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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-29762 | ||||||||||||
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タイトル | Cryo-Electron Tomography of Golgi Apparatus from a cryo-lamella of a Zebra Fish Embryo | ||||||||||||
マップデータ | Cryo-Electron Tomography of Golgi Apparatus from a Zebra Fish Embryo | ||||||||||||
試料 |
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キーワード | Golgi apparatus / UNKNOWN FUNCTION | ||||||||||||
生物種 | Danio rerio (ゼブラフィッシュ) | ||||||||||||
手法 | 電子線トモグラフィー法 | ||||||||||||
データ登録者 | Trepout S / Ramm G | ||||||||||||
資金援助 | オーストラリア, 米国, 3件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Cryo-Electron Tomography of a Cryo-Lamella Milled Inside a Zebra Fish Embryo Showing a Golgi Apparatus 著者: Trepout S / Ramm G | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_29762.map.gz | 4.9 GB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-29762-v30.xml emd-29762.xml | 9 KB 9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_29762.png | 267.6 KB | ||
Filedesc metadata | emd-29762.cif.gz | 3.6 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-29762 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-29762 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_29762_validation.pdf.gz | 459.3 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_29762_full_validation.pdf.gz | 458.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_29762_validation.xml.gz | 5.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_29762_validation.cif.gz | 5.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-29762 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-29762 | HTTPS FTP |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_29762.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 5.3 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | Cryo-Electron Tomography of Golgi Apparatus from a Zebra Fish Embryo | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 14.66 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Zebra Fish Embryo
全体 | 名称: Zebra Fish Embryo |
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要素 |
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-超分子 #1: Zebra Fish Embryo
超分子 | 名称: Zebra Fish Embryo / タイプ: tissue / ID: 1 / 親要素: 0 詳細: Cryo-lamella cut inside the embryo using the bbq method. |
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由来(天然) | 生物種: Danio rerio (ゼブラフィッシュ) / 器官: tail / 組織: skin |
-実験情報
-構造解析
解析 | 電子線トモグラフィー法 |
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試料の集合状態 | tissue |
-試料調製
緩衝液 | pH: 6.9 |
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加圧凍結法 | 装置: OTHER 詳細: The value given for _em_high_pressure_freezing.instrument is HPF Wohlwend Compact 03. This is not in a list of allowed values {'LEICA EM HPM100', 'BAL-TEC HPM 010', 'EMS-002 RAPID IMMERSION ...詳細: The value given for _em_high_pressure_freezing.instrument is HPF Wohlwend Compact 03. This is not in a list of allowed values {'LEICA EM HPM100', 'BAL-TEC HPM 010', 'EMS-002 RAPID IMMERSION FREEZER', 'OTHER', 'LEICA EM PACT', 'LEICA EM PACT2'} so OTHER is written into the XML file. |
切片作成 | 集束イオンビーム - 装置: OTHER / 集束イオンビーム - イオン: OTHER / 集束イオンビーム - 電圧: 30 / 集束イオンビーム - 電流: 1 / 集束イオンビーム - 時間: 1800 / 集束イオンビーム - 温度: 100 K / 集束イオンビーム - Initial thickness: 100000 / 集束イオンビーム - 最終 厚さ: 250 集束イオンビーム - 詳細: The value given for _em_focused_ion_beam.instrument is FEI Helios G4 UX. This is not in a list of allowed values {'OTHER', 'DB235'} so OTHER is written into the XML file. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 1.5 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 4.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 4.0 µm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | アルゴリズム: BACK PROJECTION / ソフトウェア - 名称: IMOD / 詳細: Alignment performed with AreTomo 1.0.1 / 使用した粒子像数: 47 |
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