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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-41919 | |||||||||
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タイトル | Structure of E.coli beta-Galactosidase from a multi-species dataset | |||||||||
マップデータ | Final map sharp | |||||||||
試料 |
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キーワード | hydrolase / D2 / beta-gal | |||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.73 Å | |||||||||
データ登録者 | Kopylov M / Bobe D / Eng ET | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Multi-species cryoEM calibration standard 著者: Kopylov M / Bobe D / Eng ET | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_41919.map.gz | 167.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-41919-v30.xml emd-41919.xml | 12.1 KB 12.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_41919_fsc.xml | 11.8 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_41919.png | 143.4 KB | ||
マスクデータ | emd_41919_msk_1.map | 178 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-41919.cif.gz | 3.7 KB | ||
その他 | emd_41919_half_map_1.map.gz emd_41919_half_map_2.map.gz | 165 MB 165 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-41919 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-41919 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_41919_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_41919_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | emd_41919_validation.xml.gz | 20.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_41919_validation.cif.gz | 26.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-41919 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-41919 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_41919.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | Final map sharp | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.096 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_41919_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Halfmap A
ファイル | emd_41919_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Halfmap A | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Halfmap B
ファイル | emd_41919_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Halfmap B | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : beta-Galactosidase from Escherichia coli in complex with 2-phenyl...
全体 | 名称: beta-Galactosidase from Escherichia coli in complex with 2-phenylethyl beta-D-thiogalactoside |
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要素 |
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-超分子 #1: beta-Galactosidase from Escherichia coli in complex with 2-phenyl...
超分子 | 名称: beta-Galactosidase from Escherichia coli in complex with 2-phenylethyl beta-D-thiogalactoside タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
分子量 | 理論値: 2.5 MDa |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 1 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 70.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |