[日本語] English
万見
- EMDB-36749: CryoEM structure of the NADP-dependent malic enzyme MaeB -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-36749
タイトルCryoEM structure of the NADP-dependent malic enzyme MaeB
マップデータ
試料
  • 複合体: NADP-dependent malic enzyme
    • タンパク質・ペプチド: NADP-dependent malic enzyme
キーワードType III secretion system / inositol phosphate phosphatase / bacteria effector / LIPID BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


malolactic enzyme activity / malate dehydrogenase (oxaloacetate-decarboxylating) (NADP+) / malate dehydrogenase (decarboxylating) (NADP+) activity / oxaloacetate decarboxylase activity / malate metabolic process / acyltransferase activity / NAD binding / manganese ion binding / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
NAD(P)-dependent malic enzyme / Malic enzyme, NAD-binding domain, bacterial type / : / Phosphate acetyltransferase, domain 2 / Phosphate acetyltransferase, domain 1 / Phosphate acetyl/butaryl transferase / Phosphate acetyl/butaryl transferase / Malic enzyme, conserved site / Malic enzymes signature. / Malic enzyme, N-terminal domain ...NAD(P)-dependent malic enzyme / Malic enzyme, NAD-binding domain, bacterial type / : / Phosphate acetyltransferase, domain 2 / Phosphate acetyltransferase, domain 1 / Phosphate acetyl/butaryl transferase / Phosphate acetyl/butaryl transferase / Malic enzyme, conserved site / Malic enzymes signature. / Malic enzyme, N-terminal domain / Malic enzyme, N-terminal domain / Malic enzyme, NAD-binding / Malic enzyme, N-terminal domain superfamily / Malic enzyme, N-terminal domain / Malic enzyme, NAD binding domain / Malic enzyme, NAD binding domain / Aminoacid dehydrogenase-like, N-terminal domain superfamily / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
NADP-dependent malic enzyme
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / Escherichia coli K-12 (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.86 Å
データ登録者Jiang WX / Cheng XQ / Wu M / Ma LX / Xing Q
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Basic Research Program of China (973 Program)2021YFC2100100 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: CryoEM structure of the NADP-dependent malic enzyme in complex with oxaloacetate
著者: Jiang WX / Cheng XQ / Wu M / Ma LX / Xing Q
履歴
登録2023年7月6日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年7月10日-
マップ公開2024年7月10日-
更新2024年7月10日-
現状2024年7月10日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_36749.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_36749.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 824 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.57 Å/pix.
x 600 pix.
= 340.002 Å		0.57 Å/pix.
x 600 pix.
= 340.002 Å		0.57 Å/pix.
x 600 pix.
= 340.002 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.56667 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0278
最小 - 最大-0.08698845 - 0.21035638
平均 (標準偏差)-0.00008268104 (±0.0066668605)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ600600600
Spacing600600600
セルA=B=C: 340.002 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_36749_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_36749_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : NADP-dependent malic enzyme

全体名称: NADP-dependent malic enzyme
要素
  • 複合体: NADP-dependent malic enzyme
    • タンパク質・ペプチド: NADP-dependent malic enzyme

-
超分子 #1: NADP-dependent malic enzyme

超分子名称: NADP-dependent malic enzyme / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)

-
分子 #1: NADP-dependent malic enzyme

分子名称: NADP-dependent malic enzyme / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
EC番号: malate dehydrogenase (oxaloacetate-decarboxylating) (NADP+)
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 82.507266 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
配列文字列: MDDQLKQSAL DFHEFPVPGK IQVSPTKPLA TQRDLALAYS PGVAAPCLEI EKDPLKAYKY TARGNLVAVI SNGTAVLGLG NIGALAGKP VMEGKGVLFK KFAGIDVFDI EVDELDPDKF IEVVAALEPT FGGINLEDIK APECFYIEQK LRERMNIPVF H DDQHGTAI ...文字列:
MDDQLKQSAL DFHEFPVPGK IQVSPTKPLA TQRDLALAYS PGVAAPCLEI EKDPLKAYKY TARGNLVAVI SNGTAVLGLG NIGALAGKP VMEGKGVLFK KFAGIDVFDI EVDELDPDKF IEVVAALEPT FGGINLEDIK APECFYIEQK LRERMNIPVF H DDQHGTAI ISTAAILNGL RVVEKNISDV RMVVSGAGAA AIACMNLLVA LGLQKHNIVV CDSKGVIYQG REPNMAETKA AY AVVDDGK RTLDDVIEGA DIFLGCSGPK VLTQEMVKKM ARAPMILALA NPEPEILPPL AKEVRPDAII CTGRSDYPNQ VNN VLCFPF IFRGALDVGA TAINEEMKLA AVRAIAELAH AEQSEVVASA YGDQDLSFGP EYIIPKPFDP RLIVKIAPAV AKAA MESGV ATRPIADFDV YIDKLTEFVY KTNLFMKPIF SQARKAPKRV VLPEGEEARV LHATQELVTL GLAKPILIGR PNVIE MRIQ KLGLQIKAGV DFEIVNNESD PRFKEYWTEY FQIMKRRGVT QEQAQRALIS NPTVIGAIMV QRGEADAMIC GTVGDY HEH FSVVKNVFGY RDGVHTAGAM NALLLPSGNT FIADTYVNDE PDAEELAEIT LMAAETVRRF GIEPRVALLS HSNFGSS DC PSSSKMRQAL ELVRERAPEL MIDGEMHGDA ALVEAIRNDR MPDSSLKGSA NILVMPNMEA ARISYNLLRV SSSEGVTV G PVLMGVAKPV HVLTPIASVR RIVNMVALAV VEAQTQPL

UniProtKB: NADP-dependent malic enzyme

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.2
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 39.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: DIFFRACTION / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.86 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 108061
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る