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- EMDB-71068: Reconstruction of the yeast 60S ribosomal subunit from CEMOVIS se... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-71068
タイトルReconstruction of the yeast 60S ribosomal subunit from CEMOVIS sections
マップデータ3D reconstruction calculated from 2DTM results, where the yeast 60S subunit was matched in micrographs from vitreous sections of Saccharomyces cerevisiae cells
試料
  • 細胞: Yeast cells sectioned using CEMOVIS
    • 複合体: 60S Ribosomal subunit
キーワードRibosome CEMOVIS Yeast / TRANSLATION
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Elferich J / Kaminek M / Kong L / Odriozola A / Kukulski W / Zuber B / Grigorieff N
資金援助 米国, スイス, 2件
OrganizationGrant number国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
Swiss National Science Foundation10000175 スイス
引用ジャーナル: IUCrJ / 年: 2025
タイトル: In situ high-resolution cryo-EM reconstructions from CEMOVIS.
著者: Johannes Elferich / Marek Kaminek / Lingli Kong / Adolfo Odriozola / Wanda Kukulski / Benoît Zuber / Nikolaus Grigorieff /
要旨: Cryo-electron microscopy can be used to image cells and tissue at high resolution. To ensure electron transparency, the sample thickness must not exceed 500 nm. Focused-ion-beam (FIB) milling has ...Cryo-electron microscopy can be used to image cells and tissue at high resolution. To ensure electron transparency, the sample thickness must not exceed 500 nm. Focused-ion-beam (FIB) milling has become the standard method for preparing thin samples (lamellae); however, the material removed by the milling process is lost, the imageable area is usually limited to a few square micrometres and the surface layers sustain damage from the ion beam. We have examined cryo-electron microscopy of vitreous sections (CEMOVIS), a technique based on cutting thin sections with a knife, as an alternative to FIB milling. Vitreous sections also sustain damage, including compression, shearing and cracks. However, samples can be sectioned in series, producing many orders of magnitude more imageable area compared to lamellae, making CEMOVIS an alternative to FIB milling with distinct advantages. Using two-dimensional template matching on images of vitreous sections of Saccharomyces cerevisiae cells, we reconstructed the 60S ribosomal subunit at near-atomic resolution, demonstrating that, in many regions of the sections, the molecular structure of these subunits is largely intact, comparable to FIB-milled lamellae.
履歴
登録2025年6月6日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年7月9日-
マップ公開2025年7月9日-
更新2025年7月16日-
現状2025年7月16日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_71068.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_71068.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈3D reconstruction calculated from 2DTM results, where the yeast 60S subunit was matched in micrographs from vitreous sections of Saccharomyces cerevisiae cells
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.17 Å/pix.
x 512 pix.
= 599.04 Å		1.17 Å/pix.
x 512 pix.
= 599.04 Å		1.17 Å/pix.
x 512 pix.
= 599.04 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.17 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 4.0
最小 - 最大-9.498087999999999 - 14.216516499999999
平均 (標準偏差)-0.00505759 (±0.6900153)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 599.04 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Half-Map 2 of 3D reconstruction calculated from 2DTM...

ファイルemd_71068_half_map_1.map
注釈Half-Map 2 of 3D reconstruction calculated from 2DTM results, where the yeast 60S subunit was matched in micrographs from vitreous sections of Saccharomyces cerevisiae cells
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half-Map 1 of 3D reconstruction calculated from 2DTM...

ファイルemd_71068_half_map_2.map
注釈Half-Map 1 of 3D reconstruction calculated from 2DTM results, where the yeast 60S subunit was matched in micrographs from vitreous sections of Saccharomyces cerevisiae cells
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Yeast cells sectioned using CEMOVIS

全体名称: Yeast cells sectioned using CEMOVIS
要素
  • 細胞: Yeast cells sectioned using CEMOVIS
    • 複合体: 60S Ribosomal subunit

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超分子 #1: Yeast cells sectioned using CEMOVIS

超分子名称: Yeast cells sectioned using CEMOVIS / タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

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超分子 #2: 60S Ribosomal subunit

超分子名称: 60S Ribosomal subunit / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 1.7 MDa

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
グリッドモデル: Quantifoil R3.5/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - #0 - Film type ID: 1 / 支持フィルム - #0 - 材質: CARBON / 支持フィルム - #0 - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - #1 - Film type ID: 2 / 支持フィルム - #1 - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - #1 - Film thickness: 10
凍結凍結剤: NITROGEN / 詳細: Leica EM PACT2 High Pressure Freezer.

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: TFS Selectris / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: TFS FALCON 4i (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 933 / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 28238
CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 5) / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

6q8y

最終 再構成アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cisTEM / 使用した粒子像数: 28238
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
Projection matching processing - Angular sampling: 2.5 degrees
ソフトウェア - 名称: cisTEM
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: cisTEM

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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