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- EMDB-3820: Electron tomographic slices of the nuclear envelope of HeLa cell ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-3820
タイトルElectron tomographic slices of the nuclear envelope of HeLa cell in interphase
マップデータNone
試料
  • 細胞: HeLa cell
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法
データ登録者Otsuka S / Ellenberg J
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2018
タイトル: Postmitotic nuclear pore assembly proceeds by radial dilation of small membrane openings.
著者: Shotaro Otsuka / Anna M Steyer / Martin Schorb / Jean-Karim Hériché / M Julius Hossain / Suruchi Sethi / Moritz Kueblbeck / Yannick Schwab / Martin Beck / Jan Ellenberg /
要旨: The nuclear envelope has to be reformed after mitosis to create viable daughter cells with closed nuclei. How membrane sealing of DNA and assembly of nuclear pore complexes (NPCs) are achieved and ...The nuclear envelope has to be reformed after mitosis to create viable daughter cells with closed nuclei. How membrane sealing of DNA and assembly of nuclear pore complexes (NPCs) are achieved and coordinated is poorly understood. Here, we reconstructed nuclear membrane topology and the structures of assembling NPCs in a correlative 3D EM time course of dividing human cells. Our quantitative ultrastructural analysis shows that nuclear membranes form from highly fenestrated ER sheets whose holes progressively shrink. NPC precursors are found in small membrane holes and dilate radially during assembly of the inner ring complex, forming thousands of transport channels within minutes. This mechanism is fundamentally different from that of interphase NPC assembly and explains how mitotic cells can rapidly establish a closed nuclear compartment while making it transport competent.
履歴
登録2017年7月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2017年8月23日-
マップ公開2017年11月29日-
更新2018年1月24日-
現状2018年1月24日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • ソリッド表示（ボリュームレンダリング）
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • ソリッド表示（ボリュームレンダリング）
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_3820.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_3820.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.8 GB / タイプ: IMAGE STORED AS SIGNED INTEGER (2 BYTES)
注釈None
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
7.5 Å/pix.
x 326 pix.
= 2445. Å		7.5 Å/pix.
x 4096 pix.
= 30720. Å		7.5 Å/pix.
x 4096 pix.
= 30720. Å

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 7.5 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
最小 - 最大-4205. - 1647.
平均 (標準偏差)173.766950000000008 (±219.101499999999987)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin00150
サイズ40964096326
Spacing40964096326
セルA: 30720.0 Å / B: 30720.0 Å / C: 2445.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Integer*27
Å/pix. X/Y/Z7.57.57.5
M x/y/z40964096326
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z30720.00030720.0002445.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS00150
NC/NR/NS40964096326
D min/max/mean-4205.0001647.000173.767

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : HeLa cell

全体名称: HeLa cell
要素
  • 細胞: HeLa cell

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超分子 #1: HeLa cell

超分子名称: HeLa cell / タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0
詳細: Cells were high-pressure frozen and freeze-substituted into Lowicryl resin.
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 株: HeLa

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
詳細: CO2-independent medium without phenol red (Invitrogen), containing 20% FCS, 20% Ficoll PM400 2 mM l-glutamine, and 100 ug/ml penicillin and streptomycin
染色タイプ: NEGATIVE / 材質: uranyl acetate and lead citrate
糖包埋材質: Lowicryl resin
詳細: Frozen cells were incubated with 0.1% uranyl acetate in acetone at -90C for 20-24 hr and, after infiltration into Lowicryl resin and UV-polymerization, samples were further polymerized by sunlight for 3-4 days.
グリッドモデル: Grid / 支持フィルム - 材質: FORMVAR / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS
凍結凍結剤: NITROGEN
加圧凍結法装置: OTHER
詳細: High pressure freezing chamber was 1.0 mm thick in total, 3.0 mm diameter, with central cavities 50 um deep.. The value given for _emd_high_pressure_freezing.instrument is HPM 010. This is ...詳細: High pressure freezing chamber was 1.0 mm thick in total, 3.0 mm diameter, with central cavities 50 um deep.. The value given for _emd_high_pressure_freezing.instrument is HPM 010. This is not in a list of allowed values set(['LEICA EM PACT2', 'LEICA EM PACT', 'EMS-002 RAPID IMMERSION FREEZER', 'OTHER', 'LEICA EM HPM100', 'BAL-TEC HPM 010']) so OTHER is written into the XML file.
Cryo protectant20% FBS and Ficoll PM400
切片作成ウルトラミクロトーム - 装置: Leica Ultracut UCT / ウルトラミクロトーム - 温度: 25 K / ウルトラミクロトーム - 最終 厚さ: 300
位置合わせマーカーManufacturer: CMC university Medical Center Utrecht / 直径: 15 nm

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F30
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI EAGLE (4k x 4k) / デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 実像数: 121 / 平均電子線量: 200.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.26 mm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 倍率（公称値）: 15500
試料ステージ試料ホルダーモデル: OTHER
実験機器
モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成アルゴリズム: BACK PROJECTION / ソフトウェア - 名称: IMOD (ver. 4.5.6)
詳細: Dual axis tilt series were aligned using gold fiducial markers
使用した粒子像数: 121
CTF補正ソフトウェア - 名称: IMOD (ver. 4.5.6)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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