EMDB-29780: Cryo-Electron Tomography of a Cryo-Lamella cut inside a Mouse Kid...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: EMDB / ID: EMD-29780

タイトル

Cryo-Electron Tomography of a Cryo-Lamella cut inside a Mouse Kidney Tissue Biopsy

マップデータ

Cryo-Electron Tomography of Mouse Kidney Tissue Biopsy

試料

組織: Biopsy of Mouse Kidney Tissue

キーワード

Microtubules / mitochondria / UNKNOWN FUNCTION

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

電子線トモグラフィー法

データ登録者

Trepout S / Ramm G

資金援助

オーストラリア,

米国, 3件

Organization	Grant number	国
Australian Research Council (ARC)	LE150100132	オーストラリア
Chan Zuckerberg Initiative	2020-225399	米国
Australian Research Council (ARC)	LE180100202	オーストラリア

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-Electron Tomography of a Cryo-Lamella Milled Inside a Mouse Kidney Tissue Biopsy
著者: Trepout S / Ramm G

履歴

登録	2023年2月15日	-
ヘッダ(付随情報) 公開	2024年3月27日	-
マップ公開	2024年3月27日	-
更新	2024年3月27日	-
現状	2024年3月27日	処理サイト: RCSB / 状態: 公開

添付画像	emd_29780.png

-
EMDBアーカイブ

マップデータ	emd_29780.map.gz	4.3 GB		EMDBマップデータ形式
ヘッダ (付随情報)	emd-29780-v30.xml emd-29780.xml	8.9 KB 8.9 KB	表示表示	EMDBヘッダ
画像	emd_29780.png	236.5 KB
Filedesc metadata	emd-29780.cif.gz	3.7 KB
アーカイブディレクトリ	http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-29780 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-29780	HTTPS FTP

-
検証レポート

文書・要旨	emd_29780_validation.pdf.gz	462.3 KB	表示	EMDB検証レポート
文書・詳細版	emd_29780_full_validation.pdf.gz	461.9 KB	表示
XML形式データ	emd_29780_validation.xml.gz	5 KB	表示
CIF形式データ	emd_29780_validation.cif.gz	5.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-29780 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-29780	HTTPS FTP

-
リンク

EMDBのページ	EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource

ファイル

ダウンロード / ファイル: emd_29780.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 4.6 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)

注釈

Cryo-Electron Tomography of Mouse Kidney Tissue Biopsy

投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他	反転上下逆

軸	Z (Sec.)	Y (Row.)	X (Col.)
	14.66 Å/pix. x 350 pix. = 5131. Å	14.66 Å/pix. x 1854 pix. = 27179.641 Å	14.66 Å/pix. x 1918 pix. = 28117.879 Å
投影像
断面 (1/3)
断面 (1/2)
断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズ

X=Y=Z: 14.66 Å

密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

最小 - 最大	-371.388059999999996 - 348.852100000000007
平均 (標準偏差)	3.7714152 (±18.270392999999999)

対称性

空間群: 1

詳細

-
全体 : Biopsy of Mouse Kidney Tissue

全体	名称: Biopsy of Mouse Kidney Tissue
要素	組織: Biopsy of Mouse Kidney Tissue

-
超分子 #1: Biopsy of Mouse Kidney Tissue

超分子	名称: Biopsy of Mouse Kidney Tissue / タイプ: tissue / ID: 1 / 親要素: 0 詳細: Cryo-lamella cut inside the biopsy using the bbq method.
由来(天然)	生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) / 器官: kidney

-
構造解析

解析	電子線トモグラフィー法
試料の集合状態	tissue

-
試料調製

緩衝液	pH: 6.9
加圧凍結法	装置: OTHER 詳細: The value given for _em_high_pressure_freezing.instrument is HPF Wohlwend Compact 03. This is not in a list of allowed values {'LEICA EM HPM100', 'LEICA EM PACT2', 'OTHER', 'EMS-002 RAPID ...詳細: The value given for _em_high_pressure_freezing.instrument is HPF Wohlwend Compact 03. This is not in a list of allowed values {'LEICA EM HPM100', 'LEICA EM PACT2', 'OTHER', 'EMS-002 RAPID IMMERSION FREEZER', 'LEICA EM PACT', 'BAL-TEC HPM 010'} so OTHER is written into the XML file.
切片作成	集束イオンビーム - 装置: OTHER / 集束イオンビーム - イオン: OTHER / 集束イオンビーム - 電圧: 30 / 集束イオンビーム - 電流: 1 / 集束イオンビーム - 時間: 1800 / 集束イオンビーム - 温度: 100 K / 集束イオンビーム - Initial thickness: 100000 / 集束イオンビーム - 最終厚さ: 250 集束イオンビーム - 詳細: The value given for _em_focused_ion_beam.instrument is FEI Helios G4 UX. This is not in a list of allowed values {'OTHER', 'DB235'} so OTHER is written into the XML file.

-
電子顕微鏡法

顕微鏡	FEI TITAN KRIOS
特殊光学系	エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影	フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 1.5 e/Å²
電子線	加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系	照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 4.0 µm / 最小デフォーカス（公称値）: 4.0 µm
試料ステージ	試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終再構成	アルゴリズム: BACK PROJECTION / ソフトウェア - 名称: IMOD / 詳細: Tilt-series alignment performed in AreTomo v1.0.1 / 使用した粒子像数: 59

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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