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- EMDB-52611: Human TRPM4 ion channel in MAASTY copolymer lipid nanodisc in a c... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-52611
タイトルHuman TRPM4 ion channel in MAASTY copolymer lipid nanodisc in a calcium-bound state
マップデータSharpened EM density map of hTRPM4 in MAASTY lipid nanodiscs.
試料
  • 複合体: Human TRPM4 transient receptor potential cation channel subfamily M member 4 from Homo sapiens
    • タンパク質・ペプチド: Transient receptor potential cation channel subfamily M member 4
  • リガンド: CHOLESTEROL
  • リガンド: CALCIUM ION
キーワードIon Channel / Copolymer / Native Nanodisc / Calcium-bound / TRP Channel / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of atrial cardiac muscle cell action potential / positive regulation of regulation of vascular associated smooth muscle cell membrane depolarization / sodium channel complex / regulation of T cell cytokine production / membrane depolarization during AV node cell action potential / membrane depolarization during bundle of His cell action potential / membrane depolarization during Purkinje myocyte cell action potential / negative regulation of bone mineralization / metal ion transport / regulation of ventricular cardiac muscle cell action potential ...positive regulation of atrial cardiac muscle cell action potential / positive regulation of regulation of vascular associated smooth muscle cell membrane depolarization / sodium channel complex / regulation of T cell cytokine production / membrane depolarization during AV node cell action potential / membrane depolarization during bundle of His cell action potential / membrane depolarization during Purkinje myocyte cell action potential / negative regulation of bone mineralization / metal ion transport / regulation of ventricular cardiac muscle cell action potential / calcium-activated cation channel activity / sodium ion import across plasma membrane / : / dendritic cell chemotaxis / TRP channels / sodium channel activity / cellular response to ATP / regulation of heart rate by cardiac conduction / monoatomic cation transmembrane transport / protein sumoylation / positive regulation of vasoconstriction / negative regulation of osteoblast differentiation / positive regulation of fat cell differentiation / positive regulation of heart rate / positive regulation of adipose tissue development / positive regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / calcium-mediated signaling / calcium ion transmembrane transport / calcium channel activity / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / protein homotetramerization / adaptive immune response / calmodulin binding / neuronal cell body / calcium ion binding / positive regulation of cell population proliferation / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / nucleoplasm / ATP binding / membrane / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
TRPM, SLOG domain / : / : / SLOG in TRPM / TRPM2-like domain / Ion transport domain / Ion transport protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Transient receptor potential cation channel subfamily M member 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.46 Å
データ登録者Pugh CF / Feilen LP / Zivkovic D / Praestegaard KF / Sideris C / Borthwick NJ / De Lichtenberg C / Bolla JR / Autzen AAA / Autzen HE
資金援助 デンマーク, 1件
OrganizationGrant number国
Novo Nordisk Foundation デンマーク
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: MAASTY: a (dis)ordered copolymer for structural determination of human membrane proteins in native nanodiscs.
著者: Ciara F Pugh / Lukas P Feilen / Dušan Živković / Kaia F Præstegaard / Charalampos Sideris / Neil J Borthwick / Casper de Lichtenberg / Jani R Bolla / Anton A A Autzen / Henriette E Autzen /
要旨: Amphiphilic copolymers capable of extracting membrane proteins directly from cellular membranes into "native nanodiscs" offer a simplified approach for preparing membrane proteins in lipid nanodiscs ...Amphiphilic copolymers capable of extracting membrane proteins directly from cellular membranes into "native nanodiscs" offer a simplified approach for preparing membrane proteins in lipid nanodiscs compared to approaches that rely on detergent. Copolymer amphiphilicity, length, and composition influence their performance, in addition to the protein itself and the purification conditions used. Here, we report a copolymer composed of methacrylic acid and styrene, which we term MAASTY, leveraging the inherent monomer reactivity ratios to create an anionic copolymer with a statistical distribution of monomers. We show that MAASTY can be used for high-resolution structural determination of a human membrane protein by single particle cryo-electron microscopy, preserving endogenous lipids including cholesterol and exhibiting an enrichment of phosphatidylinositol. Moreover, MAASTY copolymers effectively solubilize a broad range of lipid species and a wide range of different, eukaryotic membrane proteins from mammalian cells. We find that MAASTY copolymers are promising as effective solubilizers of membrane proteins and offer a chemical platform for structural and functional characterization of membrane proteins in native nanodiscs.
履歴
登録2025年1月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2026年1月28日-
マップ公開2026年1月28日-
更新2026年1月28日-
現状2026年1月28日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_52611.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_52611.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 343 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Sharpened EM density map of hTRPM4 in MAASTY lipid nanodiscs.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.73 Å/pix.
x 448 pix.
= 324.8 Å		0.73 Å/pix.
x 448 pix.
= 324.8 Å		0.73 Å/pix.
x 448 pix.
= 324.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.725 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0045
最小 - 最大-0.038132362 - 0.056238163
平均 (標準偏差)0.000109049935 (±0.0012377935)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ448448448
Spacing448448448
セルA=B=C: 324.80002 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_52611_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Unsharpened EM density map of hTRPM4 in MAASTY lipid nanodiscs.

ファイルemd_52611_additional_1.map
注釈Unsharpened EM density map of hTRPM4 in MAASTY lipid nanodiscs.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: EM density half map 2 from EM density...

ファイルemd_52611_half_map_1.map
注釈EM density half map 2 from EM density map of hTRPM4 in MAASTY lipid nanodiscs.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: EM density half map 1 from EM density...

ファイルemd_52611_half_map_2.map
注釈EM density half map 1 from EM density map of hTRPM4 in MAASTY lipid nanodiscs.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Human TRPM4 transient receptor potential cation channel subfamily...

全体名称: Human TRPM4 transient receptor potential cation channel subfamily M member 4 from Homo sapiens
要素
  • 複合体: Human TRPM4 transient receptor potential cation channel subfamily M member 4 from Homo sapiens
    • タンパク質・ペプチド: Transient receptor potential cation channel subfamily M member 4
  • リガンド: CHOLESTEROL
  • リガンド: CALCIUM ION

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超分子 #1: Human TRPM4 transient receptor potential cation channel subfamily...

超分子名称: Human TRPM4 transient receptor potential cation channel subfamily M member 4 from Homo sapiens
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 537.2 KDa

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分子 #1: Transient receptor potential cation channel subfamily M member 4

分子名称: Transient receptor potential cation channel subfamily M member 4
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1
詳細: StrepTagII and eGFP fusion proteins in the N-terminus
コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 134.770734 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: SGRSGVVPEK EQSWIPKIFK KKTCTTFIVD STDPGGTLCQ CGRPRTAHPA VAMEDAFGAA VVTVWDSDAH TTEKPTDAYG ELDFTGAGR KHSNFLRLSD RTDPAAVYSL VTRTWGFRAP NLVVSVLGGS GGPVLQTWLQ DLLRRGLVRA AQSTGAWIVT G GLHTGIGR ...文字列:
SGRSGVVPEK EQSWIPKIFK KKTCTTFIVD STDPGGTLCQ CGRPRTAHPA VAMEDAFGAA VVTVWDSDAH TTEKPTDAYG ELDFTGAGR KHSNFLRLSD RTDPAAVYSL VTRTWGFRAP NLVVSVLGGS GGPVLQTWLQ DLLRRGLVRA AQSTGAWIVT G GLHTGIGR HVGVAVRDHQ MASTGGTKVV AMGVAPWGVV RNRDTLINPK GSFPARYRWR GDPEDGVQFP LDYNYSAFFL VD DGTHGCL GGENRFRLRL ESYISQQKTG VGGTGIDIPV LLLLIDGDEK MLTRIENATQ AQLPCLLVAG SGGAADCLAE TLE DTLAPG SGGARQGEAR DRIRRFFPKG DLEVLQAQVE RIMTRKELLT VYSSEDGSEE FETIVLKALV KACGSSEASA YLDE LRLAV AWNRVDIAQS ELFRGDIQWR SFHLEASLMD ALLNDRPEFV RLLISHGLSL GHFLTPMRLA QLYSAAPSNS LIRNL LDQA SHSAGTKAPA LKGGAAELRP PDVGHVLRML LGKMCAPRYP SGGAWDPHPG QGFGESMYLL SDKATSPLSL DAGLGQ APW SDLLLWALLL NRAQMAMYFW EMGSNAVSSA LGACLLLRVM ARLEPDAEEA ARRKDLAFKF EGMGVDLFGE CYRSSEV RA ARLLLRRCPL WGDATCLQLA MQADARAFFA QDGVQSLLTQ KWWGDMASTT PIWALVLAFF CPPLIYTRLI TFRKSEEE P TREELEFDMD SVINGEGPVG TADPAEKTPL GVPRQSGRPG CCGGRCGGRR CLRRWFHFWG APVTIFMGNV VSYLLFLLL FSRVLLVDFQ PAPPGSLELL LYFWAFTLLC EELRQGLSGG GGSLASGGPG PGHASLSQRL RLYLADSWNQ CDLVALTCFL LGVGCRLTP GLYHLGRTVL CIDFMVFTVR LLHIFTVNKQ LGPKIVIVSK MMKDVFFFLF FLGVWLVAYG VATEGLLRPR D SDFPSILR RVFYRPYLQI FGQIPQEDMD VALMEHSNCS SEPGFWAHPP GAQAGTCVSQ YANWLVVLLL VIFLLVANIL LV NLLIAMF SYTFGKVQGN SDLYWKAQRY RLIREFHSRP ALAPPFIVIS HLRLLLRQLC RRPRSPQPSS PALEHFRVYL SKE AERKLL TWESVHKENF LLARARDKRE SDSERLKRTS QKVDLALKQL GHIREYEQRL KVLEREVQQC SRVLGWVAEA LSRS ALLPP GGPPPPDLPG SKD

UniProtKB: Transient receptor potential cation channel subfamily M member 4

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分子 #2: CHOLESTEROL

分子名称: CHOLESTEROL / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 12 / 式: CLR
分子量理論値: 386.654 Da
Chemical component information

ChemComp-CLR:
CHOLESTEROL

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分子 #3: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 4 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.4 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: TFS Selectris X
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 6308 / 平均電子線量: 52.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 165000
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.46 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 5.0) / 使用した粒子像数: 87697
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
ソフトウェア: (名称: cryoSPARC (ver. 4.4.0), RELION (ver. 5.0))
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 5.0)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化温度因子: 92
得られたモデル

PDB-9i3r:
Human TRPM4 ion channel in MAASTY copolymer lipid nanodisc in a calcium-bound state

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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