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万見
- EMDB-67291: Sampling-mismatch-corrected ptychographic SPA reconstruction of t... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-67291
タイトルSampling-mismatch-corrected ptychographic SPA reconstruction of the Thermoplasma acidophilum 20S proteasome
マップデータDensity map of T. Acidophilum 20S proteasome reconstructed from the sampling-mismatch corrected micrographs using THUNDER software package in ptychographic SPA.
試料
  • 複合体: T. Acidophilum 20S proteasome
キーワードProteasome / Protein degradation / Archaeal complex / D7 symmetry / HYDROLASE
生物種Thermoplasma acidophilum (好酸性)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.3 Å
データ登録者Li T / Li S / Yan Z / Li X
資金援助 中国, 2件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32430056 中国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2024YFA1307302 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Sampling Mismatch and Correction for Ptychographic Single-Particle Analysis
著者: Li T / Li S / Yan Z / Shen Y / Li X
履歴
登録2025年11月26日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年12月17日-
マップ公開2025年12月17日-
更新2025年12月17日-
現状2025年12月17日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_67291.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_67291.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Density map of T. Acidophilum 20S proteasome reconstructed from the sampling-mismatch corrected micrographs using THUNDER software package in ptychographic SPA.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.4 Å/pix.
x 256 pix.
= 359.091 Å		1.4 Å/pix.
x 256 pix.
= 359.091 Å		1.4 Å/pix.
x 256 pix.
= 359.091 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.4027 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0471
最小 - 最大-0.14458026 - 0.18503156
平均 (標準偏差)-0.00006309839 (±0.0076020416)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 359.0912 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: Density map of T. Acidophilum 20S proteasome reconstructed...

ファイルemd_67291_additional_1.map
注釈Density map of T. Acidophilum 20S proteasome reconstructed from the sampling-mismatch corrected micrographs using RELION software package in ptychographic SPA.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Density map of T. Acidophilum 20S proteasome reconstructed...

ファイルemd_67291_additional_2.map
注釈Density map of T. Acidophilum 20S proteasome reconstructed from the sampling-mismatch corrected micrographs using cryoSPARC software package in ptychographic SPA.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map 2 of T. Acidophilum 20S proteasome...

ファイルemd_67291_half_map_1.map
注釈Half map 2 of T. Acidophilum 20S proteasome reconstructed from the sampling-mismatch corrected micrographs using THUNDER software package in ptychographic SPA.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map 1 of T. Acidophilum 20S proteasome...

ファイルemd_67291_half_map_2.map
注釈Half map 1 of T. Acidophilum 20S proteasome reconstructed from the sampling-mismatch corrected micrographs using THUNDER software package in ptychographic SPA.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : T. Acidophilum 20S proteasome

全体名称: T. Acidophilum 20S proteasome
要素
  • 複合体: T. Acidophilum 20S proteasome

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超分子 #1: T. Acidophilum 20S proteasome

超分子名称: T. Acidophilum 20S proteasome / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Thermoplasma acidophilum (好酸性)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS TITAN THEMIS
撮影フィルム・検出器のモデル: OTHER / デジタル化 - サイズ - 横: 128 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 128 pixel / 平均電子線量: 63.0 e/Å2
詳細: An Electron Microscope Pixel Array Detector G1 (EMPAD G1, 128 by 128 pixels, Thermo Fisher Company) was used.
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: 4D-STEM / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.971 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 1.0090000000000001 µm

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画像解析

CTF補正タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: D7 (2回x7回 2面回転対称)
アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 105665
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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