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- EMDB-0126: Cryo-EM structure of the consensus hub of the clathrin coat complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-0126
タイトルCryo-EM structure of the consensus hub of the clathrin coat complex
マップデータ
試料
  • 複合体: Assembly of clathrin heavy and light chain into coat complexes
    • タンパク質・ペプチド: clathrin heavy chainクラスリン
    • タンパク質・ペプチド: clathrin light chain b
    • タンパク質・ペプチド: clathrin light chain a
キーワードclathrin (クラスリン) / coat protein / endocytosis (エンドサイトーシス) / trafficking / TRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質)
機能・相同性
機能・相同性情報


clathrin coat of trans-Golgi network vesicle / clathrin light chain binding / clathrin complex / clathrin coat of coated pit / クラスリン / vesicle-mediated transport / intracellular protein transport / disordered domain specific binding / 核小体 / structural molecule activity ...clathrin coat of trans-Golgi network vesicle / clathrin light chain binding / clathrin complex / clathrin coat of coated pit / クラスリン / vesicle-mediated transport / intracellular protein transport / disordered domain specific binding / 核小体 / structural molecule activity / 核質 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Clathrin-H-link / Clathrin, heavy chain, linker, core motif / Clathrin heavy chain, N-terminal / Clathrin, heavy chain / Clathrin, heavy chain, propeller repeat / Clathrin propeller repeat / Clathrin, heavy-chain linker / Region in Clathrin and VPS / Clathrin heavy chain repeat homology / Clathrin, heavy chain/VPS, 7-fold repeat ...Clathrin-H-link / Clathrin, heavy chain, linker, core motif / Clathrin heavy chain, N-terminal / Clathrin, heavy chain / Clathrin, heavy chain, propeller repeat / Clathrin propeller repeat / Clathrin, heavy-chain linker / Region in Clathrin and VPS / Clathrin heavy chain repeat homology / Clathrin, heavy chain/VPS, 7-fold repeat / Clathrin heavy-chain (CHCR) repeat profile. / Ribosome biogenesis protein Nop16 / Ribosome biogenesis protein Nop16 / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Armadillo-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Clathrin heavy chain / Nucleolar protein 16
類似検索 - 構成要素
生物種Sus scrofa (ブタ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.69 Å
データ登録者Morris KL / Smith CJ
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2019
タイトル: Cryo-EM of multiple cage architectures reveals a universal mode of clathrin self-assembly.
著者: Kyle L Morris / Joseph R Jones / Mary Halebian / Shenping Wu / Michael Baker / Jean-Paul Armache / Amaurys Avila Ibarra / Richard B Sessions / Alexander D Cameron / Yifan Cheng / Corinne J Smith /
要旨: Clathrin forms diverse lattice and cage structures that change size and shape rapidly in response to the needs of eukaryotic cells during clathrin-mediated endocytosis and intracellular trafficking. ...Clathrin forms diverse lattice and cage structures that change size and shape rapidly in response to the needs of eukaryotic cells during clathrin-mediated endocytosis and intracellular trafficking. We present the cryo-EM structure and molecular model of assembled porcine clathrin, providing insights into interactions that stabilize key elements of the clathrin lattice, namely, between adjacent heavy chains, at the light chain-heavy chain interface and within the trimerization domain. Furthermore, we report cryo-EM maps for five different clathrin cage architectures. Fitting structural models to three of these maps shows that their assembly requires only a limited range of triskelion leg conformations, yet inherent flexibility is required to maintain contacts. Analysis of the protein-protein interfaces shows remarkable conservation of contact sites despite architectural variation. These data reveal a universal mode of clathrin assembly that allows variable cage architecture and adaptation of coated vesicle size and shape during clathrin-mediated vesicular trafficking or endocytosis.
履歴
登録2018年7月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年8月22日-
マップ公開2019年10月2日-
更新2023年11月15日-
現状2023年11月15日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.195
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.195
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6sct
  • 表面レベル: 0.195
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_0126.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_0126.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.705 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.195 / ムービー #1: 0.195
最小 - 最大-0.15714751 - 0.37421277
平均 (標準偏差)0.0020740747 (±0.016248556)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 436.48 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.7051.7051.705
M x/y/z256256256
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z436.480436.480436.480
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS256256256
D min/max/mean-0.1570.3740.002

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_0126_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Additional map used during model building at ad-hoc...

ファイルemd_0126_additional_1.map
注釈Additional map used during model building at ad-hoc sharpened b-factor of -250.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Post processed map from resolution measurement.

ファイルemd_0126_additional_2.map
注釈Post processed map from resolution measurement.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Soft spherical masked (diameter 320A) applied to remove...

ファイルemd_0126_half_map_1.map
注釈Soft spherical masked (diameter 320A) applied to remove artifactual density prior to resolution measurement.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Soft spherical masked (diameter 320A) applied to remove...

ファイルemd_0126_half_map_2.map
注釈Soft spherical masked (diameter 320A) applied to remove artifactual density prior to resolution measurement.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Assembly of clathrin heavy and light chain into coat complexes

全体名称: Assembly of clathrin heavy and light chain into coat complexes
要素
  • 複合体: Assembly of clathrin heavy and light chain into coat complexes
    • タンパク質・ペプチド: clathrin heavy chainクラスリン
    • タンパク質・ペプチド: clathrin light chain b
    • タンパク質・ペプチド: clathrin light chain a

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超分子 #1: Assembly of clathrin heavy and light chain into coat complexes

超分子名称: Assembly of clathrin heavy and light chain into coat complexes
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ) / 器官: BRAIN
分子量理論値: 540 KDa

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分子 #1: clathrin heavy chain

分子名称: clathrin heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ) / 器官: BRAIN
配列文字列: MAQILPIRFQ EHLQLQNLGI NPANIGFSTL TMESDKFICI REKVGEQAQV VIIDMNDPSN PIRRPISAD SAIMNPASKV IALKAGKTLQ IFNIEMKSKM KAHTMTDDVT FWKWISLNTV A LVTDNAVY HWSMEGESQP VKMFDRHSSL AGCQIINYRT DAKQKWLLLT ...文字列:
MAQILPIRFQ EHLQLQNLGI NPANIGFSTL TMESDKFICI REKVGEQAQV VIIDMNDPSN PIRRPISAD SAIMNPASKV IALKAGKTLQ IFNIEMKSKM KAHTMTDDVT FWKWISLNTV A LVTDNAVY HWSMEGESQP VKMFDRHSSL AGCQIINYRT DAKQKWLLLT GISAQQNRVV GA MQLYSVD RKVSQPIEGH AASFAQFKME GNAEESTLFC FAVRGQAGGK LHIIEVGTPP TGN QPFPKK AVDVFFPPEA QNDFPVAMQI SEKHDVVFLI TKYGYIHLYD LETGTCIYMN RISG ETIFV TAPHEATAGI IGVNRKGQVL SVCVEEENII PYITNVLQNP DLALRMAVRN NLAGA EELF ARKFNALFAQ GNYSEAAKVA ANAPKGILRT PDTIRRFQSV PAQPGQTSPL LQYFGI LLD QGQLNKYESL ELCRPVLQQG RKQLLEKWLK EDKLECSEEL GDLVKSVDPT LALSVYL RA NVPNKVIQCF AETGQVQKIV LYAKKVGYTP DWIFLLRNVM RISPDQGQQF AQMLVQDE E PLADITQIVD VFMEYNLIQQ CTAFLLDALK NNRPSEGPLQ TRLLEMNLMH APQVADAIL GNQMFTHYDR AHIAQLCEKA GLLQRALEHF TDLYDIKRAV VHTHLLNPEW LVNYFGSLSV EDSLECLRA MLSANIRQNL QICVQVASKY HEQLSTQSLI ELFESFKSFE GLFYFLGSIV N FSQDPDVH FKYIQAACKT GQIKEVERIC RESNCYDPER VKNFLKEAKL TDQLPLIIVC DR FDFVHDL VLYLYRNNLQ KYIEIYVQKV NPSRLPVVIG GLLDVDCSED VIKNLILVVR GQF STDELV AEVEKRNRLK LLLPWLEARI HEGCEEPATH NALAKIYIDS NNNPERFLRE NPYY DSRVV GKYCEKRDPH LACVAYERGQ CDLELINVCN ENSLFKSLSR YLVRRKDPEL WGSVL LESN PYRRPLIDQV VQTALSETQD PEEVSVTVKA FMTADLPNEL IELLEKIVLD NSVFSE HRN LQNLLILTAI KADRTRVMEY INRLDNYDAP DIANIAISNE LFEEAFAIFR KFDVNTS AV QVLIEHIGNL DRAYEFAERC NEPAVWSQLA KAQLQKGMVK EAIDSYIKAD DPSSYMEV V QAANTSGNWE ELVKYLQMAR KKARESYVET ELIFALAKTN RLAELEEFIN GPNNAHIQQ VGDRCYDEKM YDAAKLLYNN VSNFGRLAST LVHLGEYQAA VDGARKANST RTWKEVCFAC VDGKEFRLA QMCGLHIVVH ADELEELINY YQDRGYFEEL ITMLEAALGL ERAHMGMFTE L AILYSKFK PQKMREHLEL FWSRVNIPKV LRAAEQAHLW AELVFLYDKY EEYDNAIITM MN HPTDAWK EGQFKDIITK VANVELYYRA IQFYLEFKPL LLNDLLMVLS PRLDHTRAVN YFS KVKQLP LVKPYLRSVQ NHNNKSVNES LNNLFITEED YQALRTSIDA YDNFDNISLA QRLE KHELI EFRRIAAYLF KGNNRWKQSV ELCKKDSLYK DAMQYASESK DTELAEELLQ WFLQE EKRE CFGACLFTCY DLLRPDVVLE TAWRHNIMDF AMPYFIQVMK EYLTKVDKLD ASESLR KEE EQATETQPIV YGQPQLMLTA GPSVAVPPQA PFGYGYTAPP YGQPQPGFGY SM

UniProtKB: Clathrin heavy chain

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分子 #2: clathrin light chain b

分子名称: clathrin light chain b / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ) / 器官: BRAIN
配列文字列: MADDFGFFSS SESGAPEVAE EDPAAAFLAQ QESEIAGIEN DEGFGAPAGS QAALAQPGPA SGAGPEDMG TTVNGDVFQD ANGPADGYAA IAQADRLTQE PESIRKWREE QRKRLQELDA A SKVTEQEW REKAKKDLEE WNQRQSEQVE KNKINNRIAD KAFYQQPDAD ...文字列:
MADDFGFFSS SESGAPEVAE EDPAAAFLAQ QESEIAGIEN DEGFGAPAGS QAALAQPGPA SGAGPEDMG TTVNGDVFQD ANGPADGYAA IAQADRLTQE PESIRKWREE QRKRLQELDA A SKVTEQEW REKAKKDLEE WNQRQSEQVE KNKINNRIAD KAFYQQPDAD IIGYVASEEA FV KESKEET PGTEWEKVAQ LCDFNPKSSK QCKDVSRLRS VLMSLKQTPL SR

UniProtKB: Nucleolar protein 16

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分子 #3: clathrin light chain a

分子名称: clathrin light chain a / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ) / 器官: BRAIN
配列文字列: MADLDPFGAP AGPSLGNGVA GEEDPAAAFL AQQESEIAGI ENDEAFAILD GGAPGPQPHG EPPGGPDAV DGVMNGEYYQ ESNGPTDSYA AISQVDRLQS EPESIRKWRE EQTERLEALD A NSRKQEAE WKEKAIKELE EWYARQDEQL QKTKANNRVA DEAFYKQPFA ...文字列:
MADLDPFGAP AGPSLGNGVA GEEDPAAAFL AQQESEIAGI ENDEAFAILD GGAPGPQPHG EPPGGPDAV DGVMNGEYYQ ESNGPTDSYA AISQVDRLQS EPESIRKWRE EQTERLEALD A NSRKQEAE WKEKAIKELE EWYARQDEQL QKTKANNRVA DEAFYKQPFA DVIGYVAAEE AF VNDIEES SPGTEWERVA RLCDFNPKSS KQAKDVSRMR SVLISLKQAP LVH

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度6.32 mg/mL
緩衝液pH: 6.4
構成要素:
濃度式名称
100.0 mMC6H13NO4SMES
1.5 mMMgCl2Magnesium chloride
0.2 mMC14H24N2O10EGTA
0.02 w/vNaN3Sodium azide
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE / 装置: HOMEMADE PLUNGER
詳細: 3 uL applied to a grid at room temperature and humidity. 3 second hand blot and plunge..
詳細Clathrin coat complexes, end point assembly exhibiting architectural heterogeneity

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 倍率（補正後）: 82111 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.2 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 1.4000000000000001 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
検出モード: INTEGRATING / デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 平均露光時間: 3.0 sec. / 平均電子線量: 53.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 12785
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
詳細: Initial model and angles come from localised reconstruction of the hub (Ilca 2015)
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1)
詳細: Initial model and angles come from localised reconstruction of the hub (Ilca 2015)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1)
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.69 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1)
詳細: All hub substructures from all coat architectures combined and refined a consensus hub structure
使用した粒子像数: 313406
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
当てはまり具合の基準: Cross-correlation coefficient
得られたモデル

PDB-6sct:
Cryo-EM structure of the consensus triskelion hub of the clathrin coat complex

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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