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万見
- EMDB-51613: Giant Jyvaskylavirus at 6.3 Ang resolution -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-51613
タイトルGiant Jyvaskylavirus at 6.3 Ang resolution
マップデータIMPORTANT: Map has been binned from the original boxel size (1.34 A/px). Post-processed map, no masked, using the automatic B-factor sharpening by RELION.
試料
  • ウイルス: Jyvaskylavirus (ウイルス)
    • Other: Jyvaskylavirus
キーワードGiant virus / cryo-EM / genomic / NCLDV / Marseilleviridae family / VIRUS
生物種Acanthamoeba castellanii (カステラーニアメーバ) / Jyvaskylavirus (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.3 Å
データ登録者Abrescia NG / Arriaga I / de Freitas Almeida GM / Sundberg LR / Ravantti J
資金援助 スペイン, フィンランド, ノルウェー, 英国, 6件
OrganizationGrant number国
Spanish Ministry of Science, Innovation, and UniversitiesPID2021-126130OB-I00 スペイン
Academy of Finlandgrant #314939 フィンランド
Research Council of Norwayproject ID #2520855 ノルウェー
Wellcome TrusteBIC access proposal CM30316 英国
Spanish Ministry of Science, Innovation, and Universitiesaccess RES BCV-2022-3-0015 スペイン
Spanish Ministry of Science, Innovation, and UniversitiesCEX2021-001136-S スペイン
引用ジャーナル: Elife / 年: 2025
タイトル: Genomic and structural insights into Jyvaskylavirus, the first giant virus isolated from Finland.
著者: Gabriel Magno de Freitas Almeida / Iker Arriaga / Bruna Luiza de Azevedo / Miika Leppänen / Jonatas S Abrahão / Julien Andreani / Davide Zabeo / Janne J Ravantti / Nicola G A Abrescia / ...著者: Gabriel Magno de Freitas Almeida / Iker Arriaga / Bruna Luiza de Azevedo / Miika Leppänen / Jonatas S Abrahão / Julien Andreani / Davide Zabeo / Janne J Ravantti / Nicola G A Abrescia / Lotta-Riina Sundberg /
要旨: Giant viruses of protists are a diverse and likely ubiquitous group of organisms. Here, we describe Jyvaskylavirus, the first giant virus isolated from Finland. This clade B marseillevirus was found ...Giant viruses of protists are a diverse and likely ubiquitous group of organisms. Here, we describe Jyvaskylavirus, the first giant virus isolated from Finland. This clade B marseillevirus was found in from a composting soil sample in Jyväskylä, Central Finland. Its genome shares similarities with other marseilleviruses. Helium ion microscopy and electron microscopy of infected cells unraveled stages of the Jyvaskylavirus life cycle. We reconstructed the Jyvaskylavirus particle to 6.3 Å resolution using cryo-electron microscopy. The ~2500 Å diameter virion displays structural similarities to other Marseilleviridae giant viruses. The capsid comprises of 9240 copies of the major capsid protein, encoded by open reading frame (ORF) 184, which possesses a double jellyroll fold arranged in trimers forming pseudo-hexameric capsomers. Below the capsid shell, the internal membrane vesicle encloses the genome. Through cross-structural and -sequence comparisons with other Marseilleviridae using AI-based software in model building and prediction, we elucidated ORF142 as the penton protein, which plugs the 12 vertices of the capsid. Five additional ORFs were identified, with models predicted and fitted into densities that either cap the capsomers externally or stabilize them internally. The isolation of Jyvaskylavirus suggests that these viruses may be widespread in the boreal environment and provide structural insights extendable to other marseilleviruses.
履歴
登録2024年9月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年3月26日-
マップ公開2025年3月26日-
更新2025年4月9日-
現状2025年4月9日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_51613.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_51613.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 5.7 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈IMPORTANT: Map has been binned from the original boxel size (1.34 A/px). Post-processed map, no masked, using the automatic B-factor sharpening by RELION.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.34 Å/pix.
x 2304 pix.
= 3087.36 Å		1.34 Å/pix.
x 2304 pix.
= 3087.36 Å		1.34 Å/pix.
x 2304 pix.
= 3087.36 Å

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.34 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.005
最小 - 最大-0.00902783 - 0.020209888
平均 (標準偏差)0.0015317714 (±0.0023726863)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ230423042304
Spacing230423042304
セルA=B=C: 3087.36 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: IMPORTANT: Map has been binned from the original...

ファイルemd_51613_half_map_1.map
注釈IMPORTANT: Map has been binned from the original boxel size (1.34 A/px). Unfiltered, unmasked, half map 2 from the 3D auto refinement by RELION
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: IMPORTANT: Map has been binned from the original...

ファイルemd_51613_half_map_2.map
注釈IMPORTANT: Map has been binned from the original boxel size (1.34 A/px). Unfiltered, unmasked, half map 1 from the 3D auto refinement by RELION
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Jyvaskylavirus

全体名称: Jyvaskylavirus (ウイルス)
要素
  • ウイルス: Jyvaskylavirus (ウイルス)
    • Other: Jyvaskylavirus

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超分子 #1: Jyvaskylavirus

超分子名称: Jyvaskylavirus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / 詳細: Full virion / NCBI-ID: 1513458 / 生物種: Jyvaskylavirus / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: OTHER / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Acanthamoeba castellanii (カステラーニアメーバ)
ウイルス殻Shell ID: 1 / 名称: Jyvaskylavirus ORF184 / 直径: 2500.0 Å / T番号(三角分割数): 309

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分子 #1: Jyvaskylavirus

分子名称: Jyvaskylavirus / タイプ: other / ID: 1 / 分類: other
由来(天然)生物種: Acanthamoeba castellanii (カステラーニアメーバ)
配列文字列:
XXXXX

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度式名称
120.0 mg/LNaClsodium chloride
4.0 mg/LMgSO4magnesium sulfate
4.0 mg/LCaCl2calcium chloride
142.0 mg/LNa2HPO4disodium phosphate
136.0 mg/LKH2PO4monopotassium phosphate
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - #0 - Film type ID: 1 / 支持フィルム - #0 - 材質: CARBON / 支持フィルム - #0 - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - #1 - Film type ID: 2 / 支持フィルム - #1 - 材質: CARBON / 支持フィルム - #1 - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 37 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.0002 kPa / 詳細: 8-9 mA
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: Also Automatic Plunge Freezer EM2 (Leica) was used (see publication)..

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 45.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.6 µm / 倍率（公称値）: 64000
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: ab initio
最終 再構成想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 3742
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデル
Chain詳細
source_name: AlphaFold, initial_model_type: in silico model
source_name: Other, initial_model_type: integrative modelModelAngelo
source_name: Other, initial_model_type: integrative modelPlease see publication
詳細Please keep in mind that the predicted Jyvaskylavirus PDB models using ModelAngelo and Alphafold have been deposited at the Biostudies website (https://www.ebi.ac.uk/biostudies/). Please refer to the published article for the corresponding entry code.
精密化プロトコル: RIGID BODY FIT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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