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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-31086 | ||||||||||||||||||||||||||||||
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タイトル | Subtomogram average of a yeast nucleosome from BY4741 cells | ||||||||||||||||||||||||||||||
マップデータ | Class 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
試料 |
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キーワード | Cell / yeast (酵母) / nucleus (細胞核) / nucleosome (ヌクレオソーム) / H2A / NUCLEAR PROTEIN / GFP | ||||||||||||||||||||||||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||||||||||||||||||||||||||
手法 | サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 24.0 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
データ登録者 | Tan ZY / Cai S / Noble AJ / Chen JK / Shi J / Gan L | ||||||||||||||||||||||||||||||
資金援助 | シンガポール, 米国, 9件
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引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2023 タイトル: Heterogeneous non-canonical nucleosomespredominate in yeast cells in situ 著者: Tan ZY / Cai S / Noble AJ / Chen JK / Shi J / Gan L | ||||||||||||||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_31086.map.gz | 140 KB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-31086-v30.xml emd-31086.xml | 22.8 KB 22.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_31086.png | 32.9 KB | ||
その他 | emd_31086_additional_1.map.gz emd_31086_additional_2.map.gz emd_31086_additional_3.map.gz emd_31086_half_map_1.map.gz emd_31086_half_map_2.map.gz | 141.8 KB 140.9 KB 141.6 KB 141.5 KB 141.8 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-31086 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-31086 | HTTPS FTP |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_31086.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 182.6 KB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | Class 1 | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 6.8 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-追加マップ: Class 2, half map 1
ファイル | emd_31086_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Class 2, half map 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Class 2
ファイル | emd_31086_additional_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Class 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Class 2, half map 2
ファイル | emd_31086_additional_3.map | ||||||||||||
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注釈 | Class 2, half map 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Class 1, half map 1
ファイル | emd_31086_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Class 1, half map 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Class 1, half map 2
ファイル | emd_31086_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Class 1, half map 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Nucleosome from budding yeast BY4741
全体 | 名称: Nucleosome from budding yeast BY4741ヌクレオソーム |
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要素 |
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-超分子 #1: Nucleosome from budding yeast BY4741
超分子 | 名称: Nucleosome from budding yeast BY4741 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: BY4741 / Organelle: Nucleus |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | サブトモグラム平均法 |
試料の集合状態 | cell |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7 |
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グリッド | モデル: C-flat / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY |
凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: blot time: 1 second, blot force: 1. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 倍率(補正後): 30369 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 0.1 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.1 µm / 倍率(公称値): 18000 |
特殊光学系 | 位相板: VOLTA PHASE PLATE / エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 検出モード: INTEGRATING / デジタル化 - サイズ - 横: 5760 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4092 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 平均電子線量: 2.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
抽出 | トモグラム数: 5 / 使用した粒子像数: 129473 / 参照モデル: Featureless cylinder / 手法: Template matching / ソフトウェア - 名称: PEET (ver. 1.15) |
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最終 3次元分類 | クラス数: 2 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0.8) |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0.8) |
最終 再構成 | 使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 24.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0.8) / 使用したサブトモグラム数: 453 |