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データを開く
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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | Mycobacterium phage Patience | |||||||||
![]() | Sharpened map of ewald sphere corrected postprocess. | |||||||||
![]() |
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![]() | HK97-fold / T=7 / tailed bacteriophage / VIRUS | |||||||||
機能・相同性 | Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Capsid protein![]() | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.39 Å | |||||||||
![]() | Podgorski JM / White SJ | |||||||||
資金援助 | 1件
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![]() | ![]() タイトル: A novel accessory protein stabilizes the capsid of two actinobacteriophages 著者: Podgorski JM / Porgorski J / Gosselin S / Abad L / Jacobs-Sera D / Brown C / Hatfull G / Gogarten P / Luque A / White SJ | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 1.7 GB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 22.6 KB 22.6 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 312.7 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 6.1 KB | ||
その他 | ![]() ![]() ![]() ![]() | 1.8 GB 1.6 GB 1.6 GB 1.6 GB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8giuMC ![]() 8sajC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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注釈 | Sharpened map of ewald sphere corrected postprocess. | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-追加マップ: Ewald sphere corrected map
ファイル | emd_40077_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Ewald sphere corrected map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Map after CTF Refinement.
ファイル | emd_40077_additional_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Map after CTF Refinement. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map of ewald sphere corrected Refine3D After CTFRefine.mrc.
ファイル | emd_40077_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map of ewald sphere corrected Refine3D_After_CTFRefine.mrc. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map of ewald sphere corrected Refine3D After CTFRefine.mrc.
ファイル | emd_40077_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map of ewald sphere corrected Refine3D_After_CTFRefine.mrc. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Mycobacterium phage Patience
全体 | 名称: ![]() |
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要素 |
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-超分子 #1: Mycobacterium phage Patience
超分子 | 名称: Mycobacterium phage Patience / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 1074308 / 生物種: Mycobacterium phage Patience / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No |
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宿主 | 生物種: ![]() |
ウイルス殻 | Shell ID: 1 / 直径: 760.0 Å / T番号(三角分割数): 7 |
-分子 #1: gp_4 (capsid accessory protein)
分子 | 名称: gp_4 (capsid accessory protein) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 10.549938 KDa |
配列 | 文字列: MANRTVSPST QGVRPAMRQM YNGRNVATRP IPLIVDTSEI RAIMAAAADA RPKTSAVNFP QSGPRPAGAA VVFGTKVSGA PGNVVSNNA ATFAPLTGTQ NFE UniProtKB: Uncharacterized protein |
-分子 #2: Capsid protein
分子 | 名称: Capsid protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 7 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 43.845391 KDa |
配列 | 文字列: MATKELKIGG VPVFPIFGGT APVRQEGIMT QGDLVTVTSD GIDLNALWNS FAESIAIYNE AMDNLIQLLT YPVTVPVEPV VQIGETTFE EATELGVPRG AGLPIEVFQM GYDLRHYDKR NAYSWMFLAD ADGRQVEAIH DAVLWADKRL VFRKVMEALF D NRTRRANI ...文字列: MATKELKIGG VPVFPIFGGT APVRQEGIMT QGDLVTVTSD GIDLNALWNS FAESIAIYNE AMDNLIQLLT YPVTVPVEPV VQIGETTFE EATELGVPRG AGLPIEVFQM GYDLRHYDKR NAYSWMFLAD ADGRQVEAIH DAVLWADKRL VFRKVMEALF D NRTRRANI RNQAYNVYPL YNGDGVPPPR FKNNVFDETH SHYVISHNSV VDSSDLEDLM ELLAEHGYSP QAGTQFLLLA NK AETDAIR QFRRGVVNNN GATAGYDFIP SPTQPAMMLP NAEGLLGNQP APTFGGLAVI GSYGFWNIVE EDYIPPGYLV GVG YGGAFN LGNPVGLRQH ANPAMQGLRI IAGNYQRYPL VDGFYARSFG TGVRQRGGAA IMQIKASGAY ECPPIYKKGG GFLV UniProtKB: Capsid protein |
-分子 #3: gp_22 (Minor Capsid Protein)
分子 | 名称: gp_22 (Minor Capsid Protein) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 7 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 23.845107 KDa |
配列 | 文字列: MALKTKPRWD KYDGYVGNYR GVLGEDIDLD TEANRVLAVG TNSNGAIVVG AGQTGIKGLM IVAVGADIHG AMLDGGINNH AGDPQDVGK HGEITNFQPT VFGRTFGVAI SATEGNVKLA VNGVDTGNIA YDTSAANLKS GIVAVDDGFT ADDFTVTGTA P NFTIVTTR ...文字列: MALKTKPRWD KYDGYVGNYR GVLGEDIDLD TEANRVLAVG TNSNGAIVVG AGQTGIKGLM IVAVGADIHG AMLDGGINNH AGDPQDVGK HGEITNFQPT VFGRTFGVAI SATEGNVKLA VNGVDTGNIA YDTSAANLKS GIVAVDDGFT ADDFTVTGTA P NFTIVTTR TDVTITASGE GVTVTEATSV AAAGTNYYGH ADGTVNAVKG SDGVYVGHTQ EADRLIVNVK DEED UniProtKB: Uncharacterized protein |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 10 mg/mL | ||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.5 構成要素:
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 283 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 検出モード: COUNTING / 実像数: 8640 / 平均電子線量: 30.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
-原子モデル構築 1
詳細 | Amino acid sequence built into the map for a single major capsid protein and refined with Phenix. Model then used for rest of asymmetric unit and refined with Phenix. Final step involved using Isolde. |
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精密化 | プロトコル: AB INITIO MODEL |
得られたモデル | ![]() PDB-8giu: |