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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-7000
タイトルSubtomogram average of microtubule-bound dynein-dynactin-BICD2N complex
マップデータMicrotubule-bound dynein-dynactin-BICD2 complex
試料
  • 複合体: microtubule-bound dynein-dynactin-BICD2N complex
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 38.0 Å
データ登録者Grotjahn DA / Chowdhury S / Xu Y / McKenney RJ / Schroer TA / Lander GC
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2018
タイトル: Cryo-electron tomography reveals that dynactin recruits a team of dyneins for processive motility.
著者: Danielle A Grotjahn / Saikat Chowdhury / Yiru Xu / Richard J McKenney / Trina A Schroer / Gabriel C Lander /
要旨: Cytoplasmic dynein is a protein complex that transports molecular cargo along microtubules (MTs), playing a key role in the intracellular trafficking network. Vertebrate dynein's movement becomes ...Cytoplasmic dynein is a protein complex that transports molecular cargo along microtubules (MTs), playing a key role in the intracellular trafficking network. Vertebrate dynein's movement becomes strikingly enhanced upon interacting with dynactin and a cargo adaptor such as BicaudalD2. However, the mechanisms responsible for increased transport activity are not well understood, largely owing to limited structural information. We used cryo-electron tomography (cryo-ET) to visualize the 3D structure of the MT-bound dynein-dynactin complex from Mus musculus and show that the dynactin-cargo adaptor complex binds two dimeric dyneins. This configuration imposes spatial and conformational constraints on both dynein dimers, positioning the four motor domains in proximity to one another and oriented toward the MT minus end. We propose that grouping multiple dyneins onto a single dynactin scaffold promotes collective force production, increased processivity, and unidirectional movement, suggesting mechanistic parallels to axonemal dynein. These findings provide structural insights into a previously unknown mechanism for dynein regulation.
履歴
登録2017年8月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2017年9月20日-
マップ公開2017年9月20日-
更新2018年3月21日-
現状2018年3月21日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.297
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.297
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_7000.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_7000.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 3.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Microtubule-bound dynein-dynactin-BICD2 complex
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
8.52 Å/pix.
x 96 pix.
= 817.92 Å		8.52 Å/pix.
x 96 pix.
= 817.92 Å		8.52 Å/pix.
x 96 pix.
= 817.92 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 8.52 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.297 / ムービー #1: 0.297
最小 - 最大-0.25256002 - 1.9017475
平均 (標準偏差)0.024376418 (±0.08928808)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ969696
Spacing969696
セルA=B=C: 817.92004 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z8.528.528.52
M x/y/z969696
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z817.920817.920817.920
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS969696
D min/max/mean-0.2531.9020.024

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添付データ

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追加マップ: focused reconstruction of dynein dimer-2 motor domains

ファイルemd_7000_additional_1.map
注釈focused reconstruction of dynein dimer-2 motor domains
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: focused reconstruction of dynein tails associated with dynactin-BICD2N...

ファイルemd_7000_additional_2.map
注釈focused reconstruction of dynein tails associated with dynactin-BICD2N
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: focused reconstruction of dynein dimer-1 motor domains

ファイルemd_7000_additional_3.map
注釈focused reconstruction of dynein dimer-1 motor domains
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : microtubule-bound dynein-dynactin-BICD2N complex

全体名称: microtubule-bound dynein-dynactin-BICD2N complex
要素
  • 複合体: microtubule-bound dynein-dynactin-BICD2N complex

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超分子 #1: microtubule-bound dynein-dynactin-BICD2N complex

超分子名称: microtubule-bound dynein-dynactin-BICD2N complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
詳細: GFP-BICD2N fragment recombinantly expressed and purified. Microtubule-bound dynein-dynactin complexes isolated from mouse brain tissue.
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: C57BL/6J
分子量理論値: 4.2 MDa

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.2
詳細: PMEE buffer (35 mM PIPES, 5 mM MgSO4, 1 mM EGTA, 0.5 mM EDTA, 1 mM GTP, 4 mM AMPPNP, 20 uM Taxol)
グリッドモデル: Quantifoil, UltrAuFoil, R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 雰囲気: OTHER
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 85 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER
詳細: 4 uL of sample was applied to one side of a plasma-cleaned grid, and the grid was manually blotted on the opposite side for 5-7 seconds immediately before vitrification..
詳細Microtubule-bound dynein-dynactin-BICD2N complexes isolated from mouse brain tissue in the presence of non-hydrolyzable ATP analog AMPPNP

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
温度最低: 98.15 K / 最高: 98.15 K
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3710 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3838 pixel / デジタル化 - サンプリング間隔: 5.0 µm / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-15 / 撮影したグリッド数: 1 / 平均露光時間: 1.16 sec. / 平均電子線量: 0.95 e/Å2
詳細: Images were collected in movie mode with a per-frame exposure time of 80 ms.
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 倍率（補正後）: 14000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 8.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 6.0 µm / 倍率（公称値）: 14000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細Movie frames per tilt were aligned using MotionCorr.
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 38.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4)
詳細: Initial angular assignments were obtained by manually docking available structures/reconstructions into extracted subvolumes using UCSF Chimera. These were further refined using the RELION 1. ...詳細: Initial angular assignments were obtained by manually docking available structures/reconstructions into extracted subvolumes using UCSF Chimera. These were further refined using the RELION 1.4 subtomogram averaging auto-refinement program, followed by focused refinement of individual subregions of the complex by application of binary masks and continuation of refinement. The resulting focused maps were stitched together using the "vop maximum" function in UCSF Chimera.
使用したサブトモグラム数: 502
抽出トモグラム数: 127 / 使用した粒子像数: 502 / 手法: manual / ソフトウェア - 名称: EMAN2 (ver. 2.11) / ソフトウェア - 詳細: e2spt_boxer
詳細: Subvolumes were picked using the EMAN2 manual picker for subvolumes.
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4) / ソフトウェア - 詳細: Subtomogram Averaging

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原子モデル構築 1

精密化プロトコル: RIGID BODY FIT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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