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- EMDB-10865: PSII-LHCII C2S2 supercomplex from Pisum sativum grown in high lig... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-10865
タイトルPSII-LHCII C2S2 supercomplex from Pisum sativum grown in high light conditions
マップデータPSIILHCII C2S2 supercomplex in high light condition
試料
  • 複合体: PSII-LHCII C2S2 supercomplex
    • タンパク質・ペプチド: x 20種
  • リガンド: x 17種
機能・相同性
機能・相同性情報


plastoglobule / photosystem II oxygen evolving complex / photosystem II assembly / photosynthesis, light harvesting in photosystem I / oxygen evolving activity / photosystem II stabilization / photosystem II / photosystem II reaction center / chloroplast envelope / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors, oxygen as acceptor ...plastoglobule / photosystem II oxygen evolving complex / photosystem II assembly / photosynthesis, light harvesting in photosystem I / oxygen evolving activity / photosystem II stabilization / photosystem II / photosystem II reaction center / chloroplast envelope / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors, oxygen as acceptor / photosystem I / photosynthetic electron transport chain / response to herbicide / photosystem II / chlorophyll binding / photosynthesis, light reaction / electron transporter, transferring electrons within the cyclic electron transport pathway of photosynthesis activity / phosphate ion binding / chloroplast thylakoid membrane / response to light stimulus / photosynthetic electron transport in photosystem II / photosynthesis / electron transfer activity / protein stabilization / iron ion binding / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Photosystem II PsbW, class 2 / Photosystem II reaction centre W protein (PsbW) / Photosystem II PsbJ / Photosystem II PsbJ superfamily / PsbJ / Photosystem II PsbO, manganese-stabilising / Manganese-stabilising protein / photosystem II polypeptide / Photosystem II PsbX, type 1 subfamily / Photosystem II reaction centre M protein (PsbM) / Photosystem II PsbM superfamily ...Photosystem II PsbW, class 2 / Photosystem II reaction centre W protein (PsbW) / Photosystem II PsbJ / Photosystem II PsbJ superfamily / PsbJ / Photosystem II PsbO, manganese-stabilising / Manganese-stabilising protein / photosystem II polypeptide / Photosystem II PsbX, type 1 subfamily / Photosystem II reaction centre M protein (PsbM) / Photosystem II PsbM superfamily / Photosystem II PsbM / Photosystem II PsbZ, reaction centre / Photosystem II PsbZ superfamily / YCF9 / Photosystem II PsbX / Photosystem II reaction centre X protein (PsbX) / Photosystem II CP43 reaction centre protein superfamily / Photosystem II PsbT / Photosystem II PsbL / Photosystem II PsbL superfamily / Photosystem II PsbT superfamily / Photosystem II reaction centre T protein / PsbL protein / Photosystem II CP43 reaction centre protein / Photosystem II PsbK / Photosystem II PsbK superfamily / Photosystem II 4 kDa reaction centre component / Photosystem II CP47 reaction centre protein / Photosystem II PsbI / Photosystem II PsbI superfamily / Photosystem II reaction centre I protein (PSII 4.8 kDa protein) / Chlorophyll A-B binding protein, plant and chromista / Photosystem II reaction centre protein H / Photosystem II protein D1 / Photosystem II D2 protein / Photosystem II cytochrome b559, conserved site / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit / Photosystem II cytochrome b559, beta subunit / Photosystem II cytochrome b559, N-terminal / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit, lumenal region / Photosystem II reaction centre protein H superfamily / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit superfamily / Cytochrome b559, alpha (gene psbE) and beta (gene psbF)subunits / Lumenal portion of Cytochrome b559, alpha (gene psbE) subunit / Photosystem II 10 kDa phosphoprotein / Cytochrome b559 subunits heme-binding site signature. / Chlorophyll A-B binding protein / Chlorophyll A-B binding protein / Photosystem antenna protein-like / Photosystem antenna protein-like superfamily / Photosystem II protein / Outer membrane protein/outer membrane enzyme PagP, beta-barrel / Photosynthetic reaction centre, L/M / Photosystem II protein D1/D2 superfamily / Photosynthetic reaction centre protein / Photosynthetic reaction center proteins signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / PSII 6.1 kDa protein / Photosystem II reaction center protein K / Photosystem II reaction center protein I / Photosystem II CP43 reaction center protein / Photosystem II D2 protein / Photosystem II protein D1 / Cytochrome b559 subunit alpha / Photosystem II reaction center protein J / Oxygen-evolving enhancer protein 1, chloroplastic ...Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / PSII 6.1 kDa protein / Photosystem II reaction center protein K / Photosystem II reaction center protein I / Photosystem II CP43 reaction center protein / Photosystem II D2 protein / Photosystem II protein D1 / Cytochrome b559 subunit alpha / Photosystem II reaction center protein J / Oxygen-evolving enhancer protein 1, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein 8, chloroplastic / Photosystem II reaction center protein L / Cytochrome b559 subunit beta / Photosystem II reaction center protein M / Photosystem II reaction center protein Z / Photosystem II reaction center protein T / Ultraviolet-B-repressible protein / Photosystem II reaction center protein H / Photosystem II CP47 reaction center protein
類似検索 - 構成要素
生物種Pisum sativum (エンドウ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Grinzato A / Albanese P / Zanotti G / Pagliano C
引用ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2020
タイトル: High-Light versus Low-Light: Effects on Paired Photosystem II Supercomplex Structural Rearrangement in Pea Plants.
著者: Alessandro Grinzato / Pascal Albanese / Roberto Marotta / Paolo Swuec / Guido Saracco / Martino Bolognesi / Giuseppe Zanotti / Cristina Pagliano /
要旨: In plant thylakoid membranes Photosystem II (PSII) associates with a variable number of antenna proteins (LHCII) to form different types of supercomplexes (PSII-LHCII), whose organization is ...In plant thylakoid membranes Photosystem II (PSII) associates with a variable number of antenna proteins (LHCII) to form different types of supercomplexes (PSII-LHCII), whose organization is dynamically adjusted in response to light cues, with the CS more abundant in high-light and the CSM in low-light. Paired PSII-LHCII supercomplexes interacting at their stromal surface from adjacent thylakoid membranes were previously suggested to mediate stacking. Here, we present the cryo-electron microscopy maps of paired CS and CSM supercomplexes isolated from pea plants grown in high-light and low-light, respectively. These maps show a different rotational offset between the two supercomplexes in the pair, responsible for modifying their reciprocal interaction and energetic connectivity. This evidence reveals a different way by which paired PSII-LHCII supercomplexes can mediate stacking at diverse irradiances. Electrostatic stromal interactions between LHCII trimers almost completely overlapping in the paired CS can be the main determinant by which PSII-LHCII supercomplexes mediate stacking in plants grown in high-light, whereas the mutual interaction of stromal N-terminal loops of two facing Lhcb4 subunits in the paired CSM can fulfil this task in plants grown in low-light. The high-light induced accumulation of the Lhcb4.3 protein in PSII-LHCII supercomplexes has been previously reported. Our cryo-electron microscopy map at 3.8 Å resolution of the CS supercomplex isolated from plants grown in high-light suggests the presence of the Lhcb4.3 protein revealing peculiar structural features of this high-light-specific antenna important for photoprotection.
履歴
登録2020年4月15日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年11月25日-
マップ公開2020年11月25日-
更新2020年12月2日-
現状2020年12月2日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.85
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.85
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6yp7
  • 表面レベル: 0.85
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_10865.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_10865.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 149.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈PSIILHCII C2S2 supercomplex in high light condition
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.1 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.85 / ムービー #1: 0.85
最小 - 最大-0.62992436 - 1.9226284
平均 (標準偏差)0.055471223 (±0.16558364)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ340340340
Spacing340340340
セルA=B=C: 374.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.11.11.1
M x/y/z340340340
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z374.000374.000374.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ79740
NX/NY/NZ93103213
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS340340340
D min/max/mean-0.6301.9230.055

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : PSII-LHCII C2S2 supercomplex

全体名称: PSII-LHCII C2S2 supercomplex
要素
  • 複合体: PSII-LHCII C2S2 supercomplex
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-b binding protein 8, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II protein D1
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II CP47 reaction center protein
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II CP43 reaction center protein
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II D2 protein
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b559 subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b559 subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein H
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein I
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein J
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein K
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein L
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein M
    • タンパク質・ペプチド: Oxygen-evolving enhancer protein 1, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein T
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein W
    • タンパク質・ペプチド: Ultraviolet-B-repressible protein
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein Z
    • タンパク質・ペプチド: Light harvesting chlorophyll a/b-binding protein Lhcb4.3
    • タンパク質・ペプチド: Light harvesting chlorophyll a/b-binding protein Lhcb5, CP26
  • リガンド: CHLOROPHYLL B
  • リガンド: CHLOROPHYLL A
  • リガンド: (3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL
  • リガンド: (3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL
  • リガンド: (1R,3R)-6-{(3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(1S,4R,6R)-4-HYDROXY-2,2,6-TRIMETHYL-7-OXABICYCLO[4.1.0]HEPT-1-YL]-3,7,12,16-TETRAMETHYLOCTADECA-1,3,5,7,9,11,13,15,17-NONAENYLIDENE}-1,5,5-TRIMETHYLCYCLOHEXANE-1,3-DIOL
  • リガンド: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE
  • リガンド: CA-MN4-O5 CLUSTER
  • リガンド: FE (II) ION
  • リガンド: CHLORIDE ION
  • リガンド: PHEOPHYTIN A
  • リガンド: BETA-CAROTENE
  • リガンド: 2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE
  • リガンド: 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL
  • リガンド: BICARBONATE ION
  • リガンド: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)
  • リガンド: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE
  • リガンド: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

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超分子 #1: PSII-LHCII C2S2 supercomplex

超分子名称: PSII-LHCII C2S2 supercomplex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#20
由来(天然)生物種: Pisum sativum (エンドウ)

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分子 #1: Chlorophyll a-b binding protein 8, chloroplastic

分子名称: Chlorophyll a-b binding protein 8, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pisum sativum (エンドウ)
分子量理論値: 23.573473 KDa
組換発現生物種: Pisum sativum (エンドウ)
配列文字列: GSPWYGPDRV KYLGPFSGES PSYLTGEFPG DYGWDTAGLS ADPETFSKNR ELEVIHSRWA MLGALGCVFP ELLSRNGVKF GEAVWFKAG SQIFSEGGLD YLGNPSLVHA QSILAIWATQ VILMGAVEGY RIAGGPLGEV VDPLYPGGSF DPLGLADDPE A FAELKVKE ...文字列:
GSPWYGPDRV KYLGPFSGES PSYLTGEFPG DYGWDTAGLS ADPETFSKNR ELEVIHSRWA MLGALGCVFP ELLSRNGVKF GEAVWFKAG SQIFSEGGLD YLGNPSLVHA QSILAIWATQ VILMGAVEGY RIAGGPLGEV VDPLYPGGSF DPLGLADDPE A FAELKVKE LKNGRLAMFS MFGFFVQAIV TGKGPLENLA DHLSDPVNNN AWSYATNFVP G

+
分子 #2: Photosystem II protein D1

分子名称: Photosystem II protein D1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: photosystem II
由来(天然)生物種: Pisum sativum (エンドウ)
分子量理論値: 36.972074 KDa
組換発現生物種: Pisum sativum (エンドウ)
配列文字列: ENLWGRFCNW ITSTENRLYI GWFGVLMIPT LLTATSVFII AFIAAPPVDI DGIREPVSGS LLYGNNIISG AIIPTSAAIG LHFYPIWEA ASVDEWLYNG GPYELIVLHF LLGVACYMGR EWELSFRLGM RPWIAVAYSA PVAAATAVFL IYPIGQGSFS D GMPLGISG ...文字列:
ENLWGRFCNW ITSTENRLYI GWFGVLMIPT LLTATSVFII AFIAAPPVDI DGIREPVSGS LLYGNNIISG AIIPTSAAIG LHFYPIWEA ASVDEWLYNG GPYELIVLHF LLGVACYMGR EWELSFRLGM RPWIAVAYSA PVAAATAVFL IYPIGQGSFS D GMPLGISG TFNFMIVFQA EHNILMHPFH MLGVAGVFGG SLFSAMHGSL VTSSLIRETT ENESANEGYR FGQEEETYNI VA AHGYFGR LIFQYASFNN SRSLHFFLAA WPVVGIWFTA LGISTMAFNL NGFNFNQSVV DSQGRVINTW ADIINRANLG MEV MHERNA HNFPLDLA

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分子 #3: Photosystem II CP47 reaction center protein

分子名称: Photosystem II CP47 reaction center protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pisum sativum (エンドウ)
分子量理論値: 55.659242 KDa
組換発現生物種: Pisum sativum (エンドウ)
配列文字列: GLPWYRVHTV VLNDPGRLLS VHIMHTALVA GWAGSMALYE LAVFDPSDPV LDPMWRQGMF VIPFMTRLGI TNSWGGWNIT GGTITNPGI WSYEGVAAAH IVFSGLCFLA AIWHWLYWDL EIFCDERTGK PSLDLPKIFG IHLFLAGVAC FGFGAFHVTG L FGPGIWVS ...文字列:
GLPWYRVHTV VLNDPGRLLS VHIMHTALVA GWAGSMALYE LAVFDPSDPV LDPMWRQGMF VIPFMTRLGI TNSWGGWNIT GGTITNPGI WSYEGVAAAH IVFSGLCFLA AIWHWLYWDL EIFCDERTGK PSLDLPKIFG IHLFLAGVAC FGFGAFHVTG L FGPGIWVS DPYGLTGRVQ SVNPAWGVDG FDPFVPGGIA SHHIAAGTLG ILAGLFHLSV RPPQRLYKGL RMGNIETVLS SS IAAVFFA AFVVAGTMWY GSATTPIELF GPTRYQWDQG YFQQEIYRRV SAGHVENQSL SEAWSKIPEK LAFYDYIGNN PAK GGLFRA GSMDNGDGIA VGWLGHPIFR DKEGRELFVR RMPTFFETFP VVLVDGDGIV RGDVPFRRAE SKYSVEQVGV IVEF YGGEL NGVTYSDPAT VKKYARRAQL GEIFELDRAT LKSDGVFRSS PRGWFTFGHA SFALLFFFGH IWHGARTLFR DLFAG IDPD LDAQVEFGAF QKLGDPTTR

+
分子 #4: Photosystem II CP43 reaction center protein

分子名称: Photosystem II CP43 reaction center protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pisum sativum (エンドウ)
分子量理論値: 49.275371 KDa
組換発現生物種: Pisum sativum (エンドウ)
配列文字列: TGRDQETTGF AWWAGNARLI NLSGKLLGAH VAHAGLIVFW AGAMNLFEVA HFVPEKPMYE QGLILLPHLA TLGWGVGPGG EVIDTFPYF VSGVLHLISS AVLGFGGIYH ALLGPETLEE SFPFFGYVWK DRNKMTTILG IHLILLGIGS FLLVFKAFYF G GIYDTWAP ...文字列:
TGRDQETTGF AWWAGNARLI NLSGKLLGAH VAHAGLIVFW AGAMNLFEVA HFVPEKPMYE QGLILLPHLA TLGWGVGPGG EVIDTFPYF VSGVLHLISS AVLGFGGIYH ALLGPETLEE SFPFFGYVWK DRNKMTTILG IHLILLGIGS FLLVFKAFYF G GIYDTWAP GGGDVRKITN FTLSPSILFG YLLKSPFGGE GWIVSVDDLE DIIGGHVWLG SICILGGIWH ILTKPFAWAR RA LVWSGEA YLSYSLGALA VFGFIACCFV WFNNTAYPSE FYGPTGPEAS QAQAFTFLVR DQRLGANVGS AQGPTGLGKY LMR SPTGEV IFGGETMRFW DLRAPWLEPL RGPNGLDLSR LKKDIQPWQE RRSAEYMTHA PLGSLNSVGG VATEINAVNY VSPR SWLAT SHFVLGFFLF VGHLWHAGRA RAAAAGFEKG IDRDFEPVLS MTPLN

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分子 #5: Photosystem II D2 protein

分子名称: Photosystem II D2 protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: photosystem II
由来(天然)生物種: Pisum sativum (エンドウ)
分子量理論値: 38.220602 KDa
組換発現生物種: Pisum sativum (エンドウ)
配列文字列: NDLFDIMDDW LRRDRFVFVG WSGLLLFPCA YFAVGGWFTG TTFVTSWYTH GLASSYLEGC NFLTAAVSTP ANSLAHSLLL LWGPEAQGD LTRWCQLGGL WTFVALHGAF GLIGFMLRQF ELARSVQLRP YNAIAFSGPI AVFVSVFLIY PLGQSGWFFA P SFGVAAIF ...文字列:
NDLFDIMDDW LRRDRFVFVG WSGLLLFPCA YFAVGGWFTG TTFVTSWYTH GLASSYLEGC NFLTAAVSTP ANSLAHSLLL LWGPEAQGD LTRWCQLGGL WTFVALHGAF GLIGFMLRQF ELARSVQLRP YNAIAFSGPI AVFVSVFLIY PLGQSGWFFA P SFGVAAIF RFILFFQGFH NWTLNPFHMM GVAGVLGAAL LCAIHGATVE NTLFEDGDGA NTFRAFNPTQ AEETYSMVTA NR FWSQIFG VAFSNKRWLH FFMLFVPVTG LWMSALGVVG LALNLRAYDF VSQEIRAAED PEFETFYTKN ILLNEGIRAW MAT QDQPHE NLIFPEEVLP RGNAL

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分子 #6: Cytochrome b559 subunit alpha

分子名称: Cytochrome b559 subunit alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pisum sativum (エンドウ)
分子量理論値: 8.624707 KDa
組換発現生物種: Pisum sativum (エンドウ)
配列文字列:
RSFADIITSI RYWIIHSITI PSLFIAGWLF VSTGLAYDVF GSPRPNEYFT ETRQGIPLIT GRFDSLEQLD EFSRS

+
分子 #7: Cytochrome b559 subunit beta

分子名称: Cytochrome b559 subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pisum sativum (エンドウ)
分子量理論値: 3.396035 KDa
組換発現生物種: Pisum sativum (エンドウ)
配列文字列:
FTVRWLAVHG LAVPTVFFLG SISAMQFIQR

+
分子 #8: Photosystem II reaction center protein H

分子名称: Photosystem II reaction center protein H / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pisum sativum (エンドウ)
分子量理論値: 6.455607 KDa
組換発現生物種: Pisum sativum (エンドウ)
配列文字列:
GPRRTAVGDL LKPLNSEYGK VAPGWGTTPL MGIAMALFAV FLSIILEIYN SSLLLDQISM

+
分子 #9: Photosystem II reaction center protein I

分子名称: Photosystem II reaction center protein I / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pisum sativum (エンドウ)
分子量理論値: 3.926691 KDa
組換発現生物種: Pisum sativum (エンドウ)
配列文字列:
MLTLKLFVYT IVIFFVSLFI FGFLSNDPGR NPGR

+
分子 #10: Photosystem II reaction center protein J

分子名称: Photosystem II reaction center protein J / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pisum sativum (エンドウ)
分子量理論値: 3.598264 KDa
組換発現生物種: Pisum sativum (エンドウ)
配列文字列:
GRIPLWIIGT VAGIVVIGLI GLFFYGSYSG LGSSL

+
分子 #11: Photosystem II reaction center protein K

分子名称: Photosystem II reaction center protein K / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pisum sativum (エンドウ)
分子量理論値: 4.287155 KDa
組換発現生物種: Pisum sativum (エンドウ)
配列文字列:
KLPEAYAFLN PIVDFMPVIP LLFFLLAFVW QAAVSFR

+
分子 #12: Photosystem II reaction center protein L

分子名称: Photosystem II reaction center protein L / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pisum sativum (エンドウ)
分子量理論値: 4.366904 KDa
組換発現生物種: Pisum sativum (エンドウ)
配列文字列:
TQSNPNEQNV ELNRTSLYWG LLLIFVLAVL FSNYFFN

+
分子 #13: Photosystem II reaction center protein M

分子名称: Photosystem II reaction center protein M / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pisum sativum (エンドウ)
分子量理論値: 3.641425 KDa
組換発現生物種: Pisum sativum (エンドウ)
配列文字列:
MEVNILAFIA TALFILVPTA FLLIIYVKTV SQS

+
分子 #14: Oxygen-evolving enhancer protein 1, chloroplastic

分子名称: Oxygen-evolving enhancer protein 1, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pisum sativum (エンドウ)
分子量理論値: 26.554646 KDa
組換発現生物種: Pisum sativum (エンドウ)
配列文字列: EGAPKRLTFD EIQSKTYLEV KGTGTANQCP TIDGGVDSFS FKPGKYNAKK LCLEPTSFTV KSEGVTKNTP LAFQNTKLMT RLTYTLDEI EGPFEVSADG SVKFEEKDGI DYAAVTVQLP GGERVPFLFT IKQLVASGKP DSFSGEFLVP SYRGSSFLDP K GRGASTGY ...文字列:
EGAPKRLTFD EIQSKTYLEV KGTGTANQCP TIDGGVDSFS FKPGKYNAKK LCLEPTSFTV KSEGVTKNTP LAFQNTKLMT RLTYTLDEI EGPFEVSADG SVKFEEKDGI DYAAVTVQLP GGERVPFLFT IKQLVASGKP DSFSGEFLVP SYRGSSFLDP K GRGASTGY DNAVALPAGG RGDEEELGKE NNKSAASSKG KITLSVTQTK PETGEVIGVF ESIQPSDTDL GAKAPKDVKI QG VWYAQLE S

+
分子 #15: Photosystem II reaction center protein T

分子名称: Photosystem II reaction center protein T / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pisum sativum (エンドウ)
分子量理論値: 3.692472 KDa
組換発現生物種: Pisum sativum (エンドウ)
配列文字列:
MEALVYTFLL VSTLGIIFFA IFFREPPKVP TK

+
分子 #16: Photosystem II reaction center protein W

分子名称: Photosystem II reaction center protein W / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pisum sativum (エンドウ)
分子量理論値: 5.914629 KDa
組換発現生物種: Pisum sativum (エンドウ)
配列文字列:
LVDDRMSTEG TGLPFGLSNN LLGWILFGVF GLIWALYFIY ASGLDEDEES GLSL

+
分子 #17: Ultraviolet-B-repressible protein

分子名称: Ultraviolet-B-repressible protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pisum sativum (エンドウ)
分子量理論値: 3.929627 KDa
組換発現生物種: Pisum sativum (エンドウ)
配列文字列:
ATVSPSLKNF LLSIVSGGVV VTAILGAVIG VSNFDPVKR

+
分子 #18: Photosystem II reaction center protein Z

分子名称: Photosystem II reaction center protein Z / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pisum sativum (エンドウ)
分子量理論値: 6.555742 KDa
組換発現生物種: Pisum sativum (エンドウ)
配列文字列:
MTIAFQLAVF ALIVTSSILL ISVPVVFASP DGWSSNKNVV FSGTSLWIGL VFLVGILNSL IS

+
分子 #19: Light harvesting chlorophyll a/b-binding protein Lhcb4.3

分子名称: Light harvesting chlorophyll a/b-binding protein Lhcb4.3
タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pisum sativum (エンドウ)
分子量理論値: 24.460893 KDa
組換発現生物種: Pisum sativum (エンドウ)
配列文字列: GLVWFPGAQP PEWLDGTMIG DRGFDPLGFA KPAEYLQFDL DSLDQNLAKN LAGDVIGTRV EAGEVKPTPF QPYSEVFGIE RFRECELIH GRWAMLGALG ALAVEAFTGV AWQDAGKVEL VEGASYFGFS LPFSLTALIW IEVLVIGYIE FQRNAELDPE K RLYPGGKF ...文字列:
GLVWFPGAQP PEWLDGTMIG DRGFDPLGFA KPAEYLQFDL DSLDQNLAKN LAGDVIGTRV EAGEVKPTPF QPYSEVFGIE RFRECELIH GRWAMLGALG ALAVEAFTGV AWQDAGKVEL VEGASYFGFS LPFSLTALIW IEVLVIGYIE FQRNAELDPE K RLYPGGKF FDPLGLANDP EEKERLQLAE IKHSRLAMVV FLVFAIQAAV SGKGPIGFIA TFNQ

+
分子 #20: Light harvesting chlorophyll a/b-binding protein Lhcb5, CP26

分子名称: Light harvesting chlorophyll a/b-binding protein Lhcb5, CP26
タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pisum sativum (エンドウ)
分子量理論値: 23.839139 KDa
組換発現生物種: Pisum sativum (エンドウ)
配列文字列: ANEELAKWYG PDRRIFLPDG LLDRSEIPEY LTGEVPGDYG YDPFGLSKKP EDFAKYQGYE LIHARWAMLG AAGFIIPEAF NKYGANCGP EAVWFKTGAL LLDGGTLNYF GKPIPINLIL AVVAEVVLLG GAEYYRITNG LDLEDKFHPG GPFDPLGLAN D PDQAAILK ...文字列:
ANEELAKWYG PDRRIFLPDG LLDRSEIPEY LTGEVPGDYG YDPFGLSKKP EDFAKYQGYE LIHARWAMLG AAGFIIPEAF NKYGANCGP EAVWFKTGAL LLDGGTLNYF GKPIPINLIL AVVAEVVLLG GAEYYRITNG LDLEDKFHPG GPFDPLGLAN D PDQAAILK VKEIKNGRLA MFAMLGFFIQ AYVTGEGPVE NFAKHLSDPF GNNLLTVIAG

+
分子 #21: CHLOROPHYLL B

分子名称: CHLOROPHYLL B / タイプ: ligand / ID: 21 / コピー数: 48 / 式: CHL
分子量理論値: 907.472 Da
Chemical component information

ChemComp-CHL:
CHLOROPHYLL B

+
分子 #22: CHLOROPHYLL A

分子名称: CHLOROPHYLL A / タイプ: ligand / ID: 22 / コピー数: 150 / 式: CLA
分子量理論値: 893.489 Da
Chemical component information

ChemComp-CLA:
CHLOROPHYLL A

+
分子 #23: (3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL

分子名称: (3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL
タイプ: ligand / ID: 23 / コピー数: 12 / 式: LUT
分子量理論値: 568.871 Da
Chemical component information

ChemComp-LUT:
(3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL

+
分子 #24: (3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BE...

分子名称: (3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL
タイプ: ligand / ID: 24 / コピー数: 8 / 式: XAT
分子量理論値: 600.87 Da
Chemical component information

ChemComp-XAT:
(3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL / 13-cis-ビオラキサンチン

+
分子 #25: (1R,3R)-6-{(3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(1S,4R,6R)-4-HYDROXY...

分子名称: (1R,3R)-6-{(3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(1S,4R,6R)-4-HYDROXY-2,2,6-TRIMETHYL-7-OXABICYCLO[4.1.0]HEPT-1-YL]-3,7,12,16-TETRAMETHYLOCTADECA-1,3,5,7,9,11,13,15,17-NONAENYLIDENE}-1,5,5- ...名称: (1R,3R)-6-{(3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(1S,4R,6R)-4-HYDROXY-2,2,6-TRIMETHYL-7-OXABICYCLO[4.1.0]HEPT-1-YL]-3,7,12,16-TETRAMETHYLOCTADECA-1,3,5,7,9,11,13,15,17-NONAENYLIDENE}-1,5,5-TRIMETHYLCYCLOHEXANE-1,3-DIOL
タイプ: ligand / ID: 25 / コピー数: 7 / 式: NEX
分子量理論値: 600.87 Da
Chemical component information

ChemComp-NEX:
(1R,3R)-6-{(3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(1S,4R,6R)-4-HYDROXY-2,2,6-TRIMETHYL-7-OXABICYCLO[4.1.0]HEPT-1-YL]-3,7,12,16-TETRAMETHYLOCTADECA-1,3,5,7,9,11,13,15,17-NONAENYLIDENE}-1,5,5-TRIMETHYLCYCLOHEXANE-1,3-DIOL

+
分子 #26: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE

分子名称: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / タイプ: ligand / ID: 26 / コピー数: 26 / 式: LHG
分子量理論値: 722.97 Da
Chemical component information

ChemComp-LHG:
1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル / リン脂質*YM

+
分子 #27: CA-MN4-O5 CLUSTER

分子名称: CA-MN4-O5 CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 27 / コピー数: 2 / 式: OEX
分子量理論値: 339.827 Da
Chemical component information

ChemComp-OEX:
CA-MN4-O5 CLUSTER

+
分子 #28: FE (II) ION

分子名称: FE (II) ION / タイプ: ligand / ID: 28 / コピー数: 2 / 式: FE2
分子量理論値: 55.845 Da

+
分子 #29: CHLORIDE ION

分子名称: CHLORIDE ION / タイプ: ligand / ID: 29 / コピー数: 4 / 式: CL
分子量理論値: 35.453 Da

+
分子 #30: PHEOPHYTIN A

分子名称: PHEOPHYTIN A / タイプ: ligand / ID: 30 / コピー数: 4 / 式: PHO
分子量理論値: 871.2 Da
Chemical component information

ChemComp-PHO:
PHEOPHYTIN A / 132α-(メトキシカルボニル)-31,32-ジデヒ(以下略)

+
分子 #31: BETA-CAROTENE

分子名称: BETA-CAROTENE / タイプ: ligand / ID: 31 / コピー数: 22 / 式: BCR
分子量理論値: 536.873 Da
Chemical component information

ChemComp-BCR:
BETA-CAROTENE / β-カロチン

+
分子 #32: 2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,...

分子名称: 2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE
タイプ: ligand / ID: 32 / コピー数: 4 / 式: PL9
分子量理論値: 749.201 Da
Chemical component information

ChemComp-PL9:
2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE

+
分子 #33: 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL

分子名称: 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL
タイプ: ligand / ID: 33 / コピー数: 8 / 式: SQD
分子量理論値: 795.116 Da
Chemical component information

ChemComp-SQD:
1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL / (2S)-1-O,2-O-ジパルミトイル-3-O-(6-スルホ-6-デオキシ-α-D-グルコピラノシル)グリセロ-ル

+
分子 #34: BICARBONATE ION

分子名称: BICARBONATE ION / タイプ: ligand / ID: 34 / コピー数: 2 / 式: BCT
分子量理論値: 61.017 Da
Chemical component information

ChemComp-BCT:
BICARBONATE ION / 炭酸水素アニオン / pH緩衝剤*YM

+
分子 #35: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)

分子名称: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / タイプ: ligand / ID: 35 / コピー数: 10 / 式: DGD
分子量理論値: 949.299 Da
Chemical component information

ChemComp-DGD:
DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)

+
分子 #36: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

分子名称: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / タイプ: ligand / ID: 36 / コピー数: 14 / 式: LMG
分子量理論値: 787.158 Da
Chemical component information

ChemComp-LMG:
1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

+
分子 #37: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

分子名称: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / タイプ: ligand / ID: 37 / コピー数: 2 / 式: HEM
分子量理論値: 616.487 Da
Chemical component information

ChemComp-HEM:
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影#0 - Image recording ID: 1
#0 - フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 BASE (4k x 4k)
#0 - 平均電子線量: 40.0 e/Å2 / #1 - Image recording ID: 2
#1 - フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 BASE (4k x 4k)
#1 - 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

Image recording ID1
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

5xnl

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 27942
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る