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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-0093 | |||||||||
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タイトル | Structure of human HCN4 hyperpolarization-activated cyclic nucleotide-gated ion channel | |||||||||
マップデータ | Cryosparc sharpened map | |||||||||
試料 |
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キーワード | ION CHANNEL / PACEMAKER CURRENT / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC / MEMBRANE PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 voltage-gated potassium channel activity involved in SA node cell action potential depolarization / sinoatrial node development / HCN channels / regulation of cardiac muscle cell action potential involved in regulation of contraction / SA node cell action potential / HCN channel complex / membrane depolarization during SA node cell action potential / cellular response to cGMP / regulation of membrane depolarization / intracellularly cAMP-activated cation channel activity ...voltage-gated potassium channel activity involved in SA node cell action potential depolarization / sinoatrial node development / HCN channels / regulation of cardiac muscle cell action potential involved in regulation of contraction / SA node cell action potential / HCN channel complex / membrane depolarization during SA node cell action potential / cellular response to cGMP / regulation of membrane depolarization / intracellularly cAMP-activated cation channel activity / membrane depolarization during cardiac muscle cell action potential / sodium ion import across plasma membrane / blood circulation / voltage-gated sodium channel activity / regulation of heart rate by cardiac conduction / voltage-gated potassium channel activity / potassium ion import across plasma membrane / monoatomic cation transport / regulation of cardiac muscle contraction / sodium ion transmembrane transport / cAMP binding / cellular response to cAMP / potassium ion transmembrane transport / muscle contraction / regulation of heart rate / regulation of membrane potential / axon / dendrite / perinuclear region of cytoplasm / identical protein binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å | |||||||||
データ登録者 | Shintre CA / Pike ACW | |||||||||
資金援助 | 英国, 2件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Structure of human HCN4 hyperpolarization-activated cyclic nucleotide-gated ion channel 著者: Shintre CA / Pike ACW / Tessitore A / Young M / Bushell SR / Strain-Damerell C / Mukhopadhyay S / Burgess-Brown NA / Huiskonen JT / Arrowsmith CH / Edwards AM / Bountra C / Carpenter EP | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_0093.map.gz | 38 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-0093-v30.xml emd-0093.xml | 21.6 KB 21.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_0093_fsc.xml | 7.8 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_0093.png | 189.4 KB | ||
マスクデータ | emd_0093_msk_1.map | 40.6 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-0093.cif.gz | 6.5 KB | ||
その他 | emd_0093_additional.map.gz emd_0093_half_map_1.map.gz emd_0093_half_map_2.map.gz | 20.3 MB 37.2 MB 37.2 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-0093 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-0093 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_0093_validation.pdf.gz | 474.9 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_0093_full_validation.pdf.gz | 474.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_0093_validation.xml.gz | 13.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-0093 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-0093 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_0093.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 40.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Cryosparc sharpened map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.34 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_0093_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Cryosparc unsharpened map
ファイル | emd_0093_additional.map | ||||||||||||
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注釈 | Cryosparc unsharpened map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map1
ファイル | emd_0093_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map2
ファイル | emd_0093_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Potassium/Sodium hyperpolarization-activated cyclic nucleotide-ga...
全体 | 名称: Potassium/Sodium hyperpolarization-activated cyclic nucleotide-gated ion channel 4 |
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要素 |
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-超分子 #1: Potassium/Sodium hyperpolarization-activated cyclic nucleotide-ga...
超分子 | 名称: Potassium/Sodium hyperpolarization-activated cyclic nucleotide-gated ion channel 4 タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: Potassium/sodium hyperpolarization-activated cyclic nucleotide-ga...
分子 | 名称: Potassium/sodium hyperpolarization-activated cyclic nucleotide-gated channel 4 タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 60.836754 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: SMLPEAEVRL GQAGFMQRQF GAMLQPGVNK FSLRMFGSQK AVEREQERVK SAGFWIIHPY SDFRFYWDLT MLLLMVGNLI IIPVGITFF KDENTTPWIV FNVVSDTFFL IDLVLNFRTG IVVEDNTEII LDPQRIKMKY LKSWFMVDFI SSIPVDYIFL I VETRIDSE ...文字列: SMLPEAEVRL GQAGFMQRQF GAMLQPGVNK FSLRMFGSQK AVEREQERVK SAGFWIIHPY SDFRFYWDLT MLLLMVGNLI IIPVGITFF KDENTTPWIV FNVVSDTFFL IDLVLNFRTG IVVEDNTEII LDPQRIKMKY LKSWFMVDFI SSIPVDYIFL I VETRIDSE VYKTARALRI VRFTKILSLL RLLRLSRLIR YIHQWEEIFH MTYDLASAVV RIVNLIGMML LLCHWDGCLQ FL VPMLQDF PDDCWVSINN MVNNSWGKQY SYALFKAMSH MLCIGYGRQA PVGMSDVWLT MLSMIVGATC YAMFIGHATA LIQ SLDSSR RQYQEKYKQV EQYMSFHKLP PDTRQRIHDY YEHRYQGKMF DEESILGELS EPLREEIINF NCRKLVASMP LFAN ADPNF VTSMLTKLRF EVFQPGDYII REGTIGKKMY FIQHGVVSVL TKGNKETKLA DGSYFGEICL LTRGRRTASV RADTY CRLY SLSVDNFNEV LEEYPMMRRA FETVALDRLD RIGKKNS UniProtKB: Potassium/sodium hyperpolarization-activated cyclic nucleotide-gated channel 4 |
-分子 #2: 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE
分子 | 名称: 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 28 / 式: PC1 |
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分子量 | 理論値: 790.145 Da |
Chemical component information | ChemComp-PC1: |
-分子 #3: 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine
分子 | 名称: 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 8 / 式: 3PE |
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分子量 | 理論値: 748.065 Da |
Chemical component information | ChemComp-3PE: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 5 mg/mL | |||||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.5 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR | |||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 278 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: blotted for 5.5s before plunge. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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詳細 | EBIC TITAN KRIOS M02 |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-48 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1294 / 平均露光時間: 12.0 sec. / 平均電子線量: 48.7 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.3 µm / 倍率(公称値): 37313 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
詳細 | Model refined against the cryosparc b-factor sharpened map using default restraints |
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精密化 | 空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL |
得られたモデル | PDB-6gyn: |