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万見
- EMDB-3812: Tomogram of e. coli carrying the ple7 plasmid carrying YFP-MreB h... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-3812
タイトルTomogram of e. coli carrying the ple7 plasmid carrying YFP-MreB hyper-overexpressed by induction with 1uM IPTG
マップデータ
試料
  • 細胞: Escherichia Coli
    • 細胞器官・細胞要素: Helical MreB Cytoskeleton
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法電子線トモグラフィー法
データ登録者Swulius MT / Jensen GJ
引用ジャーナル: J Bacteriol / 年: 2012
タイトル: The helical MreB cytoskeleton in Escherichia coli MC1000/pLE7 is an artifact of the N-Terminal yellow fluorescent protein tag.
著者: Matthew T Swulius / Grant J Jensen /
要旨: Based on fluorescence microscopy, the actin homolog MreB has been thought to form extended helices surrounding the cytoplasm of rod-shaped bacterial cells. The presence of these and other putative ...Based on fluorescence microscopy, the actin homolog MreB has been thought to form extended helices surrounding the cytoplasm of rod-shaped bacterial cells. The presence of these and other putative helices has come to dominate models of bacterial cell shape regulation, chromosome segregation, polarity, and motility. Here we use electron cryotomography to show that MreB does in fact form extended helices and filaments in Escherichia coli when yellow fluorescent protein (YFP) is fused to its N terminus but native (untagged) MreB expressed to the same levels does not. In contrast, mCherry fused to an internal loop (MreB-RFP(SW)) does not induce helices. The helices are therefore an artifact of the placement of the fluorescent protein tag. YFP-MreB helices were also clearly distinguishable from the punctate, "patchy" localization patterns of MreB-RFP(SW), even by standard light microscopy. The many interpretations in the literature of such punctate patterns as helices should therefore be reconsidered.
履歴
登録2017年7月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2017年8月30日-
マップ公開2017年8月30日-
更新2017年8月30日-
現状2017年8月30日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • ソリッド表示（ボリュームレンダリング）
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • ソリッド表示（ボリュームレンダリング）
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 単純化した表面モデル
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_3812.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_3812.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 984.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS SIGNED BYTE
ボクセルのサイズX=Y=Z: 9.46 Å
密度
最小 - 最大-128. - 127.
平均 (標準偏差)29.99577 (±2.205534)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ101610161000
Spacing101610161000
セルA: 9611.36 Å / B: 9611.36 Å / C: 9460.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeenvelope stored as signed bytes (from -128 lowest to 127 highest)
Å/pix. X/Y/Z9.469.469.46
M x/y/z101610161000
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z9611.3609611.3609460.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS101610161000
D min/max/mean-128.000127.00029.996

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添付データ

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追加マップ: #1

ファイルemd_3812_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: #2

ファイルemd_3812_additional_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: #3

ファイルemd_3812_additional_3.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: #4

ファイルemd_3812_additional_4.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Escherichia Coli

全体名称: Escherichia Coli (大腸菌)
要素
  • 細胞: Escherichia Coli
    • 細胞器官・細胞要素: Helical MreB Cytoskeleton

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超分子 #1: Escherichia Coli

超分子名称: Escherichia Coli / タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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超分子 #2: Helical MreB Cytoskeleton

超分子名称: Helical MreB Cytoskeleton / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 2 / 親要素: 1
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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実験情報

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構造解析

解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7 / 構成要素 - 濃度: 50.0 ug/ml / 構成要素 - 式: C16H19N3O4S / 構成要素 - 名称: Ampicillin
詳細: MC1000, MC1000/pLE6, and MC1000/pLE7 were grown in LB at 37C with 50ug/ml ampicillin when appropriate.
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
切片作成その他: NO SECTIONING

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI POLARA 300
温度最高: 123.15 K
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: FEI
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
デジタル化 - サイズ - 横: 1016 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 1016 pixel / 平均電子線量: 0.4 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成ソフトウェア - 名称: IMOD
ソフトウェア - 詳細: Tomograms were reconstructed and modelled
使用した粒子像数: 501

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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