GVNSKTPPVY VSNVSYGRAM YVKFETTSKS TKV QAAIDA VVKGAKLKAG TEYENILKNT KITAVVLGGN PGEASKVITG NIDTLKDLIQ KGSNFSAQSP AVPISYTTSF VKDN SIATI QNNTDYIETK VTSYKDGALT LNHDGAFVAR FYVYWEELGH DADGYETIRS RSWSGNGYNR GAHYSTTLRF KGNVR NIRV KVLGATGLAW EPWRLIYSKN DLPLVPQRNI STWGTTLHPQ FEDKVVKDNT D

UniProtKB: Thiol-activated cytolysin

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分子 #2: CD59 glycoprotein

分子名称: CD59 glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 9.204445 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MLQCYNCPNP TADCKTAVNC SSDFDACLIT KAGLQVYNKC WKFEHCNFND VTTRLRENEL TYYCCKKDLC NFNEQLENC

UniProtKB: CD59 glycoprotein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
20.0 mM(HOCH2)3CNH2Tris
200.0 mMNaClsodium chloride
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: GRAPHENE OXIDE / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
詳細: Grids were glow discharged before application of graphene oxide, then left to dry for 1 hour before use.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 294 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III / 詳細: Wait time of 60 s, blot time 2.5 s, blot force 3.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
詳細Pixel size 1.4 A
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: INTEGRATING / 平均露光時間: 1.0 sec. / 平均電子線量: 66.0 e/Å2
詳細: Some images were collected at a 30 degree tilt. Images were collected in movie mode at 39 frames per second.
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.1 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 1.9000000000000001 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
In silico モデル: A previous data set was used to generate a 8.6 A reconstruction, which was used as the startup model.
最終 再構成使用したクラス数: 2 / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 51041
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 3次元分類クラス数: 4 / ソフトウェア - 名称: RELION

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

4bik


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
詳細Model of ILY-CD59 was fit and refined into the central subunit density. A combination of rigid body fitting and global minimization with secondary structure restraints was used to fit and refine the central subunit model. Then the central subunit model was rigid body fit as one body into the neighbouring subunits to generate a 3 subunit oligomer model.
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-6zd0:
Disulfide-locked early prepore intermedilysin-CD59

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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