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万見
- EMDB-42879: 3x3 tiled montage tomogram of a yeast lamella imaged with a squar... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-42879
タイトル3x3 tiled montage tomogram of a yeast lamella imaged with a square electron beam
マップデータ
試料
  • 細胞: Yeast
キーワードFIB-milled yeast / UNKNOWN FUNCTION
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法電子線トモグラフィー法
データ登録者Chua EYD / Alink LM / Kopylov M / Johnston J / Einsenstein F / de Marco A
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
Simons FoundationSF349247 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM103310 米国
引用ジャーナル: Nat Methods / 年: 2024
タイトル: Square beams for optimal tiling in transmission electron microscopy.
著者: Eugene Y D Chua / Lambertus M Alink / Mykhailo Kopylov / Jake D Johnston / Fabian Eisenstein / Alex de Marco /
要旨: Imaging large fields of view at a high magnification requires tiling. Transmission electron microscopes typically have round beam profiles; therefore, tiling across a large area is either imperfect ...Imaging large fields of view at a high magnification requires tiling. Transmission electron microscopes typically have round beam profiles; therefore, tiling across a large area is either imperfect or results in uneven exposures, a problem for dose-sensitive samples. Here, we introduce a square electron beam that can easily be retrofitted in existing microscopes, and demonstrate its application, showing that it can tile nearly perfectly and deliver cryo-electron microscopy imaging with a resolution comparable to conventional set-ups.
履歴
登録2023年11月19日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年1月31日-
マップ公開2024年1月31日-
更新2024年4月24日-
現状2024年4月24日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_42879.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_42879.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 13.7 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
8 Å/pix.
x 1546 pix.
= 12368. Å		8 Å/pix.
x 1536 pix.
= 12288. Å		8 Å/pix.
x 1547 pix.
= 12376. Å

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 8 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
最小 - 最大-1367.117999999999938 - 1220.756800000000112
平均 (標準偏差)-0.18173476 (±61.159480000000002)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin0-153-993
サイズ153615471546
Spacing154715361546
セルA: 12376.0 Å / B: 12288.0 Å / C: 12368.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Yeast

全体名称: Yeast (パン酵母)
要素
  • 細胞: Yeast

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超分子 #1: Yeast

超分子名称: Yeast / タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

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実験情報

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構造解析

解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7.5 / 詳細: YPD media
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: OTHER / 詳細: Gatan Solarus I
詳細Extrapolated OD 600 ~20
加圧凍結法装置: OTHER
詳細: Sample was high-pressure frozen directly on a 200 mesh grid sandwiched between two flat sides of 3 mm planchettes. The value given for _em_high_pressure_freezing.instrument is Wohlwend HPF ...詳細: Sample was high-pressure frozen directly on a 200 mesh grid sandwiched between two flat sides of 3 mm planchettes. The value given for _em_high_pressure_freezing.instrument is Wohlwend HPF Compact 01. This is not in a list of allowed values {'LEICA EM HPM100', 'OTHER', 'LEICA EM PACT', 'BAL-TEC HPM 010', 'EMS-002 RAPID IMMERSION FREEZER', 'LEICA EM PACT2'} so OTHER is written into the XML file.
Cryo protectant5% glycerol
切片作成集束イオンビーム - 装置: OTHER / 集束イオンビーム - イオン: OTHER / 集束イオンビーム - 電圧: 30 / 集束イオンビーム - 電流: 2 / 集束イオンビーム - 時間: 300 / 集束イオンビーム - 温度: 77 K / 集束イオンビーム - Initial thickness: 500 / 集束イオンビーム - 最終 厚さ: 200
集束イオンビーム - 詳細: Lamellae were prepared using TFS AutoTEM. The settings specified are for the final polishing only. The complete set of parameters is described in the Waffle Method ...集束イオンビーム - 詳細: Lamellae were prepared using TFS AutoTEM. The settings specified are for the final polishing only. The complete set of parameters is described in the Waffle Method protocol paper here: https://ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC9795037/. The value given for _em_focused_ion_beam.instrument is Aquilos 2. This is not in a list of allowed values {'DB235', 'OTHER'} so OTHER is written into the XML file.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 2.55 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 5.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成ソフトウェア - 名称: TOMO3D / 使用した粒子像数: 279

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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