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万見
- EMDB-60889: Cryo-EM structure of the large serine recombinase Bxb1 in complex... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-60889
タイトルCryo-EM structure of the large serine recombinase Bxb1 in complex with attP and attB (CA/CA CDN) in the pre-strand exchange state
マップデータdeepemhancer
試料
  • 複合体: The large serine recombinase Bxb1 in complex with attP and attB (CA/CA CDN) in the pre-strand exchange state
    • 複合体: large serine recombinase
      • タンパク質・ペプチド: Integrase
    • 複合体: attP
      • DNA: attP
      • DNA: attP
    • 複合体: attB
      • DNA: attB-L
      • DNA: attB-L
      • DNA: attB-R
      • DNA: attB-R
  • リガンド: ZINC ION
キーワードlarge serine recombinase / DNA BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA strand exchange activity / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Recombinase / DNA-binding recombinase domain / DNA-binding recombinase domain superfamily / DNA-binding recombinase domain profile. / Resolvase/invertase-type recombinase catalytic domain profile. / : / Resolvase, N-terminal catalytic domain / Resolvase-like, N-terminal catalytic domain superfamily / Resolvase, N terminal domain / Resolvase, N terminal domain
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Mycobacterium phage Bxb1 (ファージ) / Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.58 Å
データ登録者Soma T / Hiraizumi M / Yamashita K / Nishimasu H
資金援助 日本, 2件
OrganizationGrant number国
Japan Science and TechnologyJPMJAX232F 日本
Japan Science and TechnologyJPMJCR23B6 日本
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM structure of the large serine recombinase Bxb1 in complex with attP and attB (CA/CA CDN) in the pre-strand exchange state
著者: Soma T
履歴
登録2024年7月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2026年3月4日-
マップ公開2026年3月4日-
更新2026年3月4日-
現状2026年3月4日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_60889.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_60889.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 52.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈deepemhancer
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.18 Å/pix.
x 240 pix.
= 282.199 Å		1.18 Å/pix.
x 240 pix.
= 282.199 Å		1.18 Å/pix.
x 240 pix.
= 282.199 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.17583 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.02
最小 - 最大-0.0018584684 - 1.9804239
平均 (標準偏差)0.0016657207 (±0.028484246)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ240240240
Spacing240240240
セルA=B=C: 282.1992 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

-
マスク #1

ファイルemd_60889_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_60889_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_60889_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : The large serine recombinase Bxb1 in complex with attP and attB (...

全体名称: The large serine recombinase Bxb1 in complex with attP and attB (CA/CA CDN) in the pre-strand exchange state
要素
  • 複合体: The large serine recombinase Bxb1 in complex with attP and attB (CA/CA CDN) in the pre-strand exchange state
    • 複合体: large serine recombinase
      • タンパク質・ペプチド: Integrase
    • 複合体: attP
      • DNA: attP
      • DNA: attP
    • 複合体: attB
      • DNA: attB-L
      • DNA: attB-L
      • DNA: attB-R
      • DNA: attB-R
  • リガンド: ZINC ION

+
超分子 #1: The large serine recombinase Bxb1 in complex with attP and attB (...

超分子名称: The large serine recombinase Bxb1 in complex with attP and attB (CA/CA CDN) in the pre-strand exchange state
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4, #6-#7, #5

+
超分子 #2: large serine recombinase

超分子名称: large serine recombinase / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Mycobacterium phage Bxb1 (ファージ)

+
超分子 #3: attP

超分子名称: attP / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2-#3
由来(天然)生物種: Mycobacterium phage Bxb1 (ファージ) / Synthetically produced: Yes

+
超分子 #4: attB

超分子名称: attB / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #4, #6-#7, #5
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア) / Synthetically produced: Yes

+
分子 #1: Integrase

分子名称: Integrase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium phage Bxb1 (ファージ)
分子量理論値: 56.439949 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MRALVVIRLS RVTDATTSPE RQLESCQQLC AQRGWDVVGV AEDLDVSGAV DPFDRKRRPN LARWLAFEEQ PFDVIVAYRV DRLTRSIRH LQQLVHWAED HKKLVVSATE AHFDTTTPFA AVVIALMGTV AQMELEAIKE RNRSAAHFNI RAGKYRGSLP P WGYLPTRV ...文字列:
MRALVVIRLS RVTDATTSPE RQLESCQQLC AQRGWDVVGV AEDLDVSGAV DPFDRKRRPN LARWLAFEEQ PFDVIVAYRV DRLTRSIRH LQQLVHWAED HKKLVVSATE AHFDTTTPFA AVVIALMGTV AQMELEAIKE RNRSAAHFNI RAGKYRGSLP P WGYLPTRV DGEWRLVPDP VQRERILEVY HRVVDNHEPL HLVAHDLNRR GVLSPKDYFA QLQGREPQGR EWSATALKRS MI SEAMLGY ATLNGKTVRD DDGAPLVRAE PILTREQLEA LRAELVKTSR AKPAVSTPSL LLRVLFCAVC GEPAYKFAGG GRK HPRYRC RSMGFPKHCG NGTVAMAEWD AFCEEQVLDL LGDAERLEKV WVAGSDSAVE LAEVNAELVD LTSLIGSPAY RAGS PQREA LDARIAALAA RQEELEGLEA RPSGWEWRET GQRFGDWWRE QDTAAKNTWL RSMNVRLTFD VRGGLTRTID FGDLQ EYEQ HLRLGSVVER LHTGMS

UniProtKB: Integrase

+
分子 #2: attP

分子名称: attP / タイプ: dna / ID: 2 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Mycobacterium phage Bxb1 (ファージ)
分子量理論値: 16.028246 KDa
配列文字列: (DG)(DT)(DG)(DG)(DT)(DT)(DT)(DG)(DT)(DC) (DT)(DG)(DG)(DT)(DC)(DA)(DA)(DC)(DC)(DA) (DC)(DC)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT)(DC)(DT) (DC)(DA)(DG)(DT)(DG)(DG)(DT)(DG)(DT)(DA) (DC) (DG)(DG)(DT)(DA)(DC) ...文字列:
(DG)(DT)(DG)(DG)(DT)(DT)(DT)(DG)(DT)(DC) (DT)(DG)(DG)(DT)(DC)(DA)(DA)(DC)(DC)(DA) (DC)(DC)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT)(DC)(DT) (DC)(DA)(DG)(DT)(DG)(DG)(DT)(DG)(DT)(DA) (DC) (DG)(DG)(DT)(DA)(DC)(DA)(DA)(DA) (DC)(DC)(DC)(DA)

GENBANK: GENBANK: NC_002656.1

+
分子 #3: attP

分子名称: attP / タイプ: dna / ID: 3 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Mycobacterium phage Bxb1 (ファージ)
分子量理論値: 16.015266 KDa
配列文字列: (DT)(DG)(DG)(DG)(DT)(DT)(DT)(DG)(DT)(DA) (DC)(DC)(DG)(DT)(DA)(DC)(DA)(DC)(DC)(DA) (DC)(DT)(DG)(DA)(DG)(DA)(DC)(DC)(DG) (DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DG)(DT)(DT)(DG)(DA) (DC) (DC)(DA)(DG)(DA)(DC) ...文字列:
(DT)(DG)(DG)(DG)(DT)(DT)(DT)(DG)(DT)(DA) (DC)(DC)(DG)(DT)(DA)(DC)(DA)(DC)(DC)(DA) (DC)(DT)(DG)(DA)(DG)(DA)(DC)(DC)(DG) (DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DG)(DT)(DT)(DG)(DA) (DC) (DC)(DA)(DG)(DA)(DC)(DA)(DA)(DA) (DC)(DC)(DA)(DC)

GENBANK: GENBANK: NC_002656.1

+
分子 #4: attB-L

分子名称: attB-L / タイプ: dna / ID: 4 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
分子量理論値: 7.412754 KDa
配列文字列:
(DG)(DG)(DC)(DC)(DG)(DG)(DC)(DT)(DT)(DG) (DT)(DC)(DG)(DA)(DC)(DG)(DA)(DC)(DG)(DG) (DC)(DG)(DC)(DA)

GENBANK: GENBANK: LN831039.1

+
分子 #5: attB-R

分子名称: attB-R / タイプ: dna / ID: 5 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
分子量理論値: 6.704316 KDa
配列文字列:
(DC)(DT)(DC)(DC)(DG)(DT)(DC)(DG)(DT)(DC) (DA)(DG)(DG)(DA)(DT)(DC)(DA)(DT)(DC)(DC) (DG)(DG)

GENBANK: GENBANK: LN831039.1

+
分子 #6: attB-L

分子名称: attB-L / タイプ: dna / ID: 6 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
分子量理論値: 6.699307 KDa
配列文字列:
(DC)(DG)(DC)(DC)(DG)(DT)(DC)(DG)(DT)(DC) (DG)(DA)(DC)(DA)(DA)(DG)(DC)(DC)(DG)(DG) (DC)(DC)

GENBANK: GENBANK: LN831039.1

+
分子 #7: attB-R

分子名称: attB-R / タイプ: dna / ID: 7 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
分子量理論値: 7.404782 KDa
配列文字列:
(DC)(DC)(DG)(DG)(DA)(DT)(DG)(DA)(DT)(DC) (DC)(DT)(DG)(DA)(DC)(DG)(DA)(DC)(DG)(DG) (DA)(DG)(DA)(DC)

GENBANK: GENBANK: LN831039.1

+
分子 #8: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 4 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 49.5 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.58 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 412864
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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