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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-0198 | |||||||||
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タイトル | Synthetic Self-assembling ADDomer Platform for Highly Efficient Vaccination by Genetically-encoded Multi-epitope Display | |||||||||
マップデータ | ADDomer dodecahedron (engineered viral like particle derived from Ad3 Penton base protein). RELION Post Processed (Masked and B-factor sharpened map). | |||||||||
試料 |
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キーワード | engineered / virus / like / particle / ADDomer / Ad3 / penton / base / adenovirus / synthetic / vaccine / biobrick / human / homosapien / dodecahedron / icosohedral / epitode / display / scaffold / VIRUS LIKE PARTICLE | |||||||||
機能・相同性 | Adenovirus penton base protein / Adenovirus penton base protein / T=25 icosahedral viral capsid / endocytosis involved in viral entry into host cell / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity / metal ion binding / Penton protein 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Human adenovirus B3 (ヒトアデノウイルス) / Human adenovirus B serotype 3 (ヒトアデノウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å | |||||||||
データ登録者 | Bufton JC / Berger I | |||||||||
引用 | ジャーナル: Sci Adv / 年: 2019 タイトル: Synthetic self-assembling ADDomer platform for highly efficient vaccination by genetically encoded multiepitope display. 著者: Charles Vragniau / Joshua C Bufton / Frédéric Garzoni / Emilie Stermann / Fruzsina Rabi / Céline Terrat / Mélanie Guidetti / Véronique Josserand / Matt Williams / Christopher J Woods / ...著者: Charles Vragniau / Joshua C Bufton / Frédéric Garzoni / Emilie Stermann / Fruzsina Rabi / Céline Terrat / Mélanie Guidetti / Véronique Josserand / Matt Williams / Christopher J Woods / Gerardo Viedma / Phil Bates / Bernard Verrier / Laurence Chaperot / Christiane Schaffitzel / Imre Berger / Pascal Fender / 要旨: Self-assembling virus-like particles represent highly attractive tools for developing next-generation vaccines and protein therapeutics. We created ADDomer, an adenovirus-derived multimeric protein- ...Self-assembling virus-like particles represent highly attractive tools for developing next-generation vaccines and protein therapeutics. We created ADDomer, an adenovirus-derived multimeric protein-based self-assembling nanoparticle scaffold engineered to facilitate plug-and-play display of multiple immunogenic epitopes from pathogens. We used cryo-electron microscopy at near-atomic resolution and implemented novel, cost-effective, high-performance cloud computing to reveal architectural features in unprecedented detail. We analyzed ADDomer interaction with components of the immune system and developed a promising first-in-kind ADDomer-based vaccine candidate to combat emerging Chikungunya infectious disease, exemplifying the potential of our approach. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_0198.map.gz | 53.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-0198-v30.xml emd-0198.xml | 13.5 KB 13.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_0198_fsc.xml | 17 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_0198.png | 254.4 KB | ||
Filedesc metadata | emd-0198.cif.gz | 6.4 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-0198 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-0198 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_0198_validation.pdf.gz | 299.9 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_0198_full_validation.pdf.gz | 299 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_0198_validation.xml.gz | 15.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-0198 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-0198 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_0198.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 421.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | ADDomer dodecahedron (engineered viral like particle derived from Ad3 Penton base protein). RELION Post Processed (Masked and B-factor sharpened map). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.06 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : ADDomer: An engineered viral like particle derived from penton ba...
全体 | 名称: ADDomer: An engineered viral like particle derived from penton base protein of Human adenovirus B3 (Ad3). |
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要素 |
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-超分子 #1: ADDomer: An engineered viral like particle derived from penton ba...
超分子 | 名称: ADDomer: An engineered viral like particle derived from penton base protein of Human adenovirus B3 (Ad3). タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all 詳細: Recombinantly expressed and purified ADDomer complex (penton base dodecahedron). |
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由来(天然) | 生物種: Human adenovirus B3 (ヒトアデノウイルス) |
分子量 | 理論値: 3.811834 MDa |
-分子 #1: Penton protein
分子 | 名称: Penton protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 60 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Human adenovirus B serotype 3 (ヒトアデノウイルス) |
分子量 | 理論値: 63.598293 KDa |
組換発現 | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
配列 | 文字列: MRRRAVLGGA VVYPEGPPPS YESVMQQQAA MIQPPLEAPF VPPRYLAPTE GRNSIRYSEL SPLYDTTKLY LVDNKSADIA SLNYQNDHS NFLTTVVQNN DFTPTEASTQ TINFDERSRW GGQLKTIMHT NMPNVNEYMF SNKFKARVMV SRKAPEGEFV T VNDGPVND ...文字列: MRRRAVLGGA VVYPEGPPPS YESVMQQQAA MIQPPLEAPF VPPRYLAPTE GRNSIRYSEL SPLYDTTKLY LVDNKSADIA SLNYQNDHS NFLTTVVQNN DFTPTEASTQ TINFDERSRW GGQLKTIMHT NMPNVNEYMF SNKFKARVMV SRKAPEGEFV T VNDGPVND TYDHKEDILK YEWFEFILPE GNFSATMTID LMNNAIIDNY LEIGRQNGVL ESDIGVKFDT RNFRLGWDPE TK LIMPGVY TYEAFHPDIV LLPGCGVDFT ESRLSNLLGI RKRHPFQEGF KIMYEDLEGG NIPALLDVTA YEESKKDTTT ARE TTTLAV AEETSEDVDD DITRGDTYIT ELEKQKREAA AAEVSRKKEL KIQPLEKDSK SRSYNVLEDK INTAYRSWYL SYNY GNPEK GIRSWTLLTT SDVTCGAEQV YWSLPDMMQD PVTFRSTRQV NNYPVVGAEL MPVFSKSFYN EQAVYSQQLR QATSL THVF NRFPENQILI RPPAPTITTV SENVPALTDH GTLPLRSSIR GVQRVTVTDA RRRTCPYVYK ALGIVAPRVL SSRTF UniProtKB: Penton protein |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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グリッド | モデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: LEICA EM GP |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TALOS ARCTICA |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 実像数: 1060 / 平均露光時間: 0.25 sec. / 平均電子線量: 1.3125 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.2 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm / 倍率(公称値): 130000 |
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
初期モデル | PDB ID: Chain - Chain ID: A / Chain - Residue range: 61-542 / Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model |
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詳細 | The model was adjusted to fit into the map manually using COOT before further iterative positional and B-factor refinement in real space using Phenix Real-Space refinement software. Final adjustments were carried out in COOT. |
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: BACKBONE TRACE |
得られたモデル | PDB-6hcr: |