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万見
- EMDB-31086: Subtomogram average of a yeast nucleosome from BY4741 cells -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-31086
タイトルSubtomogram average of a yeast nucleosome from BY4741 cells
マップデータClass 1
試料
  • 複合体: Nucleosome from budding yeast BY4741
キーワードCell / yeast / nucleus / nucleosome / H2A / NUCLEAR PROTEIN / GFP
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 24.0 Å
データ登録者Tan ZY / Cai S / Noble AJ / Chen JK / Shi J / Gan L
資金援助 シンガポール, 米国, 9件
OrganizationGrant number国
Ministry of Education (MoE, Singapore)R-154-000-A49-114 シンガポール
Ministry of Education (MoE, Singapore)MOE2019-T2-1-140 シンガポール
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)F32GM128303 米国
Simons FoundationSF349247 米国
Other governmentNYSTAR
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM103310 米国
Other privateAgouron Institute F00316
National Institutes of Health/Office of the DirectorOD019994 米国
National Institutes of Health/National Center for Research Resources (NIH/NCRR)RR029300 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2023
タイトル: Heterogeneous non-canonical nucleosomespredominate in yeast cells in situ
著者: Tan ZY / Cai S / Noble AJ / Chen JK / Shi J / Gan L
履歴
登録2021年3月22日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年4月6日-
マップ公開2022年4月6日-
更新2023年6月21日-
現状2023年6月21日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_31086.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_31086.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 182.6 KB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Class 1
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
6.8 Å/pix.
x 36 pix.
= 244.8 Å		6.8 Å/pix.
x 36 pix.
= 244.8 Å		6.8 Å/pix.
x 36 pix.
= 244.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 6.8 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.5
最小 - 最大-0.66002685 - 2.201534
平均 (標準偏差)0.046052508 (±0.20926857)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ363636
Spacing363636
セルA=B=C: 244.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: Class 2, half map 1

ファイルemd_31086_additional_1.map
注釈Class 2, half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Class 2

ファイルemd_31086_additional_2.map
注釈Class 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Class 2, half map 2

ファイルemd_31086_additional_3.map
注釈Class 2, half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Class 1, half map 1

ファイルemd_31086_half_map_1.map
注釈Class 1, half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Class 1, half map 2

ファイルemd_31086_half_map_2.map
注釈Class 1, half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Nucleosome from budding yeast BY4741

全体名称: Nucleosome from budding yeast BY4741
要素
  • 複合体: Nucleosome from budding yeast BY4741

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超分子 #1: Nucleosome from budding yeast BY4741

超分子名称: Nucleosome from budding yeast BY4741 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: BY4741 / Organelle: Nucleus

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7
グリッドモデル: C-flat / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: blot time: 1 second, blot force: 1.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系位相板: VOLTA PHASE PLATE / エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
検出モード: INTEGRATING / デジタル化 - サイズ - 横: 5760 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4092 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 平均電子線量: 2.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 30369 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 0.1 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.1 µm / 倍率（公称値）: 18000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 24.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0.8) / 使用したサブトモグラム数: 453
抽出トモグラム数: 5 / 使用した粒子像数: 129473 / 参照モデル: Featureless cylinder / 手法: Template matching / ソフトウェア - 名称: PEET (ver. 1.15)
最終 3次元分類クラス数: 2 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0.8)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0.8)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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