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- EMDB-55442: mouse hippocampal CA1-sr synapse tomogram: CA1-sr dataset 2 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-55442
タイトルmouse hippocampal CA1-sr synapse tomogram: CA1-sr dataset 2
マップデータmouse hippocampal CA1-sr synapse from CA1-sr dataset 2. Isonet deconvolve only.
試料
  • 組織: mouse hippocampal CA1 stratum radiatum
キーワードsynapse / vesicles / cell adhesion molecules / CELL ADHESION
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Glynn C / Smith JLR
資金援助 英国, 3件
OrganizationGrant number国
Wellcome Trust225902/Z/22/Z 英国
Wellcome Trust220526/Z/20/Z 英国
Wellcome Trust226810/Z/22/Z 英国
引用ジャーナル: Cell Rep Methods / 年: 2025
タイトル: A generalizable and targeted molecular biopsy approach for in situ cryogenic electron tomography of vitreous brain tissue.
著者: Calina Glynn / Jake L R Smith / Matthew Case / Rebecca Csöndör / Ana Katsini / Maria E Sanita / Thomas S Glen / Avery Pennington / Michael Grange /
要旨: Cellular cryogenic electron tomography (cryo-ET) enables the capture of detailed structural information within a biologically relevant environment. However, information in more complex samples, such ...Cellular cryogenic electron tomography (cryo-ET) enables the capture of detailed structural information within a biologically relevant environment. However, information in more complex samples, such as multicellular specimens and tissues, is lacking. Importantly, these observations need to be set in the context of populations. Currently, imaging on the molecular scale is limited to a few observations in situ that struggle to be generalized. This is due to limitations in throughput and versatility employed by current instrumentation. Here, we utilize plasma focused ion beam milling to examine the molecular landscape of mouse hippocampus by cryo-ET. We reveal the complex organization of macromolecules in targeted regions across CA1 stratum pyramidale (sp) to radiatum (sr), representing a molecular atlas of hippocampal architecture in adult mice. The combination of instrumentation and application of technical advancements provides a framework to explore specific structural questions within other tissues in a targeted manner.
履歴
登録2025年10月21日-
ヘッダ(付随情報) 公開2026年3月11日-
マップ公開2026年3月11日-
更新2026年3月11日-
現状2026年3月11日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_55442.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_55442.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 200 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈mouse hippocampal CA1-sr synapse from CA1-sr dataset 2. Isonet deconvolve only.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
15.84 Å/pix.
x 200 pix.
= 3168. Å		15.84 Å/pix.
x 512 pix.
= 8110.08 Å		15.84 Å/pix.
x 512 pix.
= 8110.08 Å

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 15.84 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
最小 - 最大-0.7438213 - 3.128836
平均 (標準偏差)0.8627833 (±0.21079305)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ512512200
Spacing512512200
セルA: 8110.08 Å / B: 8110.08 Å / C: 3168.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : mouse hippocampal CA1 stratum radiatum

全体名称: mouse hippocampal CA1 stratum radiatum
要素
  • 組織: mouse hippocampal CA1 stratum radiatum

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超分子 #1: mouse hippocampal CA1 stratum radiatum

超分子名称: mouse hippocampal CA1 stratum radiatum / タイプ: tissue / ID: 1 / 親要素: 0
詳細: synapse from hippocampal layer CA1-sr from the right hemisphere of a 172 day old female mouse
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: C57BL/6 / 器官: brain

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態tissue

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
詳細: 92 mM NMDG, 2.5 mM KCl, 1.25 mM NaH2PO4, 30 mM NaHCO3, 20 mM HEPES, 25 mM glucose, 2 mM thiourea, 5 mM Na-ascorbate, 3 mM Na-pyruvate, 0.5 mM CaCl2 2H2O, and 10 mM MgSO4 7H2O
グリッド材質: COPPER
凍結凍結剤: NITROGEN / 詳細: Leica EM Ice HPF.
詳細synapse from the right hemisphere of a 172 day old female mouse hippocampus CA1 stratum radiatum.
加圧凍結法装置: OTHER
詳細: 3 mm x 0.5 mm gold plated copper high pressure freezing carriers with 0.1 mm recess. Carriers were coated with hexadecene > 45 minutes prior to use.. The value given for _em_high_pressure_ ...詳細: 3 mm x 0.5 mm gold plated copper high pressure freezing carriers with 0.1 mm recess. Carriers were coated with hexadecene > 45 minutes prior to use.. The value given for _em_high_pressure_freezing.instrument is Leica EM Ice. This is not in a list of allowed values {'LEICA EM PACT2', 'LEICA EM PACT', 'OTHER', 'BAL-TEC HPM 010', 'LEICA EM HPM100', 'EMS-002 RAPID IMMERSION FREEZER'} so OTHER is written into the XML file.
Cryo protectant10% dextran 10% sucrose in NMDG buffer pH 7.4
切片作成集束イオンビーム - 装置: OTHER / 集束イオンビーム - イオン: OTHER / 集束イオンビーム - 電圧: 30 / 集束イオンビーム - 電流: 0.001 / 集束イオンビーム - 時間: 3600 / 集束イオンビーム - 温度: 100 K / 集束イオンビーム - Initial thickness: 100000 / 集束イオンビーム - 最終 厚さ: 177
集束イオンビーム - 詳細: Lamella were prepared starting from 100 micron thick tissue sections in high pressure freezing carriers using the serial lift-out method on a Helios Hydra plasma ...集束イオンビーム - 詳細: Lamella were prepared starting from 100 micron thick tissue sections in high pressure freezing carriers using the serial lift-out method on a Helios Hydra plasma FIB. Milling and serial sectioning was carried out using xenon gas and currents ranging from 1 nA to 60 nA depending on step. Thinning was then carried out on an Arctis pFIB starting with xenon gas and progressively lower currents from 4 nA to 100 pA. Once the lamella reached 400-600 nm thickness, argon was used for polishing with currents of 60 pA followed by 20 pA to the final thickness.. The value given for _em_focused_ion_beam.instrument is helios hydra and Arctis. This is not in a list of allowed values {'OTHER', 'DB235'} so OTHER is written into the XML file.

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 130.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 5.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 倍率（公称値）: 64000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細preprocessing carried out in warp. reconstruction carried out in aretomo2 with SART reconstruction at bin8.
最終 再構成アルゴリズム: ALGEBRAIC (ARTS) / ソフトウェア - 名称: Warp / ソフトウェア - 詳細: aretomo2, not warp / 使用した粒子像数: 41
CTF補正ソフトウェア - 名称: Warp (ver. 1.0.9) / タイプ: PHASE FLIPPING ONLY

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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