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- EMDB-32531: Cryo-EM structure of prenyltransferase domain of Macrophoma phase... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-32531
タイトルCryo-EM structure of prenyltransferase domain of Macrophoma phaseolina macrophomene synthase at 3.17 angstrom resolution
マップデータ
試料
  • 細胞器官・細胞要素: macrophomene synthase
    • タンパク質・ペプチド: macrophomene synthase
機能・相同性
機能・相同性情報


hexaprenyl diphosphate synthase (prenyl-diphosphate specific) / macrophomene synthase / alcohol biosynthetic process / mycotoxin biosynthetic process / ketone biosynthetic process / prenyltransferase activity / isoprenoid biosynthetic process / lyase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Terpene synthase family 2, C-terminal metal binding / Polyprenyl synthases signature 1. / Polyprenyl synthetase, conserved site / Polyprenyl synthetase / Polyprenyl synthetase / Isoprenoid synthase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Macrophomene synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Macrophomina phaseolina MS6 (菌類)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.17 Å
データ登録者Adachi N / Mori T / Senda T / Abe I
資金援助 日本, 1件
OrganizationGrant number国
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP20am0101071 日本
引用ジャーナル: Nature / 年: 2022
タイトル: Discovery of non-squalene triterpenes.
著者: Hui Tao / Lukas Lauterbach / Guangkai Bian / Rong Chen / Anwei Hou / Takahiro Mori / Shu Cheng / Ben Hu / Li Lu / Xin Mu / Min Li / Naruhiko Adachi / Masato Kawasaki / Toshio Moriya / Toshiya ...著者: Hui Tao / Lukas Lauterbach / Guangkai Bian / Rong Chen / Anwei Hou / Takahiro Mori / Shu Cheng / Ben Hu / Li Lu / Xin Mu / Min Li / Naruhiko Adachi / Masato Kawasaki / Toshio Moriya / Toshiya Senda / Xinghuan Wang / Zixin Deng / Ikuro Abe / Jeroen S Dickschat / Tiangang Liu /
要旨: All known triterpenes are generated by triterpene synthases (TrTSs) from squalene or oxidosqualene. This approach is fundamentally different from the biosynthesis of short-chain (C-C) terpenes that ...All known triterpenes are generated by triterpene synthases (TrTSs) from squalene or oxidosqualene. This approach is fundamentally different from the biosynthesis of short-chain (C-C) terpenes that are formed from polyisoprenyl diphosphates. In this study, two fungal chimeric class I TrTSs, Talaromyces verruculosus talaropentaene synthase (TvTS) and Macrophomina phaseolina macrophomene synthase (MpMS), were characterized. Both enzymes use dimethylallyl diphosphate and isopentenyl diphosphate or hexaprenyl diphosphate as substrates, representing the first examples, to our knowledge, of non-squalene-dependent triterpene biosynthesis. The cyclization mechanisms of TvTS and MpMS and the absolute configurations of their products were investigated in isotopic labelling experiments. Structural analyses of the terpene cyclase domain of TvTS and full-length MpMS provide detailed insights into their catalytic mechanisms. An AlphaFold2-based screening platform was developed to mine a third TrTS, Colletotrichum gloeosporioides colleterpenol synthase (CgCS). Our findings identify a new enzymatic mechanism for the biosynthesis of triterpenes and enhance understanding of terpene biosynthesis in nature.
履歴
登録2022年1月3日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年6月22日-
マップ公開2022年6月22日-
更新2022年6月22日-
現状2022年6月22日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_32531.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_32531.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.88 Å/pix.
x 400 pix.
= 352. Å		0.88 Å/pix.
x 400 pix.
= 352. Å		0.88 Å/pix.
x 400 pix.
= 352. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.88 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.079
最小 - 最大-0.25225127 - 0.4510748
平均 (標準偏差)-1.962123e-05 (±0.007587826)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 352.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_32531_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_32531_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_32531_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : macrophomene synthase

全体名称: macrophomene synthase
要素
  • 細胞器官・細胞要素: macrophomene synthase
    • タンパク質・ペプチド: macrophomene synthase

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超分子 #1: macrophomene synthase

超分子名称: macrophomene synthase / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / 詳細: homo hexamer
由来(天然)生物種: Macrophomina phaseolina MS6 (菌類)
分子量理論値: 480 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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分子 #1: macrophomene synthase

分子名称: macrophomene synthase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
配列文字列: MCNTKCYNTL AKMTVITEPA MEYMYSVPLD ESEYDKCGFC QDPRYRPRRH KDQHLARAGS AKAKELCEA LIGVYPRPTC ESAVGHSIAL VMPECMPGRV EAMGEFMESI FYMDNIAESG S QQDTGNLG TEWANDMETG PTTSVNSNTG AKQVMAKLAL QLLSIDPVCA ...文字列:
MCNTKCYNTL AKMTVITEPA MEYMYSVPLD ESEYDKCGFC QDPRYRPRRH KDQHLARAGS AKAKELCEA LIGVYPRPTC ESAVGHSIAL VMPECMPGRV EAMGEFMESI FYMDNIAESG S QQDTGNLG TEWANDMETG PTTSVNSNTG AKQVMAKLAL QLLSIDPVCA GNVMKAWKEW AA GFAKPRR FDSIEQYIDY RLVDSGAIVA VHLMNFGMGL DISVEELREV SDIVNHAGKA LSY QNDFFS FNYEHDMFVK LPDSIGIANA VFVLAETEGL SLAEAKERVK ELAKEHEDAV LRLK DEVES KVSYKLRICL EGLVDMVVGN LVWSASCDRY SSYRREKHQM ELPIRIQGPP TPPQE PVYE KATLPNGKQL DAPTESSGKD LSDGVATLSG DEPVLGDEIV SAPIKYLESL PSKGFR EAI IDGMNGWLNL PARSVSIIKD VVKHIHTASL LCDDIEDSSP LRRGQPSAHI IFGVSQT VN STSYLWTLAI DRLSELSSPK SLRIFIDEVR KMQIGQSFDL HWTAALQCPS EEEYLSMI D MKTGGLFHLL IRLMIAESPR KVDMDFSGLV SMTGRYFQIR DDLSNLTSEE YENQKGYCE DLDEGKYSLP LIHALKHTKN KVQLESLLIQ RKTQGGMTLE MKRLAIQIMK EAGSLEHTRK VVLELQDAV HRELAKLEEA FGQENYVIQL ALERLRIKA

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度3.6 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR / 詳細: The grid was washed by acetone prior to use.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 291 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: Blotting time was 20 seconds (blot force 0).
詳細This sample was mono-disperse.

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS TALOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1888 / 平均露光時間: 50.24 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 120000
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN

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画像解析

粒子像選択選択した数: 904572
CTF補正ソフトウェア - 名称: Gctf
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
詳細: An ab initio model was generated using RELION3's own implementation of Stochastic Gradient Descent (SGD) algorithm and low-pass filtered to 60 A for use as an initial model for 3D classification.
最終 再構成使用したクラス数: 1
想定した対称性 - 点群: D3 (2回x3回 2面回転対称)
アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.17 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 132926
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 3次元分類クラス数: 2 / 平均メンバー数/クラス: 147505 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: OTHER
得られたモデル

PDB-7wij:
Cryo-EM structure of prenyltransferase domain of Macrophoma phaseolina macrophomene synthase

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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