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- EMDB-0965: AAA+ ATPase, ClpL from Streptococcus pneumoniae - ATP bound -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-0965
タイトルAAA+ ATPase, ClpL from Streptococcus pneumoniae - ATP bound
マップデータ
試料
  • 細胞器官・細胞要素: ClpL Trap(E193A/E526A):ATP-bound
    • タンパク質・ペプチド: ATP-dependent Clp protease, ATP-binding subunit
キーワードAAA+ ATPase / Chaperone / Streptococcus pneumoniae
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidase activity / ATP hydrolysis activity / ATP binding
類似検索 - 分子機能
UVR domain / UVR domain profile. / ClpA/B, conserved site 2 / Chaperonins clpA/B signature 2. / ClpA/ClpB, AAA lid domain / AAA lid domain / ClpA/B family / Clp ATPase, C-terminal / AAA domain (Cdc48 subfamily) / C-terminal, D2-small domain, of ClpB protein ...UVR domain / UVR domain profile. / ClpA/B, conserved site 2 / Chaperonins clpA/B signature 2. / ClpA/ClpB, AAA lid domain / AAA lid domain / ClpA/B family / Clp ATPase, C-terminal / AAA domain (Cdc48 subfamily) / C-terminal, D2-small domain, of ClpB protein / C-terminal, D2-small domain, of ClpB protein / ATPase family associated with various cellular activities (AAA) / ATPase, AAA-type, core / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ATP-dependent Clp protease, ATP-binding subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.33 Å
データ登録者Kim G / Lee SG
資金援助 韓国, 4件
OrganizationGrant number国
National Research Foundation (NRF, Korea)NRF-2018R1A2B6004367 韓国
National Research Foundation (NRF, Korea)NRF-2017R1A5A1014560 韓国
Rural Development AdministrationPJ01367602 韓国
National Research Foundation (NRF, Korea)IBS-R030-C1 韓国
引用ジャーナル: FASEB J / 年: 2020
タイトル: ClpL is a functionally active tetradecameric AAA+ chaperone, distinct from hexameric/dodecameric ones.
著者: Gyuhee Kim / Seong-Gyu Lee / Seungsu Han / Jaeeun Jung / Hyeong Seop Jeong / Jae-Kyung Hyun / Dong-Kwon Rhee / Ho Min Kim / Sangho Lee /
要旨: AAA+ (ATPases associated with diverse cellular activities) chaperones are involved in a plethora of cellular activities to ensure protein homeostasis. The function of AAA+ chaperones is mostly ...AAA+ (ATPases associated with diverse cellular activities) chaperones are involved in a plethora of cellular activities to ensure protein homeostasis. The function of AAA+ chaperones is mostly modulated by their hexameric/dodecameric quaternary structures. Here we report the structural and biochemical characterizations of a tetradecameric AAA+ chaperone, ClpL from Streptococcus pneumoniae. ClpL exists as a tetradecamer in solution in the presence of ATP. The cryo-EM structure of ClpL at 4.5 Å resolution reveals a striking tetradecameric arrangement. Solution structures of ClpL derived from small-angle X-ray scattering data suggest that the tetradecameric ClpL could assume a spiral conformation found in active hexameric/dodecameric AAA+ chaperone structures. Vertical positioning of the middle domain accounts for the head-to-head arrangement of two heptameric rings. Biochemical activity assays with site-directed mutagenesis confirmed the critical roles of residues both in the integrity of the tetradecameric arrangement and activities of ClpL. Non-conserved Q321 and R670 are crucial in the heptameric ring assembly of ClpL. These results establish that ClpL is a functionally active tetradecamer, clearly distinct from hexameric/dodecameric AAA+ chaperones.
履歴
登録2020年1月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年1月27日-
マップ公開2021年1月27日-
更新2024年3月27日-
現状2024年3月27日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.2
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.2
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 原子モデル: PDB-6lsy
  • 表面レベル: 0.2
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_0965.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_0965.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 52.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.4 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.2 / ムービー #1: 0.2
最小 - 最大-1.5161932 - 2.406283
平均 (標準偏差)0.00456213 (±0.0966632)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ240240240
Spacing240240240
セルA=B=C: 336.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.41.41.4
M x/y/z240240240
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z336.000336.000336.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS240240240
D min/max/mean-1.5162.4060.005

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : ClpL Trap(E193A/E526A):ATP-bound

全体名称: ClpL Trap(E193A/E526A):ATP-bound
要素
  • 細胞器官・細胞要素: ClpL Trap(E193A/E526A):ATP-bound
    • タンパク質・ペプチド: ATP-dependent Clp protease, ATP-binding subunit

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超分子 #1: ClpL Trap(E193A/E526A):ATP-bound

超分子名称: ClpL Trap(E193A/E526A):ATP-bound / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
分子量理論値: 1.1 MDa

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分子 #1: ATP-dependent Clp protease, ATP-binding subunit

分子名称: ATP-dependent Clp protease, ATP-binding subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 14 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
分子量理論値: 77.599094 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MNNNFNNFNN MDDLFNQLMG GMRGYSSENR RYLINGREVT PEEFAYYRAT GQLPGNAESD VQMQQQASGM KQDGVLAKLG RNLTAEARE GKLDPVIGRN KEIQEASEIL SRRTKNNPVL VGDAGVGKTA VVEGLAQAIV NGDVPAAIKN KEIVSIDISG L EAGTQYRG ...文字列:
MNNNFNNFNN MDDLFNQLMG GMRGYSSENR RYLINGREVT PEEFAYYRAT GQLPGNAESD VQMQQQASGM KQDGVLAKLG RNLTAEARE GKLDPVIGRN KEIQEASEIL SRRTKNNPVL VGDAGVGKTA VVEGLAQAIV NGDVPAAIKN KEIVSIDISG L EAGTQYRG SFEENVQNLV NEVKEAGNII LFFDAIHQIL GAGSTGGDSG SKGLADILKP ALSRGELTVI GATTQDEYRN TI LKNAALA RRFNEVKVNA PSAENTFKIL QGIRDLYQQH HNVILPDEVL KAAVDYSVQY IPQRSLPDKA IDLVDVTAAH LAA QHPVTD VHAVEREIET EKDKQEKAVE AEDFEAALNY KTRIAELERK IENHTEDMKV TASVNDVAES VERMTGIPVS QMGA SDIER LKDMAHRLQD KVIGQDKAVE VVARAICRNR AGFDEGNRPI GNFLFVGSTG VGKTELAKQL ALDMFGTQDA IIRLD MSEY SDRTAVSKLI GTTAGYVGYD DNSNTLTERV RRNPYSIILL DAIEKADPQV ITLLLQVLDD GRLTDGQGNT VNFKNT VII ATSNAGFGYE ANLTEDADKP ELMDRLKPFF RPEFLNRFNA VIEFSHLTKE DLSKIVDLML AEVNQTLAKK DIDLVVS QA AKDYITEEGY DEVMGVRPLR RVVEQEIRDK VTDFHLDHLD AKHLEADMED GVLVIREKV

UniProtKB: ATP-dependent Clp protease, ATP-binding subunit

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.5 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
50.0 mMC8H18N2O4SHydroxyethyl piperazine Ethane Sulfonicacid
100.0 mMKClPotassium chloride
20.0 mMMgCl2Magnesium chloride
6.0 mMC10H16N5O13P3Adenosine triphosphate
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: DARK FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 104148
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

1qvr

最終 再構成想定した対称性 - 点群: D7 (2回x7回 2面回転対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.33 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 52689
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 3次元分類クラス数: 100 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1)

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原子モデル構築 1

精密化プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-6lsy:
AAA+ ATPase, ClpL from Streptococcus pneumoniae - ATP bound

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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