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- EMDB-44503: Cryo-EM structure of Sevenless in complex with Bride of Sevenless -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-44503
タイトルCryo-EM structure of Sevenless in complex with Bride of Sevenless
マップデータSharpened map
試料
  • 複合体: Sevenless extracellular domain in complex with Bride of Sevenless extracellular domain
    • タンパク質・ペプチド: Protein sevenless
    • タンパク質・ペプチド: Protein bride of sevenless
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードsevenless / receptor tyrosine kinase / RTK / drosophila / eye development / vision / photoreceptor / ROS1 / SIGNALING PROTEIN / bride of sevenless / boss / GPCR
機能・相同性
機能・相同性情報


R8 cell-mediated photoreceptor organization / rhabdomere microvillus membrane / sevenless binding / germ-line stem-cell niche homeostasis / transmembrane receptor protein kinase activity / R7 cell fate commitment / sevenless signaling pathway / adenylate cyclase inhibiting G protein-coupled glutamate receptor activity / lipid homeostasis / response to glucose ...R8 cell-mediated photoreceptor organization / rhabdomere microvillus membrane / sevenless binding / germ-line stem-cell niche homeostasis / transmembrane receptor protein kinase activity / R7 cell fate commitment / sevenless signaling pathway / adenylate cyclase inhibiting G protein-coupled glutamate receptor activity / lipid homeostasis / response to glucose / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / visual perception / placental growth factor receptor activity / insulin receptor activity / hepatocyte growth factor receptor activity / macrophage colony-stimulating factor receptor activity / platelet-derived growth factor alpha-receptor activity / platelet-derived growth factor beta-receptor activity / stem cell factor receptor activity / boss receptor activity / protein tyrosine kinase collagen receptor activity / brain-derived neurotrophic factor receptor activity / GPI-linked ephrin receptor activity / transmembrane-ephrin receptor activity / epidermal growth factor receptor activity / fibroblast growth factor receptor activity / insulin-like growth factor receptor activity / receptor protein-tyrosine kinase / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / glucose homeostasis / histone H3Y41 kinase activity / histone H2AXY142 kinase activity / receptor complex / receptor ligand activity / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Bride of sevenless protein / : / LDLR class B repeat / Low-density lipoprotein-receptor YWTD domain / GPCR family 3, C-terminal / 7 transmembrane sweet-taste receptor of 3 GCPR / Tyrosine-protein kinase, receptor class II, conserved site / Receptor tyrosine kinase class II signature. / Six-bladed beta-propeller, TolB-like / Fibronectin type III domain ...Bride of sevenless protein / : / LDLR class B repeat / Low-density lipoprotein-receptor YWTD domain / GPCR family 3, C-terminal / 7 transmembrane sweet-taste receptor of 3 GCPR / Tyrosine-protein kinase, receptor class II, conserved site / Receptor tyrosine kinase class II signature. / Six-bladed beta-propeller, TolB-like / Fibronectin type III domain / : / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein sevenless / Protein bride of sevenless
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.09 Å
データ登録者Cerutti G / Shapiro L
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
Other private 米国
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2024
タイトル: Structures and pH-dependent dimerization of the sevenless receptor tyrosine kinase.
著者: Gabriele Cerutti / Ronald Arias / Fabiana Bahna / Seetha Mannepalli / Phinikoula S Katsamba / Goran Ahlsen / Brian Kloss / Renato Bruni / Andrew Tomlinson / Lawrence Shapiro /
要旨: Sevenless (Sev) is a Drosophila receptor tyrosine kinase (RTK) required for the specification of the R7 photoreceptor. It is cleaved into α and β subunits and binds the ectodomain of the G-protein- ...Sevenless (Sev) is a Drosophila receptor tyrosine kinase (RTK) required for the specification of the R7 photoreceptor. It is cleaved into α and β subunits and binds the ectodomain of the G-protein-coupled receptor bride of sevenless (Boss). Previous work showed that the Boss ectodomain could bind but not activate Sev; rather, the whole seven-pass transmembrane Boss was required. Here, we show that Sev does not need to be cleaved to function and that a single-pass transmembrane form of Boss activates Sev. We use cryo-electron microscopy and biophysical methods to determine the structural basis of ligand binding and pH-dependent dimerization of Sev, and we discuss the implications in the process of Sev activation. The Sev human homolog, receptor oncogene from sarcoma 1 (ROS1), is associated with oncogenic transformations, and we discuss their structural similarities.
履歴
登録2024年4月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年1月29日-
マップ公開2025年1月29日-
更新2025年1月29日-
現状2025年1月29日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_44503.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_44503.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Sharpened map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 400 pix.
= 332. Å		0.83 Å/pix.
x 400 pix.
= 332. Å		0.83 Å/pix.
x 400 pix.
= 332. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.83 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.7
最小 - 最大-3.6001854 - 7.272342
平均 (標準偏差)0.002811174 (±0.07030062)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 332.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: Unsharpened map

ファイルemd_44503_additional_1.map
注釈Unsharpened map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_44503_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_44503_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Sevenless extracellular domain in complex with Bride of Sevenless...

全体名称: Sevenless extracellular domain in complex with Bride of Sevenless extracellular domain
要素
  • 複合体: Sevenless extracellular domain in complex with Bride of Sevenless extracellular domain
    • タンパク質・ペプチド: Protein sevenless
    • タンパク質・ペプチド: Protein bride of sevenless
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: Sevenless extracellular domain in complex with Bride of Sevenless...

超分子名称: Sevenless extracellular domain in complex with Bride of Sevenless extracellular domain
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)

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分子 #1: Protein sevenless

分子名称: Protein sevenless / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: receptor protein-tyrosine kinase
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
分子量理論値: 225.292922 KDa
組換発現生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
配列文字列: DVCRSHNYTV HQSPEPVSKD QMRLLRPKLD SDVVEKVAIW HKHAAAAPPS IVEGIAISSR PQSTMAHHPD DRDRDRDPSE EQHGVDERM VLERVTRDCV QRCIVEEDLF LDEFGIQCEK ADNGEKCYKT RCTKGCAQWY RALKELESCQ EACLSLQFYP Y DMPCIGAC ...文字列:
DVCRSHNYTV HQSPEPVSKD QMRLLRPKLD SDVVEKVAIW HKHAAAAPPS IVEGIAISSR PQSTMAHHPD DRDRDRDPSE EQHGVDERM VLERVTRDCV QRCIVEEDLF LDEFGIQCEK ADNGEKCYKT RCTKGCAQWY RALKELESCQ EACLSLQFYP Y DMPCIGAC EMAQRDYWHL QRLAISHLVE RTQPQLERAP RADGQSTPLT IRWAMHFPEH YLASRPFNIQ YQFVDHHGEE LD LEQEDQD ASGETGSSAW FNLADYDCDE YYVCEILEAL IPYTQYRFRF ELPFGENRDE VLYSPATPAY QTPPEGAPIS APV IEHLMG LDDSHLAVHW HPGRFTNGPI EGYRLRLSSS EGNATSEQLV PAGRGSYIFS QLQAGTNYTL ALSMINKQGE GPVA KGFVQ THSARNEKPA KDLTESVLLV GRRAVMWQSL EPAGENSMIY QSQEELADIA WSKREQQLWL LNVHGELRSL KFESG QMVS PAQQLKLDLG NISSGRWVPR RLSFDWLHHR LYFAMESPER NQSSFQIIST DLLGESAQKV GESFDLPVEQ LEVDAL NGW IFWRNEESLW RQDLHGRMIH RLLRIRQPGW FLVQPQHFII HLMLPQEGKF LEISYDGGFK HPLPLPPPSN GAGNGPA SS HWQSFALLGR SLLLPDSGQL ILVEQQGQAA SPSASWPLKN LPDCWAVILL VPESQPLTSA GGKPHSLKAL LGAQAAKI S WKEPERNPYQ SADAARSWSY ELEVLDVASQ SAFSIRNIRG PIFGLQRLQP DNLYQLRVRA INVDGEPGEW TEPLAARTW PLGPHRLRWA SRQGSVIHTN ELGEGLEVQQ EQLERLPGPM TMVNESVGYY VTGDGLLHCI NLVHSQWGCP ISEPLQHVGS VTYDWRGGR VYWTDLARNC VVRMDPWSGS RELLPVFEAN FLALDPRQGH LYYATSSQLS RHGSTPDEAV TYYRVNGLEG S IASFVLDT QQDQLFWLVK GSGALRLYRA PLTAGGDSLQ MIQQIKGVFQ AVPDSLQLLR PLGALLWLER SGRRARLVRL AA PLDVMEL PTPDQASPAS ALQLLDPQPL PPRDEGVIPM TVLPDSVRLD DGHWDDFHVR WQPSTSGGNH SVSYRLLLEF GQR LQTLDL STPFARLTQL PQAQLQLKIS ITPRTAWRSG DTTRVQLTTP PVAPSQPRRL RVFVERLATA LQEANVSAVL RWDA PEQGQ EAPMQALEYH ISCWVGSELH EELRLNQSAL EARVEHLQPD QTYHFQVEAR VAATGAAAGA ASHALHVAPE VQAVP RVLY ANAEFIGELD LDTRNRRRLV HTASPVEHLV GIEGEQRLLW VNEHVELLTH VPGSAPAKLA RMRAEVLALA VDWIQR IVY WAELDATAPQ AAIIYRLDLC NFEGKILQGE RVWSTPRGRL LKDLVALPQA QSLIWLEYEQ GSPRNGSLRG RNLTDGS EL EWATVQPLIR LHAGSLEPGS ETLNLVDNQG KLCVYDVARQ LCTASALRAQ LNLLGEDSIA GQLAQDSGYL YAVKNWSI R AYGRRRQQLE YTVELEPEEV RLLQAHNYQA YPPKNCLLLP SSGGSLLKAT DCEEQRCLLN LPMITASEDC PLPIPGVRY QLNLTLARGP GSEEHDHGVE PLGQWLLGAG ESLNLTDLLP FTRYRVSGIL SSFYQKKLAL PTLVLAPLEL LTASATPSPP RNFSVRVLS PRELEVSWLP PEQLRSESVY YTLHWQQELD GENVQDRREW EAHERRLETA GTHRLTGIKP GSGYSLWVQA H ATPTKSNS SERLHVRSFA ELPELQLLEL GPYSLSLTWA GTPDPLGSLQ LECRSSAEQL RRNVAGNHTK MVVEPLQPRT RY QCRLLLG YAATPGAPLY HGTAEVYETL GDAPSQPGKP QLEHIAEEVF RVTWTAARGN GAPIALYNLE ALQARSDINS GGS LEQLPW AEEPVVVEDQ WLDFCNTTEL SCIVKSLHSS RLLLFRVRAR SLEHGWGPYS EESERVAEPF VSHHHHHHWS HPQF EK

UniProtKB: Protein sevenless

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分子 #2: Protein bride of sevenless

分子名称: Protein bride of sevenless / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
分子量理論値: 57.278723 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: CHGADLTSPT KKSAPLRITK PQPTSQQAKP ISITTRAPTT VASTTDDEVS SSVDGQLAPL ISSTTEGPSS GTTASLVPEI CLNGLQLTV NSADEGTVIR KQEEFVKILE GDVVLSVLTK DPDSALFVIN RVNQANLIMA DFEIGIRAIS IDNASLAENL L IQEVQFLQ ...文字列:
CHGADLTSPT KKSAPLRITK PQPTSQQAKP ISITTRAPTT VASTTDDEVS SSVDGQLAPL ISSTTEGPSS GTTASLVPEI CLNGLQLTV NSADEGTVIR KQEEFVKILE GDVVLSVLTK DPDSALFVIN RVNQANLIMA DFEIGIRAIS IDNASLAENL L IQEVQFLQ QCTTYSMGIF VDWELYKQLE SVIKDLEYNI WPIPGTRAHL FPKVAHLLHQ MPWGEKIASV EIATETLEMY NE FMEAARQ EHMCLMHFKS DDNVYIMFGN KLASHFKENG TLFSVPTDRT DDEFLADLPN RAFVLMENEI DLSTAVELDA TPT ALDEIL IGKSVLPSRV LSFAGSIIDL MNWLRGSLSK HCKRGEEHDL YVLESCFNFL NFIEDWRTSE YRQAHDTAEI LSLL LMRKL GTAMNFQMYQ KKVLTLDKIT GESRTELREI ASQNFVTNVT TYYHYNRDNH TSLELKTKFG QVFNCQYSAG DNRRY PFLF DGESVMFWRI KMDTWHHHHH H

UniProtKB: Protein bride of sevenless

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分子 #3: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 5 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 6.6
グリッド材質: GOLD
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 51.8 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL / In silico モデル: Alphafold prediction
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.09 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 381423
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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