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- EMDB-11106: Poliovirus type 3 (strain Saukett) stabilised virus-like particle... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-11106
タイトルPoliovirus type 3 (strain Saukett) stabilised virus-like particle (PV3 SC8) from a mammalian expression system.
マップデータMRC map filtered after local resolution in RELION. Recommended contour level 0.07 after inspection in Chimera.
試料
  • ウイルス: Human poliovirus 3 (ポリオウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Capsid proteins, VP1
    • タンパク質・ペプチド: Capsid proteins, VP0
    • タンパク質・ペプチド: Capsid proteins, VP3
  • リガンド: SPHINGOSINE
キーワードCapsid protein / VIRUS LIKE PARTICLE
機能・相同性
機能・相同性情報


caveolin-mediated endocytosis of virus by host cell / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MDA-5 activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid ...caveolin-mediated endocytosis of virus by host cell / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MDA-5 activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / viral capsid / nucleoside-triphosphate phosphatase / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / symbiont-mediated suppression of host gene expression / DNA replication / RNA helicase activity / induction by virus of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / DNA-templated transcription / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity / proteolysis / RNA binding / ATP binding / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) / Picornavirales 3C/3C-like protease domain ...Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / RNA helicase / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Human poliovirus 3 (ポリオウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.0 Å
データ登録者Bahar MW / Porta C
資金援助 英国, 1件
OrganizationGrant number国
Bill & Melinda Gates FoundationRG.IMCB.I8-TSA-083 英国
引用ジャーナル: NPJ Vaccines / 年: 2021
タイトル: Mammalian expression of virus-like particles as a proof of principle for next generation polio vaccines.
著者: Mohammad W Bahar / Claudine Porta / Helen Fox / Andrew J Macadam / Elizabeth E Fry / David I Stuart /
要旨: Global vaccination programs using live-attenuated oral and inactivated polio vaccine (OPV and IPV) have almost eradicated poliovirus (PV) but these vaccines or their production pose significant risk ...Global vaccination programs using live-attenuated oral and inactivated polio vaccine (OPV and IPV) have almost eradicated poliovirus (PV) but these vaccines or their production pose significant risk in a polio-free world. Recombinant PV virus-like particles (VLPs), lacking the viral genome, represent safe next-generation vaccines, however their production requires optimisation. Here we present an efficient mammalian expression strategy producing good yields of wild-type PV VLPs for all three serotypes and a thermostabilised variant for PV3. Whilst the wild-type VLPs were predominantly in the non-native C-antigenic form, the thermostabilised PV3 VLPs adopted the native D-antigenic conformation eliciting neutralising antibody titres equivalent to the current IPV and were indistinguishable from natural empty particles by cryo-electron microscopy with a similar stabilising lipidic pocket-factor in the VP1 β-barrel. This factor may not be available in alternative expression systems, which may require synthetic pocket-binding factors. VLPs equivalent to these mammalian expressed thermostabilized particles, represent safer non-infectious vaccine candidates for the post-eradication era.
履歴
登録2020年5月29日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年12月30日-
マップ公開2020年12月30日-
更新2024年7月10日-
現状2024年7月10日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.07
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.07
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6z6w
  • 表面レベル: 0.07
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-6z6w
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_11106.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_11106.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 83.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈MRC map filtered after local resolution in RELION. Recommended contour level 0.07 after inspection in Chimera.
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.35 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.07 / ムービー #1: 0.07
最小 - 最大-0.16487819 - 0.29022428
平均 (標準偏差)0.0041176737 (±0.022492874)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ280280280
Spacing280280280
セルA=B=C: 378.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.351.351.35
M x/y/z280280280
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z378.000378.000378.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS280280280
D min/max/mean-0.1650.2900.004

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Human poliovirus 3

全体名称: Human poliovirus 3 (ポリオウイルス)
要素
  • ウイルス: Human poliovirus 3 (ポリオウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Capsid proteins, VP1
    • タンパク質・ペプチド: Capsid proteins, VP0
    • タンパク質・ペプチド: Capsid proteins, VP3
  • リガンド: SPHINGOSINE

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超分子 #1: Human poliovirus 3

超分子名称: Human poliovirus 3 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
詳細: Recombinantly expressed virus-like particle of PV3 (strain Saukett).
NCBI-ID: 12086 / 生物種: Human poliovirus 3 / Sci species strain: Saukett / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: SEROTYPE / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: Yes
宿主生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 5.85 MDa
ウイルス殻Shell ID: 1 / 名称: Virus shell 1 / 直径: 310.0 Å / T番号(三角分割数): 1

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分子 #1: Capsid proteins, VP1

分子名称: Capsid proteins, VP1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human poliovirus 3 (ポリオウイルス)
分子量理論値: 33.562785 KDa
組換発現生物種: mammal environmental sample (環境試料)
配列文字列: GIEDLITEVA QGALTLSLPK QQDSLPDTKA SGPAHSKEVP ALTAVETGAT NPLVPSDTVQ TRHVIQRRSR SESTIESFFA RGACVAIIE VDNEEPTTRA QKLFAMWRIT YKDTVQLRRK LEFFTYSRFD MELTFVVTAN FTNTNNGHAL NQVYQIMYIP P GAPTPKSW ...文字列:
GIEDLITEVA QGALTLSLPK QQDSLPDTKA SGPAHSKEVP ALTAVETGAT NPLVPSDTVQ TRHVIQRRSR SESTIESFFA RGACVAIIE VDNEEPTTRA QKLFAMWRIT YKDTVQLRRK LEFFTYSRFD MELTFVVTAN FTNTNNGHAL NQVYQIMYIP P GAPTPKSW DDYTWQTSSN PSIFYTYGAA PARISVPYVG LANAYSHFYD GFAKVPLKTD ANDQIGDSLY SAMTVDDFGV LA IRVVNDH NPTKVTSKVR IYMKPKHVRV WCPRPPRAVP YYGPGVDYKD NLNPLSEKGL TTY

UniProtKB: Genome polyprotein

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分子 #2: Capsid proteins, VP0

分子名称: Capsid proteins, VP0 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2
詳細: Sequence is given for the VP0 polypeptide. Mutations are numbered according to sequence numbering for mature polypeptides VP2 and VP4.
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human poliovirus 3 (ポリオウイルス)
分子量理論値: 37.623023 KDa
組換発現生物種: mammal environmental sample (環境試料)
配列文字列: MGAQVSSQKV GAHENSNRAY GGSTINYTTI NYYKDSASNA ASKQDYSQDP SKFTEPLKDV LIKTAPALNS PNVEACGYSD RVLQLTIGN STITTQEAAN SVVAYGRWPE FIRDDEANPV DQPTEPDVAT CRFYTLDTVM WGKESKGWWW KLPDALRDMG L FGQNMYYH ...文字列:
MGAQVSSQKV GAHENSNRAY GGSTINYTTI NYYKDSASNA ASKQDYSQDP SKFTEPLKDV LIKTAPALNS PNVEACGYSD RVLQLTIGN STITTQEAAN SVVAYGRWPE FIRDDEANPV DQPTEPDVAT CRFYTLDTVM WGKESKGWWW KLPDALRDMG L FGQNMYYH YLGRSGYTVH VQCNASKFHQ GALGVFAIPE YCLAGDSDKQ RYTSYANANP GEKGGKFYSQ FNRDTAVTSP KR EFCPVDY LLGCGVLLGN AFVYPHQIIN LRTNNSATIV LPYVNAMAID SMVKHNNWGI AILPLSPLDF AQESSVEIPI TVT IAPMCS EFNGLRNVTA PKFQ

UniProtKB: Genome polyprotein

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分子 #3: Capsid proteins, VP3

分子名称: Capsid proteins, VP3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human poliovirus 3 (ポリオウイルス)
分子量理論値: 26.3151 KDa
組換発現生物種: mammal environmental sample (環境試料)
配列文字列: GLPVLNTPGS NQYLTSDNYQ SPCAIPEFDV TPPIDIPGEV KNMMELAEID TMIPLNLENT KRNTMDMYRV TLSDSADLSQ PILCFSLSP ASDPRLSHTM LGEVLNYYTH WAGSLKFTFL FCGSMMATGK ILVAYAPPGA QPPTSRKEAM LGTHVIWDLG L QSSCTMVV ...文字列:
GLPVLNTPGS NQYLTSDNYQ SPCAIPEFDV TPPIDIPGEV KNMMELAEID TMIPLNLENT KRNTMDMYRV TLSDSADLSQ PILCFSLSP ASDPRLSHTM LGEVLNYYTH WAGSLKFTFL FCGSMMATGK ILVAYAPPGA QPPTSRKEAM LGTHVIWDLG L QSSCTMVV PWISNVTYRQ TTQDSFTEGG YISMFYQTRI VVPLSTPKSM SMLGFVSACN DFSVRLLRDT THISQSALPQ

UniProtKB: Genome polyprotein

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分子 #4: SPHINGOSINE

分子名称: SPHINGOSINE / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: SPH
分子量理論値: 299.492 Da
Chemical component information

ChemComp-SPH:
SPHINGOSINE

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.0 mg/mL
緩衝液pH: 7 / 構成要素:
濃度名称
1.0 xDPBS
20.0 mMEDTA
/ 詳細: 1 x DPBS, 20 mM EDTA, pH 7.0
グリッドモデル: C-flat / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: LACEY / 支持フィルム - Film thickness: 3 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
詳細: The specific type of grid used was Ultra-thin carbon support film, 3nm - on lacey carbon AGS187-4 from Agar Scientific.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: Double blotting with 4 ul of sample, followed by 4 second blot, before plunging..
詳細Recombinantly expressed VLP of PV3.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI POLARA 300
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-25 / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 1465 / 平均露光時間: 5.0 sec. / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 倍率（補正後）: 37037 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 倍率（公称値）: 160000
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN
実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細Pixels size was 1.35 A/pixel
粒子像選択選択した数: 14021
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

3747


詳細: Startup model was low pass filtered to 60 Angstroms.
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
詳細: Final reconstruction was sharpened with Post-processing in RELION using an inverse B-factor of -82.6 Angstroms.
使用した粒子像数: 9630
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 3次元分類クラス数: 5 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

5o5b


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
詳細Initial model was rigid body fitted using UCSF chimera, and the refined in real space using Phenix_real.space.refine.
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: Correlation coefficient
得られたモデル

PDB-6z6w:
Poliovirus type 3 (strain Saukett) stabilised virus-like particle (PV3 SC8) from a mammalian expression system.

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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