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- EMDB-36619: Structure of the 30S-IF3 complex from Escherichia coli -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-36619
タイトルStructure of the 30S-IF3 complex from Escherichia coli
マップデータMap of 30S-IF3 complex
試料
  • 複合体: Complex of the small ribosomal subunit (30S) and Translation initiation factor 3 (IF3) in Escherichia coli
    • 細胞器官・細胞要素: Initiation factor 3
      • タンパク質・ペプチド: x 1種
    • 細胞器官・細胞要素: 30S subunit of ribosome
      • タンパク質・ペプチド: x 20種
      • RNA: x 1種
キーワードRibosome / 30S / IF3 / Translation initiation / TRANSLATION
機能・相同性
機能・相同性情報


ribosome disassembly / ornithine decarboxylase inhibitor activity / transcription antitermination factor activity, RNA binding / misfolded RNA binding / Group I intron splicing / RNA folding / four-way junction DNA binding / translation initiation factor activity / negative regulation of translational initiation / regulation of mRNA stability ...ribosome disassembly / ornithine decarboxylase inhibitor activity / transcription antitermination factor activity, RNA binding / misfolded RNA binding / Group I intron splicing / RNA folding / four-way junction DNA binding / translation initiation factor activity / negative regulation of translational initiation / regulation of mRNA stability / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / positive regulation of RNA splicing / transcription elongation factor complex / regulation of DNA-templated transcription elongation / DNA endonuclease activity / transcription antitermination / DNA-templated transcription termination / maintenance of translational fidelity / mRNA 5'-UTR binding / ribosome biogenesis / regulation of translation / ribosome binding / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / structural constituent of ribosome / ribosome / translation / response to antibiotic / mRNA binding / RNA binding / zinc ion binding / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Translation initiation factor 3, conserved site / Initiation factor 3 signature. / Translation initiation factor 3, C-terminal / Translation initiation factor IF-3, C-terminal domain / Translation initiation factor 3 / Translation initiation factor 3, N-terminal / Translation initiation factor 3 (IF-3), N-terminal domain superfamily / Translation initiation factor 3 (IF-3), C-terminal domain superfamily / Translation initiation factor IF-3, N-terminal domain / Ribosomal protein S21, conserved site ...Translation initiation factor 3, conserved site / Initiation factor 3 signature. / Translation initiation factor 3, C-terminal / Translation initiation factor IF-3, C-terminal domain / Translation initiation factor 3 / Translation initiation factor 3, N-terminal / Translation initiation factor 3 (IF-3), N-terminal domain superfamily / Translation initiation factor 3 (IF-3), C-terminal domain superfamily / Translation initiation factor IF-3, N-terminal domain / Ribosomal protein S21, conserved site / Ribosomal protein S21 signature. / Ribosomal protein S14, bacterial/plastid / Ribosomal protein S21 superfamily / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein S16, conserved site / Ribosomal protein S16 signature. / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein S19, bacterial-type / Ribosomal protein S3, bacterial-type / Ribosomal protein S13, bacterial-type / Ribosomal protein S6, conserved site / Ribosomal protein S6 signature. / Ribosomal protein S7, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein S11, bacterial-type / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S20 superfamily / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S4, bacterial-type / 30S ribosomal protein S17 / Ribosomal protein S5, bacterial-type / Ribosomal protein S6, plastid/chloroplast / Ribosomal protein S2, bacteria/mitochondria/plastid / Ribosomal protein S9, bacterial/plastid / Ribosomal protein S18, conserved site / Ribosomal protein S18 signature. / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 domain superfamily / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S15, bacterial-type / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S6 superfamily / Ribosomal protein S12, bacterial-type / Translation elongation factor EF1B/ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S18 / Ribosomal protein S18 / Ribosomal protein S18 superfamily / K Homology domain / K homology RNA-binding domain / Ribosomal protein S2 signature 2. / Ribosomal protein S3, conserved site / Ribosomal protein S3 signature. / Ribosomal protein S10, conserved site / Ribosomal protein S10 signature. / Ribosomal protein S14, conserved site / Ribosomal protein S14 signature. / Ribosomal protein S2 signature 1. / KH domain / Type-2 KH domain profile. / K Homology domain, type 2 / Ribosomal protein S3, C-terminal / Ribosomal protein S3, C-terminal domain / Ribosomal protein S3, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein S15/S19, conserved site / Ribosomal protein S19 signature. / Ribosomal protein S10 / Ribosomal protein S19/S15 / Ribosomal protein S19/S15, superfamily / Ribosomal protein S19 / Ribosomal protein S5, N-terminal, conserved site / Ribosomal protein S5 signature. / : / Ribosomal protein S2, conserved site / Ribosomal protein S7, conserved site / Ribosomal protein S7 signature. / Ribosomal protein S2 / Ribosomal protein S2, flavodoxin-like domain superfamily / Ribosomal protein S2 / Ribosomal protein S17, conserved site / Ribosomal protein S17 signature. / K homology domain superfamily, prokaryotic type / Ribosomal protein S5 / S5 double stranded RNA-binding domain profile. / Ribosomal protein S5, N-terminal / Ribosomal protein S5, C-terminal / Ribosomal protein S5, N-terminal domain / Ribosomal protein S13, conserved site / Ribosomal protein S13 signature. / Ribosomal protein S5, C-terminal domain / Ribosomal protein S13 / 30s ribosomal protein S13, C-terminal / Ribosomal protein S13/S18 / Ribosomal protein S13 family profile. / Ribosomal protein S8 signature. / Ribosomal protein S4/S9 N-terminal domain / Ribosomal protein S4, conserved site / Ribosomal protein S15 signature. / Ribosomal protein S4 signature. / Ribosomal protein S4/S9 N-terminal domain / Ribosomal protein S4/S9, N-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
Translation initiation factor IF-3 / Small ribosomal subunit protein bS6 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein bS16 / Small ribosomal subunit protein bS18 / Small ribosomal subunit protein uS19 ...Translation initiation factor IF-3 / Small ribosomal subunit protein bS6 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein bS16 / Small ribosomal subunit protein bS18 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Small ribosomal subunit protein bS20 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Small ribosomal subunit protein bS21
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.6 Å
データ登録者Uday AB / Mishra RK / Hussain T
資金援助 英国, 1件
OrganizationGrant number国
Wellcome Trust 英国
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2025
タイトル: Initiation factor 3 bound to the 30S ribosomal subunit in an initial step of translation.
著者: Adwaith B Uday / Rishi Kumar Mishra / Tanweer Hussain /
要旨: Bacterial ribosomes require three initiation factors IF1, IF2, and IF3 during the initial steps of translation. These IFs ensure correct base pairing of the initiator tRNA anticodon with the start ...Bacterial ribosomes require three initiation factors IF1, IF2, and IF3 during the initial steps of translation. These IFs ensure correct base pairing of the initiator tRNA anticodon with the start codon in the mRNA located at the P-site of the 30S ribosomal subunit. IF3 is one of the first IFs to bind to the 30S and plays a crucial role in the selection of the correct start codon and codon: anticodon base pairing. IF3 also prevents the premature association of the 50S subunit of ribosomes and aids in ribosome recycling. IF3 is reported to change binding sites and conformation to ensure translation initiation fidelity. A recent study suggested an initial binding of IF3 CTD away from the P-site and that IF1 and IF2 promote the movement of CTD to the P-site and concomitant movement of NTD. Hence, to visualize the position of IF3 in the absence of any other IFs, we determined cryo-EM structure of the 30S-IF3 complex. The map shows that IF3 is present in an extended conformation with CTD present at the P-site and NTD near the platform even in the absence of IF1 and IF2. Hence, IF3 CTD binds at the P-site and moves away during the accommodation of the initiator tRNA at the P-site in the later steps of translation initiation. Overall, we report the structure of 30S-IF3 which demystifies the starting binding site and conformation of IF3 on the 30S ribosomal subunit.
履歴
登録2023年6月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年2月21日-
マップ公開2024年2月21日-
更新2024年12月18日-
現状2024年12月18日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_36619.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Map of 30S-IF3 complex
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.2 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.00126
最小 - 最大-0.0020409403 - 0.02380403
平均 (標準偏差)0.00007340581 (±0.0014702815)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 384.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Complex of the small ribosomal subunit (30S) and Translation init...

全体名称: Complex of the small ribosomal subunit (30S) and Translation initiation factor 3 (IF3) in Escherichia coli
要素
  • 複合体: Complex of the small ribosomal subunit (30S) and Translation initiation factor 3 (IF3) in Escherichia coli
    • 細胞器官・細胞要素: Initiation factor 3
      • タンパク質・ペプチド: Translation initiation factor IF-3
    • 細胞器官・細胞要素: 30S subunit of ribosome
      • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein bS18
      • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein bS21
      • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein bS20
      • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein uS17
      • RNA: 16S ribosomal RNA
      • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein uS5
      • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein uS4
      • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein bS6, non-modified isoform
      • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein uS8
      • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein uS11
      • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein uS12
      • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein uS15
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S16
      • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein uS3
      • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein uS7
      • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein uS9
      • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein uS10
      • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein uS13
      • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein uS14
      • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein uS19
      • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein uS2

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超分子 #1: Complex of the small ribosomal subunit (30S) and Translation init...

超分子名称: Complex of the small ribosomal subunit (30S) and Translation initiation factor 3 (IF3) in Escherichia coli
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#22
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 850 KDa

+
超分子 #2: Initiation factor 3

超分子名称: Initiation factor 3 / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #4
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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超分子 #3: 30S subunit of ribosome

超分子名称: 30S subunit of ribosome / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#3, #5-#22

+
分子 #1: Small ribosomal subunit protein bS18

分子名称: Small ribosomal subunit protein bS18 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 8.746147 KDa
配列文字列:
ARYFRRRKFC RFTAEGVQEI DYKDIATLKN YITESGKIVP SRITGTRAKY QRQLARAIKR ARYLSLLPYT DRH

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein bS18

+
分子 #2: Small ribosomal subunit protein bS21

分子名称: Small ribosomal subunit protein bS21 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 6.263326 KDa
配列文字列:
PVIKVRENEP FDVALRRFKR SCEKAGVLAE VRRREFYEKP TTERKRAKAS AVK

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein bS21

+
分子 #3: Small ribosomal subunit protein bS20

分子名称: Small ribosomal subunit protein bS20 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 9.577268 KDa
配列文字列:
ANIKSAKKRA IQSEKARKHN ASRRSMMRTF IKKVYAAIEA GDKAAAQKAF NEMQPIVDRQ AAKGLIHKNK AARHKANLTA QINKLA

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein bS20

+
分子 #4: Translation initiation factor IF-3

分子名称: Translation initiation factor IF-3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 20.600994 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
MKGGKRVQTA RPNRINGEIR AQEVRLTGLE GEQLGIVSLR EALEKAEEAG VDLVEISPNA EPPVCRIMDY GKFLYEKSKS SKEQKKKQK VIQVKEIKFR PGTDEGDYQV KLRSLIRFLE EGDKAKITLR FRGREMAHQQ IGMEVLNRVK DDLQELAVVE S FPTKIEGR QMIMVLAPKK KQ

UniProtKB: Translation initiation factor IF-3

+
分子 #5: Small ribosomal subunit protein uS17

分子名称: Small ribosomal subunit protein uS17 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 9.480138 KDa
配列文字列:
TDKIRTLQGR VVSDKMEKSI VVAIERFVKH PIYGKFIKRT TKLHVHDENN ECGIGDVVEI RECRPLSKTK SWTLVRVVEK AV

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS17

+
分子 #7: Small ribosomal subunit protein uS5

分子名称: Small ribosomal subunit protein uS5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 16.641217 KDa
配列文字列:
AHIEKQAGEL QEKLIAVNRV SKTVKGGRIF SFTALTVVGD GNGRVGFGYG KAREVPAAIQ KAMEKARRNM INVALNNGTL QHPVKGVHT GSRVFMQPAS EGTGIIAGGA MRAVLEVAGV HNVLAKAYGS TNPINVVRAT IDGLENMNSP EMVAAKRGK

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS5

+
分子 #8: Small ribosomal subunit protein uS4

分子名称: Small ribosomal subunit protein uS4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 23.383002 KDa
配列文字列: ARYLGPKLKL SRREGTDLFL KSGVRAIDTK CKIEQAPGQH GARKPRLSDY GVQLREKQKV RRIYGVLERQ FRNYYKEAAR LKGNTGENL LALLEGRLDN VVYRMGFGAT RAEARQLVSH KAIMVNGRVV NIASYQVSPN DVVSIREKAK KQSRVKAALE L AEQREKPT ...文字列:
ARYLGPKLKL SRREGTDLFL KSGVRAIDTK CKIEQAPGQH GARKPRLSDY GVQLREKQKV RRIYGVLERQ FRNYYKEAAR LKGNTGENL LALLEGRLDN VVYRMGFGAT RAEARQLVSH KAIMVNGRVV NIASYQVSPN DVVSIREKAK KQSRVKAALE L AEQREKPT WLEVDAGKME GTFKRKPERS DLSADINEHL IVELYSK

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS4

+
分子 #9: Small ribosomal subunit protein bS6, non-modified isoform

分子名称: Small ribosomal subunit protein bS6, non-modified isoform
タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 11.669371 KDa
配列文字列:
MRHYEIVFMV HPDQSEQVPG MIERYTAAIT GAEGKIHRLE DWGRRQLAYP INKLHKAHYV LMNVEAPQEV IDELETTFRF NDAVIRSMV MRTKHAVTEA S

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein bS6

+
分子 #10: Small ribosomal subunit protein uS8

分子名称: Small ribosomal subunit protein uS8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 14.015361 KDa
配列文字列:
SMQDPIADML TRIRNGQAAN KAAVTMPSSK LKVAIANVLK EEGFIEDFKV EGDTKPELEL TLKYFQGKAV VESIQRVSRP GLRIYKRKD ELPKVMAGLG IAVVSTSKGV MTDRAARQAG LGGEIICYVA

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS8

+
分子 #11: Small ribosomal subunit protein uS11

分子名称: Small ribosomal subunit protein uS11 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 13.739778 KDa
配列文字列:
AKAPIRARKR VRKQVSDGVA HIHASFNNTI VTITDRQGNA LGWATAGGSG FRGSRKSTPF AAQVAAERCA DAVKEYGIKN LEVMVKGPG PGRESTIRAL NAAGFRITNI TDVTPIPHNG CRPPKKRRV

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS11

+
分子 #12: Small ribosomal subunit protein uS12

分子名称: Small ribosomal subunit protein uS12 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 13.636961 KDa
配列文字列:
ATVNQLVRKP RARKVAKSNV PALEACPQKR GVCTRVYTTT PKKPNSALRK VCRVRLTNGF EVTSYIGGEG HNLQEHSVIL IRGGRVKDL PGVRYHTVRG ALDCSGVKDR KQARSKYGVK RPKA

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS12

+
分子 #13: Small ribosomal subunit protein uS15

分子名称: Small ribosomal subunit protein uS15 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 10.159621 KDa
配列文字列:
SLSTEATAKI VSEFGRDAND TGSTEVQVAL LTAQINHLQG HFAEHKKDHH SRRGLLRMVS QRRKLLDYLK RKDVARYTQL IERLGLRR

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS15

+
分子 #14: 30S ribosomal protein S16

分子名称: 30S ribosomal protein S16 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 9.207572 KDa
配列文字列:
MVTIRLARHG AKKRPFYQVV VADSRNARNG RFIERVGFFN PIASEKEEGT RLDLDRIAHW VGQGATISDR VAALIKEVNK AA

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein bS16

+
分子 #15: Small ribosomal subunit protein uS3

分子名称: Small ribosomal subunit protein uS3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 23.078785 KDa
配列文字列: GQKVHPNGIR LGIVKPWNST WFANTKEFAD NLDSDFKVRQ YLTKELAKAS VSRIVIERPA KSIRVTIHTA RPGIVIGKKG EDVEKLRKV VADIAGVPAQ INIAEVRKPE LDAKLVADSI TSQLERRVMF RRAMKRAVQN AMRLGAKGIK VEVSGRLGGA E IARTEWYR ...文字列:
GQKVHPNGIR LGIVKPWNST WFANTKEFAD NLDSDFKVRQ YLTKELAKAS VSRIVIERPA KSIRVTIHTA RPGIVIGKKG EDVEKLRKV VADIAGVPAQ INIAEVRKPE LDAKLVADSI TSQLERRVMF RRAMKRAVQN AMRLGAKGIK VEVSGRLGGA E IARTEWYR EGRVPLHTLR ADIDYNTSEA HTTYGVIGVK VWIFKGEI

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS3

+
分子 #16: Small ribosomal subunit protein uS7

分子名称: Small ribosomal subunit protein uS7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 16.861523 KDa
配列文字列:
PRRRVIGQRK ILPDPKFGSE LLAKFVNILM VDGKKSTAES IVYSALETLA QRSGKSELEA FEVALENVRP TVEVKSRRVG GSTYQVPVE VRPVRRNALA MRWIVEAARK RGDKSMALRL ANELSDAAEN KGTAVKKRED VHRMAEANKA FA

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS7

+
分子 #17: Small ribosomal subunit protein uS9

分子名称: Small ribosomal subunit protein uS9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 14.755074 KDa
配列文字列:
AENQYYGTGR RKSSAARVFI KPGNGKIVIN QRSLEQYFGR ETARMVVRQP LELVDMVEKL DLYITVKGGG ISGQAGAIRH GITRALMEY DESLRSELRK AGFVTRDARQ VERKKVGLRK ARRRPQFSKR

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS9

+
分子 #18: Small ribosomal subunit protein uS10

分子名称: Small ribosomal subunit protein uS10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 11.698545 KDa
配列文字列:
MQNQRIRIRL KAFDHRLIDQ ATAEIVETAK RTGAQVRGPI PLPTRKERFT VLISPHVNKD ARDQYEIRTH LRLVDIVEPT EKTVDALMR LDLAAGVDVQ ISL

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS10

+
分子 #19: Small ribosomal subunit protein uS13

分子名称: Small ribosomal subunit protein uS13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 12.625753 KDa
配列文字列:
ARIAGINIPD HKHAVIALTS IYGVGKTRSK AILAAAGIAE DVKISELSEG QIDTLRDEVA KFVVEGDLRR EISMSIKRLM DLGCYRGLR HRRGLPVRGQ RTKTNARTRK GPRKP

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS13

+
分子 #20: Small ribosomal subunit protein uS14

分子名称: Small ribosomal subunit protein uS14 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 11.475364 KDa
配列文字列:
AKQSMKAREV KRVALADKYF AKRAELKAII SDVNASDEDR WNAVLKLQTL PRDSSPSRQR NRCRQTGRPH GFLRKFGLSR IKVREAAMR GEIPGLKKAS W

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS14

+
分子 #21: Small ribosomal subunit protein uS19

分子名称: Small ribosomal subunit protein uS19 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 9.15474 KDa
配列文字列:
PRSLKKGPFI DLHLLKKVEK AVESGDKKPL RTWSRRSTIF PNMIGLTIAV HNGRQHVPVF VTDEMVGHKL GEFAPTRTYR

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS19

+
分子 #22: Small ribosomal subunit protein uS2

分子名称: Small ribosomal subunit protein uS2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 25.015816 KDa
配列文字列: ATVSMRDMLK AGVHFGHQTR YWNPKMKPFI FGARNKVHII NLEKTVPMFN EALAELNKIA SRKGKILFVG TKRAASEAVK DAALSCDQF FVNHRWLGGM LTNWKTVRQS IKRLKDLETQ SQDGTFDKLT KKEALMRTRE LEKLENSLGG IKDMGGLPDA L FVIDADHE ...文字列:
ATVSMRDMLK AGVHFGHQTR YWNPKMKPFI FGARNKVHII NLEKTVPMFN EALAELNKIA SRKGKILFVG TKRAASEAVK DAALSCDQF FVNHRWLGGM LTNWKTVRQS IKRLKDLETQ SQDGTFDKLT KKEALMRTRE LEKLENSLGG IKDMGGLPDA L FVIDADHE HIAIKEANNL GIPVFAIVDT NSDPDGVDFV IPGNDDAIRA VTLYLGAVAA TVREGRS

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS2

+
分子 #6: 16S ribosomal RNA

分子名称: 16S ribosomal RNA / タイプ: rna / ID: 6 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 499.077625 KDa
配列文字列: AAAUUGAAGA GUUUGAUCAU GGCUCAGAUU GAACGCUGGC GGCAGGCCUA ACACAUGCAA GUCGAACGGU AACAGGAAGA AGCUUGCUU CUUUGCUGAC GAGUGGCGGA CGGGUGAGUA AUGUCUGGGA AACUGCCUGA UGGAGGGGGA UAACUACUGG A AACGGUAG ...文字列:
AAAUUGAAGA GUUUGAUCAU GGCUCAGAUU GAACGCUGGC GGCAGGCCUA ACACAUGCAA GUCGAACGGU AACAGGAAGA AGCUUGCUU CUUUGCUGAC GAGUGGCGGA CGGGUGAGUA AUGUCUGGGA AACUGCCUGA UGGAGGGGGA UAACUACUGG A AACGGUAG CUAAUACCGC AUAACGUCGC AAGACCAAAG AGGGGGACCU UCGGGCCUCU UGCCAUCGGA UGUGCCCAGA UG GGAUUAG CUAGUAGGUG GGGUAACGGC UCACCUAGGC GACGAUCCCU AGCUGGUCUG AGAGGAUGAC CAGCCACACU GGA ACUGAG ACACGGUCCA GACUCCUACG GGAGGCAGCA GUGGGGAAUA UUGCACAAUG GGCGCAAGCC UGAUGCAGCC AUGC CGCGU GUAUGAAGAA GGCCUUCGGG UUGUAAAGUA CUUUCAGCGG GGAGGAAGGG AGUAAAGUUA AUACCUUUGC UCAUU GACG UUACCCGCAG AAGAAGCACC GGCUAACUCC GUGCCAGCAG CCGCGGUAAU ACGGAGGGUG CAAGCGUUAA UCGGAA UUA CUGGGCGUAA AGCGCACGCA GGCGGUUUGU UAAGUCAGAU GUGAAAUCCC CGGGCUCAAC CUGGGAACUG CAUCUGA UA CUGGCAAGCU UGAGUCUCGU AGAGGGGGGU AGAAUUCCAG GUGUAGCGGU GAAAUGCGUA GAGAUCUGGA GGAAUACC G GUGGCGAAGG CGGCCCCCUG GACGAAGACU GACGCUCAGG UGCGAAAGCG UGGGGAGCAA ACAGGAUUAG AUACCCUGG UAGUCCACGC CGUAAACGAU GUCGACUUGG AGGUUGUGCC CUUGAGGCGU GGCUUCCGGA GCUAACGCGU UAAGUCGACC GCCUGGGGA GUACGGCCGC AAGGUUAAAA CUCAAAUGAA AUGACGGGGG CCCGCACAAG CGGUGGAGCA UGUGGUUUAA U UCGAUGCA ACGCGAAGAA CCUUACCUGG UCUUGACAUC CACGGAAGUU UUCAGAGAUG AGAAUGUGCC UUCGGGAACC GU GAGACAG GUGCUGCAUG GCUGUCGUCA GCUCGUGUUG UGAAAUGUUG GGUUAAGUCC CGCAACGAGC GCAACCCUUA UCC UUUGUU GCCAGCGGUC CGGCCGGGAA CUCAAAGGAG ACUGCCAGUG AUAAACUGGA GGAAGGUGGG GAUGACGUCA AGUC AUCAU GGCCCUUACG ACCAGGGCUA CACACGUGCU ACAAUGGCGC AUACAAAGAG AAGCGACCUC GCGAGAGCAA GCGGA CCUC AUAAAGUGCG UCGUAGUCCG GAUUGGAGUC UGCAACUCGA CUCCAUGAAG UCGGAAUCGC UAGUAAUCGU GGAUCA GAA UGCCACGGUG AAUACGUUCC CGGGCCUUGU ACACACCGCC CGUCACACCA UGGGAGUGGG UUGCAAAAGA AGUAGGU AG CUUAACCUUC GGGAGGGCGC UUACCACUUU GUGAUUCAUG ACUGGGGUGA AGUCGUAACA AGGUAACCGU AGGGGAAC C UGCGGUUGGA UCACCUCCU

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
5.0 mMC8H19KN2O5SHEPES-KOH
10.0 mMMg(CH3COO)2Magnesium acetate
50.0 mMKClPottasium chloride
10.0 mMNH4ClAmmonium chloride
6.0 mMC2H6OSBeta-mercaptoethanol
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 4564 / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 倍率（公称値）: 45000
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

6o7k

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 145664
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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