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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-28785 | |||||||||
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タイトル | EsN-dhsU36mm2 composite map | |||||||||
マップデータ | Composite of full and local raw maps | |||||||||
試料 |
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キーワード | promoter-bound / initiation / TRANSCRIPTION / TRANSCRIPTION-DNA complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 arginine metabolic process / DNA-binding transcription activator activity / RNA polymerase complex / submerged biofilm formation / cellular response to cell envelope stress / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex / regulation of DNA-templated transcription initiation / sigma factor activity / bacterial-type flagellum assembly / bacterial-type flagellum-dependent cell motility ...arginine metabolic process / DNA-binding transcription activator activity / RNA polymerase complex / submerged biofilm formation / cellular response to cell envelope stress / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex / regulation of DNA-templated transcription initiation / sigma factor activity / bacterial-type flagellum assembly / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / nitrate assimilation / nucleotidyltransferase activity / transcription elongation factor complex / regulation of DNA-templated transcription elongation / transcription antitermination / DNA-templated transcription initiation / cell motility / protein-DNA complex / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / response to heat / protein-containing complex assembly / intracellular iron ion homeostasis / protein dimerization activity / transcription cis-regulatory region binding / response to antibiotic / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding / membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) / Aquifex aeolicus (バクテリア) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.6 Å | |||||||||
データ登録者 | Mueller AU / Chen J / Darst SA | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2023 タイトル: A general mechanism for transcription bubble nucleation in bacteria. 著者: Andreas U Mueller / James Chen / Mengyu Wu / Courtney Chiu / B Tracy Nixon / Elizabeth A Campbell / Seth A Darst / 要旨: Bacterial transcription initiation requires σ factors for nucleation of the transcription bubble. The canonical housekeeping σ factor, σ, nucleates DNA melting via recognition of conserved bases ...Bacterial transcription initiation requires σ factors for nucleation of the transcription bubble. The canonical housekeeping σ factor, σ, nucleates DNA melting via recognition of conserved bases of the promoter -10 motif, which are unstacked and captured in pockets of σ. By contrast, the mechanism of transcription bubble nucleation and formation during the unrelated σ-mediated transcription initiation is poorly understood. Herein, we combine structural and biochemical approaches to establish that σ, like σ, captures a flipped, unstacked base in a pocket formed between its N-terminal region I (RI) and extra-long helix features. Strikingly, RI inserts into the nascent bubble to stabilize the nucleated bubble prior to engagement of the obligate ATPase activator. Our data suggest a general paradigm of transcription initiation that requires σ factors to nucleate an early melted intermediate prior to productive RNA synthesis. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_28785.map.gz | 29.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-28785-v30.xml emd-28785.xml | 22.2 KB 22.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_28785.png | 69.8 KB | ||
Filedesc metadata | emd-28785.cif.gz | 4.8 KB | ||
その他 | emd_28785_additional_1.map.gz emd_28785_additional_2.map.gz emd_28785_additional_3.map.gz emd_28785_half_map_1.map.gz emd_28785_half_map_2.map.gz | 57.5 MB 47.5 MB 47.5 MB 59.2 MB 59.2 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-28785 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-28785 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_28785_validation.pdf.gz | 798.8 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_28785_full_validation.pdf.gz | 798.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_28785_validation.xml.gz | 12.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_28785_validation.cif.gz | 14.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-28785 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-28785 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8f1jMC 8f1iC 8f1kC C: 同じ文献を引用 (文献) M: このマップから作成された原子モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_28785.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | Composite of full and local raw maps | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.08 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-追加マップ: Composite of B-factor sharpened full and local maps
ファイル | emd_28785_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Composite of B-factor sharpened full and local maps | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Locally filtered composite map (blocfilt)
ファイル | emd_28785_additional_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Locally filtered composite map (blocfilt) | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Local resolution composite map (blocres)
ファイル | emd_28785_additional_3.map | ||||||||||||
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注釈 | Local resolution composite map (blocres) | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Composite of half A full and local maps
ファイル | emd_28785_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Composite of half A full and local maps | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Composite of half B full and local maps
ファイル | emd_28785_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Composite of half B full and local maps | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : EsN-dhsU36mm2
全体 | 名称: EsN-dhsU36mm2 |
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要素 |
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-超分子 #1: EsN-dhsU36mm2
超分子 | 名称: EsN-dhsU36mm2 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 |
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-超分子 #2: RNA polymerase complex
超分子 | 名称: RNA polymerase complex / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
-超分子 #3: DNA
超分子 | 名称: DNA / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 |
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由来(天然) | 生物種: Aquifex aeolicus (バクテリア) / Synthetically produced: Yes |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 構成要素:
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グリッド | モデル: C-flat-1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY | |||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 295 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV 詳細: Octyl beta-D-glucopyranoside (beta-OG) was added to the sample to 0.1%w/v final concentration (from 10x stock) just prior to plunge vitrification. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | 球面収差補正装置: Cs corrector installed |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 実像数: 7101 / 平均露光時間: 2.5 sec. / 平均電子線量: 64.3 e/Å2 詳細: dose-fractionation with 0.05 seconds per frame (=50 frames) |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: OTHER / 詳細: ab initio generated map |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: PHENIX / ソフトウェア - 詳細: phenix.combine_focused_maps 詳細: Particle numbers and FSC resolution estimate for the full map provided 使用した粒子像数: 802772 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |