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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-8116 | |||||||||
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タイトル | The cryo-EM structure of Zika Virus | |||||||||
マップデータ | None | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / flavivirin / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / negative regulation of innate immune response / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / viral capsid / double-stranded RNA binding / nucleoside-triphosphate phosphatase / 4 iron, 4 sulfur cluster binding ...symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / flavivirin / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / negative regulation of innate immune response / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / viral capsid / double-stranded RNA binding / nucleoside-triphosphate phosphatase / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / methyltransferase cap1 / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / membrane => GO:0016020 / molecular adaptor activity / RNA helicase activity / host cell perinuclear region of cytoplasm / protein dimerization activity / host cell endoplasmic reticulum membrane / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / RNA helicase / induction by virus of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / serine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / centrosome / lipid binding / viral envelope / host cell nucleus / GTP binding / virion attachment to host cell / virion membrane / structural molecule activity / ATP hydrolysis activity / proteolysis / extracellular region / ATP binding / membrane / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Zika virus (ジカ熱ウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å | |||||||||
データ登録者 | Sirohi D / Chen Z / Sun L / Klose T / Pierson T / Rossmann M / Kuhn R | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Science / 年: 2016 タイトル: The 3.8 Å resolution cryo-EM structure of Zika virus. 著者: Devika Sirohi / Zhenguo Chen / Lei Sun / Thomas Klose / Theodore C Pierson / Michael G Rossmann / Richard J Kuhn / 要旨: The recent rapid spread of Zika virus and its unexpected linkage to birth defects and an autoimmune neurological syndrome have generated worldwide concern. Zika virus is a flavivirus like the dengue, ...The recent rapid spread of Zika virus and its unexpected linkage to birth defects and an autoimmune neurological syndrome have generated worldwide concern. Zika virus is a flavivirus like the dengue, yellow fever, and West Nile viruses. We present the 3.8 angstrom resolution structure of mature Zika virus, determined by cryo-electron microscopy (cryo-EM). The structure of Zika virus is similar to other known flavivirus structures, except for the ~10 amino acids that surround the Asn(154) glycosylation site in each of the 180 envelope glycoproteins that make up the icosahedral shell. The carbohydrate moiety associated with this residue, which is recognizable in the cryo-EM electron density, may function as an attachment site of the virus to host cells. This region varies not only among Zika virus strains but also in other flaviviruses, which suggests that differences in this region may influence virus transmission and disease. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_8116.map.gz | 1.6 GB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-8116-v30.xml emd-8116.xml | 17.8 KB 17.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_8116_fsc.xml | 27 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_8116.png | 334.7 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-8116 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-8116 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_8116_validation.pdf.gz | 518.9 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_8116_full_validation.pdf.gz | 518.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_8116_validation.xml.gz | 21.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_8116_validation.cif.gz | 29.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-8116 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-8116 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_8116.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.7 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.04 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Zika virus
全体 | 名称: Zika virus (ジカ熱ウイルス) |
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要素 |
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-超分子 #1: Zika virus
超分子 | 名称: Zika virus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all 詳細: Low passage Vero cells, derived from African green monkey kidney cells, were chosen for propagating the virus. NCBI-ID: 64320 / 生物種: Zika virus / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No |
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宿主 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
ウイルス殻 | Shell ID: 1 / 名称: capsid shell / 直径: 490.0 Å / T番号(三角分割数): 3 |
-分子 #1: E protein
分子 | 名称: E protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Zika virus (ジカ熱ウイルス) |
分子量 | 理論値: 54.444051 KDa |
配列 | 文字列: IRCIGVSNRD FVEGMSGGTW VDVVLEHGGC VTVMAQDKPT VDIELVTTTV SNMAEVRSYC YEASISDMAS DSRCPTQGEA YLDKQSDTQ YVCKRTLVDR GWGNGCGLFG KGSLVTCAKF ACSKKMTGKS IQPENLEYRI MLSVHGSQHS GMIVNDTGHE T DENRAKVE ...文字列: IRCIGVSNRD FVEGMSGGTW VDVVLEHGGC VTVMAQDKPT VDIELVTTTV SNMAEVRSYC YEASISDMAS DSRCPTQGEA YLDKQSDTQ YVCKRTLVDR GWGNGCGLFG KGSLVTCAKF ACSKKMTGKS IQPENLEYRI MLSVHGSQHS GMIVNDTGHE T DENRAKVE ITPNSPRAEA TLGGFGSLGL DCEPRTGLDF SDLYYLTMNN KHWLVHKEWF HDIPLPWHAG ADTGTPHWNN KE ALVEFKD AHAKRQTVVV LGSQEGAVHT ALAGALEAEM DGAKGRLSSG HLKCRLKMDK LRLKGVSYSL CTAAFTFTKI PAE TLHGTV TVEVQYAGTD GPCKVPAQMA VDMQTLTPVG RLITANPVIT ESTENSKMML ELDPPFGDSY IVIGVGEKKI THHW HRSGS TIGKAFEATV RGAKRMAVLG DTAWDFGSVG GALNSLGKGI HQIFGAAFKS LFGGMSWFSQ ILIGTLLMWL GLNTK NGSI SLMCLALGGV LIFLSTAVSA |
-分子 #2: M protein
分子 | 名称: M protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Zika virus (ジカ熱ウイルス) |
分子量 | 理論値: 8.496883 KDa |
配列 | 文字列: AVTLPSHSTR KLQTRSQTWL ESREYTKHLI RVENWIFRNP GFALAAAAIA WLLGSSTSQK VIYLVMILLI APAYS |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 構成要素:
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グリッド | モデル: UC-A on holey carbon / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: LACEY / 支持フィルム - Film thickness: 3.0 nm / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR | |||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 70 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: GATAN CRYOPLUNGE 3 詳細: Blot for 5 seconds before plunging into liquid ethane (GATAN CRYOPLUNGE 3).. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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温度 | 最低: 80.0 K / 最高: 80.0 K |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / デジタル化 - サイズ - 横: 7420 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 7676 pixel / デジタル化 - サンプリング間隔: 1.04 µm / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 2-70 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2974 / 平均露光時間: 14.0 sec. / 平均電子線量: 23.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 最大 デフォーカス(補正後): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(補正後): 1.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 14000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL / 温度因子: 150 当てはまり具合の基準: T = Tmap + weight * TrestraintsT = Tmap + weight * Trestraints |
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得られたモデル | PDB-5ire: |