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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-0698 | |||||||||||||||
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タイトル | 120kV MicroED structure of FUS (37-42) SYSGYS solved from merged datasets at 0.60 A | |||||||||||||||
![]() | 2Fo-Fc map | |||||||||||||||
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![]() | FUS / MicroED / Ultrahigh resolution / RNA BINDING PROTEIN | |||||||||||||||
機能・相同性 | ![]() mRNA stabilization / intracellular non-membrane-bounded organelle / regulation of RNA splicing / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / positive regulation of double-strand break repair via homologous recombination / mRNA Splicing - Major Pathway / RNA splicing / molecular condensate scaffold activity / mRNA 3'-UTR binding / transcription coregulator activity ...mRNA stabilization / intracellular non-membrane-bounded organelle / regulation of RNA splicing / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / positive regulation of double-strand break repair via homologous recombination / mRNA Splicing - Major Pathway / RNA splicing / molecular condensate scaffold activity / mRNA 3'-UTR binding / transcription coregulator activity / protein homooligomerization / amyloid fibril formation / transcription coactivator activity / chromatin binding / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / RNA binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||||||||
手法 | 電子線結晶学 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 0.6 Å | |||||||||||||||
![]() | Zhou H / Luo F | |||||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Programming Conventional Electron Microscopes for Solving Ultrahigh-Resolution Structures of Small and Macro-Molecules. 著者: Heng Zhou / Feng Luo / Zhipu Luo / Dan Li / Cong Liu / Xueming Li / ![]() 要旨: Microcrystal electron diffraction (MicroED) is becoming a powerful tool in determining the crystal structures of biological macromolecules and small organic compounds. However, wide applications of ...Microcrystal electron diffraction (MicroED) is becoming a powerful tool in determining the crystal structures of biological macromolecules and small organic compounds. However, wide applications of this technique are still limited by the special requirement for radiation-tolerated movie-mode camera and the lack of automated data collection methods. Herein, we develop a stage-camera synchronization scheme to minimize the hardware requirements and enable the use of the conventional electron cryo-microscope with a single-frame CCD camera, which ensures not only the acquisition of ultrahigh-resolution diffraction data but also low cost in practice. This method renders the structure determination of both peptide and small organic compounds at ultrahigh resolution up to ∼0.60 Å with unambiguous assignment of nearly all hydrogen atoms. The present work provides a widely applicable solution for routine structure determination of MicroED and demonstrates the capability of the low-end 120 kV microscope with a CCD camera in solving ultrahigh resolution structures of both organic compounds and biological macromolecules. | |||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 1.9 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 12.6 KB 12.6 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 47 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 4.2 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 1.9 MB 1.9 MB | ||
Filedesc structureFactors | ![]() | 133.9 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 484.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 483.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 4.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 4.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6kj3MC ![]() 0696C ![]() 0697C ![]() 0699C ![]() 6kj1C ![]() 6kj2C ![]() 6kj4C M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
電子顕微鏡画像生データ | ![]() Data size: 9.2 Data #1: 120kV MicroED data of FUS (37-42) SYSGYS [diffraction images]) |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | 2Fo-Fc map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X: 0.1425 Å / Y: 0.14594 Å / Z: 0.14658 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-追加マップ: Fo-Fc map
ファイル | emd_0698_additional.map | ||||||||||||
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注釈 | Fo-Fc map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Fo-Fc map
ファイル | emd_0698_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Fo-Fc map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : FUS LC RAC1
全体 | 名称: FUS LC RAC1 |
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要素 |
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-超分子 #1: FUS LC RAC1
超分子 | 名称: FUS LC RAC1 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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-分子 #1: RNA-binding protein FUS
分子 | 名称: RNA-binding protein FUS / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 662.648 Da |
配列 | 文字列: SYSGYS UniProtKB: RNA-binding protein FUS |
-分子 #2: water
分子 | 名称: water / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 1 / 式: HOH |
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分子量 | 理論値: 18.015 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-HOH: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 電子線結晶学 |
試料の集合状態 | 3D array |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI 12 |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI EAGLE (4k x 4k) / 平均電子線量: 0.05 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 120 kV / 電子線源: LAB6 |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: DIFFRACTION / カメラ長: 500 mm |
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画像解析
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 0.6 Å / 解像度の算出法: DIFFRACTION PATTERN/LAYERLINES |
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Crystallography statistics | Number intensities measured: 46057 / Number structure factors: 5850 / Fourier space coverage: 78.41 / R sym: 0.278 / R merge: 0.278 / Overall phase error: 44.58 / Overall phase residual: 1 / Phase error rejection criteria: 60 / High resolution: 0.6 Å / 殻 - Shell ID: 1 / 殻 - High resolution: 0.6 Å / 殻 - Low resolution: 0.62 Å / 殻 - Number structure factors: 474 / 殻 - Phase residual: 1 / 殻 - Fourier space coverage: 66.76 / 殻 - Multiplicity: 3.94 |
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: RECIPROCAL / プロトコル: AB INITIO MODEL |
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得られたモデル | ![]() PDB-6kj3: |