EMDB-46062: Cryo-EM structure of the overexpressed HflK.HflC complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: EMDB / ID: EMD-46062

タイトル

Cryo-EM structure of the overexpressed HflK.HflC complex

マップデータ

試料

複合体: HflK.HflKC complex

キーワード

FtsH / HflK / HflC / CHAPERONE / AAA protease

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.7 Å

データ登録者

Ghanbarpour A / Sauer RT / Davis JH

資金援助

米国, 3件

Organization	Grant number	国
National Institutes of Health/National Institute of Mental Health (NIH/NIMH)	R01-GM144542	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	R35-GM141517	米国
National Science Foundation (NSF, United States)	2046778	米国

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM structure of the overexpressed HflK.HflC complex
著者: Ghanbarpour A / Sauer RT / Davis JH

履歴

登録	2024年8月3日	-
ヘッダ(付随情報) 公開	2024年11月13日	-
マップ公開	2024年11月13日	-
更新	2024年11月13日	-
現状	2024年11月13日	処理サイト: RCSB / 状態: 公開

添付画像	emd_46062.png

-
EMDBアーカイブ

マップデータ	emd_46062.map.gz	50.9 MB		EMDBマップデータ形式
ヘッダ (付随情報)	emd-46062-v30.xml emd-46062.xml	12.6 KB 12.6 KB	表示表示	EMDBヘッダ
画像	emd_46062.png	30.3 KB
マスクデータ	emd_46062_msk_1.map	103 MB		マスクマップ
Filedesc metadata	emd-46062.cif.gz	3.8 KB
その他	emd_46062_half_map_1.map.gz emd_46062_half_map_2.map.gz	95.7 MB 95.7 MB
アーカイブディレクトリ	http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-46062 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-46062	HTTPS FTP

-
検証レポート

文書・要旨	emd_46062_validation.pdf.gz	865.2 KB	表示	EMDB検証レポート
文書・詳細版	emd_46062_full_validation.pdf.gz	864.8 KB	表示
XML形式データ	emd_46062_validation.xml.gz	13.4 KB	表示
CIF形式データ	emd_46062_validation.cif.gz	16 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-46062 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-46062	HTTPS FTP

-
リンク

EMDBのページ	EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource

ファイル

ダウンロード / ファイル: emd_46062.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)

投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他	反転上下逆

軸	Z (Sec.)	Y (Row.)	X (Col.)
	1.96 Å/pix. x 300 pix. = 588.6 Å	1.96 Å/pix. x 300 pix. = 588.6 Å	1.96 Å/pix. x 300 pix. = 588.6 Å
表面
投影像
断面 (1/3)
断面 (1/2)
断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズ

X=Y=Z: 1.962 Å

密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

表面レベル	登録者による: 0.017
最小 - 最大	-0.40001753 - 0.67061347
平均 (標準偏差)	-0.00019885185 (±0.019062852)

対称性

空間群: 1

詳細

-
マスク #1

ファイル

emd_46062_msk_1.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイル

emd_46062_half_map_1.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイル

emd_46062_half_map_2.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
全体 : HflK.HflKC complex

全体	名称: HflK.HflKC complex
要素	複合体: HflK.HflKC complex

-
超分子 #1: HflK.HflKC complex

超分子	名称: HflK.HflKC complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)	生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: BL21

-
構造解析

手法	クライオ電子顕微鏡法
解析	単粒子再構成法
試料の集合状態	particle

-
試料調製

緩衝液	pH: 8
凍結	凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡	FEI TITAN KRIOS
撮影	フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 47.19 e/Å²
電子線	加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系	照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 1.75 µm / 最小デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

初期モデル	モデルのタイプ: OTHER
最終再構成	解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 7.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v.4.3.1) / 使用した粒子像数: 230567
初期角度割当	タイプ: PROJECTION MATCHING / 詳細: Ab-initio reconstruction, cryoSPARC
最終角度割当	タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v.4.3.1)

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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