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万見
- EMDB-41124: ISOLATED LETHOCERUS INDICUS Z-DISCS CRYO-EM MAP -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-41124
タイトルISOLATED LETHOCERUS INDICUS Z-DISCS CRYO-EM MAP
マップデータThis density map was generated by subtomogram averaging. The C2 connecting density map was generated from this density map.
試料
  • 複合体: Lethocerus Indicus Z-discs
キーワードZ-discs / Lethocerus / Cryo-EM / Flight muscle / CONTRACTILE PROTEIN
生物種Lethocerus indicus (昆虫)
手法電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Abbasi Yeganeh F / Taylor KA
資金援助 米国, 6件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01-GM030598 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35-GM139616 米国
National Institutes of Health/National Center for Research Resources (NIH/NCRR)S10RR025080 米国
National Institutes of Health/Office of the DirectorS10OD018142 米国
American Heart Association15PRE25090150 米国
American Heart Association20PRE35120273 米国
引用ジャーナル: J Muscle Res Cell Motil / 年: 2023
タイトル: The cryo-EM 3D image reconstruction of isolated Lethocerus indicus Z-discs.
著者: Fatemeh Abbasi Yeganeh / Corinne Summerill / Zhongjun Hu / Hamidreza Rahmani / Dianne W Taylor / Kenneth A Taylor /
要旨: The Z-disk of striated muscle defines the ends of the sarcomere, which repeats many times within the muscle fiber. Here we report application of cryoelectron tomography and subtomogram averaging to Z- ...The Z-disk of striated muscle defines the ends of the sarcomere, which repeats many times within the muscle fiber. Here we report application of cryoelectron tomography and subtomogram averaging to Z-disks isolated from the flight muscles of the large waterbug Lethocerus indicus. We use high salt solutions to remove the myosin containing filaments and use gelsolin to remove the actin filaments of the A- and I-bands leaving only the thin filaments within the Z-disk which were then frozen for cryoelectron microscopy. The Lethocerus Z-disk structure is similar in many ways to the previously studied Z-disk of the honeybee Apis mellifera. At the corners of the unit cell are positioned trimers of paired antiparallel F-actins defining a large solvent channel, whereas at the trigonal positions are positioned F-actin trimers converging slowly towards their (+) ends defining a small solvent channel through the Z-disk. These near parallel F-actins terminate at different Z-heights within the Z-disk. The two types of solvent channel in Lethocerus are similar in size compared to those of Apis which are very different in size. Two types of α-actinin crosslinks were observed between oppositely oriented actin filaments. In one of these, the α-actinin long axis is almost parallel to the F-actins it crosslinks. In the other, the α-actinins are at a small but distinctive angle with respect to the crosslinked actin filaments. The utility of isolated Z-disks for structure determination is discussed.
履歴
登録2023年6月26日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年2月14日-
マップ公開2024年2月14日-
更新2024年2月14日-
現状2024年2月14日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_41124.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_41124.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 4.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈This density map was generated by subtomogram averaging. The C2 connecting density map was generated from this density map.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.14 Å/pix.
x 200 pix.
= 428. Å		2.14 Å/pix.
x 80 pix.
= 171.2 Å		2.14 Å/pix.
x 80 pix.
= 171.2 Å

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.14 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
最小 - 最大-0.17536147 - 0.3099094
平均 (標準偏差)-0.000000000029733 (±0.050991215)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-40-40-100
サイズ8080200
Spacing8080200
セルA: 171.20001 Å / B: 171.20001 Å / C: 428.00003 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: c5-c3 conecting density map from the subtomogram averaging,...

ファイルemd_41124_additional_1.map
注釈c5-c3 conecting density map from the subtomogram averaging, class averages of the tomograms.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Result of actin filament density map isolated from...

ファイルemd_41124_additional_2.map
注釈Result of actin filament density map isolated from the tomogram after subtomogram averaging.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: The map of the hexagonal lattice of Z-disk...

ファイルemd_41124_additional_3.map
注釈The map of the hexagonal lattice of Z-disk after subtomogram averaging
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Lethocerus Indicus Z-discs

全体名称: Lethocerus Indicus Z-discs
要素
  • 複合体: Lethocerus Indicus Z-discs

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超分子 #1: Lethocerus Indicus Z-discs

超分子名称: Lethocerus Indicus Z-discs / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Lethocerus indicus (昆虫)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE
切片作成その他: NO SECTIONING

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: DIRECT ELECTRON DE-20 (5k x 3k)
平均電子線量: 95.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
最大 デフォーカス（公称値）: 2.8000000000000003 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 18000
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成詳細: Symmetry not imposed. Symmetry expansion was performed in generating class averages of F-actin.
使用した粒子像数: 497

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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