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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-9203 | |||||||||
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タイトル | bovine glutamate dehydrogenase (18apr21a) | |||||||||
マップデータ | bovine glutamate dehydrogenase map (18apr21a) | |||||||||
試料 |
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生物種 | Bos taurus (ウシ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.1 Å | |||||||||
データ登録者 | Eng ET / Kopylov M / Negro CJ / Dallaykan S / Jordan KJ / Kelley K / Rice WJ / Carragher BO / Potter CS | |||||||||
引用 | ジャーナル: J Struct Biol / 年: 2019 タイトル: Reducing cryoEM file storage using lossy image formats. 著者: Edward T Eng / Mykhailo Kopylov / Carl J Negro / Sarkis Dallaykan / William J Rice / Kelsey D Jordan / Kotaro Kelley / Bridget Carragher / Clinton S Potter / 要旨: Recent advances in instrumentation and software for cryoEM have increased the applicability and utility of this method. High levels of automation and faster data acquisition rates require hard ...Recent advances in instrumentation and software for cryoEM have increased the applicability and utility of this method. High levels of automation and faster data acquisition rates require hard decisions to be made regarding data retention. Here we investigate the efficacy of data compression applied to aligned summed movie files. Surprisingly, these images can be compressed using a standard lossy method that reduces file storage by 90-95% and yet can still be processed to provide sub-2 Å reconstructed maps. We do not advocate this as an archival method, but it may provide a useful means for retaining images as an historical record, especially at large facilities. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_9203.map.gz | 16.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-9203-v30.xml emd-9203.xml | 19.6 KB 19.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_9203_fsc.xml | 12.4 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_9203.png | 191.3 KB | ||
マスクデータ | emd_9203_msk_1.map | 166.4 MB | マスクマップ | |
その他 | emd_9203_additional.map.gz emd_9203_half_map_1.map.gz emd_9203_half_map_2.map.gz | 128.9 MB 130.6 MB 130.2 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-9203 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-9203 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_9203_validation.pdf.gz | 78 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_9203_full_validation.pdf.gz | 77.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_9203_validation.xml.gz | 491 B | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-9203 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-9203 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 9233C C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | EMPIAR-10217 (タイトル: bovine liver glutamate dehydrogenase / Data size: 264.5 Data #1: aligned micrographs of bovine liver glutamate dehydrogenase (18apr21a) [micrographs - single frame]) |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_9203.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 166.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | bovine glutamate dehydrogenase map (18apr21a) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.6616 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_9203_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: unsharpened map
ファイル | emd_9203_additional.map | ||||||||||||
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注釈 | unsharpened map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: odd half map
ファイル | emd_9203_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | odd half map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: even half map
ファイル | emd_9203_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | even half map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : bovine liver glutamate dehydrogenase
全体 | 名称: bovine liver glutamate dehydrogenase |
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要素 |
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-超分子 #1: bovine liver glutamate dehydrogenase
超分子 | 名称: bovine liver glutamate dehydrogenase / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 |
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由来(天然) | 生物種: Bos taurus (ウシ) |
分子量 | 理論値: 347 KDa |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 4 mg/mL | |||||||||
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緩衝液 | pH: 7.4 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil, UltrAuFoil, R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 400 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: OTHER | |||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 75 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: GATAN CRYOPLUNGE 3 / 詳細: Blotted for 2.5 s after a 30 s wait time. | |||||||||
詳細 | This sample was monodisperse. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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温度 | 最低: 70.0 K / 最高: 70.0 K |
詳細 | Leginon |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3710 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3838 pixel / デジタル化 - サンプリング間隔: 5.0 µm / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-60 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2491 / 平均露光時間: 10.2083 sec. / 平均電子線量: 61.25 e/Å2 詳細: Images were collected in movie mode at 10 frames per second. |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 最大 デフォーカス(補正後): 3.02 µm / 最小 デフォーカス(補正後): 0.2 µm / 倍率(補正後): 75574 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 37000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |