+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-34379 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Cryo-EM structure of human CEPT1 | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
| |||||||||
キーワード | CEPT1 / choline/ethanolamine phosphotransferase / LIPID BINDING PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ethanolaminephosphotransferase / 1-alkenyl-2-acylglycerol choline phosphotransferase / 1-alkenyl-2-acylglycerol choline phosphotransferase activity / diacylglycerol cholinephosphotransferase / diacylglycerol cholinephosphotransferase activity / ethanolaminephosphotransferase activity / Synthesis of PE / phosphatidylethanolamine biosynthetic process / phosphatidylcholine biosynthetic process / Synthesis of PC ...ethanolaminephosphotransferase / 1-alkenyl-2-acylglycerol choline phosphotransferase / 1-alkenyl-2-acylglycerol choline phosphotransferase activity / diacylglycerol cholinephosphotransferase / diacylglycerol cholinephosphotransferase activity / ethanolaminephosphotransferase activity / Synthesis of PE / phosphatidylethanolamine biosynthetic process / phosphatidylcholine biosynthetic process / Synthesis of PC / lipid metabolic process / nuclear membrane / endoplasmic reticulum membrane / Golgi apparatus / membrane / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å | |||||||||
データ登録者 | Qian HW / Wang ZH | |||||||||
資金援助 | 中国, 1件
| |||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023 タイトル: Structural basis for catalysis of human choline/ethanolamine phosphotransferase 1. 著者: Zhenhua Wang / Meng Yang / Yufan Yang / Yonglin He / Hongwu Qian / 要旨: Phosphatidylcholine (PC) and phosphatidylethanolamine (PE) are two primary components of the eukaryotic membrane and play essential roles in the maintenance of membrane integrity, lipid droplet ...Phosphatidylcholine (PC) and phosphatidylethanolamine (PE) are two primary components of the eukaryotic membrane and play essential roles in the maintenance of membrane integrity, lipid droplet biogenesis, autophagosome formation, and lipoprotein formation and secretion. Choline/ethanolamine phosphotransferase 1 (CEPT1) catalyzes the last step of the biosynthesis of PC and PE in the Kennedy pathway by transferring the substituted phosphate group from CDP-choline/ethanolamine to diacylglycerol. Here, we present the cryo-EM structures of human CEPT1 and its complex with CDP-choline at resolutions of 3.7 Å and 3.8 Å, respectively. CEPT1 is a dimer with 10 transmembrane segments (TMs) in each protomer. TMs 1-6 constitute a conserved catalytic domain with an interior hydrophobic chamber accommodating a PC-like density. Structural observations and biochemical characterizations suggest that the hydrophobic chamber coordinates the acyl tails during the catalytic process. The PC-like density disappears in the structure of the complex with CDP-choline, suggesting a potential substrate-triggered product release mechanism. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
添付画像 |
---|
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_34379.map.gz | 28.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-34379-v30.xml emd-34379.xml | 13.8 KB 13.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_34379.png | 61.6 KB | ||
Filedesc metadata | emd-34379.cif.gz | 5.4 KB | ||
その他 | emd_34379_half_map_1.map.gz emd_34379_half_map_2.map.gz | 27.8 MB 27.8 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-34379 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-34379 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_34379_validation.pdf.gz | 753.6 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | emd_34379_full_validation.pdf.gz | 753.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_34379_validation.xml.gz | 10.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_34379_validation.cif.gz | 12.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-34379 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-34379 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8gyxMC 8gywC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_34379.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.07 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
|
-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_34379_half_map_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_34379_half_map_2.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Choline/ethanolaminephosphotransferase 1 complexed with PC
全体 | 名称: Choline/ethanolaminephosphotransferase 1 complexed with PC |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: Choline/ethanolaminephosphotransferase 1 complexed with PC
超分子 | 名称: Choline/ethanolaminephosphotransferase 1 complexed with PC タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: Choline/ethanolaminephosphotransferase 1
分子 | 名称: Choline/ethanolaminephosphotransferase 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ethanolaminephosphotransferase |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 42.69509 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: TGCVLNKLFQ LPTPPLSRHQ LKRLEEHRYQ SAGRSLLEPL MQGYWEWLVR RVPSWIAPNL ITIIGLSINI CTTILLVFYC PTATEQAPL WAYIACACGL FIYQSLDAID GKQARRTNSS SPLGELFDHG CDSLSTVFVV LGTCIAVQLG TNPDWMFFCC F AGTFMFYC ...文字列: TGCVLNKLFQ LPTPPLSRHQ LKRLEEHRYQ SAGRSLLEPL MQGYWEWLVR RVPSWIAPNL ITIIGLSINI CTTILLVFYC PTATEQAPL WAYIACACGL FIYQSLDAID GKQARRTNSS SPLGELFDHG CDSLSTVFVV LGTCIAVQLG TNPDWMFFCC F AGTFMFYC AHWQTYVSGT LRFGIIDVTE VQIFIIIMHL LAVIGGPPFW QSMIPVLNIQ MKIFPALCTV AGTIFSCTNY FR VIFTGGV GKNGSTIAGT SVLSPFLHIG SVITLAAMIY KKSAVQLFEK HPCLYILTFG FVSAKITNKL VVAHMTKSEM HLH DTAFIG PALLFLDQYF NSFIDEYIVL WIALVFSFFD LIRYCVSVCN QIASHLHIHV FRIK UniProtKB: Choline/ethanolaminephosphotransferase 1 |
-分子 #2: (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(tri...
分子 | 名称: (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 2 / 式: POV |
---|---|
分子量 | 理論値: 760.076 Da |
Chemical component information | ChemComp-POV: |
-分子 #3: MAGNESIUM ION
分子 | 名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 4 / 式: MG |
---|---|
分子量 | 理論値: 24.305 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 15 mg/mL |
---|---|
緩衝液 | pH: 8 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: NONE |
---|---|
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 851097 |
初期 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |
最終 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |