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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-3035 | |||||||||
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タイトル | The structure of YnaI implies structural and mechanistic conservation in the MscS-family of mechanosensitive channels | |||||||||
マップデータ | Reconstruction of YnaI | |||||||||
試料 |
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キーワード | YnaI / mechanosensitive channels / lipid-protein interaction / osmotic stress | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 mechanosensitive monoatomic ion channel activity / cellular response to osmotic stress / transmembrane transport / identical protein binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 12.6 Å | |||||||||
データ登録者 | Bottcher B / Prazak V / Rasmussen A / Black SS / Rasmussen T | |||||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2015 タイトル: The Structure of YnaI Implies Structural and Mechanistic Conservation in the MscS Family of Mechanosensitive Channels. 著者: Bettina Böttcher / Vojtech Prazak / Akiko Rasmussen / Susan S Black / Tim Rasmussen / 要旨: Mechanosensitive channels protect bacteria against lysis caused by a sudden drop in osmolarity in their surroundings. Besides the channel of large conductance (MscL) and small conductance (MscS), ...Mechanosensitive channels protect bacteria against lysis caused by a sudden drop in osmolarity in their surroundings. Besides the channel of large conductance (MscL) and small conductance (MscS), Escherichia coli has five additional paralogs of MscS that are functional and widespread in the bacterial kingdom. Here, we present the structure of YnaI by cryo-electron microscopy to a resolution of 13 Å. While the cytosolic vestibule is structurally similar to that in MscS, additional density is seen in the transmembrane (TM) region consistent with the presence of two additional TM helices predicted for YnaI. The location of this density suggests that the extra TM helices are tilted, which could induce local membrane curvature extending the tension-sensing paddles seen in MscS. Off-center lipid-accessible cavities are seen that resemble gaps between the sensor paddles in MscS. The conservation of the tapered shape and the cavities in YnaI suggest a mechanism similar to that of MscS. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_3035.map.gz | 14.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-3035-v30.xml emd-3035.xml | 20.8 KB 20.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_3035_fsc.xml | 5.5 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_3035.png | 99.8 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3035 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3035 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_3035_validation.pdf.gz | 242.2 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_3035_full_validation.pdf.gz | 241.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_3035_validation.xml.gz | 8.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-3035 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-3035 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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電子顕微鏡画像生データ | EMPIAR-10032 (タイトル: Cryo electron microscopy of YnaI / Data size: 107.6 Data #1: ynai_particles [picked particles - multiframe - processed] Data #2: ynai_micrographs [micrographs - single frame]) |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_3035.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 15.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Reconstruction of YnaI | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.728 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Low conductance mechanosensitive channel YnaI
全体 | 名称: Low conductance mechanosensitive channel YnaI |
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要素 |
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-超分子 #1000: Low conductance mechanosensitive channel YnaI
超分子 | 名称: Low conductance mechanosensitive channel YnaI / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: 7 / Number unique components: 1 |
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分子量 | 理論値: 271 KDa |
-分子 #1: YnaI
分子 | 名称: YnaI / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 7 / 集合状態: heptamer / 組換発現: No |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: MJF641 / 細胞中の位置: Pasma membrane |
分子量 | 理論値: 38.76 KDa |
配列 | UniProtKB: Low conductance mechanosensitive channel YnaI / GO: transmembrane transport InterPro: Mechanosensitive ion channel MscS, Mechanosensitive ion channel MscS, transmembrane-2, LSM domain superfamily, Mechanosensitive ion channel MscS, C-terminal, Mechanosensitive ion channel MscS, conserved site |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 2.2 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.2 |
グリッド | 詳細: 1.2/1.3 Quantifoil 400 mesh copper Rh/grids, glow discharge for 1 min in air |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: HOMEMADE PLUNGER 手法: blot for 15 s with 2 layers of filter paper Whatman No 1 before plunging into Ethane cooled by N2; heater is used for preventing freezing of ethane; plunger has an environmental chamber, ...手法: blot for 15 s with 2 layers of filter paper Whatman No 1 before plunging into Ethane cooled by N2; heater is used for preventing freezing of ethane; plunger has an environmental chamber, which is humidified with 2 water soaked sponges (Bellare Design); Bellare design of |
-電子顕微鏡法 #1
Microscopy ID | 1 |
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顕微鏡 | FEI TECNAI F20 |
温度 | 平均: 95 K |
アライメント法 | Legacy - 非点収差: at 200,000 magnification on carbon; computationally during image processing |
日付 | 2013年3月15日 |
撮影 | カテゴリ: CCD フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F416 (4k x 4k) デジタル化 - サンプリング間隔: 15.6 µm / 実像数: 3308 / 平均電子線量: 25 e/Å2 / ビット/ピクセル: 12 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 5.7 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.39 µm / 倍率(公称値): 62000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN |
実験機器 | モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |
-電子顕微鏡法 #2
Microscopy ID | 2 |
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顕微鏡 | FEI TECNAI F20 |
温度 | 平均: 95 K |
アライメント法 | Legacy - 非点収差: at 200,000 magnification on carbon; computationally during image processing |
日付 | 2013年3月15日 |
撮影 | カテゴリ: CCD フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F416 (4k x 4k) デジタル化 - サンプリング間隔: 15.6 µm / 実像数: 3308 / 平均電子線量: 25 e/Å2 / ビット/ピクセル: 12 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 5.7 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.39 µm / 倍率(公称値): 62000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN |
実験機器 | モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |
-電子顕微鏡法 #3
Microscopy ID | 3 |
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顕微鏡 | FEI TECNAI F20 |
温度 | 平均: 95 K |
アライメント法 | Legacy - 非点収差: at 200,000 magnification on carbon; computationally during image processing |
日付 | 2013年4月7日 |
撮影 | カテゴリ: CCD フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F416 (4k x 4k) デジタル化 - サンプリング間隔: 15.6 µm / 実像数: 3308 / 平均電子線量: 25 e/Å2 / ビット/ピクセル: 12 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 5.7 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.39 µm / 倍率(公称値): 62000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN |
実験機器 | モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |
-電子顕微鏡法 #4
Microscopy ID | 4 |
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顕微鏡 | FEI TECNAI F20 |
温度 | 平均: 95 K |
アライメント法 | Legacy - 非点収差: at 200,000 magnification on carbon; computationally during image processing |
日付 | 2013年4月15日 |
撮影 | カテゴリ: CCD フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F416 (4k x 4k) デジタル化 - サンプリング間隔: 15.6 µm / 実像数: 3308 / 平均電子線量: 25 e/Å2 / ビット/ピクセル: 12 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 5.7 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.39 µm / 倍率(公称値): 62000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN |
実験機器 | モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |
-電子顕微鏡法 #5
Microscopy ID | 5 |
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顕微鏡 | FEI TECNAI F20 |
温度 | 平均: 95 K |
アライメント法 | Legacy - 非点収差: at 200,000 magnification on carbon; computationally during image processing |
日付 | 2013年4月17日 |
撮影 | カテゴリ: CCD フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F416 (4k x 4k) デジタル化 - サンプリング間隔: 15.6 µm / 実像数: 3308 / 平均電子線量: 25 e/Å2 / ビット/ピクセル: 12 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 5.7 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.39 µm / 倍率(公称値): 62000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN |
実験機器 | モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |
-電子顕微鏡法 #6
Microscopy ID | 6 |
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顕微鏡 | FEI TECNAI F20 |
温度 | 平均: 95 K |
アライメント法 | Legacy - 非点収差: at 200,000 magnification on carbon; computationally during image processing |
日付 | 2013年4月19日 |
撮影 | カテゴリ: CCD フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F416 (4k x 4k) デジタル化 - サンプリング間隔: 15.6 µm / 実像数: 3308 / 平均電子線量: 25 e/Å2 / ビット/ピクセル: 12 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 5.7 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.39 µm / 倍率(公称値): 62000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN |
実験機器 | モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
初期モデル | PDB ID: Chain - #0 - Chain ID: A / Chain - #1 - Chain ID: B / Chain - #2 - Chain ID: C / Chain - #3 - Chain ID: D / Chain - #4 - Chain ID: E / Chain - #5 - Chain ID: F / Chain - #6 - Chain ID: G |
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ソフトウェア | 名称: Chimera |
詳細 | The structure of the related MscS (2oAU) was fitted manually as rigid body, the fit was optimized by the fit in map option of chimera using residues 129-281 of MscS (cytosolic part) |
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: overlap |