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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-4305 | |||||||||
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タイトル | Correlative cryo-FM and Cryo-ET of vitreous sections of yeast cells | |||||||||
![]() | This is a tomogram of a vitreous section of yeast cells expressing Pil1-GFP. There are two eisosomal sites seen. | |||||||||
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生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 電子線トモグラフィー法 | |||||||||
![]() | Bharat TAM / Hoffmann PC / Kukulski W | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Correlative Microscopy of Vitreous Sections Provides Insights into BAR-Domain Organization In Situ. 著者: Tanmay A M Bharat / Patrick C Hoffmann / Wanda Kukulski / ![]() 要旨: Electron microscopy imaging of macromolecular complexes in their native cellular context is limited by the inherent difficulty to acquire high-resolution tomographic data from thick cells and to ...Electron microscopy imaging of macromolecular complexes in their native cellular context is limited by the inherent difficulty to acquire high-resolution tomographic data from thick cells and to specifically identify elusive structures within crowded cellular environments. Here, we combined cryo-fluorescence microscopy with electron cryo-tomography of vitreous sections into a coherent correlative microscopy workflow, ideal for detection and structural analysis of elusive protein assemblies in situ. We used this workflow to address an open question on BAR-domain coating of yeast plasma membrane compartments known as eisosomes. BAR domains can sense or induce membrane curvature, and form scaffold-like membrane coats in vitro. Our results demonstrate that in cells, the BAR protein Pil1 localizes to eisosomes of varying membrane curvature. Sub-tomogram analysis revealed a dense protein coat on curved eisosomes, which was not present on shallow eisosomes, indicating that while BAR domains can assemble at shallow membranes in vivo, scaffold formation is tightly coupled to curvature generation. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 155.2 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 8.6 KB 8.6 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 140.3 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
電子顕微鏡画像生データ | ![]() Data size: 27.9 Data #1: 9 folders each containing raw tilt series of vitreous sections of yeast cells and the corresponding correlative microscopy data [tilt series]) |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | This is a tomogram of a vitreous section of yeast cells expressing Pil1-GFP. There are two eisosomal sites seen. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 14.34 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : Saccharomyces cerevisiae
全体 | 名称: ![]() ![]() |
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要素 |
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-超分子 #1: Saccharomyces cerevisiae
超分子 | 名称: Saccharomyces cerevisiae / タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0 詳細: genotype: MATalpha, his3delta200, leu2-3,112, ura3-52, lys2-801, PIL1-EGFP::HIS3MX6 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
-実験情報
-構造解析
![]() | 電子線トモグラフィー法 |
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試料の集合状態 | cell |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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加圧凍結法 | 装置: OTHER 詳細: The value given for _emd_high_pressure_freezing.instrument is Leica HPM100. This is not in a list of allowed values set(['LEICA EM PACT2', 'LEICA EM PACT', 'EMS-002 RAPID IMMERSION FREEZER', ...詳細: The value given for _emd_high_pressure_freezing.instrument is Leica HPM100. This is not in a list of allowed values set(['LEICA EM PACT2', 'LEICA EM PACT', 'EMS-002 RAPID IMMERSION FREEZER', 'OTHER', 'LEICA EM HPM100', 'BAL-TEC HPM 010']) so OTHER is written into the XML file. |
切片作成 | ウルトラミクロトーム - 装置: Leica / ウルトラミクロトーム - 温度: 100 K / ウルトラミクロトーム - 最終 厚さ: 150 |
位置合わせマーカー | Manufacturer: CMC Utrecht / 直径: 10 nm |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV エネルギーフィルター - エネルギー下限: 0 eV エネルギーフィルター - エネルギー上限: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 0.9 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
最終 再構成 | アルゴリズム: SIMULTANEOUS ITERATIVE (SIRT) / ソフトウェア - 名称: ![]() |
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CTF補正 | ソフトウェア - 名称: ![]() |