EMDB-33707: Apoferritin structure at 1.46 angstrom resolution by CryoARM300 e...

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登録情報

データベース: EMDB / ID: EMD-33707

タイトル

Apoferritin structure at 1.46 angstrom resolution by CryoARM300 equipped with Apollo

マップデータ

試料

複合体: Apoferritin
- タンパク質・ペプチド: Apoferritin

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 1.47 Å

データ登録者

Bammes B / Spilman M / Sakamoto M / Fukumura T / Konyuba Y / Okunishi E

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Apoferritin structure at 1.46 angstrom resolution by CryoARM300 equipped with Apollo
著者: Bammes B / Spilman M / Sakamoto M / Fukumura T / Konyuba Y / Okunishi E

履歴

登録	2022年6月27日	-
ヘッダ(付随情報) 公開	2022年7月20日	-
マップ公開	2022年7月20日	-
更新	2022年7月20日	-
現状	2022年7月20日	処理サイト: PDBj / 状態: 公開

添付画像	emd_33707.png

-
EMDBアーカイブ

マップデータ	emd_33707.map.gz	17.5 MB		EMDBマップデータ形式
ヘッダ (付随情報)	emd-33707-v30.xml emd-33707.xml	15.3 KB 15.3 KB	表示表示	EMDBヘッダ
FSC (解像度算出)	emd_33707_fsc.xml	10.1 KB	表示	FSCデータファイル
画像	emd_33707.png	307.9 KB
マスクデータ	emd_33707_msk_1.map	91.1 MB		マスクマップ
その他	emd_33707_half_map_1.map.gz emd_33707_half_map_2.map.gz	66.8 MB 66.8 MB
アーカイブディレクトリ	http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-33707 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-33707	HTTPS FTP

-
検証レポート

文書・要旨	emd_33707_validation.pdf.gz	550.7 KB	表示	EMDB検証レポート
文書・詳細版	emd_33707_full_validation.pdf.gz	550.2 KB	表示
XML形式データ	emd_33707_validation.xml.gz	17.6 KB	表示
CIF形式データ	emd_33707_validation.cif.gz	21.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-33707 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-33707	HTTPS FTP

-
関連構造データ

電子顕微鏡画像生データ	EMPIAR-11101 (タイトル: Apoferritin structure at 1.46 angstrom resolution by CryoARM300II equipped with Apollo Data size: 1.1 TB Data #1: Apoferritin structure at 1.46 angstrom resolution by CryoARM300II equipped with Apollo [micrographs - multiframe])

-
リンク

EMDBのページ	EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource

ファイル

ダウンロード / ファイル: emd_33707.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 91.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)

投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他	反転上下逆

軸	Z (Sec.)	Y (Row.)	X (Col.)
	0.7 Å/pix. x 288 pix. = 200.88 Å	0.7 Å/pix. x 288 pix. = 200.88 Å	0.7 Å/pix. x 288 pix. = 200.88 Å
表面
投影像
断面 (1/3)
断面 (1/2)
断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズ

X=Y=Z: 0.6975 Å

密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

表面レベル	登録者による: 0.0462
最小 - 最大	-0.19332832 - 0.46937612
平均 (標準偏差)	0.00032839997 (±0.01352399)

対称性

空間群: 1

詳細

-
マスク #1

ファイル

emd_33707_msk_1.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイル

emd_33707_half_map_1.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイル

emd_33707_half_map_2.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
全体 : Apoferritin

全体	名称: Apoferritin
要素	複合体: Apoferritin タンパク質・ペプチド: Apoferritin

-
超分子 #1: Apoferritin

超分子	名称: Apoferritin / タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)	生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
組換発現	生物種: Escherichia coli (大腸菌)

-
分子 #1: Apoferritin

分子	名称: Apoferritin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)	生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
組換発現	生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列	文字列: MTTASPSQVR QNYHQDAEAA INRQINLELY ASYVYLSMSC YFDRDDVALK NFAKYFLHQS HEEREHAEKL MKLQNQRGGR IFLQDIKKPD RDDWESGLNA MECALHLEKS VNQSLLELHK LATDKNDPHL CDFIETYYLS EQVKSIKELG DHVTNLRKMG APEAGMAEYL FDKHTLGHGD ES

-
構造解析

手法	クライオ電子顕微鏡法
解析	単粒子再構成法
試料の集合状態	particle

-
試料調製

濃度

10 mg/mL

緩衝液

pH: 7.5
構成要素:

濃度	式	名称
20.0 mM	HEPES	N-2-hydroxyethylpiperazine-N'-2-ethanesulfonic acid
150.0 mM	NaCl	Sodium Chloride

グリッド

モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY

凍結

凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 80 % / チャンバー内温度: 293 K / 装置: LEICA EM GP

-
電子顕微鏡法

顕微鏡	JEOL CRYO ARM 300
撮影	フィルム・検出器のモデル: OTHER / 平均電子線量: 30.0 e/Å²
電子線	加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系	C2レンズ絞り径: 20.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大デフォーカス（公称値）: 1.2 µm / 最小デフォーカス（公称値）: 0.9 µm
試料ステージ	試料ホルダーモデル: JEOL CRYOSPECPORTER / ホルダー冷却材: NITROGEN

+
画像解析

詳細	Apollo
粒子像選択	選択した数: 1412541
CTF補正	ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 4.1)
最終再構成	想定した対称性 - 点群: O (正8面体型対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 1.47 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 821926
初期角度割当	タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終角度割当	タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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