EMDB-39463: 2.6A b-Galactosidase Structure Solved Using an Indirect Scintilla...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: EMDB / ID: EMD-39463

タイトル

2.6A b-Galactosidase Structure Solved Using an Indirect Scintillator-Coupled CMOS Detector at 300 kV

マップデータ

FSC-weighted, sharpend and masked map by PostProcess

試料

複合体: beta-galactosidase

キーワード

b-galactosidase / CARBOHYDRATE

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.62 Å

データ登録者

Aramaki S / Yoshida Y / Tanihara T / Oyama K / Otsuki K / Terada Y / Matsunaga N / Ohdo S / Mayanagi K

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: High-Resolution Single Particle Analysis Using an Indirect Scintillator-Coupled CMOS Detector at 300 kV
著者: Aramaki S / Yoshida Y / Tanihara T / Oyama K / Otsuki K / Terada Y / Matsunaga N / Ohdo S / Mayanagi K

履歴

登録	2024年3月16日	-
ヘッダ(付随情報) 公開	2024年4月10日	-
マップ公開	2024年4月10日	-
更新	2024年4月10日	-
現状	2024年4月10日	処理サイト: PDBj / 状態: 公開

添付画像	emd_39463.png

-
EMDBアーカイブ

マップデータ	emd_39463.map.gz	11.6 MB		EMDBマップデータ形式
ヘッダ (付随情報)	emd-39463-v30.xml emd-39463.xml	15.7 KB 15.7 KB	表示表示	EMDBヘッダ
FSC (解像度算出)	emd_39463_fsc.xml	12.7 KB	表示	FSCデータファイル
画像	emd_39463.png	113 KB
マスクデータ	emd_39463_msk_1.map	64 MB		マスクマップ
Filedesc metadata	emd-39463.cif.gz	4.4 KB
その他	emd_39463_half_map_1.map.gz emd_39463_half_map_2.map.gz	57 MB 57 MB
アーカイブディレクトリ	http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-39463 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-39463	HTTPS FTP

-
検証レポート

文書・要旨	emd_39463_validation.pdf.gz	889.4 KB	表示	EMDB検証レポート
文書・詳細版	emd_39463_full_validation.pdf.gz	888.9 KB	表示
XML形式データ	emd_39463_validation.xml.gz	17.9 KB	表示
CIF形式データ	emd_39463_validation.cif.gz	23.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-39463 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-39463	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	39481C C: 同じ文献を引用 (文献)

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リンク

EMDBのページ	EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource
「今月の分子」の関連する項目	#198 - 2016年6月 β-ガラクトシダーゼ (Beta-galactosidase) 類似性 (1)

ファイル

ダウンロード / ファイル: emd_39463.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)

注釈

FSC-weighted, sharpend and masked map by PostProcess

投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他	反転上下逆

軸	Z (Sec.)	Y (Row.)	X (Col.)
	0.87 Å/pix. x 256 pix. = 221.44 Å	0.87 Å/pix. x 256 pix. = 221.44 Å	0.87 Å/pix. x 256 pix. = 221.44 Å
表面
投影像
断面 (1/3)
断面 (1/2)
断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズ

X=Y=Z: 0.865 Å

密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

表面レベル	登録者による: 0.025
最小 - 最大	-0.051121973 - 0.106416106
平均 (標準偏差)	0.00040896298 (±0.004895964)

対称性

空間群: 1

詳細

-
マスク #1

ファイル

emd_39463_msk_1.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイル

emd_39463_half_map_1.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイル

emd_39463_half_map_2.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
全体 : beta-galactosidase

全体	名称: beta-galactosidase
要素	複合体: beta-galactosidase

-
超分子 #1: beta-galactosidase

超分子	名称: beta-galactosidase / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)	生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量	理論値: 465 KDa

-
構造解析

手法	クライオ電子顕微鏡法
解析	単粒子再構成法
試料の集合状態	particle

-
試料調製

濃度

2.0 mg/mL

緩衝液

pH: 8
構成要素:

濃度	式	名称
25.0 mM	C₄H₁₁NO₃	Tris HCl
50.0 mM	NaCl	sodium chloride
1.0 mM	C₄H₁₀O₂S₂	DTT
2.0 mM	MgCl₂	magnesium chloride

グリッド

モデル: Quantifoil / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR / 詳細: GloQube Plus

凍結

凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡	JEOL CRYO ARM 300
撮影	フィルム・検出器のモデル: OTHER / デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 9603 / 平均露光時間: 2.3 sec. / 平均電子線量: 107.0 e/Å² / 詳細: TVIPS TemCam-XF416 (4k x 4k)
電子線	加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系	C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 最小デフォーカス（公称値）: 0.2 µm / 倍率（公称値）: 200000
試料ステージ	試料ホルダーモデル: JEOL CRYOSPECPORTER / ホルダー冷却材: NITROGEN

+
画像解析

粒子像選択	選択した数: 622690
初期モデル	モデルのタイプ: NONE / 詳細: from 3D initial reference process in RELION
最終再構成	想定した対称性 - 点群: D₂ (2回x2回 2面回転対称) 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.62 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 5.0-beta) / 使用した粒子像数: 386962
初期角度割当	タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 5.0-beta)
最終角度割当	タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 5.0-beta)
FSC曲線 (解像度の算出)

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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