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- EMDB-0619: Amyloid Beta KLVFFAENVGS 16-26 D23N Iowa mutation -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-0619
タイトルAmyloid Beta KLVFFAENVGS 16-26 D23N Iowa mutation
マップデータAmyloid Beta KLVFFAENVGS 16-26 D23N Iowa mutation
試料
  • 複合体: Fibrils of Amyloid Beta segment 16-26
    • タンパク質・ペプチド: Amyloid-beta precursor protein
キーワードamyloid / PROTEIN FIBRIL
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of epidermal growth factor-activated receptor activity / cytosolic mRNA polyadenylation / collateral sprouting in absence of injury / microglia development / regulation of synapse structure or activity / regulation of Wnt signaling pathway / Formyl peptide receptors bind formyl peptides and many other ligands / axo-dendritic transport / synaptic assembly at neuromuscular junction / signaling receptor activator activity ...regulation of epidermal growth factor-activated receptor activity / cytosolic mRNA polyadenylation / collateral sprouting in absence of injury / microglia development / regulation of synapse structure or activity / regulation of Wnt signaling pathway / Formyl peptide receptors bind formyl peptides and many other ligands / axo-dendritic transport / synaptic assembly at neuromuscular junction / signaling receptor activator activity / smooth endoplasmic reticulum calcium ion homeostasis / axon midline choice point recognition / astrocyte activation involved in immune response / regulation of spontaneous synaptic transmission / mating behavior / NMDA selective glutamate receptor signaling pathway / ciliary rootlet / Lysosome Vesicle Biogenesis / PTB domain binding / Golgi-associated vesicle / positive regulation of amyloid fibril formation / neuron remodeling / Insertion of tail-anchored proteins into the endoplasmic reticulum membrane / Deregulated CDK5 triggers multiple neurodegenerative pathways in Alzheimer's disease models / nuclear envelope lumen / suckling behavior / COPII-coated ER to Golgi transport vesicle / dendrite development / presynaptic active zone / modulation of excitatory postsynaptic potential / TRAF6 mediated NF-kB activation / Advanced glycosylation endproduct receptor signaling / neuromuscular process controlling balance / The NLRP3 inflammasome / regulation of presynapse assembly / transition metal ion binding / negative regulation of long-term synaptic potentiation / intracellular copper ion homeostasis / regulation of multicellular organism growth / negative regulation of neuron differentiation / ECM proteoglycans / smooth endoplasmic reticulum / positive regulation of T cell migration / spindle midzone / Purinergic signaling in leishmaniasis infection / positive regulation of calcium-mediated signaling / protein serine/threonine kinase binding / positive regulation of chemokine production / clathrin-coated pit / regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / forebrain development / Notch signaling pathway / Mitochondrial protein degradation / neuron projection maintenance / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / positive regulation of protein metabolic process / positive regulation of glycolytic process / ionotropic glutamate receptor signaling pathway / response to interleukin-1 / cholesterol metabolic process / positive regulation of mitotic cell cycle / adult locomotory behavior / extracellular matrix organization / axonogenesis / platelet alpha granule lumen / trans-Golgi network membrane / positive regulation of peptidyl-threonine phosphorylation / positive regulation of interleukin-1 beta production / learning / dendritic shaft / positive regulation of long-term synaptic potentiation / central nervous system development / locomotory behavior / endosome lumen / astrocyte activation / positive regulation of JNK cascade / Post-translational protein phosphorylation / synapse organization / microglial cell activation / regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / TAK1-dependent IKK and NF-kappa-B activation / serine-type endopeptidase inhibitor activity / visual learning / neuromuscular junction / recycling endosome / cognition / Golgi lumen / positive regulation of inflammatory response / neuron cellular homeostasis / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of interleukin-6 production / endocytosis / cellular response to amyloid-beta / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / G2/M transition of mitotic cell cycle / positive regulation of tumor necrosis factor production / neuron projection development / cell-cell junction / synaptic vesicle / Platelet degranulation
類似検索 - 分子機能
Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding domain conserved site / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding domain superfamily / Copper-binding of amyloid precursor, CuBD / Amyloid precursor protein (APP) copper-binding (CuBD) domain signature. / Amyloidogenic glycoprotein, amyloid-beta peptide superfamily / Beta-amyloid peptide (beta-APP) / Amyloidogenic glycoprotein, amyloid-beta peptide / Beta-amyloid precursor protein C-terminal / Amyloidogenic glycoprotein, intracellular domain, conserved site ...Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding domain conserved site / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding domain superfamily / Copper-binding of amyloid precursor, CuBD / Amyloid precursor protein (APP) copper-binding (CuBD) domain signature. / Amyloidogenic glycoprotein, amyloid-beta peptide superfamily / Beta-amyloid peptide (beta-APP) / Amyloidogenic glycoprotein, amyloid-beta peptide / Beta-amyloid precursor protein C-terminal / Amyloidogenic glycoprotein, intracellular domain, conserved site / Beta-amyloid precursor protein C-terminus / Amyloid precursor protein (APP) intracellular domain signature. / Amyloid precursor protein (APP) E1 domain profile. / Amyloid precursor protein (APP) E2 domain profile. / Amyloidogenic glycoprotein, extracellular / Amyloidogenic glycoprotein, heparin-binding / Amyloidogenic glycoprotein, E2 domain / E2 domain superfamily / Amyloidogenic glycoprotein, heparin-binding domain superfamily / Amyloid A4 N-terminal heparin-binding / E2 domain of amyloid precursor protein / amyloid A4 / Amyloidogenic glycoprotein / Proteinase inhibitor I2, Kunitz, conserved site / Pancreatic trypsin inhibitor (Kunitz) family signature. / BPTI/Kunitz family of serine protease inhibitors. / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain / Kunitz/Bovine pancreatic trypsin inhibitor domain / Pancreatic trypsin inhibitor (Kunitz) family profile. / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain superfamily / PH-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Amyloid-beta precursor protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子線結晶学 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 1.402 Å
データ登録者Griner SL / Sawaya MR
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)R01 AG029430 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2019
タイトル: Structure-based inhibitors of amyloid beta core suggest a common interface with tau.
著者: Sarah L Griner / Paul Seidler / Jeannette Bowler / Kevin A Murray / Tianxiao Peter Yang / Shruti Sahay / Michael R Sawaya / Duilio Cascio / Jose A Rodriguez / Stephan Philipp / Justyna Sosna ...著者: Sarah L Griner / Paul Seidler / Jeannette Bowler / Kevin A Murray / Tianxiao Peter Yang / Shruti Sahay / Michael R Sawaya / Duilio Cascio / Jose A Rodriguez / Stephan Philipp / Justyna Sosna / Charles G Glabe / Tamir Gonen / David S Eisenberg /
要旨: Alzheimer's disease (AD) pathology is characterized by plaques of amyloid beta (Aβ) and neurofibrillary tangles of tau. Aβ aggregation is thought to occur at early stages of the disease, and ...Alzheimer's disease (AD) pathology is characterized by plaques of amyloid beta (Aβ) and neurofibrillary tangles of tau. Aβ aggregation is thought to occur at early stages of the disease, and ultimately gives way to the formation of tau tangles which track with cognitive decline in humans. Here, we report the crystal structure of an Aβ core segment determined by MicroED and in it, note characteristics of both fibrillar and oligomeric structure. Using this structure, we designed peptide-based inhibitors that reduce Aβ aggregation and toxicity of already-aggregated species. Unexpectedly, we also found that these inhibitors reduce the efficiency of Aβ-mediated tau aggregation, and moreover reduce aggregation and self-seeding of tau fibrils. The ability of these inhibitors to interfere with both Aβ and tau seeds suggests these fibrils share a common epitope, and supports the hypothesis that cross-seeding is one mechanism by which amyloid is linked to tau aggregation and could promote cognitive decline.
履歴
登録2019年2月28日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年3月20日-
マップ公開2019年10月30日-
更新2023年10月11日-
現状2023年10月11日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
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  • 原子モデル: PDB-6o4j
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_0619.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_0619.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 304.7 KB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Amyloid Beta KLVFFAENVGS 16-26 D23N Iowa mutation
ボクセルのサイズX: 0.389 Å / Y: 0.36049 Å / Z: 0.35444 Å
密度
表面レベル登録者による: 1.7 / ムービー #1: 0.7
最小 - 最大-1.8594286 - 3.3643832
平均 (標準偏差)0.000000000266055 (±0.47364908)
対称性空間群: 4
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderYXZ
Origin000
サイズ307236
Spacing3014436
セルA: 11.67 Å / B: 51.91 Å / C: 12.76 Å
α: 90.0 ° / β: 114.18 ° / γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.3890.360486111111110.35444444444444
M x/y/z3014436
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z11.67051.91012.760
α/β/γ90.000114.18090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ307236
MAP C/R/S213
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS723036
D min/max/mean-1.8593.3640.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Fibrils of Amyloid Beta segment 16-26

全体名称: Fibrils of Amyloid Beta segment 16-26
要素
  • 複合体: Fibrils of Amyloid Beta segment 16-26
    • タンパク質・ペプチド: Amyloid-beta precursor protein

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超分子 #1: Fibrils of Amyloid Beta segment 16-26

超分子名称: Fibrils of Amyloid Beta segment 16-26 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Amyloid-beta precursor protein

分子名称: Amyloid-beta precursor protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 1.235432 KDa
配列文字列:
(ACE)KLVFFAENV GS(NH2)

UniProtKB: Amyloid-beta precursor protein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線結晶学
試料の集合状態3D array

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試料調製

濃度7.5 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
200.0 mMMgCl2magnesium formate
10.0 %C2H6OSDMSO
100.0 mMC4H11NO3Tris Base
15.0 %C3H8Oisopropanol
グリッド支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 詳細: unspecified
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細nanocrystals
結晶化装置: microcentrifuge tube / 雰囲気: air / 温度: 310.0 K / 時間: 4.0 DAY

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
撮影フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F416 (4k x 4k)
デジタル化 - サイズ - 横: 2048 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 2048 pixel / 回折像の数: 1331 / 平均電子線量: 0.03 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: DIFFRACTION / カメラ長: 1840 mm
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN 626 SINGLE TILT LIQUID NITROGEN CRYO TRANSFER HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 1.402 Å / 解像度の算出法: DIFFRACTION PATTERN/LAYERLINES
Crystallography statisticsNumber intensities measured: 47598 / Number structure factors: 2355 / Fourier space coverage: 85.4 / R sym: 0.24 / R merge: 0.24 / Overall phase error: 0 / Overall phase residual: 0.01 / Phase error rejection criteria: 0 / High resolution: 1.4 Å / 殻 - Shell ID: 1 / 殻 - High resolution: 1.4 Å / 殻 - Low resolution: 1.44 Å / 殻 - Number structure factors: 163 / 殻 - Phase residual: 0.01 / 殻 - Fourier space coverage: 78 / 殻 - Multiplicity: 12.1

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

2y2a


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: RECIPROCAL / プロトコル: OTHER / 当てはまり具合の基準: Maximum likelihood
得られたモデル

PDB-6o4j:
Amyloid Beta KLVFFAENVGS 16-26 D23N Iowa mutation

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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